Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Records 1 - 20 / 64

  • help
  • print

    Print search results

  • export

    Export search results

  • alert
    We will mail you new results for this query: q=Someren
Check title to add to marked list
Wat is het optimale kasdek?
Hemming, Silke - \ 2015
Vermindering residu bij kleinfruit en gebruik van driftreducerende technieken
Wenneker, Marcel - \ 2015
Bewaring Plantgoed Zachtfruit
Schaik, A. van - \ 2015
Detection of the mechanism of immunotoxicity of cyclosporine A in murine in vitro and in vivo models
Schmeits, P.C.J. ; Schaap, M.M. ; Luijten, M. ; Someren, E. van; Boorsma, A. ; Loveren, H. van; Peijnenburg, A.A.C.M. ; Hendriksen, P.J.M. - \ 2015
Archives of Toxicology 89 (2015)12. - ISSN 0340-5761 - p. 2325 - 2337.
Transcriptomics in combination with in vitro cell systems is a powerful approach to unravel modes of action of toxicants. An important question is to which extent the modes of action as revealed by transcriptomics depend on cell type, species and study type (in vitro or in vivo). To acquire more insight into this, we assessed the transcriptomic effects of the immunosuppressive drug cyclosporine A (CsA) upon 6 h of exposure of the mouse cytotoxic T cell line CTLL-2, the thymoma EL-4 and primary splenocytes and compared these to the effects in spleens of mice orally treated with CsA for 7 days. EL-4 and CTLL-2 cells showed the highest similarities in response. CsA affected many genes in primary splenocytes that were not affected in EL-4 or CTLL-2. Pathway analysis demonstrated that CsA upregulated the unfolded protein response, endoplasmic reticulum stress and NRF2 activation in EL-4 cells, CTLL-2 cells and primary mouse splenocytes but not in mouse spleen in vivo. As expected, CsA downregulated cell cycle and immune response in splenocytes in vitro, spleens in vivo as well as CTLL-2 in vitro. Genes up- and downregulated in human Jurkat, HepG2 and renal proximal tubular cells were similarly affected in CTLL-2, EL-4 and primary splenocytes in vitro. In conclusion, of the models tested in this study, the known mechanism of immunotoxicity of CsA is best represented in the mouse cytotoxic T cell line CTLL-2. This is likely due to the fact that this cell line is cultured in the presence of a T cell activation stimulant (IL-2) making it more suitable to detect inhibitory effects on T cell activation.
Assuring safety without animal testing concept (ASAT). Integration of human disease data with in vitro data to improve toxicology testing
Stierum, R. ; Aarts, J.M.M.J.G. ; Boorsma, J. ; Bosgra, S. ; Caiment, F. ; Ezendam, J. ; Greuping, R. ; Hendriksen, P. ; Soeteman-Hernandez, L.G. ; Jennen, D. ; Kleinjans, J. ; Kroese, D. ; Kuper, F. ; Loveren, H. van; Monshouwer, M. ; Russel, F. ; Someren, E. van; Tsamou, M. ; Groothuis, G. - \ 2014
Toxicology Letters 229 (2014)suppl.10. - ISSN 0378-4274 - p. S4 - S21.
According to the Assuring Safety Without Animal Testing (ASAT) principle, risk assessment may ultimately become possible without the use of animals (Fentem et al., (2004). Altern. Lab. Anim. 32, 617–623). The ASAT concept takes human disease mechanisms as starting point and tries to define if activation of these mechanisms by chemical exposure in in vitro models can be used for toxicological risk assessment. The goal of the present research was to study if integration of public data, from human diseases and in vitro toxicology, is possible at the data level. Two human diseases, associated with chemical exposure, were included: human hepatocellular carcinoma and allergic contact dermatitis (ACD). Data were retrieved from expert knowledge and different online sources (e.g. GEO, ArrayExpress) and a Knowledge Base for storage and modelling of the data was established. Using the Knowledge Base for ACD, it was possible to discern sensitizing from non-sensitizing compounds, as defined by enrichment of clinically defined disease gene sets in in vitro genomics datasets. In addition, the strongest sensitizers most profoundly activated these gene sets. During the presentation, the Knowledge Base will be shown. In addition, the ongoing incorporation of (reverse) kinetic modelling to judge the relevance of in vitro concentrations, in relation to realistic in vivo exposure scenarios, will be illustrated. Finally, the expansion towards the development of data models for other disease areas (cholestasis) will be discussed.
