Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Current refinement(s):

Records 1 - 5 / 5

  • help
  • print

    Print search results

  • export

    Export search results

  • alert
    We will mail you new results for this query: keywords==haplotypen
Check title to add to marked list
The hybrid nature of pig genomes : unraveling the mosaic haplotype structure in wild and commercial Sus scrofa populations
Bosse, M. - \ 2015
University. Promotor(en): Martien Groenen, co-promotor(en): Hendrik-Jan Megens; Ole Madsen. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462573000 - 253
dieren - varkens - dierveredeling - genomen - hybridisatie - sus scrofa - haplotypen - genomica - populaties - genetische variatie - animals - pigs - animal breeding - genomes - hybridization - haplotypes - genomics - populations - genetic variation - cum laude
cum laude graduation
Genomic selection in dairy cattle
Roos, A.P.W. de - \ 2011
University. Promotor(en): Johan van Arendonk, co-promotor(en): B.J. Hayes; Roel Veerkamp. - [S.l. : S.n. - ISBN 9789085858539 - 184
melkvee - selectief fokken - genetische verbetering - veredelingsprogramma's - fokwaarde - genetische merkers - haplotypen - voorspelling - dierveredeling - genexpressieanalyse - genotyping - dairy cattle - selective breeding - genetic improvement - breeding programmes - breeding value - genetic markers - haplotypes - prediction - animal breeding - genomics
The objectives of this Ph.D. thesis were (1) to optimise genomic selection in dairy cattle with respect to the accuracy of predicting total genetic merit and (2) to optimise a dairy cattle breeding program using genomic selection. The study was performed using a combination of real data sets and simulations. Real data sets consisted of dense marker genotypes of progeny tested bulls that had accurate phenotypes derived from their daughters’ performance records. Through cross-validation, the reliability of genomic predictions was assessed for Bayesian models that fitted either marker genotypes, ancestral haplotypes or genomic relationships. Haplotype-based methods gave the most reliable predictions and provided opportunities to limit computer requirements for analysing very large data sets. The reliability of genomic predictions across breeds was studied using simulated marker data. The data was simulated such that it showed the same the patterns of linkage disequilibrium (LD) as observed within and between Holstein, Angus, and Jersey cattle from the Netherlands, Australia, and New Zealand. It was concluded that the most reliable genomic predictions can be obtained when the reference populations of each breed are combined, whereas for diverged breeds at least 300,000 markers are required to ensure that the LD between markers and QTL persists across breeds. Using a simulated genomic selection scheme, it was shown that the annual rate of genetic gain in dairy cattle may double compared to current progeny test schemes, without compromising the rate of inbreeding. To achieve such a high rate of genetic gain, the generation interval needs to be reduced significantly, as young bulls will prove to be superior to progeny tested bulls. It is expected that in the near future many animals will be genotyped and very high marker densities will be inferred by imputation techniques. This may result in genomic predictions that are persistent across breeds and generations. Large scale genotyping of cows may enable genomic selection for novel traits and the integration of genomic information in herd management processes.
DNA en herkolonisatie van boomsoorten na de laatste ijstijd, een els voor de toekomst.
Buiteveld, J. - \ 2009
Boomzorg 2 (2009)5. - p. 64 - 65.
bomen - soorten - dna - plantenkolonisatie - haplotypen - klimaatverandering - oud en fossiel hout - trees - species - plant colonization - haplotypes - climatic change - old and fossil wood
Voor beheerders van openbaar groen is de wetenschappelijke onderbouwing van de tegenstelling tussen inheemse boom- en plantensoorten en exoten van een ondergeschikt belang. Boombeheerders kiezen doorgaans voor een pragmatische aanpak. Met het oog op het congres ‘Stilte voor de storm’ dat NDV organiseert leek het ons als vakblad zinnig een aantal sprekers door te zagen over hun inbreng. Op deze pagina’s een samenvatting van de lezing van Joukje Buiteveld. Zij is als populatiegeneticus werkzaam bij Alterra
DNA helpt om afstamming te bepalen. Hoe eigen zijn onze eiken?
Buiteveld, J. ; Vries, S.M.G. de - \ 2005
Boomblad 17 (2005)4. - ISSN 0924-0101 - p. 12 - 13.
quercus - genetische bronnen van plantensoorten - chloroplast dna - haplotypen - oorsprong - bossen - bosbedrijfsvoering - plant genetic resources - haplotypes - origin - forests - forest management
Onderzoekers van Alterra hebben de genetische samenstelling en verspreiding van zomer- en wintereiken onderzocht om meer te weten te komen over de oorspronkelijkheid van eikenpopulaties in Nederland. Terreinbeheerders kunnen zich er nu van verzekeren dat ze bij nieuwe aanplant autochtoon teeltmateriaal gebruiken. Hoofdlijnen uit Alterra rapport 1169
Chloroplast DNA haplotype samenstelling van eikenopstanden (categorie "van bekende origine") van de Rassenlijst van Bomen; een aanvullende methode voor identificatie van autochtoniteit
Buiteveld, J. ; Boerwinkel, M.C. ; Bovenschen, J. ; Kranenborg, K.G. ; Vries, S.M.G. de - \ 2005
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1169) - 40
quercus petraea - quercus - quercus robur - chloroplast dna - centra van herkomst - genetische bronnen - haplotypen - nederland - centres of origin - genetic resources - haplotypes - netherlands
Tegenwoordig kan autochtoon materiaal op de Rassenlijst van Bomen geplaatst worden in de categorie `van bekende origine¿ en heeft daardoor een `officiële¿ status. Identificatie van autochtone opstanden blijft echter nog een lastige zaak. Momenteel worden autochtone opstanden geïdentificeerd met de veldmethode van Maes (1993), waarbij zowel historische als veldcriteria worden gehanteerd. Voor zomer- en wintereik kan ook chloroplastDNA onderzoek naar postglaciale migratieroutes gebruikt worden om vast te stellen of een herkomst als autochtoon aangemerkt kan worden. In dit rapport is de chloroplast-haplotype samenstelling van eikenopstanden in de categorie `van bekende origine¿ van de Rassenlijst van Bomen beschreven, met als doel een uitspraak te doen over de fylogenetische oorsprong en het autochtone karakter van deze eikenopstanden. De studie heeft laten zien dat onderzoek naar de cpDNAvariatie een waardevolle aanvulling is op de criteria die gebruikt worden voor de evaluatie van autochtoniteit van eikenopstanden. Daarnaast laat het cpDNAonderzoek zien dat er duidelijke geografische verschillen en soortverschillen zijn voor de mate van autochtoniteit. Zo bevestigt cpDNAonderzoek zowel het vermoeden dat in het westen van Nederland minder autochtone opstanden bewaard zijn gebleven dan in het oostelijk deel van het land als dat zomereik meer verplaatst en aangeplant is dan wintereik.
Check title to add to marked list

Show 20 50 100 records per page

 
Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.