Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 67

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Understanding relations between pastoralism and its changing natural environment
    Tamou, Charles - \ 2017
    Wageningen University. Promotor(en): I.J.M. Boer, co-promotor(en): S.J. Oosting; R. Ripoll Bosch; I. Youssao Aboudou Karim. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789463431552 - 154
    pastoralism - livestock - grazing - crop production - nature conservation - cattle breeds - environment - nature reserves - benin - pastoralisme - vee - begrazing - gewasproductie - natuurbescherming - rundveerassen - milieu - natuurreservaten - benin

    The competition for land has become an issue of major concern and cause of conflict, especially between pastoralists and crop farmers, but also between pastoralists and nature conservation institutions. The Biosphere Reserve of W in Benin Republic (WBR) and its surrounding lands are located in the agro-pastoral contact zone in West Africa, enabling competition for land, and affecting the relations between pastoralism and its environment. The general aim of this thesis, therefore, was to understand the relations between pastoralism and its changing natural environment. In terms of land use change, cropland area around WBR expanded, whereas grazing area reduced. Population growth and rising demand for food crops and cash crops were the indirect causes of this loss of grazing lands. Competing claims over land existed between crop farmers and pastoralists, among crop farmers, and among crop farmers, pastoralists, and the WBR authority due to past expropriation, unfair and incomplete implementation of the WBR regulations and the increasing shift of pastoral lifestyle to crop farming. In terms of effects of grazing on plant communities, highly grazed sites had more species diversity than lowly grazed sites. This suggests that the current level of grazing was not damaging plant communities’ diversity. Annual species dominated the surveyed vegetation, suggesting that restoration of grazing lands with perennials requires human intervention. Herding involves taking decisions and moving of livestock in search for feed. Herding decisions are based on traditional ecological knowledge (TEK) of soil, forage and livestock. Pastoralists identified five different soils, which they selected for herding at different times of the year. Perennial grasses were perceived of high nutritional quality, whereas annuals were of low nutritional quality. Afzelia africana had high perceived quality for milk production, whereas Khaya senegalensis had the highest perceived quality for meat production, health and strength. In decision making for herding, pastoralists used a holistic approach, combining TEK about soil, vegetation and livestock, in a structured and prioritised reasoning. Changes in the pastoral system can lead to changes in desired livestock traits, which may lead to loss of indigenous breeds. Keteeji was valued for its endurance and tolerance to trypanosomiasis, Bodeeji was highly valued for endurance and Gudali was perceived of high value for meat and milk production, but of low value for endurance. To deal with the changing and unfavourable conditions of their environment, pastoralists preferred cattle breeds performing well on adaptive traits i.e. withstanding hunger, intelligence, and withstanding disease. Our results suggest that pastoralism is under pressure and that its survival depends on policies. In the pessimistic scenario, i.e. without any change, pastoralists will use, likely, the stepping-out strategy in the future. In the optimistic scenario, two possible institutional interventions could help maintaining pastoralism in the region: payments for ecosystem services provided by pastoralism, and association of pastoralism with nature conservation. In practice, however, the implementation of these two interventions is very challenging, which implies an increasing vulnerability of pastoralists and pastoral lifestyle.

    Iris als registratiesysteem voor runderrassen
    Maurice - Van Eijndhoven, M.H.T. ; Oldenbroek, J.K. - \ 2016
    Zeldzaam huisdier 41 (2016)1. - ISSN 0929-905X
    zeldzame rassen - registratie - rundveerassen - computer software - stamboeken - bedrijfsinformatiesystemen - rare breeds - registration - cattle breeds - computer software - herdbooks - management information systems
    In een serie artikelen worden de mogelijkheden van registratiesystemen voor zeldzame rassen toegelicht. In dit artikel komt het IRISsysteem van veeverbeteringsorganisatie CRV aan de orde, dat in combinatie met het CRV-managementpakket VeeManager ook mogelijkheden biedt voor de zeldzame runderrassen.
