Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Current refinement(s):

Records 1 - 13 / 13

  • help
  • print

    Print search results

  • export

    Export search results

  • alert
    We will mail you new results for this query: keywords==abiotiek
Check title to add to marked list
Bacillus cereus growth and biofilm formation: the impact of substratum, iron sources, and transcriptional regulator Sigma 54
Hayrapetyan, Hasmik - \ 2017
Wageningen University. Promotor(en): Tjakko Abee, co-promotor(en): Masja Nierop Groot. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789463431194 - 181
microorganisms - bacillus cereus - food contamination - biofilms - foodborne pathogens - abiotic conditions - sporulation - micro-organismen - voedselbesmetting - voedselpathogenen - abiotiek - sporulatie

Biofilms are surface-associated communities of microbial cells embedded in a matrix of extracellular polymers. It is generally accepted that the biofilm growth mode represents the most common lifestyle of microorganisms. Next to beneficial biofilms used in biotechnology applications, undesired biofilms can be formed by spoilage and pathogenic microorganisms in food production environments. Bacillus cereus is a foodborne human pathogen able to cause two types of food poisoning, emetic and diarrheal. B. cereus can persist in factory environments in the form of biofilms, which can become a source of food contamination. This thesis adds to the knowledge about (a)biotic factors and conditions that affect B. cereus biofilm formation, including the effect of type of substratum such as polystyrene and stainless steel, with the latter supporting the highest biofilm formation for all tested strains including two reference strains and 20 food isolates. The ability of B. cereus to use a variety of iron sources was subsequently studied in these 22 strains and linked to the genes encoding iron transport systems present in the respective genomes, revealing significant diversity in the capacity to use complex and non-complex iron sources for growth and biofilm formation. For spore forming Bacilli, biofilm formation and sporulation are two intertwined cellular processes and studies in wet and dry (air-exposed) biofilms revealed differences in sporulation rate and efficacy, with biofilm-derived spores showing higher heat resistance than their planktonic counterparts. Additionally, comparative phenotype and transcriptome analysis of B. cereus wild type and a Sigma 54 deletion mutant provided insight into the pleiotropic role of this transcriptional regulator in B. cereus biofilm formation and physiology in general. Taken together, this knowledge improves our understanding of the biofilm lifecycle of this notorious food-borne human pathogen and provides clues which can help to reduce the domestication of this microorganism in production environments.

Aspects of bulblet growth of lily in vitro
Askari Rabori, N. - \ 2016
Wageningen University. Promotor(en): Richard Visser, co-promotor(en): Geert-Jan de Klerk. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462577602 - 130 p.
lilium - in vitro - growth - in vitro regeneration - abiotic conditions - stress - bulbs - groei - in vitro regeneratie - abiotiek - bollen

Many geophytes have a high ornamental value. They are preferably propagated by micropropagation because in this way large quantities of uniform, disease-free starting material are produced in a short period of time. In comparison with shoots, bulblets have several clear advantages as starting material. Therefore, in vitro bulblet formation is an important target for improvement of tissue culture of geophytes. The research described in this thesis was carried out with the lily cultivars ‘Santander’ and ‘Stargazer’.

Commercially, lily is the second geophyte in the global flower industry. The size of lily bulblets regenerated in vitro has a direct effect on the performance in the field. After planting, large bulblets sprout with a stem and gain twice as much weight compared with small bulblets that sprout with a rosette. In the present study we studied basic and applied aspects of the following topics: (1) new methods for sterilization during initiation, (2) the effect of scale-related factors on bulblet growth, (3) growth enhancement by moderate abiotic stresses, and (4) the effect of CO2 removal from headspace of tissue culture containers on lily bulblet growth and as a control Arabidopsis thaliana seedling growth.

