Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Records 1 - 18 / 18

  • help
  • print

    Print search results

  • export

    Export search results

  • alert
    We will mail you new results for this query: q=Bodt
Check title to add to marked list
The KnownLeaf literature curation system captures knowledge about Arabidopsis leaf growth and development and facilitates integrated data mining
Szakonyi, D. ; Landeghem, S. van; Baerenfaller, K. ; Baeyens, L. ; Blomme, J. ; Casanova-Saéz, R. ; Bodt, S. De; Esteve-Bruna, D. ; Fiorani, F. ; Gonzalez, N. ; Grønlund, J. ; Immink, R.G.H. ; Jover-Gil, S. ; Kuwabara, A. ; Muñoz-Nortes, T. ; Dijk, A.D.J. van; Wilson-Sánchez, D. ; Buchanan-Wollaston, V. ; Angenent, G.C. ; Peer, Y. Van de; Inzé, D. ; Micol, J.L. ; Gruissem, W. ; Walsh, S. ; Hilson, P. - \ 2015
Current Plant Biology 2 (2015). - ISSN 2214-6628 - p. 1 - 11.
The information that connects genotypes and phenotypes is essentially embedded in research articles written in natural language. To facilitate access to this knowledge, we constructed a framework for the curation of the scientific literature studying the molecular mechanisms that control leaf growth and development in Arabidopsis thaliana (Arabidopsis). Standard structured statements, called relations, were designed to capture diverse data types, including phenotypes and gene expression linked to genotype description, growth conditions, genetic and molecular interactions, and details about molecular entities. Relations were then annotated from the literature, defining the relevant terms according to standard biomedical ontologies. This curation process was supported by a dedicated graphical user interface, called Leaf Knowtator. A total of 283 primary research articles were curated by a community of annotators, yielding 9947 relations monitored for consistency and over 12,500 references to Arabidopsis genes. This information was converted into a relational database (KnownLeaf) and merged with other public Arabidopsis resources relative to transcriptional networks, protein–protein interaction, gene co-expression, and additional molecular annotations. Within KnownLeaf, leaf phenotype data can be searched together with molecular data originating either from this curation initiative or from external public resources. Finally, we built a network (LeafNet) with a portion of the KnownLeaf database content to graphically represent the leaf phenotype relations in a molecular context, offering an intuitive starting point for knowledge mining. Literature curation efforts such as ours provide high quality structured information accessible to computational analysis, and thereby to a wide range of applications. DATA: The presented work was performed in the framework of the AGRON-OMICS project (Arabidopsis GRO wth Network integrating OMICS technologies) supported by European Commission 6th Framework Programme project (Grant number LSHG-CT-2006-037704). This is a data integration and data sharing portal collecting all the all the major results from the consortium. All data presented in our paper is available here. https://agronomics.ethz.ch/.
Transcriptional coordination between leaf cell differentiation and chloroplast development established by TCP20 and theand chloroplast development established by TCP20 and theand chloroplast development established by TCP20 and the subgroup Ib bHLH transcription factors
Andriankaja, M.E. ; Danisman, S.D. ; Mignolet-Spruyt, L.F. ; Claeys, H. ; Kochanke, I. ; Vermeersch, M. ; Milde, L. De; Bodt, S. De; Storme, V. ; Skirycz, A. ; Maurer, F. ; Bauer, P. ; Mühlenbock, P. ; Breusegem, F. Van; Angenent, G.C. ; Immink, R.G.H. ; Inzé, D. - \ 2014
Plant Molecular Biology 85 (2014)3. - ISSN 0167-4412 - p. 233 - 245.