    Verwantschap en inteelt bij de Groninger blaarkop
    Oldenbroek, K. ; Maurice - Van Eijndhoven, M.H.T. - \ 2015
    Zeldzaam huisdier 40 (2015)3. - ISSN 0929-905X - p. 18 - 19.
    rundvee - melkproductie - vleesproductie - groninger blaarkop - rassen (dieren) - dubbel-doel rassen - verwantschap - inteelt - zeldzame rassen - nageslachtproductie - rundveerassen - cattle - milk production - meat production - groningen white headed - breeds - dual purpose breeds - kinship - inbreeding - rare breeds - progeny production - cattle breeds
    Sinds de vorming van de rundveestamboeken in 1874 wordt de
    Groninger blaarkop als een apart ras beschouwd. Van oudsher werd
    het ras voornamelijk gefokt in Groningen en in Zuid- en Noord-
    Holland als een echt dubbeldoelras: geschikt voor melk- en vleesproductie.
    Hoe staat het ras er nu voor qua verwantschap en inteelt?
    Blaarkopfokplan voor de toekomst : ras van het jaar
    Oldenbroek, J.K. ; Faber, J.H. ; Wieringa, R. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)4. - ISSN 0929-905X - p. 8 - 9.
    rundvee - rundveeteelt - rundveerassen - groninger blaarkop - dierveredeling - fokkerijmethoden - veredelingsprogramma - cattle - cattle farming - cattle breeds - groningen white headed - animal breeding - animal breeding methods - breeding programmes
    Eind 2013 heeft de SZH met de blaarkopbestuurders een strategiedag gehouden. Daaruit kwam onder meer naar voren dat er behoefte is aan een goed en doelgericht fokplan. Onlangs is de Landelijke (Fok)-Commissie begonnen het fokplan uit te werken.
    Bloedgroepen bij rundvee. Deel 4: Bloedgroepen bij Roodbont Fries Vee, Brandroden en Lakenvelders
    Oldenbroek, J.K. ; Buys, K. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)4. - ISSN 0929-905X - p. 10 - 11.
    rundveerassen - bloedgroepen - rassen (dieren) - zeldzame rassen - genetische merkers - rundveeteelt - afstamming - cattle breeds - blood groups - breeds - rare breeds - genetic markers - cattle farming - parentage
    Onderzoekers gebruikten bloedgroepenonderzoek om genetische verschillen tussen rassen te bestuderen. Fokkers van zeldzame rassen, zoals Roodbont Fries vee, Brandrood en Lakenvelder, hebben dit aangegrepen om te zien of ze echt een bijzonder ras in handen hadden.
    Genetic variation of milk fatty acid composition between and within dairy cattle breeds
    Maurice - Van Eijndhoven, M.H.T. - \ 2014
    Wageningen University. Promotor(en): Johan van Arendonk; Roel Veerkamp, co-promotor(en): Mario Calus. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462571488 - 184
    dierveredeling - melkkoeien - vetzuren - melk - genetische variatie - rundveerassen - heritability - melkvet - genetische bronnen van diersoorten - melkveehouderij - animal breeding - dairy cows - fatty acids - milk - genetic variation - cattle breeds - heritability - milk fat - animal genetic resources - dairy farming


    Maurice – Van Eijndhoven, M.H.T. (2014). Genetic variation of milk fatty acid composition between and within dairy cattle breeds. PhD thesis, Wageningen University, the Netherlands

    Fat is one of the main components in bovine milk and comprises a large number of individual fatty acids (FA). The composition of FA in milk varies considerably due to differences in the genetics and nutrition of cows and an increasing interest in the possibilities for modifying FA composition can be noticed nowadays. In this thesis two fields of interest were combined, namely: production of milk with specific milk fat composition and conservation of native cattle breeds. Therewith, the overall objective of this thesis was to investigate the variability of detailed milk FA composition between and within different dairy cattle breeds, including the mainstream Holstein Friesian (HF) and Jersey, and the native dual purpose breeds Meuse-Rhine-Yssel (MRY), Groningen White Headed (GWH) and Dutch Friesian (DF) in the Netherlands. For this study the accuracy of mid-infrared (MIR) spectrometry was evaluated for predicting FA composition in different breeds. Differences of milk FA composition within and between breeds were investigated using MIR and Gas Chromatography (GC) information. Finally, similarities in genomic variation associated with detailed milk fat composition between the mainstream HF breed and native dual purpose breeds were studied. Results show that MIR is an accurate method for predicting FA composition among different