Toxicogenomics ans Systems Toxicology Databases and Resources: Chemical Effects in Biological Systems (CEBS) and Data Integration by Applying Models in Design and Safety (DIAMONDS)
Fostel, J. ; Someren, E. van; Pronk, T. ; Pennings, J. ; Schmeits, P. ; Shao, J. ; Kroese, D. ; Stierum, R. - \ 2014
In: Toxicogenomics-Based cellular models, Alternatives to Animal Testing for Safety Assessment / Kleinjans, J., Maastricht : Academic Press Elsevier - ISBN 9780123978622 - p. 275 - 290.
'Omics analysis of low dose acetaminophen intake demonstrates novel response pathways in humans
Jetten, M.J.A. ; Gaj, S. ; Ruiz Aracama, A. ; Kok, T.M. de; Delft, J.H.M. van; Lommen, A. ; Someren, E.P. van; Jennen, D. ; Claessen, S.M. ; Peijnenburg, A.A.C.M. ; Stierum, R. ; Kleinjans, J.C.S. - \ 2012
Toxicology and Applied Pharmacology 259 (2012)3. - ISSN 0041-008X - p. 320 - 328.
induced liver-injury - gene-expression - induced hepatotoxicity - circulating micrornas - liquid-chromatography - potential biomarkers - toxicity - metabolomics - metabolites - paracetamol
Acetaminophen is the primary cause of acute liver toxicity in Europe/USA, which led the FDA to reconsider recommendations concerning safe acetaminophen dosage/use. Unfortunately, the current tests for liver toxicity are no ideal predictive markers for liver injury, i.e. they only measure acetaminophen exposure after profound liver toxicity has already occurred. Furthermore, these tests do not provide mechanistic information. Here, 'omics techniques (global analysis of metabolomic/gene-expression responses) may provide additional insight. To better understand acetaminophen-induced responses at low doses, we evaluated the effects of (sub-)therapeutic acetaminophen doses on metabolite formation and global gene-expression changes (including, for the first time, full-genome human miRNA expression changes) in blood/urine samples from healthy human volunteers. Many known and several new acetaminophen-metabolites were detected, in particular in relation to hepatotoxicity-linked, oxidative metabolism of acetaminophen. Transcriptomic changes indicated immune-modulating effects (2 g dose) and oxidative stress responses (4 g dose). For the first time, effects of acetaminophen on full-genome human miRNA expression have been considered and confirmed the findings on mRNA level. 'Omics techniques outperformed clinical chemistry tests and revealed novel response pathways to acetaminophen in humans. Although no definitive conclusion about potential immunotoxic effects of acetaminophen can be drawn from this study, there are clear indications that the immune system is triggered even after intake of low doses of acetaminophen. Also, oxidative stress-related gene responses, similar to those seen after high dose acetaminophen exposure, suggest the occurrence of possible pre-toxic effects of therapeutic acetaminophen doses. Possibly, these effects are related to dose-dependent increases in levels of hepatotoxicity-related metabolites.
Heidebeheer en fauna : verslag veldwerkplaats Droog Zandlandschap Strabrechtse Heide, 2 september 2008
Smits, J. ; Siepel, H. - \ 2008
[S.l. : S.n. - 5
vegetatiebeheer - zandgronden - heidegebieden - soortendiversiteit - fauna - natuurbeheer - ecologisch herstel - noord-brabant - zandverstuivingen - vegetation management - sandy soils - heathlands - species diversity - nature management - ecological restoration - shifting sand
De Strabrechtse heide is 2000 hectare groot waarvan 1500 hectare heide. Staatsbosbeheer beheert daarvan ongeveer 1100 hectare, bestaande uit water, heide, stuifzand en vennen. De andere beheerders zijn het Brabants Landschap en de gemeente Someren.