iron-deficiency responses - arabidopsis-thaliana - plant-growth - gene-expression - chromatin immunoprecipitation - metal transporter - oxidative stress - circadian clock - pale cress - in-vivo
The establishment of the photosynthetic apparatus during chloroplast development creates a high demand for iron as a redox metal. However, iron in too high quantities becomes toxic to the plant, thus plants have evolved a complex network of iron uptake and regulation mechanisms. Here, we examined whether four of the subgroup Ib basic helix-loop-helix transcription factors (bHLH38, bHLH39, bHLH100, bHLH101), previously implicated in iron homeostasis in roots, also play a role in regulating iron metabolism in developing leaves. These transcription factor genes were strongly up-regulated during the transition from cell proliferation to expansion, and thus sink-source transition, in young developing leaves of Arabidopsis thaliana. The four subgroup Ib bHLH genes also showed reduced expression levels in developing leaves of plants treated with norflurazon, indicating their expression was tightly linked to the onset of photosynthetic activity in young leaves. In addition, we provide evidence for a mechanism whereby the transcriptional regulators SAC51 and TCP20 antagonistically regulate the expression of these four subgroup Ib bHLH genes. A loss-offunction mutant analysis also revealed that single mutants of bHLH38, bHLH39, bHLH100, and bHLH101 developed smaller rosettes than wild-type plants in soil. When grown in agar plates with reduced iron concentration, triple bhlh39 bhlh100 bhlh101 mutant plants were smaller than wildtype plants. However, measurements of the iron content in single and multiple subgroup Ib bHLH genes, as well as transcript profiling of iron response genes during early leaf development, do not support a role for bHLH38, bHLH39, bHLH100, and bHLH101 in iron homeostasis during early leaf development.
Influence of clay content and acidity of soil on development of the earthworm Lumbricus rubellus and its population level consequences
Klok, C. ; Faber, J.H. ; Heijmans, G.J.S.M. ; Bodt, J.M. ; Hout, A. van der - \ 2007
Biology and Fertility of Soils 43 (2007)5. - ISSN 0178-2762 - p. 549 - 556.
growth - reproduction - abundance - field
In this paper we report on the influence of clay content and acidity of soil on growth and reproduction of the epigeic earthworm species Lumbricus rubellus (Hoffm.), which is common in most temperate soils and abundant in grasslands. Growth, cocoon production and survival of L. rubellus were tested in 12 Dutch soils which differed in soil properties. A matrix model was used to assess the population-level consequences of changes in growth and reproduction. Soil acidity had a strong negative effect on earthworm survival, and the maturation weight decreased with clay content. Individual weight gain in L. rubellus decreased with both acidity and clay content. The acidity of soils had a larger influence on population growth rate than the clay content. The acidity of the soil also changed the population composition towards younger age classes, whereas in soils rich in clay, the population composition did not change. The average individual weight of L. rubellus in clayey soils, however, was lower compared with that in soils low in clay, a result that agrees with literature data.
Population growth and development of the earthworm Lumbricus rubellus in a polluted field soil: possible consequences for the godwit (Limosa limosa)
Klok, C. ; Hout, A. van der; Bodt, J.M. - \ 2006
Environmental Toxicology and Chemistry 25 (2006)1. - ISSN 0730-7268 - p. 213 - 219.
heavy-metal pollution - eisenia-foetida - netherlands - toxicity - reproduction - oligochaeta - responses - quality - copper - rates
Many soils are polluted with Mixtures of moderate levels of contaminants. In The Netherlands 175,000 sites in rural areas are classified as highly polluted. However, it remains unclear to what extent local ecosystems are endangered. In this paper, we report on the effect of contaminants on earthworms in a meadow system. We tested a polluted and a reference field soil with similar soil characteristics and agricultural use. In the polluted soil copper, mercury, and lead were elevated by more than 200% compared with the reference soil. Bioassays on growth and reproduction in the earthworm species Lumbricus rubellus were executed in both soils, and a population model was used to assess the population-level consequences of changes in growth and reproduction. No significant effects were seen on reproduction and Survival in L. rubellus, but development was retarded in the polluted soil. This resulted in a 23% lower growth rate and a change in demography toward younger individuals. Field data on population composition of earthworms were used to support the laboratory results, and the relevance of the results for the godwit (Limosa limosa), which mainly feeds on earthworms during the breeding season, is discussed.
Population growth and development of Lumbricus rubellus in a polluted field soil, consequences for the godwit (Limosa limosa)
Klok, C. ; Hout, A. van der; Bodt, J.M. - \ 2005
In: Netherlands scientific symposium soil & water. - Gouda : TRIAS/SSEO - p. 13 - 13.