breeds and countries. Evaluating the FA composition in different breeds, differences were found in milk FA composition among herds using different cattle breeds in the Netherlands, based on detailed milk FA measurements using GC. Evaluating the FA composition in milk between and within breeds using a large dataset that included MIR spectra of milk from cows from a range of farms using one or more breeds, in general, only minor breed differences in FA composition were found and HF showed more genetic variation in FA composition compared to MRY. Furthermore, differences were detected between the native breeds MRY, DF and GWH in genomic variations of regions that are associated with FA composition in HF, while most variation in these main regions was clearly observed in HF. Overall, it was concluded that no large differences existed in milk FA composition among the native Dutch dual purpose breeds and the mainstream HF breed. It is suggested, however, that selecting specific FA composition differences in farms using different breeds in the Netherlands can attribute to modifying the FA composition in bovine milk production.

    Consequences of splitting whole-genome sequencing effort over multiple breeds on imputation accuracy
    Bouwman, A.C. ; Veerkamp, R.F. - \ 2014
    BMC Genetics 15 (2014). - ISSN 1471-2156 - 9 p.
    genotype imputation - cattle breeds - linkage disequilibrium - phase - populations - jersey - values
    The aim of this study was to determine the consequences of splitting sequencing effort over multiple breeds for imputation accuracy from a high-density SNP chip towards whole-genome sequence. Such information would assist for instance numerical smaller cattle breeds, but also pig and chicken breeders, who have to choose wisely how to spend their sequencing efforts over all the breeds or lines they evaluate. Sequence data from cattle breeds was used, because there are currently relatively many individuals from several breeds sequenced within the 1,000 Bull Genomes project. The advantage of whole-genome sequence data is that it carries the causal mutations, but the question is whether it is possible to impute the causal variants accurately. This study therefore focussed on imputation accuracy of variants with low minor allele frequency and breed specific variants. Results Imputation accuracy was assessed for chromosome 1 and 29 as the correlation between observed and imputed genotypes. For chromosome 1, the average imputation accuracy was 0.70 with a reference population of 20 Holstein, and increased to 0.83 when the reference population was increased by including 3 other dairy breeds with 20 animals each. When the same amount of animals from the Holstein breed were added the accuracy improved to 0.88, while adding the 3 other breeds to the reference population of 80 Holstein improved the average imputation accuracy marginally to 0.89. For chromosome 29, the average imputation accuracy was lower. Some variants benefitted from the inclusion of other breeds in the reference population, initially determined by the MAF of the variant in each breed, but even Holstein specific variants did gain imputation accuracy from the multi-breed reference population. Conclusions This study shows that splitting sequencing effort over multiple breeds and combining the reference populations is a good strategy for imputation from high-density SNP panels towards whole-genome sequence when reference populations are small and sequencing effort is limiting. When sequencing effort is limiting and interest lays in multiple breeds or lines this provides imputation of each breed.
    DNA-onderzoek beantwoordt veel vragen over het Roodbont Fries Vee
    Oldenbroek, J.K. ; Calus, M.P.L. ; Windig, J.J. ; Hulsegge, B. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)3. - ISSN 0929-905X - p. 12 - 15.
    rundveehouderij - friese roodbonte - stamboeken - dna - genetica - rundveerassen - genetische variatie - cattle husbandry - dutch red pied friesian - herdbooks - dna - genetics - cattle breeds - genetic variation
    De SZH en het CGN ondersteunen de fokkerij van het Roodbont Fries Vee. Met hulp van de rundveefokkerijorganisatie CRV is er op kosten van de SZH een DNA-onderzoek op de Universiteit van Luik uitgevoerd. Het DNA-onderzoek geeft duidelijke antwoorden over de verschillen in genetische samenstelling in het Roodbont Fries Vee en de verschillen met de andere Nederlandse rassen.
