De Hydrotheek bevat publicaties, zowel rapporten als tijdschriftartikelen, op het gebied van hydrologie, aquatische ecologie, water- en afvalwaterbeheer in Nederland.
Het bijeenbrengen en beschikbaar stellen is een initiatief van de STOWA (Stichting Toegepast Onderzoek Waterbeheer).
De collectie en de database worden onderhouden door Bibliotheek de Haaff, onderdeel van Bibliotheek Wageningen UR.