Verificatieonderzoek ecologie Krimpenerwaard fase 2 en fase 3; onderzoek aan deklagen op slootdempingen; opschaling naar de Krimpenerwaard
Brink, N.W. van den; Pol, J.J.C. van der; Bodt, J.M. ; Lee-de Groot, M.B.E. ; Klok, T.C. ; Jansen, P.A. ; Doelman, P. ; Faber, J.H. - \ 2004
In: Verificatieonderzoek ecologie Krimpenerwaard; verificatie van de risico's van bodemverontreiniging in de Krimpenerwaard / Faber, J.H., van der Pol, J.J.C., van den Brink, N.W., Gouda : SKB (SKB-rapport SV-027) - p. Bijlage D - Bijlage D.
Species diversity and population dynamics of earthworms in a contaminated floodplain
Ma, W.C. ; Vliet, P.C.J. van; Bodt, J.M. - \ 2004
In: Environmental science solutions: a pan-European perspective. - Brussels (Belgium) : SETAC - p. 8 - 8.
Verificatieonderzoek ecologie Krimpenerwaard fase 2 en fase 3; onderzoek aan deklagen op slootdempingen; opschaling naar de Krimpenerwaard; bijlage 4 bij eindrapport Verificatieonderzoek ecologie Krimpenerwaard (Alterra-rapport 1016)
Brink, N.W. van den; Pol, J.J.C. van der; Bodt, J.M. ; Lee-de Groot, M.B.E. ; Klok, T.C. ; Jansen, P.A. ; Doelman, P. ; Faber, J.H. - \ 2004
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1020) - 134
bodemverontreiniging - verontreinigingsbeheersing - sloten - toxicologie - zuid-holland - krimpenerwaard - soil pollution - pollution control - ditches - toxicology
De vele met afval gedempte sloten in de Krimpenerwaard vormen een geval van ernstige bodemverontreiniging. In het gebiedsgericht bodembeheerplan wordt voorgesteld de milieurisico¿s te ondervangen door afdekken met 30cm schone grond. De noodzaak en toereikendheid van deze voorgenomen standaardmaatregel worden geverifieerd met betrekking tot landbouwkundige risico¿s, verspreidingsrisico¿s en ecologische risico¿s. Ecologische risico¿s werden bepaald op basis van aanwezigheid en beschikbaarheid van contaminanten in het dempingsmateriaal, herverontreiniging van de deklaag door bioturbatie en opname door planten, en effecten op bodemleven en weidevogels. Beoordeling van effecten vond plaats ten opzichte van een gebiedseigen referentie aan de hand van tevoren vastgestelde criteria. Dit rapport beschrijft het onderzoek aan locaties met een in het verleden reeds aangebrachte deklaag, en een opschaling van nadelige effecten naar gebiedsniveau.
Multistress van verontreiniging en hydrodynamiek op populaties van Oligochaeta in de uiterwaarden; een onderzoek in de Afferdensche en Deestsche Waarden
Ma, W.C. ; Vliet, P.W. van; Bodt, J.M. - \ 2004
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 877) - 107
oligochaeta - annelida - verontreiniging - stress - hydrodynamica - populatie-ecologie - biodiversiteit - bodem - nederland - gelderland - land van maas en waal - uiterwaarden - pollution - hydrodynamics - population ecology - biodiversity - soil - netherlands - river forelands
Dit rapport beschrijft een onderzoek naar de populatie-ecologie van regenwormen (Oligochaeta, Lumbricidae) in de Afferdensche en Deestsche Waarden (ADW), een uiterwaarde van de rivier de Waal. Ondanks het feit dat de bodem in dit gebied is verontreinigd en elk jaar overstromingen plaatsvinden komen regenwormen er in een grote soortsdiversiteit en in grote aantalsdichtheden voor. Afhankelijk van de bodemgesteldheid omvat de totale gemiddelde populatie een biomassa van 1500 kg per hectare. De uiterwaarden vormen hiermee een belangrijk voedselzoekgebied voor vermivore (wormenetende) faunasoorten en dragen als zodanig bij aan de totale biodiversiteit van de natuur in Nederland. Om de ecologische betekenis van multipele stress in beeld te brengen is onderzoek verricht naar de invloed van potentieel sturende omgevingsfactoren, waaronder hoogteligging, textuur en verontreiniging van de bodem, nutriëntengehalten en bodemvocht. Uit (multivariate) statistische analyse bleek dat de hydrodynamiek van het gebied en het bodemvochtgehalte belangrijke sturende variabelen vormden voor de soortsdiversiteit en populatiedichtheden, terwijl de aanwezige metaalverontreiniging in dit opzicht van mindere betekenis was. Vanuit het oogpunt van praktische toepasbaarheid leveren de resultaten belangrijke aanknopingspunten op voor het bodem- en natuurbeheer van de uiterwaarden in Nederland.