    Boekbespreking: Het oerrund, een levende legende
    Oldenbroek, J.K. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)3. - ISSN 0929-905X - p. 20 - 21.
    rundvee - rundveerassen - bos primigenius - domesticatie - rassen (dieren) - begrazing - cattle - cattle breeds - bos primigenius - domestication - breeds - grazing
    Uitgeverij Roodbont heeft een interessant boek uitgegeven over de achtergronden van een project waarin het uitgestorven oerrund teruggefokt wordt. Het is een initiatief van de stichting Taurus samen met Rewilding Europe en ARK Natuurontwikkeling. Het is een boek geworden met veel informatie over de geschiedenis van het (oer)rund, de rol die het speelde bij begrazing, de domesticatie en over de rassen van nu die het meest op het oerrund lijken. Het boek is geïllustreerd met schitterende tekeningen en foto’s.
    Bloedgroepen bij rundvee. Deel 3: Bloedgroepenonderzoek bij blaarkoppen
    Oldenbroek, J.K. ; Buys, K. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)3. - ISSN 0929-905X - p. 8 - 9.
    groninger blaarkop - rundveerassen - rundveeteelt - bloedgroepen - rassen (dieren) - genetische variatie - zeldzame rassen - groningen white headed - cattle breeds - cattle farming - blood groups - breeds - genetic variation - rare breeds
    Dat de Groninger blaarkop een ras is met bijzondere eigenschappen blijkt ook uit het bloedgroepenonderzoek. De bloedgroepsystemen van blaarkoppen verschillen duidelijk van die van roodbonten en zwartbonten. Dat is ook niet zo verwonderlijk, omdat ze al sinds de oprichting van de stamboeken gescheiden gefokt zijn.
    Bloedgroepen bij rundvee. Deel 2: Verschillen tussen zwartbont en roodbont
    Oldenbroek, J.K. ; Buys, J. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)2. - ISSN 0929-905X - p. 10 - 13.
    rundveeteelt - bloedgroepen - rundveerassen - rassen (dieren) - genetische variatie - roodbont maas-rijn-ijsselvee - groninger blaarkop - zwartbont - zeldzame rassen - cattle farming - blood groups - cattle breeds - breeds - genetic variation - meuse-rhine-yssel - groningen white headed - holstein-friesian - rare breeds
    In het vorige nummer is uiteengezet wat bloedgroepen zijn en dat met bloedgroepen erfelijke verschillen en overeenkomsten tussen rassen aangetoond kunnen worden. In 1993 heeft John Bruin de verschillen tussen zwartbonte en roodbonte runderen onderzocht. Dit is het laatste onderzoek geweest dat met bloedgroepen is uitgevoerd.
    Bloedgroepen bij rundvee als DNA-merkers
    Oldenbroek, J.K. - \ 2014
    Zeldzaam huisdier 39 (2014)1. - ISSN 0929-905X - p. 10 - 13.
    rundveerassen - bloedgroepen - rundveeteelt - rassen (dieren) - zeldzame rassen - genetische merkers - afstamming - antigenen - cattle breeds - blood groups - cattle farming - breeds - rare breeds - genetic markers - parentage - antigens
    Om vast te stellen of de afstamming van een fokdier klopte, werd tussen 1940 en 1990 wereldwijd het bloedgroepenonderzoek gebruikt. In een reeks artikelen willen we aangeven welke inzichten het bloedgroepenonderzoek gegeven heeft in de genetische samenstelling van de zeldzame Nederlandse runderrassen FH, Fries roodbont, MRIJ, Groninger blaarkop en Lakenvelder. Hier het eerste artikel.
