Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

Records 1 - 20 / 615

  • help
  • print

    Print search results

  • export
    A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
  • alert
    We will mail you new results for this query: q=Zomer
Check title to add to marked list
Draft Genome Sequence of Streptococcus suis S10, a Virulent Strain Used in Experimental Pig Infections
Gaiser, R.A. ; Zomer, A.L. ; Wells, J.M. ; Baarlen, P. van - \ 2019
- 3 p.
Here, we report the draft whole-genome sequence of Streptococcus suis strain S10, isolated from the tonsils of a healthy pig. S. suis S10 belongs to the highly virulent serotype 2, which includes isolates that cause infectious diseases, including meningitis, in pigs and human. The genome contains a complete prophage that encodes a candidate virulence gene.
Monitoring effecten zandsuppletie Leuvenumse beek 2018
Verdonschot, Ralf ; Verdonschot, Piet - \ 2019
Wageningen : Zoetwaterecosystemen, Wageningen Environmental Research (Notitie Zoetwatersystemen, Wageningen Environmental Research ) - ISBN 9789463439282 - 59
In de Leuvenumse beek wordt vanaf 2014 het suppleren van zand als beekherstelmaatregel toegepast door Waterschap Vallei en Veluwe en Natuurmonumenten. Omdat over deze relatief nieuwe maatregel nog niet veel kennis voorhanden is, worden sindsdien de hydromorfologische en biologische ontwikkelingen gevolgd. In 2018zijn metingen verricht aan het profiel van de beekop drie suppletielocaties en is de macrofaunasamenstelling van vijf suppletielocaties onderzocht. Beide zijn herhalingen van al eerder uitgevoerde metingen in 2014-2017, om zo de veranderingen in beeld te krijgen die in gang zijn gezet door het uitvoeren van de maatregelen. Daarnaast is ook de macrofauna van het beekmoeras bovenstrooms van het projectgebied onderzocht, dat in de loop van de jaren vernat is als gevolg van de suppleties.In 2018 speelde het weer een belangrijke rol: hoge afvoerpieken in de winter, zware storm met als gevolg een grote aanvoer van nieuw dood hout en extreme droogte in de zomer en herfsthadden allemaal effect op het beeksysteem. Metingen aan de dwarsprofieltransecten lieten zien dat drie jaar na de laatste suppletie nog steeds zandtransport plaatsvindt. Dit zijn afvoergerelateerde sedimentpulsen(ophoging in het voorjaar, erosie in het najaar), die leiden tot een langzame verplaatsing van zand naar benedenstrooms waar op veel plekken nog steeds ophoging plaatsvindt. Een tweede aanjager van het transport zijn lokale veranderingen van de stromingspatronen in de beek door plotselinge veranderingen in de beek, bijvoorbeeld het invallenvan nieuw dood hout. De macrofaunasamenstelling in de suppletietrajecten week in 2018 af van de eerdere jarenen kenmerkte zich door een grotere variatie in taxonsamenstelling tussen de monsters. Het totaal aantal taxa was daarnaast veel hoger, maar dit werd deels veroorzaakt door het verschijnen van stilstaand-water-soorten die waarschijnlijk profiteerden van de lage afvoer. De meeste kenmerkende beektaxa handhaafden zich, al lieten een klein aantal taxa wel een teruggang zien in de frequentie van voorkomen. Daar stond tegenover dat er ook een aantal kenmerkende soorten nieuw zijn waargenomen in de trajecten in het projectgebiedof zich hadden uitgebreid. Op de suppletielocaties was nog steeds de het eerst gestabiliseerdezone vlakbij de oorspronkelijke suppletieplek het rijkst aan kenmerkende taxa, terwijl de dynamische zone ten opzichte van eerdere bemonsteringen ook een duidelijke stijging in het aantal kenmerkende taxa liet zien met het verouderen van het systeem.Ondanks de veranderde omstandigheden in het beekmoeras ten opzichte van de oorspronkelijke beekloop, met minder stroming en meer waterplanten en organisch materiaal, werdde ecologische kwaliteit als goed beoordeeld op basis van de KRW maatlat voor R5 en zelfszeer goed op basis van de nieuwe moerasbeekmaatlat. Het beekmoeras draagt bij aan de totale biodiversiteit van het stroomgebied omdat er een aantal taxa zijn gevonden die niet op de andere locaties zijn aangetroffen.Het onderzoek laat zien dat het projectgebied drie jaar na de suppleties nog volop in ontwikkeling is; hoe ‘extremere’ jaren zoals 2018 doorwerken op de langere termijn in zowel hydromorfologisch als ecologisch opzicht moet de komende jaren blijken.
