Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Current refinement(s):

Records 1 - 20 / 146

  • help
  • print

    Print search results

  • export

    Export search results

  • alert
    We will mail you new results for this query: keywords==ornamental crops
Check title to add to marked list
Geïntegreerde bestrijding van plagen in de sierteelt onder glas : een systeembenadering met preventieve biologische bestrijding als basis
Messelink, G.J. ; Leman, A. ; Ghasemzadeh Dizaji, Somaiyeh ; Bloemhard, C.M.J. ; Holstein, R. van; Vijverberg, Roland ; Muñoz-Cárdenos, Karen - \ 2016
Bleiswijk : WageningenUR Glastuinbouw (Rapport GTB 1420) - 98 p.
siergewassen - glastuinbouw - kasgewassen - rozen - chrysanten - alstroemeria - biologische bestrijding - organismen ingezet bij biologische bestrijding - geïntegreerde bestrijding - geïntegreerde plagenbestrijding - thrips - neoseiulus cucumeris - trialeurodes vaporariorum - aleyrodes - bemisia tabaci - amblyseius swirskii - euseius - iphiseius - roofmijten - orius - cryptolaemus montrouzieri - anagyrus pseudococci - planococcus citri - ornamental crops - greenhouse horticulture - greenhouse crops - roses - chrysanthemums - biological control - biological control agents - integrated control - integrated pest management - predatory mites
The control of greenhouse pests in ornamental crops is getting more difficult because of the decreasing number of available pesticides. Alternative methods of pest control, based on biopesticides and natural enemies is promising, but not yet robust and reliable enough. In this project we developed and evaluated several methods to enhance the biological control of western flower thrips, Echinothrips americanus, whiteflies and mealybugs. Most studies were focused on preventive control measures that promote the establishment and efficacy of natural enemies by using top layers, alternative food, artificial domatia and a banker plant system. Furthermore we studied the interaction between parasitoids and predatory beetles for curative control of mealybugs. Finally, a number of (bio)pesticides was evaluated for their potential use as a correction tool against western flower thrips.
Sierteelt in de biobased economy : Screening van siergewasextracten op werking voor de plantgezondheid en de farmacie : Ornamentals in the biobased economy
Poot, E.H. ; Staaij, M. van der; Hofland-Zijlstra, J.D. ; Vos, C.H. de; Korthout, H. ; Schulte, Annelies - \ 2016
Bleiswijk : Wageningen UR Glastuinbouw (Rapport GTB 1387) - 52 p.
plantensamenstelling - plantextracten - biopesticiden - obesitas - medicinale eigenschappen - screenen - pesticiden bevattende planten - gewasbescherming - biobased economy - siergewassen - sierteelt - plant composition - plant extracts - microbial pesticides - obesity - medicinal properties - screening - pesticidal plants - plant protection - ornamental crops - ornamental horticulture
The public-private funded project “Ornamentals in the Biobased Economy” was conducted by Royal FloraHolland, Kenniscentrum Plantenstoffen, Wageningen UR, Fytagoras and Prisna. In this project, bioactivity in plant extracts against the most important pests and diseases in greenhouse cultivation were tested. In bioassays, extracts with bioactivity against powdery mildew, botrytis, aphids, spider mite and thrips were found. With LCMS, metabolic profiles of the extracts were generated. Furthermore explorative experiments with plant extracts for crop resilience were conducted, and also plant extracts were tested in a bioassay for fat metabolism in obesitas
Sierteelt in de Biobased Economy : “de plant als producent van groene gewasbeschermingsmiddelen”
Poot, E.H. ; Vos, C.H. de; Smits, J. ; Maghnouji, Rachid ; Korthout, H. ; Staaij, M. van der - \ 2016
Wageningen : Wageningen UR Glastuinbouw - 1 p.
tuinbouw - gewasbescherming - siergewassen - plantenziekten - plantextracten - biobased economy - glastuinbouw - horticulture - plant protection - ornamental crops - plant diseases - plant extracts - greenhouse horticulture
Het consortium Royal FloraHolland, Kenniscentrum Plantenstoffen, Wageningen UR Glastuinbouw en PRI onderzoekt de mogelijkheid om “groene” gewasbeschermingsmiddelen te winnen uit sierteeltgewassen. Dit is van groot belang omdat het pakket aan chemische middelen voor de tuinbouw en in het bijzonder voor de sierteelt, onder druk staat. Poster van het PlantgezondheidEvent 2016.
Telersvereniging Paletti Growers kijkt over eigenbelang heen: 'Redeneren vanuit het winkelschap, in plaats vanuit product'
Splinter, Gerben - \ 2015
horticulture - greenhouse horticulture - ornamental crops - cut flowers - pot plants - bedding plants - logistics - farm management - associations - salesmanship - supermarkets - consumer satisfaction - entrepreneurship - marketing - germany - netherlands
Innovaties in gewasbescherming gebruiksklaar voor praktijk : in vier stappen naar een gezonde kas
Zijlstra, Carolien - \ 2015
horticulture - greenhouse horticulture - plant protection - vegetables - ornamental crops - engineering - detection - agricultural research - plant disease control - monitoring - endophytes - spraying
Stuurlicht beïnvloedt aanmaak inhoudsstoffen en plantenfysiologie : mogelijkheden door bewust gebruik van het lichtspectrum
Garcia Victoria, Nieves - \ 2015
horticulture - greenhouse horticulture - ornamental crops - chrysanthemum - phalaenopsis - polygonum - crop growth stage - plant physiology - illumination - red light - far red light - secondary metabolites - flower induction - cuttings