Effect van vermindering diercontacten op pleuritis bij vleesvarkens = Effect of less animal contacts on pleuritis in growing and finishing pigs
Peet-Schwering, C.M.C. van der; Dirx-Kuijken, N.C.P.M.M. ; Raymakers, R. ; Stockhofe, N. ; Leengoed, L.A.M.G. van; Binnendijk, G.P. ; Cruijsen, T. ; Augustijn, M. - \ 2008
Lelystad : Animal Sciences Group (Rapport / Animal Sciences Group 111) - 21
pleuritis - varkens - slachtdieren - varkenshouderij - diergezondheid - pleurisy - pigs - meat animals - pig farming - animal health
In opdracht van het Productschap Vee en Vlees hebben de Animal Sciences Group van Wageningen UR, de Faculteit Diergeneeskunde, Veterinair Centrum Someren en Intervet onderzocht of het aantal vleesvarkens met pleuritis aan de slachtlijn verminderd kan worden. Reden voor het onderzoek is de toename van het aantal vleesvarkens met pleuritis aan de slachtlijn. Het doel van het onderzoek was nagaan of door strikte toepassing van all in – all out en het niet mengen van dieren (dieren blijven van geboorte tot afleveren als toom bij elkaar) het aantal dieren met pleuritis aan de slachtlijn verminderd kan worden
Kansen voor zorgtak in tuinbouw (interview met Carin van der Lans)
Vaart, Laurien van; Lans, C.J.M. van der - \ 2007
Nieuwe oogst / Magazine tuinbouw 3 (2007)12. - ISSN 1871-0921 - p. 18 - 19.
tuinbouwbedrijven - tuinbouw - kassen - nevenactiviteiten - welzijnsvoorzieningen - dagopvang - verstandelijk gehandicapt - glastuinbouw - zorgboerderijen - market gardens - horticulture - greenhouses - ancillary enterprises - welfare services - day care - mental retardation - greenhouse horticulture - social care farms
Van de zorgboerderij is bekend dat gehandicapten of demente bejaarden hun dag doorbrengen op een agrarisch bedrijf. Dat ook een glastuinbouwbedrijf een zinvolle dagbesteding kan betekenen voor dezelfde doelgroepen, bewijzen Toos en Frank Wijnen uit Someren met hun zorgtuinderij
Microarray analysis on Runx2-deficient mouse embryos reveals novel Runx2 functions and target genes during intramembranous and endochondral bone formation
Vaes, B.L.T. ; Ducy, P. ; Sijbers, A.M. ; Hendriks, J.M.A. ; Someren, E.P. van; Jong, N.G. de; Heuvel, E.R. van den; Olijve, W. ; Zoelen, E.J.J. van; Dechering, K.J. - \ 2006
Bone 39 (2006)4. - ISSN 8756-3282 - p. 724 - 738.
stem-cell factor - transcription factor runx2 - sympathetic-nervous-system - in-situ hybridization - osteoblast differentiation - chondrocyte differentiation - mast-cells - osteogenic differentiation - sialoprotein promoter - cbfa1-deficient mice
A major challenge in developmental biology is to correlate genome-wide gene expression modulations with developmental processes in vivo. In this study, we analyzed the role of Runx2 during intramembranous and endochondral bone development, by comparing gene expression profiles in 14.5 dpc wild-type and Runx2 (¿/¿) mice. A total of 1277, 606 and 492 transcripts were found to be significantly modulated by Runx2 in calvaria, forelimbs and hindlimbs, respectively. Bioinformatics analysis indicated that Runx2 not only controls the processes of osteoblast differentiation and chondrocyte maturation, but may also play a role in axon formation and hematopoietic cell commitment during bone development. A total of 41 genes are affected by the Runx2 deletion in both intramembranous and endochondral bone, indicating common pathways between these two developmental modes of bone formation. In addition, we identified genes that are specifically involved in endochondral ossification. In conclusion, our data show that a comparative genome-wide expression analysis of wild-type and mutant mouse models allows the examination of mutant phenotypes in complex tissues
Least Absolute Regression Network Analysis of the Murine Osteoblast Differentation Network
Someren, E.P. van; Vaes, B.L.T. ; Steegenga, W.T. ; Sijbers, A.M. ; Dechering, K.J. - \ 2006
Bioinformatics 22 (2006)4. - ISSN 1367-4803 - p. 477 - 484.
genetic regulatory networks - expression data - cells - bone - identification - protein - reconstruction - growth
Motivation: We propose a reverse engineering scheme to discover genetic regulation from genome-wide transcription data that monitors the dynamic transcriptional response after a change in cellular environment. The interaction network is estimated by solving a linear model using simultaneous shrinking of the least absolute weights and the prediction error. Results: The proposed scheme has been applied to the murine C2C12 cell-line stimulated to undergo osteoblast differentiation. Results show that our method discovers genetic interactions that display significant enrichment of co-citation in literature. More detailed study showed that the inferred network exhibits properties and hypotheses that are consistent with current biological knowledge.