Participatieve monitoring in Lumbricus : Een brug tussen innovatie en implementatie
Breman, B.C. ; Kuindersma, W. ; Meijerink, Sander ; Ellen, Gerald Jan ; Wassink, W. ; Brugmans, Bart ; Bolt, F.J.E. van der - \ 2019
Water Governance (2019)1. - ISSN 2211-0224 - p. 46 - 49.
Nederland staat voor een aantal grote uitdagingen op het gebied van het waterbeheer, dat heeft de zomer van 2018 nog maar eens extra duidelijk gemaakt. Omdat het klimaat verandert krijgen we vaker te maken met extreme neerslag en langdurige perioden van droogte. Dit heeft direct consequenties voor onder andere de waterkwaliteit en de waterkwantiteit. Op de hoger gelegen zandgronden in Nederland zijn deze consequenties zo mogelijk nog groter omdat hier de mogelijkheden om water tijdelijk te bergen of van elders aan te voeren vaak veel beperkter zijn.
Historische data en hydrologie van de Baakse Beek
Massop, H.T.L. - \ 2019
Stromingen : vakblad voor hydrologen 33 (2019)1. - ISSN 1382-6069 - p. 61 - 74.
Dit artikel geeft een overzicht van de beschikbaarheid van historische hydrologische data op landelijk niveau, en meer specifiek voor het stroomgebied van de Baakse Beek. Voor dit stroomgebied zijn historische data gebruikt om met een hydrologisch model de historische situatie te reconstrueren. Wegens gebrek aan historische gegevens is dit maar beperkt gelukt. Niettemin maakt de reconstructie aannemelijk dat het stroom-gebied van de Baakse Beek vroeger veel natter was, maar ook dat in de zomer, net als nu, de afvoer wegviel.
Pesticide residues in Nepalese vegetables and potential health risks
Bhandari, Govinda ; Zomer, P. ; Atreya, Kishor ; Mol, J.G.J. ; Yang, X. ; Geissen, V. - \ 2019
Procedia Environmental Sciences 172 (2019). - ISSN 1878-0296 - p. 511 - 521.
We conducted this study in order to assess the pesticide residues in vegetables and examine the related human health risk. Therefore, residues of 23 pesticides (organophosphates, organochlorines, acaricides, fungicides, and insecticides of biological origin) were analysed in the three main vegetable crops grown in Southern Nepal: 27 eggplant, 27 chilli and 32 tomato samples representing (i) conventional (N = 67) and ii) integrated pest management (IPM) fields (N = 19). Pesticide residues were found in 93% of the eggplant samples and in all of the chilli and tomato samples. Multiple residues were observed in 56% of the eggplant samples, 96% of chilli samples and all of the tomato samples. The range (µg/kg) of total detected pesticide residues in eggplants, chillies and tomatoes was 1.71–231, 4.97–507, 13.1–3465, respectively. The most frequently detected pesticides in these vegetables were carbendazim and chloropyrifos. Pesticide residues in 4% of the eggplant, 44% of the tomato and 19% of the chilli samples exceeded the EU maximum residue limits (MRLs). The residues of triazophos, omethoate, chloropyrifos and carbendazim exceeded the EU MRLs. Compared to chilli and eggplant crops, more carbendazim was sprayed onto tomato crops (p < 0.05). We assessed adolescent and adult dietary exposure using hazard quotient (HQ) and hazard index (HI) equations for the identified pesticides. HQ> 1 was observed for chloropyrifos, triazophos and carbendazim in eggplants; profenofos, triazophos, dimethoate, omethoate, chloropyrifos and carbendazim in tomatoes; and dichlorvos and chloropyrifos in chillies. Of all of the HQs, the highest acute HQ (aHQ) was for triazophos (tomato) in adolescents (aHQ=657) and adults (aHQ=677), showing the highest risks of dietary exposure. The cumulative dietary exposure showed a higher HI for organophosphates (HI>83) and a lower HI for organochlorines, acaricides and biological insecticides (HI<1). The concentration of pesticide residues in the vegetable crops from the IPM field was considerably lower, suggesting a greater ability of IPM systems to reduce the dietary risks from exposure to pesticides.
Lente in de beek
Verdonschot, Ralf - \ 2019