Licht is meer dan de grote motor achter de fotosynthese. Delen van het lichtspectrum, of juist meer of minder licht, beïnvloeden de ontwikkeling van planten: de kieming, bloei, celdeling en -strekking. Stuurlicht heeft ook invloed op de vorming van voor de mens nuttige inhoudsstoffen. Een nieuw terrein, waarbij nog veel te ontdekken valt.

Veredeling veel gemakkelijker als gewassen genetisch simpeler zijn : waardering voor diploïdie stijgt
Lindhout, P. ; Heuvelink, E. ; Kierkels, T. - \ 2015
Onder Glas 12 (2015)9. - p. 48 - 49.
tuinbouw - glastuinbouw - aardappelen - consumptieaardappelen - siergewassen - chromosomen - plantenveredeling - diploïdie - lesmaterialen - horticulture - greenhouse horticulture - potatoes - table potatoes - ornamental crops - chromosomes - plant breeding - diploidy - teaching materials
Verschillende tuinbouwgewassen zijn polyploïd: ze hebben meerdere sets chromosomen. Dat kan voordelen hebben, bijvoorbeeld een grotere sierwaarde, maar voor de veredeling is het bijzonder lastig. Het maakt het ondoenlijk om grote stappen vooruit te zetten, bijvoorbeeld op het gebied van opbrengst. Een pleidooi voor diploïde planten, met aardappel als voorbeeld.
Compostering reststromen van Vaste Planten- en Zomerbloementelers
Slootweg, G. - \ 2015
IDC Bollen & Vaste Planten - 11
siergewassen - tuinplanten - zomerbloemen - vasteplantenkwekerijen - bloementeelt - compostering - reststromen - economische samenwerking - bemesting - organische meststoffen - collectieve overeenkomsten - ornamental crops - bedding plants - summer flowers - perennial nurseries - floriculture - composting - residual streams - economic cooperation - fertilizer application - organic fertilizers - collective agreements
Elk teeltbedrijf van Vaste Planten en Zomerbloemen heeft een reststroom van plantaardig materiaal. Deze reststroom wordt nu meestal als afval afgevoerd. Hiermee verdwijnen kostbare nutriënten en organische stoffen van het bedrijf, die later in de vorm van compost en (kunst)mest weer moeten worden aangevoerd. In dit project is de mogelijkheid van het centraal composteren van gewasresten, met gesloten mestboekhouding, onderzocht. Een composteerbedrijf zamelt dan de gewasresten van verschillende bedrijven in. Deze worden bij elkaar gecomposteerd. Vervolgens wordt de ontstane compost naar evenredigheid over de bedrijven verdeeld. De conclusie van dit project is dat het centraal laten composteren van gewasresten door een groep telers niet met gesloten mestboekhouding mogelijk is. Daarnaast is de aparte compostering van de deze groep op de composteringsbedrijven (praktisch) niet mogelijk en kan de kwaliteit, door wisselende samenstelling van het afval niet worden gegarandeerd. Het beste alternatief is afvoer van gewasresten en aanvoer van kwalitatief goede (gecontroleerde) compost, eventueel in een collectief van telers.
Development of probabilistic models for quantitative pathway analysis of plant pests introduction for the EU territory
Douma, J.C. ; Robinet, C. ; Hemerik, L. ; Mourits, M.C.M. ; Roques, A. ; Werf, W. van der - \ 2015
European Food Safety Authority - 435
gewasbescherming - landen van de europese unie - plantgezondheid - siergewassen - stochastische modellen - bouwhout - vermeerderingsmateriaal - invasieve exoten - plantaardige producten - waarschijnlijkheid - risicoschatting - risicovermindering - plantenplagen - plant protection - european union countries - plant health - ornamental crops - stochastic models - building timbers - propagation materials - invasive alien species - plant products - probability - risk assessment - risk reduction - plant pests
The aim of this report is to provide EFSA with probabilistic models for quantitative pathway analysis of plant pest introduction for the EU territory through non-edible plant products or plants. We first provide a conceptualization of two types of pathway models. The individual based PM simulates an individual consignment (or a population of such consignment) by describing the stochastic change in the state of the individual consignment over time and space. The flow-based PM, simulates the flow of infested product over time and space, without distinguishing individual consignments. We show how these two conceptualisations are mathematically related, and present, as a show case, both models for cut flowers. Second, we developed