Contamination is an everlasting problem in tissue culture laboratories. Lily bulbs are underground organs and contain therefore more contaminants as compared with aerial organs. During initiation, operators cause additional contamination in two ways that have as yet not been recognized adequately. (1) Rinsing explants with sterile water after surface-sterilization is the generally advised method to remove the residues of decontaminants. However, when scales are heavily contaminated, the surface-sterilization does not kill microorganisms in all scales. Surface-sterilization is usually done with batches of 10 to 30 scales and the contaminated scales may cross-contaminate uninfected scales during rinsing in water. We have tested the rinsing water and found heavy bacterial contamination in the 2th and especially the 3rd rinse. The contaminated rinsing water resulted in a high incidence of cross-contamination. Cross contamination was reduced almost fully by rinsing in diluted NaClO solution (0.03%) instead of sterile water. There was no negative effect of diluted NaClO on growth. (2) A second way of introducing contamination by the operator is the entering of microorganisms during detachment from mother bulbs via the vascular bundles caused by negative hydrostatic pressure within the bulb tissue. By detaching scales from bulbs submerged in 0.03% NaClO, hydrostatic-pressure related contamination was strongly reduced. The growth of bulblets increased by 22% and 17% when cross contamination and negative-hydrostatic pressure related contamination were prevented.

Storage organ formation is controlled by interacting environmental, biochemical and genetic factors. We studied various aspects of the effect of the scale explant. We found that large explants produced larger bulblets than small explants. When bulblets were excised and cultured in vitro, growth was improved by 33% when a small piece of the original scale explant was left attached to the bulblet. The position in the scale from where the explant was excised affected the growth of the regenerating bulblets. Basal-scale explants improved bulblet growth by 40-50 % compared with apical-scale explants. This might be related to the physiological state of the tissues: there was more starch and there were more vascular bundles present in basal scale explants. Furthermore, excision of an explant from the middle of the scale improved bulblet growth by 40-50 % compared with explants excised from the edge of the scale. In general, the middle scale explants were heavier and contained wider vascular bundles.

Plants in stressful conditions tend to allocate a higher proportion of biomass to below-ground biomass (roots and storage organs) as compared to above ground biomass. We investigated the effect of moderate abiotic stresses on lily bulblets grown in vitro. In general, lily bulblets showed an increased growth after moderate stresses. Hot air increased growth by 30%, hot water by 40%. We also examined the effect of drought and anaerobiosis. Drought stress increased growth of bulblets by 40% in the cultivar ‘Stargazer’, but significantly decreased bulblet growth in cv ‘Santander’. Anaerobiosis increased growth in ‘Stargazer’ and ‘Santander’ by 32% and 65%, respectively. We also showed that a moderate stresses treatment protects lily bulblets against future severe abiotic stresses.

In general, the in vitro situation is not favorable for plants. Composition of the headspace (high humidity, strongly fluctuating CO2- and O2-levels and accumulation of gases like ethylene), low light, and wounding are unfavorable conditions that plants have to deal with. We examined the effect of CO2 starvation on growth in vitro with and without addition of 3% sucrose to the medium. A CO2-poor headspace reduced the growth of bulblets, leaves, roots and scale explants strongly, also in the presence of 3% sucrose. CO2 removal from the headspace decreased growth of Arabidopsis seedlings by 50 % on medium with 3% sucrose. It seems unlikely that the growth reduction on medium with 3% sucrose is caused solely by the lack of sucrose production in photosynthesis when CO2 is removed. Indeed, we found evidence that the low CO2 resulted in heavy stress that in turn may reduce growth. Fv/Fm in lily and Arabidopsis dropped when CO2 was removed. Occurrence of reactive oxygen radicals (ROS) was examined in Arabidopsis seedlings by staining with nitroblue tetrazolium (NBT). ROS was virtually absent in ex vitro growing seedlings and very abundant in seedlings grown under CO2 starvation. Seedlings grown under normal tissue culture conditions showed an intermediate presence of ROS. We hypothesize that low levels of CO2 may results in ROS in in vitro seedlings which reduces growth.