Radio Krioelende vlokreeftjes, larven van kokerjuffers en steenvliegen. Het is volop lente in de Molenbeek bij Renkum. Hier wordt niet aan een winterslaap gedaan. Pas in de zomer wordt het weer rustig.

Zoonotic endocarditis in a man, The Netherlands
Sleutjens, Janneke ; Meijer, Dennie ; Meregalli, Paola G. ; Bakker, Leendert ; Wagenaar, Jaap A. ; Duim, Birgitta ; Zomer, Aldert - \ 2019
Emerging Infectious Diseases 25 (2019)1. - ISSN 1080-6040 - p. 180 - 182.

In 2017, endocarditis caused by Streptococcus equi subspecies zooepidemicus was diagnosed in a man in the Netherlands who had daily contact with horses. Whole-genome sequencing of isolates from the man and his horses confirmed the same clone, indicating horse-to-human transmission. Systematic reporting of all zoonotic cases would help with risk assessment.

Pesticide residues in European agricultural soils – A hidden reality unfolded
Silva, Vera ; Mol, Hans G.J. ; Zomer, Paul ; Tienstra, Marc ; Ritsema, Coen J. ; Geissen, Violette - \ 2019
Science of the Total Environment 653 (2019). - ISSN 0048-9697 - p. 1532 - 1545.
Agricultural soils - European Union - Mixtures of pesticide residues - Predicted environmental concentrations in soil (PECs) - Risk assessment

Pesticide use is a major foundation of the agricultural intensification observed over the last few decades. As a result, soil contamination by pesticide residues has become an issue of increasing concern due to some pesticides' high soil persistence and toxicity to non-target species. In this study, the distribution of 76 pesticide residues was evaluated in 317 agricultural topsoil samples from across the European Union. The soils were collected in 2015 and originated from 11 EU Member States and 6 main cropping systems. Over 80% of the tested soils contained pesticide residues (25% of samples had 1 residue, 58% of samples had mixtures of two or more residues), in a total of 166 different pesticide combinations. Glyphosate and its metabolite AMPA, DDTs (DDT and its metabolites) and the broad-spectrum fungicides boscalid, epoxiconazole and tebuconazole were the compounds most frequently found in soil samples and the compounds found at the highest concentrations. These compounds occasionally exceeded their predicted environmental concentrations in soil but were below the respective toxic endpoints for standard in-soil organisms. Maximum individual pesticide content assessed in a soil sample was 2.05 mg kg−1 while maximum total pesticide content was 2.87 mg kg−1. This study reveals that the presence of mixtures of pesticide residues in soils are the rule rather than the exception, indicating that environmental risk assessment procedures should be adapted accordingly to minimize related risks to soil life and beyond. This information can be used to implement monitoring programs for pesticide residues in soil and to trigger toxicity assessments of mixtures of pesticide residues on a wider range of soil species in order to perform more comprehensive and accurate risk assessments.