PMs for five product groups: round wood, sawn wood, cut flowers, plants for planting and seeds. For each product group we have developed a case-study (combination of product, origin and pest) to illustrate the use of the pathway models: (1) oak wood from the USA and Ceratocystis fagacearum, (2) Coniferous sawn wood from China and Bursaphelenchus xylophilus, (3) Cut orchids from Thailand and Thrips palmi, (4) Pot orchids from Thailand and Thrips palmi, and (5) Tomato seeds and Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis from outside the European Union. An uncertainty analysis on the models shows that the pest species-specific parameters appear to be sensitive and uncertain. Third, a practical guidance is provided on i) how to develop a PM, ii) the application of PMs in @Risk (a plugin for MS Excel), and iii) application in R. Finally, future research topics are defined. Further work is needed on interpretation of results, linking quantitative outcomes of pathway modelling to pest risk scoring guidance, and evaluation of management options using pathway models.
Extracten van siergewassen krijgen mogelijk rol in gewasbescherming : initiatief Flora Holland tot verkenning biobased toepassingen
Staalduinen, J. van; Staaij, M. van der - \ 2015
Onder Glas 12 (2015)9. - p. 36 - 37.
tuinbouw - glastuinbouw - siergewassen - projecten - bedrijfseconomie - overschotten - plantenresten - landbouwkundig onderzoek - groenten - plantextracten - gewasbescherming - horticulture - greenhouse horticulture - ornamental crops - projects - business economics - surpluses - plant residues - agricultural research - vegetables - plant extracts - plant protection
Sinds enige jaren vindt er op kleine schaal onderzoek plaats naar manieren om gewasresten, doordraai en/of tuinbouwproducten van mindere kwaliteit toch tot waarde te kunnen brengen. Planten bevatten immers tal van hoogwaardige grondstoffen die nog nauwelijks worden ontgonnen en interessant kunnen zijn voor de industrie, de farmacie of de land- en tuinbouw zelf. Op initiatief van bloemenveiling Flora Holland neemt een consortium van onderzoeks- en kenniscentra nu op een breed spectrum siergewassen onder de loep.
Biologische bestrijding van de glimslak (zonitoides arboreus) in potorchidee : Effect van koper-ionen op de glimslakken
Staaij, M. van der; Visser, W. de - \ 2015
Bleiswijk : Wageningen UR Glastuinbouw (Rapport GTB 1367) - 42
gewasbescherming - zonitoides arboreus - slakkenbestrijding - siergewassen - orchideeën als sierplanten - koper - biologische bestrijding - huisjesslakken - glastuinbouw - plant protection - mollusc control - ornamental crops - ornamental orchids - copper - biological control - snails - greenhouse horticulture
Growers of orchids know how noxious this small species of snail (Zonitiodes arboreus) is. The snail is only approximately 0,5 cm in diameter. They spent most of their lives in growing media like bark and coco. They eat from the roots. This causes damage of the orchids. In the trails the snails were exposed to copper-ions, five dosages by means of direct contact, treated food and the treatment of Oncidium-plants, infected with the snails, with copper-ions during three months. The results showed that there was no visible effect on the snails. They behaved normally and were all alive. Weekly applications of copper-ions caused accumulation of copper in the leaves, the roots and the growing medium. Specially in the roots the levels were high. The different dosage caused no damage to the orchids. Only the growers saw some (very little) reduction in growth of the roots in comparison with the roots of the untreated plants.
Toplaag voor stimulatie bladroofmijten tegen trips in Alstroemeria
Bloemhard, C.M.J. ; Messelink, G.J. ; Garcia Victoria, N. - \ 2015
tuinbouw - glastuinbouw - gewasbescherming - frankliniella occidentalis - siergewassen - roofmijten - geïntegreerde bestrijding - vochtgehalte - alstroemeria - grondbehandeling - horticulture - greenhouse horticulture - plant protection - ornamental crops - predatory mites - integrated control - moisture content - soil treatment