Eindrapport project ecologische condities
Wamelink, G.W.W. ; Adrichem, M.H.C. van - \ 2011
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 2195) - 92
vegetatietypen - bodem-plant relaties - grondanalyse - bodemchemie - grondwaterstand - abiotiek - vegetation types - soil plant relationships - soil analysis - soil chemistry - groundwater level - abiotic conditions
Dit rapport bevat een aantal hoofdstukken met uiteenlopende resultaten van het project Ecologische Condities, die niet eerder werden gepubliceerd. Er is een hoofdstuk met een beschrijving van de verzamelde abiotische gegevens gerelateerd aan vegetatie-opnamen. Bij het nemen van bodemmonsters en het maken van vegetatieopnamen kan ruimtelijk interactie een rol spelen, of anders gezegd zijn de verschillende opnamen wel onafhankelijk van elkaar. De eerste voorlopige resultaten laten zien dat dit sterk afhangt van de variatie binnen het terrein. Tot slot zijn er op Europese schaal responsies voor plantensoorten voor temperatuur, neerslag en zwavel, nitraat en ammoniumdepositie geschat. Opvallend is dat responsies voor zwaveldioxide en nitraat-depositie goede voorspellers zijn voor het voorkomen van plantensoorten. Ook voor een gemiddelde jaartemperatuur werden redelijk goede voorspellingen gevonden.
Milieucondities van aquatische beheertypen
Loeb, R. ; Verdonschot, P.F.M. - \ 2010
Wageningen : Alterra, Wageningen-UR (Alterra-rapport 2090) - 142
rivieren - waterlopen - meren - laagveengebieden - brakwater - waterkwaliteit - bedrijfsvoering - voedingsstoffen - zoetwaterecologie - nederland - kaderrichtlijn water - abiotiek - rivers - streams - lakes - fens - brackish water - water quality - management - nutrients - freshwater ecology - netherlands - water framework directive - abiotic conditions
Voor de beheertypen van Index-NL is invulling gegeven aan de kwaliteitsaspecten van de aquatische typen. De kwaliteit in de Index-NL typen wordt afgemeten aan de (1) biotische natuur, (2) milieucondities, (3) ruimtelijke samenhang, (4) structuur en beheer, en (5) natuurlijke processen. In deze eerste fase is gewerkt aan de milieucondities. De milieucondities zijn afgeleid uit verschillende bronnen cq. eerder beschreven typologieën, vooral het Aquatisch Supplement en de Kaderrichtlijn Water. In dit rapport is extra aandacht gegeven aan de Kaderrichtlijn Water omdat de beheertypen hier bij voorkeur goed op aan sluiten. Uiteindelijk is per beheertype een overzicht gegeven van de abiotische condities voor de kwaliteitsklassen ‘goed’, ‘matig’ en ‘slecht’. Waar nodig zijn de beheertypen onderverdeeld in subtypen, om homogenere condities te kunnen omschrijven. Voor het opstellen van de condities is waar mogelijk aangesloten bij de getoetste waarden van de Kaderrichtlijn Water. Voor verschillende beheertypen zijn verschillende parameters gebruikt bij het beschrijven van de kwaliteitsklasse, omdat het afhankelijk is van het systeem welke parameters in praktijk sturend zijn.
Abiotische randvoorwaarden en natuurdoelen in kunstmatige wateren dl. 3 Matige grote, ondiepe laagveenplassen
Keizer-Vlek, H.E. ; Lange, H.J. de; Verdonschot, P.F.M. - \ 2010
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 2089) - 88
laagveengebieden - plassen - fauna - vissen - waterplanten - oppervlaktewater - biologische indicatoren - zoetwaterecologie - habitats - chemische eigenschappen - waterkwaliteit - nederland - kwaliteit - macrofauna - kaderrichtlijn water - natura 2000 - abiotiek - fens - ponds - fishes - aquatic plants - surface water - biological indicators - freshwater ecology - chemical properties - water quality - netherlands - quality - water framework directive - abiotic conditions