Validation of a screening method for pesticides and veterinary drug residues in feed by LC-HRMS
Wegh, R.S. ; Bolck, Y.J.C. ; Bor, G. ; Zomer, P. ; Zuidema, T. ; Mol, J.G.J. - \ 2018
Occurrence of polar pesticides in feed and feed ingredients
Tienstra, M. ; Memelink, Joost ; Zomer, P. ; Mol, J.G.J. - \ 2018
Visitor counting combining new technologies; PIR & LoRa with Arduino
Goossen, C.M. ; Uphus, Lars ; Klein Gebbink, Christian ; Arindina, Wintia ; Zomer, Gersom ; Quanxing, Wan - \ 2018
In: 9th International Conference on Monitoring and Management of Visitors in Recreational and Protected Areas (MMV9) Abstract Book. - Bordeaux : IRSTEA - ISBN 9782955125113 - p. 116 - 117.
De zomer die ons wakker schudde : 'Iedereen zag de gevolgen van de droogte'
Kleis, Roelof ; Sass-Klaassen, Ute ; Lanen, Henny van; Vliet, Arnold van - \ 2018
Nederland – en heel Noord-Europa – heeft een uitzonderlijk warme en droge zomer achter de rug. Dat was niet alleen een geschenk voor zonaanbidders, maar ook voor wetenschappers. Droogte en klimaatverandering staan eindelijk op de kaart.
Genomic characterization of extended-spectrum cephalosporin-resistant Salmonella enterica in the Colombian poultry chain
Castellanos, Luis Ricardo ; Graaf-van Bloois, Linda van der; Donado-Godoy, Pilar ; León, Maribel ; Clavijo, Viviana ; Arévalo, Alejandra ; Bernal, Johan F. ; Mevius, Dik J. ; Wagenaar, Jaap A. ; Zomer, Aldert ; Hordijk, Joost - \ 2018
Frontiers in Microbiology 9 (2018)OCT. - ISSN 1664-302X
Chicken - Latin America - MLST - pMLST - S. Heidelberg - S. Java - S. paratyphi B d-tartrate positive

Salmonella enterica serovars have been isolated from Colombian broilers and broiler meat. The aim of this study was to investigate the diversity of ESBL/pAmpC genes in extended-spectrum cephalosporin resistant Salmonella enterica and the phylogeny of ESBL/pAmpC-carrying Salmonella using Whole Genome Sequencing (WGS). A total of 260 cefotaxime resistant Salmonella isolates, obtained between 2008 and 2013 from broiler farms, slaughterhouses and retail, were included. Isolates were screened by PCR for ESBL/pAmpC genes. Gene and plasmid subtyping and strain Multi Locus Sequence Typing was performed in silico for a selection of fully sequenced isolates. Coregenome-based analyses were performed per ST encountered. blaCMY-2-like was carried in 168 isolates, 52 carried blaCTX-M-2 group, 7 blaSHV, 5 a combination of blaCMY-2-like-blaSHV and 3 a combination of blaCMY-2-likeblaCTX-M-2 group. In 25 isolates no ESBL/pAmpC genes that were screened for were found. WGS characterization of 36 selected strains showed plasmid-encoded blaCMY-2 in 21, blaCTX-M-165 in 11 and blaSHV-12 in 7 strains. These genes were mostly carried on IncI1/ST12, IncQ1, and IncI1/ST231 plasmids, respectively. Finally, 17 strains belonged to S. Heidelberg ST15, 16 to S. Paratyphi B variant Java ST28, 1 to S. Enteritidis ST11, 1 to S. Kentucky ST152 and 1 to S. Albany ST292. Phylogenetic comparisons with publicly available genomes showed separate clustering of Colombian S. Heidelberg and S. Paratyphi B var. Java. In conclusion, resistance to extended-spectrum cephalosporins in Salmonella from Colombian poultry is mainly encoded by blaCMY-2 and blaCTX-M-165 genes. These genes are mostly associated with IncI1/ST12 and IncQ1 plasmids, respectively. Evolutionary divergence is observed between Colombian S. Heidelberg and S. Paratyphi B var. Java and those from other countries..