Biologische reiniging van baggerspecie op de landfarm Kreekraksluizen; monitoring 2001
Harmsen, J. ; Toorn, A. van den; Dijk-Hooyer, O.M. van; Zweers, A.J. ; Bouwman, L.A. ; Ma, W.C. ; Bodt, J.M. - \ 2002
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 525) - 59
bagger - slib - bioremediëring - zware metalen - sludge farming - baggerspecie - bodemsanering - bodemverontreiniging - milieu - dredgings - sludges - bioremediation - heavy metals - landfarming
De monitoring betreft de afbraak van PAK, minerale olie; en het gedrag van zware metalen. De species zijn afkomstig van de Geulhaven (Rotterdam), de havens van Wemeldinge en Zierikzee, de Petroleumhaven (Amsterdam)
Het voorkomen van de regenworm Allolobophora cupulifera in Nederland (oligochaeta: lumbricidae)
Ma, W.C. ; Bodt, J.M. de - \ 2002
Nederlandse Faunistische Mededelingen 16 (2002). - ISSN 0169-2453 - p. 57 - 62.
oligochaeta - aardwormen - zoögeografie - land van maas en waal - alblasserwaard - uiterwaarden - bodemecologie - bodemfauna - regenworm - Gelderland - Zuid-Holland - earthworms - zoogeography - river forelands
In dit artikel worden de eerste twee Nederlandse vindplaatsen van de zeldzame regenworm A. cupulifera beschreven. Deze vochtminnende regenworm werd gevonden in het veenweidegebied van de polder Kortenbroek in de Alblasserwaard en in de uiterwaardengebied Afferdensche en Deestsche Waarden
Ongewervelde fauna van ontkleide uiterwaarden : monitoringsverslag 2000
Faber, J.H. ; Burgers, J. ; Aukema, B. ; Bodt, J.M. ; Kats, R.J.M. van; Lammertsma, D.R. ; Noordam, A.P. - \ 2001
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 287) - 58
natuurbescherming - ongewervelde dieren - wetlands - fauna - klei - monitoring - nederland - natuurtechniek - uiterwaarden - nature conservation - invertebrates - clay - netherlands - ecological engineering - river forelands
Na herinrichting van enkele uiterwaarden langs de Waal werden natuurwaarden en ecologische ontwikkeling in beeld gebracht door monitoring van ongewervelde dieren. Het onderzoek was gericht op het vaststellen van ontwikkelingen in de soortenrijkdom na ontkleiing. Ook werd het belang van evertebraten voor foeragerende vogels en zoogdieren bestudeerd. In de eerste jaren na ontkleiing werden nieuwe biotopen ingenomen door een groeiend aantal soorten. De fauna van vochtige, open oevers en droge, zandige plaatsen kende veel pionierssoorten, waaronder diverse met hoge natuurwaarde. Vooral onder spinnen, kevers en wespen werden zeldzame en bedreigde soorten aangetroffen. Zonder gericht beheer nemen de pioniermilieus in betekenis af na de vier eerste jaren. Al-dan-niet reliëfvolgend ontkleien heeft in deze beginperiode niet tot differentiatie geleid.