Californische trips, Frankliniella occidentalis, is een groot probleem in de sierteelt onder glas. Het onderzoek met toplagen heeft laten zien dat het mogelijk is om tot een betere bestrijding van trips te komen door roofmijten in het gewas te ondersteunen met voedsel in de bodem. Met een mix van bark, zemelen en gist gestrooid over de grond of substraat kon de prooimijt Tyrophagus putrescentiae de bladroofmijt Neoseiulus cucumeris ondersteunen waardoor er een betere vestiging van N. cucumeris in het gewas was.
Augustaziek bij tulp : Eindrapportage ‘Inzicht in de symptoomontwikkeling van Augustaziek tijdens de bolproductie en broeierij'
Verbeek, M. ; Stijger, C.C.M.M. ; Dam, M.F.N. van; Lans, A.M. van der; Lemmers, M.E.C. ; Haaster, A.J.M. van - \ 2014
Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving BBF - 29
tulpen - plantenvirussen - necrovirus - olpidium brassicae - schade - ziekteoverdracht - bodemschimmels - siergewassen - bloembollen - cultuurmethoden - landbouwkundig onderzoek - tulips - plant viruses - damage - disease transmission - soil fungi - ornamental crops - ornamental bulbs - cultural methods - agricultural research
Augustaziek bij tulp wordt veroorzaakt door het Olive mild mosaic virus (OMMV), een virus dat behoort tot het geslacht Necrovirus (waar ook het tabaksnecrosevirus (TNV) toe behoort). Dit virus kan plantenwortels infecteren vanuit de grond, een proces dat vele malen efficiënter wordt wanneer de virusdeeltjes via zwermsporen van de wortels-infecterende bodemschimmel Olpidium brassicae worden overgebracht. Schimmel en virus komen pleksgewijs in verschillende grondsoorten voor en leven op allerlei gewassen en onkruiden. Augusta komt in bepaalde jaren meer voor dan in andere jaren. Er wordt soms over een cyclus van ongeveer 12 jaar gesproken waarin zogenaamde Augusta-jaren voorkomen. Het onderzoek waarin in dit verslag wordt gerapporteerd had als uitgangspunt drie vragen: • Wanneer Augustaziek uitdooft in een partij, is het virus dan echt afwezig, of heeft men met een latente (niet zichtbare) infectie te maken? Genezen van virus is nl. geen gangbaar verschijnsel in de plantenwereld. • Hoe groot is het risico op zichtbare schade in de broei van een partij die op het veld zichtbare Augusta-schade vertoonde? Kan de schade in de broei voorspeld worden? • Zijn er factoren/indicatoren die een ‘Augusta-jaar’ aankondigen? Om een idee te krijgen over de mogelijke antwoorden op deze vragen is als eerste een enquête gehouden onder tulpentelers (bollenteelt en afbroei). Aan de hand van die enquête is gekeken naar o.a. teeltomstandigheden, perceel, voorvrucht etc. Ook is aan deze telers gevraagd of zij materiaal beschikbaar wilden stellen van partijen waarin zij eerder Augusta-schade hadden waargenomen. Deze partijen zijn opgeplant in de kas onder afbroei-omstandigheden en op het veld onder bollenteelt-omstandigheden. Tijdens deze teelten werd de symptoomontwikkeling gevolgd en werden virustoetsen uitgevoerd om de infectie met OMMV te monitoren. Bij enkele planten met symptomen is met behulp van Next Generation Sequencing gekeken of ook daadwerkelijk OMMV betrokken was bij het ziektebeeld. Hieruit bleek dat er in enkele planten andere virussen dan OMMV voorkwamen die symptomen veroorzaakten die waarschijnlijk in de praktijk moeilijk van Augusta kunnen worden onderscheiden. Voorbeelden van deze virussen zijn het tulpenvirus X, Arabis mozaïekvirus, dravikmozaïekvirus, tabaksratelvirus en het vroege-verbruiningsvirus van erwt. Hoewel op bovenstaande vragen nog geen duidelijke antwoorden te geven zijn, is wel een stapje in de goede richting gezet. Uit dit onderzoek zijn de volgende inzichten verkregen: • Symptomen in tulp die in de praktijk Augustaziek worden genoemd worden over het algemeen veroorzaakt door infectie met OMMV, maar ook andere virussen kunnen op Augusta lijkende schadebeelden geven. • OMMV lijkt in de afbroei ook symptoomloos te kunnen voorkomen, maar dat zal afhankelijk zijn van cultivar en teeltomstandigheden (over het algemeen wordt aangenomen dat bij hogere temperaturen minder schade wordt waargenomen). • Een aantal partijen die als Augustapartijen waren aangemerkt bleken vrij te zijn van OMMV in de virustoets in het leverbaar materiaal en in de boltoetsen na kasteelt en veldteelt. Tijdens deze teelten werd geen schade waargenomen in deze partijen. Of dit ook daadwerkelijk betekent dat uitdoving heeft plaatsgevonden is niet te concluderen omdat ten tijde van de waarneming van de symptomen de zieke planten niet op virusinfecties zijn getoetst.