Comparative genomics of phenotypic antimicrobial resistances in methicillin-resistant Staphylococcus pseudintermedius of canine origin
Wegener, Alice ; Broens, Els M. ; Zomer, Aldert ; Spaninks, Mirlin ; Wagenaar, Jaap A. ; Duim, Birgitta - \ 2018
Veterinary Microbiology 225 (2018). - ISSN 0378-1135 - p. 125 - 131.
Comparative genomics - MIC - Multidrug resistance - Phenotype - Staphylococcus pseudintermedius

Staphylococcus pseudintermedius is an important pathogen in dogs. Since 2004, methicillin- resistant S. pseudintermedius (MRSP) isolates, often multidrug resistant, have been observed in dogs in the Netherlands. This study aims to link the observed resistance phenotypes in canine MRSP to genotypic antimicrobial resistance markers, and to study the phylogeny of MRSP by genomic comparisons. The genomes of fifty clinical isolates of MRSP from dogs from the Netherlands were sequenced. The resistance genes were identified, and for twenty one different antimicrobials their presence and sequence were associated with the resistance phenotypes. In case of observed discrepancies, the genes were aligned with reference genes. Of the phenotypic resistances, 98.3% could be explained by the presence of an associated resistance gene or point mutation. Discrepancies were mainly resistance genes present in susceptible isolates; 43.8% (7/16) were explained by an insertion, deletion or mutation in the gene. In relation with the resistance gene presence or absence, a single-nucleotide polymorphism (SNP) based phylogeny was constructed to define the population dynamics. The resistance gene content differed according to clonal complex, from very conserved (CC45), to partly conserved (CC71) to highly diverse (CC258) resistance gene patterns. In conclusion, this study shows that the antimicrobial genotype from whole genome sequencing is highly predictive of the resistance phenotype in MRSP. Interestingly, the observed clonal complexes of MRSP isolates were linked with resistance gene patterns

Steekmuggen in de Peelvenen
Verdonschot, P. ; Hesen, F. ; Leijsen, J. van; Verheggen, L. - \ 2018
Vakblad Natuur Bos Landschap (2018)142. - ISSN 1572-7610 - p. 14 - 17.
“Vernatting leidt tot een muggeneldorado”. Krantenberichten met dergelijke koppen kom je de laatste jaren vaak tegen. Vernatting van natuurgebieden of waterberging leidt bij omwonenden namelijk tot zorg over muggenoverlast. Zo ook rondom de Peelvenen op de grens van Limburg en Noord-Brabant waar de beheerder met maatregelen probeert om de sterke waterstandsschommelingen tussen winter en zomer te verminderen. De vraag is of er een direct verband is tussen vernatting en steekmuggen, en zo ja: hoe kunnen we die muggenoverlast voorkomen?
Bodemerosie in en rond Natura 2000-gebieden in het Heuvelland : De herkenning en beoordeling van erosie- en sedimentatievormen
Waal, R.W. de; Bijlsma, R.J. ; Massop, H.T.L. - \ 2018
Natuurhistorisch Maandblad 107 (2018)9. - ISSN 0028-1107 - p. 158 - 165.
In de Natura 2000-gebieden in het Heuvelland worden habitattypen en andere natuurwaarden op hellingen in randzones grenzend aan landbouwpercelen negatief beïnvloed door de toestroom van voedselrijk water en sediment. Bij intensieve vormen van erosie kunnen natuurwaarden in de gebieden zelfs verdwijnen. In 2016 is vanuit het OBN (Ontwikkeling en Beheer Natuurkwaliteit) onderzoek uitgevoerd naar erosievormen nabij en in Natura 2000-gebieden en naar maatregelen waarmee negatieve effecten kunnen worden voorkomen of gestopt. Dankzij een periode met zware hoosbuien in de zomer van 2016 konden alle vormen van erosie in het veld goed bestudeerd en in samenhang beschreven worden. Dit artikel is een samenvatting van de gepubliceerde onderzoeksresultaten.
10% lichtwinst door transparant dek, uniek scherm en gecoate constructie: winterlichtkas maakt belofte waar, ook in de zomer
Kempkes, Frank ; Janse, Jan - \ 2018
Influence of microplastic addition on glyphosate decay and soil microbial activities in Chinese loess soil
Yang, Xiaomei ; Bento, Célia P.M. ; Chen, Hao ; Zhang, Hongming ; Xue, Sha ; Lwanga, Esperanza H. ; Zomer, Paul ; Ritsema, Coen J. ; Geissen, Violette - \ 2018
Environmental Pollution 242 (2018). - ISSN 0269-7491 - p. 338 - 347.
Glyphosate - Microplastic - Pesticide decay - Soil microbial activities - Soil quality