Externe Audit Strabrechtse Heide
Molenaar, H. de; Roling, N.G. - \ 2006
Driebergen : Staatsbosbeheer (Externe Audits van Natuurgebieden ) - 75
natuurbescherming - heidegebieden - noord-brabant - nature conservation - heathlands
In opdracht van Staatsbosbeheer is door J.G. de Molenaar en N.G. Röling in de tweede helft van januari 2006 een Externe Audit uitgevoerd van het beheerobject Strabrechtse Heide. Het beheerobject Strabrechtse Heide ligt midden in de Centrale Slenk in oostelijk Noord-Brabant, ten zuidoosten van Eindhoven, tussen Heeze en Someren. Tot het object wordt ook gerekend het bezit van Staatsbosbeheer in het aansluitende deel van het dal van de Rul of Kleine Dommel. De Strabrechtse Heide beslaat ca. 1500 ha, het beheerobject Strabrechtse Heide ca. 1240 ha. Het ligt op het grondgebied van de gemeenten Heeze-Leende en Someren.
Microarray analysis reveals expression regulation of Wnt antagonists in differentiating osteoblasts
Vaes, B.L.T. ; Dechering, K.J. ; Someren, P. van; Hendriks, J.M.A. ; Ven, C.J.J.M. van de; Feijen, A. ; Mummery, C.L. ; Reinders, M.J.T. ; Olijve, W. ; Zoelen, E.J.J. van; Steegenga, W.T. - \ 2005
Bone 36 (2005)5. - ISSN 8756-3282 - p. 803 - 811.
receptor-related protein-5 - bone morphogenetic protein - growth-factor-beta - signaling pathway - lrp5 gene - mice - density - mouse - transduction - wingless
Wnt signaling has been implicated in regulating bone formation by controlling osteoblast proliferation and function. Although stabilization of ß-catenin by Wnt has been shown to increase alkaline phosphatase expression and osteoblast differentiation, the precise role of Wnt signaling during the process of osteoblast differentiation is largely unknown. In this study, we used microarray technology to investigate expression regulation of Wnt signaling components during in vitro osteoblast differentiation. Expression was analyzed during bone morphogenetic protein 2 (BMP2)-induced osteoblast differentiation of murine C2C12 and MC3T3 cells and data were compared with expression in BMP2-treated NIH3T3 fibroblasts. During osteoblast differentiation, particularly strong expression regulation of the Wnt antagonists Sfrp2 (secreted frizzled related protein 2) and Wif1 (Wnt inhibitory factor 1) was observed in the late phase of differentiation. In situ expression analysis in murine tail vertebrae supported Wif1 expression during late phase bone cell differentiation, since Wif1 was found to be expressed in vivo in trabecular, but not in cortical bone. We further analyzed the effects of continuous activation of Wnt signaling by lithium chloride and observed that osteoblast differentiation was reduced, as measured by expression of osteoblast marker genes encoding alkaline phosphatase, osteocalcin, and osterix, as well as by the amount of calcium release. Taken together, our data indicate that endogenous expression of Wnt antagonists by osteoblasts provides a negative Wnt feedback loop which is essential in controlling osteoblast maturation
Methodological aspects of designing induction-based applications
Verdenius, F. - \ 2004
University of Amsterdam. Promotor(en): J.B. Wielinga, co-promotor(en): M..W. van Someren. - Amsterdam : Verdenius - ISBN 9067548251 - 160
expertsystemen - computer software - industriële toepassingen - kunstmatige intelligentie - computerwiskunde - expert systems - industrial applications - artificial intelligence - computational mathematics
Mestverwerking varkenshouderij Mestscheiding en microfiltratie, Dirven te Someren
Melse, R.W. ; Starmans, D.A.J. ; Verdoes, N. - \ 2002
Lelystad : Praktijkonderzoek Veehouderij (Praktijkboek / Praktijkonderzoek Veehouderij 7) - 28
varkensmest - mest - varkenshouderij - dierhouderij - persing - centrifugeren - filtratie - scheiding - mestverwerking - pig manure - manures - pig farming - animal husbandry - pressing - centrifugation - filtration - separation - manure treatment
Het mestverwerkingsysteem dat in dit rapport wordt beschreven, is ontwikkeld door de heer B. Dirven, varkenshouder te Someren. Het bedrijf omvat 1178 vleesvarkens, 864 fokgelten, 210 guste en dragende zeugen, 74 kraamzeugen en 480 opfokbiggen. Op het varkensbedrijf wordt jaarlijks ongeveer 3.600 ton drijfmest geproduceerd. De vleesvarkens en fokgelten zijn gehuisvest in stallen met een spoelgotensysteem (Groen Label).