Recirculatie amaryllis : behoud plantgezondheid en voorkomen groeiremming
Kromwijk, J.A.M. ; Overkleeft, J. ; Woets, F. ; Barendse, J. - \ 2014
glastuinbouw - siergewassen - amaryllis - snijbloemen - duurzaamheid (sustainability) - gewassen, groeifasen - kwaliteit na de oogst - recirculatiesystemen - substraten - perliet - teeltsystemen - greenhouse horticulture - ornamental crops - cut flowers - sustainability - crop growth stage - postharvest quality - recirculating systems - substrates - perlite - cropping systems
Begin maart 2013 zijn amaryllisbollen geplant en vanaf mei 2013 zijn drie behandelingen gestart: Hergebruik drainwater na UV-ontsmetting. Hergebruik drainwater na geavanceerde oxidatie (=waterstofperoxide én UV-ontsmetting) om groeiremmende stoffen af te breken en een Controlehandeling zonder recirculatie. Bij twee substraten, kleikorrels en perliet, en bij twee cultivars, Red Lion en Mont Blanc.
Ontwikkeling teeltsystemen los van de grond Chrysant en Lisianthus
Kromwijk, Arca - \ 2014
greenhouse horticulture - cut flowers - eustoma grandiflorum - substrates - cropping systems - ornamental crops - recirculating systems
Recirculatie potorchidee 9. Nieuwe voedingsschema Phalaenopsis - 1
Blok, C. ; Kromwijk, J.A.M. - \ 2014
siergewassen - orchideeën als sierplanten - phalaenopsis - glastuinbouw - teeltsystemen - recirculatiesystemen - bemesting - plantenvoeding - vloeibare kunstmeststoffen - ornamental crops - ornamental orchids - greenhouse horticulture - cropping systems - recirculating systems - fertilizer application - plant nutrition - liquid fertilizers
Het bemestingsadvies voor Phalaenopsis in de bemestingadviesbasis dateert van 1999. Het sortiment en de teeltomstandigheden in de praktijk zijn sindsdien flink gewijzigd. Met behulp van plantanalyses van veilingrijpe planten uit de praktijk in 2014 is een nieuw voedingsschema opgesteld voor teelt bij vrije drainage en voor teelt met recirculatie.
Aaltjesdoding in tulp en narcis : partijenproef stengelaaltjes zomer 2012
Dam, M.F.N. van; Doorn, J. van; Haaster, A.J.M. van; Vreeburg, P.J.M. ; Korsuize, C.A. ; Boer, F.A. de; Dees, R.H.L. - \ 2014
bloembollen - vermeerderingsmateriaal - gewasbescherming - aaltjesdodende eigenschappen - hittebestendigheid - warmtebehandeling - narcissus - tulpen - siergewassen - ornamental bulbs - propagation materials - plant protection - nematicidal properties - heat stability - heat treatment - tulips - ornamental crops
Worden aaltjes 100% in de tulpen en narcissen gedood? Is er sprake van temperatuurgewenning van de aaltjes en heeft de voorwarmte daar invloed op?
Kwaliteit leveren! : haal bollen met een afwijking eruit : Odrzuccaj chore i porazone cebulki
Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, - \ 2014
siergewassen - bloembollen - lelies - vermeerderingsmateriaal - kwaliteitscontroles - gewasbescherming - sorteren - beschadigingen - ornamental crops - ornamental bulbs - lilies - propagation materials - quality controls - plant protection - sorting - injuries
Afbeeldingen van aangetaste bollen van lelies die bij het sorteren verwijderd moeten worden.
Soil biodiversity and disease suppression in relation to organic matter management
Os, G.J. van; Bloem, J. ; Reuler, H. van; Bent, J. van der; Berg, W. van den - \ 2014
bloembollen - siergewassen - zandgronden - organische stof - gewasbescherming - duurzaam bodemgebruik - bemesting - ziektebestrijdende teeltmaatregelen - organische meststoffen - ornamental bulbs - ornamental crops - sandy soils - organic matter - plant protection - sustainable land use - fertilizer application - cultural control - organic fertilizers
In the Netherlands, flowerbulbs are grown on sandy soil with low soil organic matter content and fast SOM degradation. This soil is very conducive to soil borne diseases. Addition of organic matter may stimulate the soil microflora and enhance disease suppression
Towards marker assisted breeding in garden roses: from marker development to QTL detection
Vukosavljev, M. - \ 2014
Wageningen University. Promotor(en): Richard Visser; Rene Smulders, co-promotor(en): Paul Arens. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462571341 - 245
rosa - rozen - siergewassen - tuinen - marker assisted breeding - loci voor kwantitatief kenmerk - genetische merkers - roses - ornamental crops - gardens - quantitative trait loci - genetic markers