Het doel van deze studie is het gekwantificeerd invullen van de abiotische randvoorwaarden behorende bij de (Zeer) Goede Ecologische Toestand ((Z)GET) van het KRW type M27 ‘Matig grote, ondiepe laagveenplassen’. Meetgegevens van de twaalf ‘best beschikbare’ plassen in Nederland zijn voor dit doel geanalyseerd. De resultaten geven aan dat de biologische kwaliteitselementen in geen van de twaalf plassen voldoen aan de GET. De relatief slechte ecologische toestand van de plassen wordt onder andere veroorzaakt door hoge concentraties totaal-stikstof en totaal-fosfor, beperkt doorzicht en een hoge pH. Deze abiotische variabelen voldoen in bijna alle gevallen niet aan de GET-norm. De resultaten van het onderzoek impliceren dat de GET-norm/KRW referentie¬waarde(n) voor de abiotische variabelen EGV, chloride, ammonium en sulfaat naar beneden moeten worden bijgesteld om de GET van matig grote, ondiepe laagveenplassen te kunnen garanderen. Voor deze abiotische variabelen moet echter eerst nog worden bepaald of hogere concentraties dan vastgesteld in dit onderzoek leiden tot een verminderde ecologische toestand. Verder zal meer inzicht moeten komen in de voor de macrofauna- en waterplantengemeenschap sturende factoren door middel van experimenteel onderzoek. Hiervoor is naast informatie over fysisch-chemische milieuvariabelen ook informatie nodig over hydro¬morfologische milieuvariabelen. Tot slot is niet mogelijk gebleken om op basis van deze studie een eenduidige relatie te leggen tussen de abiotische randvoorwaarden noodzakelijk voor de realisatie van de GET in matig grote, ondiepe laagveenplassen (KRW) en de abiotische randvoorwaarden noodzakelijk voor de realisatie van aquatische habitattypen (VHR). Wel is vastgesteld dat habitattype 3140 niet voorkomt in de onderzochte plassen, terwijl zes van de twaalf onderzochte plassen liggen in een Natura 2000-gebied met een doelstelling voor habitattype 3140.
Bepalen van milieutekorten voor natuurgebieden in Gelderland : validatie en calibratie van het indicatorsytseem
Wamelink, G.W.W. ; Adrichem, M.H.C. van; Berg, L.J. van den - \ 2010
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 2077) - 57
indicatoren - habitats - bodemeigenschappen - bodem ph - vegetatie - vegetatietypen - stikstof - fosfaat - nederland - abiotiek - natuurgebieden - ecologische hoofdstructuur - gelderland - indicators - soil properties - soil ph - vegetation - vegetation types - nitrogen - phosphate - netherlands - abiotic conditions - natural areas - ecological network
Om op basis van vegetatieopnamen een schatting van de bodemomstandigheden, zoals pH, voorjaarsgrondwaterstand of nitraatgehalte, te kunnen maken is een methode ontwikkeld op basis van bodemmetingen. Voor de provincie Gelderland is deze methode uitgebreid gevalideerd en gecalibreerd. Daarnaast wordt de methode gebruikt om milieutekorten te berekenen; waar voldoet de bodemkwaliteit niet voor de aanwezige of geplande natuurtypen (habitattypen). In dit rapport zijn de milieutekorten berekend met onze methode vegeleken met de milieutekorten berekend op basis van metingen. Uit de validatie van de berekeningsmethode van de abiotiek bleek dat de methode goed werkt voor pH en de totale stikstof- en fosfaatgehalten. Problemen werden er geconstateerd voor ammonium- en fosfaatgehalte. Voor fosfaat zijn nieuwe schattingen van de gebruikte indicatorwaarden nodig. Voor ammmonium en ook andere indicatorwaarden zullen de validatie data uit Gelderland worden gebruikt om nieuwe indicatorwaarden te schatten. Voor de milieutekorten geldt dat de tekorten op basis van metingen vergelijkbaar zijn met de berekende tekorten, waarbij de tekorten op basis van de metingen iets hoger liggen dan die op basis van de berekeningen.