Nieuws uit het onderzoek: beperkingen beleid dennenscheerder opgeheven
Moraal, L.G. - \ 2001
Nederlands Bosbouwtijdschrift 73 (2001)3. - ISSN 0028-2057 - p. 33 - 33.
tomicus piniperda - scolytidae - insectenplagen - insectenbestrijding - plagenbestrijding - wetgeving - richtlijnen (directives) - bosbeheer - bosbedrijfsvoering - bosschade - schade - bossen - bosbescherming - pinus sylvestris - pinus - schadelijke dieren - Nederland - insect pests - insect control - pest control - legislation - directives - forest administration - forest management - forest damage - damage - forests - protection of forests - noxious animals - Netherlands
De bastkever Tomicus piniperda (dennenscheerder) wordt tegenwoordig als minder schadelijk beschouwd voor oudere dennen. Uit praktijkonderzoek van Alterra in een bosgebied bij Someren (Noord-Brabant) en literatuuronderzoek blijkt dat dit ook geldt voor jonge opstanden, zodat beperkende regels voor het bosbeheer (Verordening Bosschap Schadelijke Dieren 1973) versoepeld kunnen worden
Bedrijfsplanning geïntegreerd bosbeheer
Raffe, J.K. van; Wolf, R.J.A.M. - \ 2000
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 51) - 46
bosbedrijfsvoering - doelstellingenmanagement - planning - bosbouw - natuurbescherming - recreatie - nederland - experimentele bossen - bedrijfsinformatiesystemen - noord-brabant - geïntegreerd bosbeheer - forest management - management by objectives - forestry - nature conservation - recreation - netherlands - experimental forests - management information systems - integrated forest management
De gemeentebossen van Someren vormen een voorbeeldbedrijf voor geontegreerd bosbeheer. Voor de bedrijfsvoering van de bossen van Someren heeft Alterra een planningssystematiek ontwikkeld die ertoe moet leiden dat gestelde doelen tegen minimale kosten kunnen worden gerealiseerd. Hoewel de systematiek in eerste instantie bedoeld is voor bosbedrijven die geontegreerd bosbeheer toepassen, is deze ook geschikt voor de planning van andere vormen van bosbeheer.
Uitwerking bedrijfsplanning geïntegreerd bosbeheer voor gemeente Someren; deel 5 werkplan 2000
Raffe, J.K. van; Wolf, R.J.A.M. - \ 2000
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 52.5) - 39
bosbedrijfsvoering - doelstellingenmanagement - planning - bosbouw - bosbouwkundige handelingen - economie - natuurbescherming - nederland - experimentele bossen - bedrijfsinformatiesystemen - geïntegreerd bosbeheer - forest management - management by objectives - forestry - forestry practices - economics - nature conservation - netherlands - experimental forests - management information systems - integrated forest management
In het voorbeeldbedrijf Someren wordt getoond hoe bos beheerd kan worden volgens de principes van geontegreerd bosbeheer. Daarbij wordt ook veel aandacht besteed aan de bedrijfsvoering die samengaat met de toepassing van geontegreerd bosbeheer. Voor dit doel is een aantal voorbeeldplannen opgesteld (beheervisie, beheerplan en werkplan). Deze plannen, die zijn opgesteld op basis van een door Alterra ontwikkelde planningssystematiek, zijn in dit rapport samengebracht.
Uitwerking bedrijfsplanning geïntegreerd bosbeheer voor gemeente Someren; deel 3 beheervisie 2000-2029
Wolf, R.J.A.M. ; Raffe, J.K. van - \ 2000
Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 52.3) - 42
bosbedrijfsvoering - doelstellingenmanagement - planning - bosbouw - recreatie - natuurbescherming - nederland - experimentele bossen - bedrijfsinformatiesystemen - noord-brabant - geïntegreerd bosbeheer - forest management - management by objectives - forestry - recreation - nature conservation - netherlands - experimental forests - management information systems - integrated forest management
In het voorbeeldbedrijf Someren wordt getoond hoe bos beheerd kan worden volgens de principes van geontegreerd bosbeheer. Daarbij wordt ook veel aandacht besteed aan de bedrijfsvoering die samengaat met de toepassing van geontegreerd bosbeheer. Voor dit doel is een aantal voorbeeldplannen opgesteld (beheervisie, beheerplan en werkplan). Deze plannen, die zijn opgesteld op basis van een door Alterra ontwikkelde planningssystematiek, zijn in dit rapport samengebracht.
Check title to add to marked list
<< previous | next >>

Show 20 50 100 records per page

Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.