Over the last few decades the rose market in Eastern Europe showed a steady growth, which indicates that there is increasing demand for new cultivars that are adapted to the climate as well as to the customs and beauty criterion of that region. One of the possibilities to speed up breeding is to implement marker assisted selection (MAS). Implementation of MAS requires a specific infrastructure (molecular markers, knowledge on genetics of important traits, genetic maps) which is not yet available for tetraploid roses. In this thesis I developed some of the prerequisites for MAS in roses and discuss when and how MAS could have a positive effect on accelerating breeding and/or reducing the costs of the breeding process.

The first step in understanding the structure of the genepool of garden roses was to evaluate the relatedness among available cultivars. For the first time genetic diversity among modern garden rose cultivars was evaluated (Chapter 2) using a set of 24 microsatellite markers covering most chromosomes. A total of 518 different alleles were obtained in a set of 138 rose cultivars. Genetic differentiation among types of garden roses (Fst=0.022) was four times that found among cut roses, and similar in magnitude to the differentiation among breeders, due to the fact that horticultural groups and breeders overlap largely in classification. In terms of genetic diversity cut roses can be considered as a subgroup of the garden roses. Winter hardy Canadian garden rose cultivars (Explorer roses) showed the least similarities to European roses, and introgression from wild species for winter hardiness was clearly visible. Roses of two breeding programmes (Harkness and Olesen) shared a similar genepool. Comparison of the differentiation among linkage groups indicated that linkage group 5 is potentially a region containing important QTLs for winter hardiness. Linkage group 6 contains the largest amount of genetic diversity, while linkage group 2 is the most differentiated among types of garden roses.