Beheer en herstel van kievitsbloemlanden : verslag veldwerkplaats, Rivierenlandschap Rouveen, 19 april 2010
Corporaal, A. - \ 2010
[s.l.] : S.n. - 4
vegetatiebeheer - fritillaria meleagris - hydrologie - graslanden - ecologisch herstel - natuurbeheer - abiotiek - ecohydrologie - overijssel - vegetation management - hydrology - grasslands - ecological restoration - nature management - abiotic conditions - ecohydrology
Over kievitsbloemlanden zijn er veel vragen. Welke (a)biotische omstandigheden zijn gunstig en hoe groot is de bandbreedte? Hoe zit het met de hydrologie? Is er een combinatie mogelijk van kievitsbloemen en weidevogels? Hoe kom je van dertig exemplaren naar onafzienbare vlaktes? Hoe keer je een teruglopende of verouderende stand? Tijdens deze veldwerkplaats zoeken we samen naar antwoorden.
Waar een plant zich thuis voelt
Slim, P.A. ; Wamelink, G.W.W. - \ 2010
Kennis Online 2010 (2010)mei. - p. 11 - 11.
rassen (planten) - milieufactoren - klimaatfactoren - habitats - informatiesystemen - ecologie - biodiversiteit - abiotiek - varieties - environmental factors - climatic factors - information systems - ecology - biodiversity - abiotic conditions
Waar voelt een plantensoort zich het beste thuis, waar echt niet, en hoe reageert hij op veranderingen. Voor veel soorten zijn die gegevens te vinden in een nog altijd groeiende database met abiotische randvoorwaarden. Hij bevat ook steeds meer klimaatgerelateerde informatie.
Monitoring van biologische en abiotische parameters in zoute wateren in Nederland. Stand van zaken, de verplichtingen voortvloeiend uit Europese regelgeving en aanbevelingen voor de toekomst
Smit, C.J. ; Bos, O.G. ; Meesters, H.W.G. - \ 2010
Texel : IMARES (Rapport / Wageningen IMARES C012/10) - 342
mariene gebieden - mariene ecologie - kustwateren - zout water - monitoring - eu regelingen - nederland - noordzee - abiotiek - biologische monitoring - milieumonitoring - waddenzee - marine areas - marine ecology - coastal water - saline water - eu regulations - netherlands - north sea - abiotic conditions - biomonitoring - environmental monitoring - wadden sea
Het is alweer enkele jaren geleden dat Alterra Texel onderzoek deed naar lopende monitorprogramma's in zoute wateren in Nederland. Dit onderzoek is in 2007 en 2008 besproken met vertegenwoordigers van zowel LNV als Waterstaat. De definitieve rapportage heeft geruime tijd op zich laten wachten, onder andere omdat lange tijd onduidelijk was welke parameters er in het kader van de rapportage over de habitatrichtlijn er voor de Europese Commissie nodig waren. Naast de Nederlandse gegevens worden in deze rapportage ook die van Denemarken, Zweden, Verenigd Koninkrijk en Duitsland gegeven
Indicatieve plantensoorten voor habitattypen : rapport in het kader van het WOT programma Informatievoorziening Natuur i.o. (WOT IN)
Aggenbach, C.J.S. ; Hunneman, H. ; Jalink, M.J. - \ 2008
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1707) - 37
habitats - indicatorplanten - vegetatie - ecotypen - grondwater - indicatorsoorten - habitatrichtlijn - abiotiek - ecohydrologie - indicator plants - vegetation - ecotypes - groundwater - indicator species - habitats directive - abiotic conditions - ecohydrology