Ecologische risico's van bodemverontreinigingen in toemaakdek in de gemeente De Ronde Venen
Bosveld, A.T.C. ; Klok, T.C. ; Bodt, J.M. ; Rutgers, M. - \ 2000
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 151) - 92
sorex araneus - limosa limosa - lumbricus - vuilnis - bodemverontreiniging - zware metalen - lood - polycyclische koolwaterstoffen - aromatische koolwaterstoffen - bodemfauna - milieueffect - aardwormen - vogels - zoogdieren - nederland - ecotoxicologie - bioaccumulatie - utrecht - veenweiden - refuse - soil pollution - heavy metals - lead - polycyclic hydrocarbons - aromatic hydrocarbons - soil fauna - environmental impact - earthworms - birds - mammals - netherlands - ecotoxicology - bioaccumulation - peat grasslands
De gemeente De Ronde Venen ligt in het gebied de Venen in het Groene Hart. De veengronden in dit gebied zijn vanaf de achttiende eeuw regelmatig opgehoogd met stadsafval om hun draagkracht en vruchtbaarheid te verbeteren. De opgebrachte laag wordt toemaakdek genoemd. In dit toemaakdek komen hoge concentraties zware metalen en PAK voor. Om de ecologische risico's van deze verontreinigingen in kaart te brengen is onderzoek gedaan naar de concentraties van de afzonderlijke verontreinigingen en de effecten die deze verontreinigingen hebben op bodemorganismen en daarvan voor hun voedsel afhankelijke vogels en zoogdieren.
Ongewervelde fauna van ontkleide uiterwaarden; monitoringsverslag 1999
Faber, J.H. ; Burgers, J. ; Aukema, B. ; Bodt, J.M. ; Kats, R.J.M. van; Lammertsma, D.R. ; Noordam, A.P. - \ 2000
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 39) - 69
uiterwaarden - klei - afgegraven land - fauna - habitats - inventarisaties - land van maas en waal - river forelands - clay - mined land - inventories
Na herinrichting van enkele uiterwaarden langs de Waal werden natuurwaarden en ecologische ontwikkeling in beeld gebracht door monitoring van ongewervelde dieren. Het onderzoek was gericht op het vaststellen van ontwikkelingen in de soortenrijkdom na ontkleiing. Het gebied van de Afferdensche en Desstsche Waarden zijn daartoie bekeken, evenals de Stiftsche UITERWAARDEN
Ongewervelde fauna van ontkleide uiterwaarden
Faber, J.H. ; Kats, R.J.M. van; Aukema, B. ; Bodt, J. ; Burgers, J. ; Lammertsma, D.R. ; Noordam, A.P. - \ 1999
Wageningen : IBN-DLO, Instituut voor Bos- en Natuuronderzoek - 48
natuurbescherming - ongewervelde dieren - wetlands - fauna - grondwaterspiegel - klei - afgegraven land - ecologie - nederland - natuurtechniek - uiterwaarden - nature conservation - invertebrates - water table - clay - mined land - ecology - netherlands - ecological engineering - river forelands
Gebiedsgerichte ecologische risicoanalyse ter onderbouwing van bodembeleid in toemaakdekkengebied
Bosveld, A.T.C. ; Bodt, J.M. - \ 1999
In: Bodem breed '99; 11e nationaal symposium bodemonderzoek. Gouda, SKB, 1999, blz. 119-120 / Lexmond, M.,
Alternatieve saneringsoptie deellocaties Kollum Chemie. Fase 1. Ecotoxicologische risicobeoordeling
Waarde, J. van der; Vegter, U. ; Akkerman, O. ; Marinussen, M. ; Jonge Poerink, B. ; Bril, G. ; Ma, W.C. ; Bodt, J.M. ; Keidel, H. - \ 1998
Groningen : Bioclear (Rapport 98.1001) - 66 p.
Earthworm and food interactions on bioaccumulation and disappearance in soil of polycyclic aromatic hydrocarbons: studies on phenantrene and fluoranthene
Ma, W. ; Immerzeel, J. ; Bodt, J. - \ 1995
Ecotoxicology and Environmental Safety 32 (1995). - ISSN 0147-6513 - p. 226 - 232.
Check title to add to marked list

Show 20 50 100 records per page

 
Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.