Garden roses, as well as many other important crops (wheat, potato, strawberry, etc.) are polyploid. Genetic analyses of polyploids is complex as the same locus is present on multiple homologous chromosomes. SSR markers are suitable for mapping in segregating populations of polyploids as they are multi-allelic, making it possible to detect different alleles of the same locus on all homologous chromosomes. If a SSR marker gives fewer alleles than the ploidy level, quantification of allele dosages increases the information content. In Chapter 3 I showed the power of this approach. Alleles were scored quantitatively using the area under the peaks in ABI electropherograms, and allele dosages were inferred based on the ratios between the peak areas for two alleles in reference cases in which these two alleles occurred together. We resolved the full progeny genotypes, generated more data and mapped markers more accurately, including markers with “null” alleles.

Even though SSR markers are one of the most appropriate marker systems for genetic studies in polyploids still few hurdles complicate (reduce) their implementation. The first major hurdle in developing microsatellite markers, the cloning step, has been overcome by next generation sequencing techniques. The second hurdle is the testing step to differentiate polymorphic from non-polymorphic loci. The third hurdle, somewhat hidden, is that only those polymorphic markers that detect a large effective number of alleles in the germplasm to be studied, are sufficiently informative to be deployed in multiple studies. Both selection steps are laborious and still done manually. In Chapter 4 I present a strategy in which we first screen sequence reads from multiple genotypes for repeats that show the most variation in length, and only these are subsequently developed into markers. We validated our strategy in tetraploid garden rose using Illumina paired-end transcriptome sequences of 11 roses. Out of 48 tested two markers did not amplify but all others were polymorphic. Ten loci amplified more than one locus, indicating duplicated genes or gene families. Completely avoiding this will be difficult, as the range of numbers of predicted alleles of highly polymorphic single- and multi-locus markers largely overlapped. Of the remainder, half were duplicates, indicating the difficulty of correctly filtering short sequence reads containing repeat sequences. The remaining 18 markers were all highly polymorphic, amplifying between 6 and 20 alleles in the 11 tetraploid garden roses. This strategy therefore represents a major step forward in the development of highly polymorphic microsatellite markers.

Despite that garden roses are economically very important ornamentals, breeding is still mostly conventional, mainly due to tetraploidy and the lack of genetic maps and knowledge about the genetic base of important traits. Furthermore, crosses with unintended parents occur regularly and detection of these is not always straightforward, especially when genetically related varieties are used. Moreover, in polyploids detection of off-type offspring often relies on detecting differences in allele dosage rather than the presence of new alleles. In Chapter 5 I applied the WagRhSNP Axiom rose SNP array to generate 10,000s of SNPs for parentage analysis and to generate a dense genetic map in tetraploid rose. I described a method to separate progeny into putative populations which share parents, even if one of the parents is unknown, using PCO analysis and sets of markers for which allele dosages are incompatible. Subsequently, dense SNP maps were generated for a biparental and a self-pollinated mapping population with one parent in common. I confirmed a tetrasomic mode of inheritance for these crosses and created a starting point for implementation of marker-assisted breeding in garden roses by QTL analysis for important morphological traits (recurrent blooming and prickle shape).

Winter hardiness is a complex trait and one of the most important limiting factors for garden rose growth and distribution in areas characterized by a continental climate. In Chapter 6 research was undertaken to determine the genetic regions underlying winter hardiness of garden roses, and to generate markers linked to them. For this purpose we exposed two segregating populations, RNDxRND and RNDxHP, to temperatures below -15C in a cold chamber and in the field in Serbia. The frost damage in the hardened plants was estimated directly at the phenotypic level (proportion of dieback) and at the non-visible physiological level indirectly (through the potential for meristem production in spring; regrowth). For winter hardiness we detected two tentative QTLs in the RNDxRND population and two tentative QTLs in the RNDxHP population, of which one was the same in both populations. The ability of plants to regrow in spring was associated to genomic regions on three linkage groups of the RNDxRND population, and on two different linkage groups in the RNDxHP population. A comparison of the ability for regrowth and level of damage caused by low temperature revealed that these two traits are inherited independently and that the final cold tolerance depends on the plant’s ability to withstand low temperature and to regrow fast in spring.

In résumé, this thesis resulted in the development of basic tools (a fast strategy for polymorphic SSR marker development), basic methods/concepts for genetic analyses in polyploids (quantification of SSR allele dosage, distinguishing outliers from population in polyploid crops, dense SNP map generation and QTL study in tetraploids), and knowledge on genetics of important traits in rose (relatedness among modern garden roses (genetic diversity approach), mode of inheritance, occurrence of selfing, QTLs for morphological traits (recurrent blooming and prickle shape) and dissection of winter hardiness (level of damage caused by low temperature and regrowth)). Additionally, potential use of markers in every phase of rose breeding was discussed (Chapter 7). All these aspects contribute to a solid basis for marker assisted breeding in (garden) rose.

Check title to add to marked list
<< previous | next >>

Show 20 50 100 records per page

 
Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.