The intensive use of pesticide and plastic mulches has considerably enhanced crop growth and yield. Pesticide residues and plastic debris, however, have caused serious environmental problems. This study investigated the effects of the commonly used herbicide glyphosate and micrometre-sized plastic debris, referred as microplastics, on glyphosate decay and soil microbial activities in Chinese loess soil by a microcosm experiment over 30 days incubation. Results showed that glyphosate decay was gradual and followed a single first-order decay kinetics model. In different treatments (with/without microplastic addition), glyphosate showed similar half-lives (32.8 days). The soil content of aminomethylphosphonic acid (AMPA), the main metabolite of glyphosate, steadily increased without reaching plateau and declining phases throughout the experiment. Soil microbial respiration significantly changed throughout the entirety of the experiment, particularly in the treatments with higher microplastic addition. The dynamics of soil β-glucosidase, urease and phosphatase varied, especially in the treatments with high microplastic addition. Particles that were considerably smaller than the initially added microplastic particles were observed after 30 days incubation. This result thus implied that microplastic would hardly affect glyphosate decay but smaller plastic particles accumulated in soils which potentially threaten soil quality would be further concerned especially in the regions with intensive plastic mulching application. Microplastic hardly affected herbicide glyphosate decay in soil but soil microbial activities which, in turn, would indirectly influence pesticide behaviour in soil ecosystem.

Invasieve exoten bestrijden ja of nee
Dijk, Chris van - \ 2018
Homologous recombination between genetically divergent campylobacter fetus lineages supports host-associated speciation
Gilbert, Maarten J. ; Duim, Birgitta ; Graaf-van Bloois, Linda van der; Wagenaar, Jaap A. ; Zomer, Aldert L. - \ 2018
Genome Biology and Evolution 10 (2018)3. - ISSN 1759-6653 - p. 716 - 722.
Campylobacter fetus - Homologous recombination - Host association - Reptile - Speciation - Whole genome sequencing

Homologous recombination is a major driver of bacterial speciation. Genetic divergence and host association are important factors influencing homologous recombination. Here, we study these factors for Campylobacter fetus, which shows a distinct intraspecific host dichotomy. Campylobacter fetus subspecies fetus (Cff) and venerealis are associated with mammals, whereas C. fetus subsp. testudinum (Cft) is associated with reptiles. Recombination between these genetically divergent C. fetus lineages is extremely rare. Previously it was impossible to show whether this barrier to recombination was determined by the differential host preferences, by the genetic divergence between both lineages or by other factors influencing recombination, such as restriction-modification, CRISPR/Cas, and transformation systems. Fortuitously, a distinct C. fetus lineage (ST69) was found, which was highly related to mammal-associated C. fetus, yet isolated from a chelonian. The whole genome sequences of two C. fetus ST69 isolates were compared with those of mammal- and reptile-associated C. fetus strains for phylogenetic and recombination analysis. In total, 5.1-5.5% of the core genome of both ST69 isolates showed signs of recombination. Of the predicted recombination regions, 80.4% were most closely related to Cft, 14.3% to Cff, and 5.6% to C. iguaniorum. Recombination from C. fetus ST69 to Cft was also detected, but to a lesser extent and only in chelonian-associated Cft strains. This study shows that despite substantial genetic divergence no absolute barrier to homologous recombination exists between two distinct C. fetus lineages when occurring in the same host type, which provides valuable insights in bacterial speciation and evolution.

Check title to add to marked list
<< previous | next >>

Show 20 50 100 records per page

 
Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.