In het kader van de Europese Habitatrichtlijn zijn de lidstaten verplicht om periodiek te rapporteren over de Staat van Instandhouding van Habitatgebieden. Een van de aspecten waarover gerapporteerd dient te worden is 'Structuur en Functie'. Dit aspect bestaat uit verschillende onderdelen, waarvan abiotische condities er één is. Abiotische condities kunnen direct gemeten worden, maar in sommige gevallen is het efficiënter die condities te schatten via indicatorsoorten. Dit rapport geeft een overzicht van de soorten die daarvoor gebruikt kunnen worden, en de condities die zij indiceren in relatie tot de per Habitattype gewenste condities. Deze analyse heeft plaatsgevonden voor een selectie van kritische (meest aan grondwater gebonden) Habitattypen, en bouwt voort op eerder door KIWA verrichte analyses op dit gebied.
Test voor het berekenen van de milieutekorten voor habitattypen in de provincie Gelderland
Wamelink, G.W.W. ; Adrichem, M.H.C. van; Dobben, H.F. van - \ 2008
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1836) - 80
habitats - milieufactoren - stikstof - fosfaat - grondwaterstand - meting - nederland - abiotiek - gelderland - environmental factors - nitrogen - phosphate - groundwater level - measurement - netherlands - abiotic conditions
Voor een set van abiotische randvoorwaarden kan op basis van metingen of vegetatieopnamen het ‘tekort’ aan milieukwaliteit berekend worden voor habitatgebieden in de provincie Gelderland. De berekeningsmethode was echter nog niet getest. In dit rapport wordt beschreven hoe het systeem op basis van abiotische randvoorwaarden is getest voor een selectie van habitatgebieden op de Veluwe. Op basis van de uitkomsten is een berekeningsmethode opgesteld waarbij de randvoorwaarden in groepen worden ingedeeld (pH, grondwater, totaalgehalten en overige nutriënten)
Structuur en functie van habitattypen : nadere definiëring en monitoring in het kader van de Habitatrichtlijn. Dl. 1: Uitgangspunten
Dobben, H.F. van; Janssen, J.A.M. ; Schmidt, A.M. - \ 2007
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1529) - 31
monitoring - habitats - structuur - nederland - natura 2000 - abiotiek - habitatfragmentatie - structure - netherlands - abiotic conditions - habitat fragmentation
De periodieke rapportage in het kader van de Europese Habitatrichtlijn dient naast informatie over de verspreiding en het oppervlak van de habitattypen ook informatie te bevatten over 'structuur & functie' en 'toekomstperspectief' van deze typen. Doel van de voorliggende studie is een nadere invulling te geven aan het begrip 'structuur & functie', zodanig dat duidelijk wordt welke informatie hierover in de rapportage moet worden opgenomen, en hoe de achterliggende gegevens kunnen worden ingewonnen. Aanbevolen wordt om 'structuur & functie' te beoordelen aan de hand van vegetatiestructuur, typische soorten, abiotische condities op de standplaats, en grootte van het habitat. Verder wordt aanbevolen wordt om regionale aspecten zoals depositie, hydrologie en versnippering niet onder structuur & functie mee te wegen, maar onder toekomstperspectief.
Classificatie van beken en kleine rivieren in Nederland
Koomen, A.J.M. - \ 2001
waterlopen - rivieren - morfologie - bodem - hydrologie van stroomgebieden - vegetatie - grondwater - classificatie - abiotiek - streams - rivers - morphology - soil - catchment hydrology - vegetation - groundwater - classification - abiotic conditions
De huidige kennis van de verscheidenheid in de abiotiek van Nederlandse beken en kleine rivieren is beperkt. Deze beperking is niet alleen op gebied van morfologie en de ontwikkelingen daarin, maar ook in samenhang met kennis van bodem, hydrologie, vegetatie en grondwater. In het project ‘Classificatie van beken en kleine rivieren in Nederland’ binnen programma 382 wordt onderzoek gedaan naar de specifieke kenmerken van (natuurlijke) beken en kleine rivieren
Check title to add to marked list

Show 20 50 100 records per page

Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.