    Hoe gaat het met de zeldzame landbouwhuisdierrassen in Nederland. Deel 1: De diersoorten rund, paard, schaap en geit.
    Jansen, H. ; Hoving-Bolink, A.H. ; Hiemstra, S.J. - \ 2013
    Zeldzaam huisdier 37 (2013). - ISSN 0929-905X - p. 6 - 8.
    zeldzame rassen - rundveerassen - paardenrassen - schapenrassen - geitenrassen - dierveredeling - genetische bronnen van diersoorten - stamboeken - schapenstamboeken - paardenstamboeken - rare breeds - cattle breeds - horse breeds - sheep breeds - goat breeds - animal breeding - animal genetic resources - herdbooks - flockbooks - studbooks
    Het Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) inventariseert regelmatig in nauwe samenwerking met de Stichting Zeldzame Huisdierrassen (SZH), de rasverenigingen en stamboeken de gegevens over het aantal vrouwelijke en mannelijke fokdieren van de zeldzame landbouwhuisdierrassen. Aan de hand van deze gegevens worden de rassen in een risicocategorie geplaatst. In dit nummer staan de gegevens voor de runderen, paarden, schapen en geiten. In het volgende nummer worden de gegevens voor de soorten kip, gans, eend, duif, hond, konijn en varken gepresenteerd.
    Genetische variatie in de Nederlandse populatie Brandrode runderen : analyse en beleidsadvies
    Hulsegge, B. ; Windig, J.J. ; Hiemstra, S.J. ; Hoving, A.H. - \ 2013
    Lelystad : Centrum voor Genetische Bronnen Wageningen UR (CGN rapport 27) - 22
    brandrode - rundveerassen - stieren - inteelt - genetische bronnen van diersoorten - zeldzame rassen - deep red cattle - cattle breeds - steers - inbreeding - animal genetic resources - rare breeds
    Het Brandrode rund is een zeldzaam Nederlands runderras. In 2007 heeft CGN de populatie Brandrode runderen geanalyseerd. In vervolg op het onderzoek uit 2007 is afgesproken dit onderzoek te herhalen met de data van 2012. Het doel van het onderzoek van 2007 was het in kaart brengen van de situatie van het Brandrode rund en het aandragen van bouwstenen voor een goed genetisch beheer. Op verzoek van het stamboek heeft CGN de situatie opnieuw geanalyseerd men aanvullende gegevens uit 2012 en zijn adviezen geformuleerd voor het fokbeleid. In dit verslag worden de uitkomsten van de analyse en het daarop gebaseerd beleidsadvies en paringsadvies beschreven.
    Meer dan 100 zeldzame rassen van boerderijdieren (interview met Rita Hoving)
    Hoving-Bolink, A.H. ; Klein Swormink, B. - \ 2013
    Boerenvee 2013 (2013)4. - ISSN 1875-6905 - p. 38 - 40.
    zeldzame rassen - rundveerassen - paardenrassen - varkensrassen - stamboeken - paardenstamboeken - schapenstamboeken - kippenrassen - geitenrassen - konijnen - schapenrassen - hondenrassen - genetische bronnen van diersoorten - rare breeds - cattle breeds - horse breeds - pig breeds - herdbooks - studbooks - flockbooks - fowl breeds - goat breeds - rabbits - sheep breeds - dog breeds - animal genetic resources
    Het Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) van Wageningen UR telt regelmatig aantallen fokdieren van landbouwhuisdierrassen in Nederland. Bij ieder cijfer hoort een verhaal.
    De vererving van het witrikpatroon en de variatie daaarin
    Schoon, M. ; Oldenbroek, J.K. ; Oijen, M. van - \ 2013
    Zeldzaam huisdier 38 (2013)3. - ISSN 0929-905X - p. 18 - 19.
    witrik - rundveerassen - zeldzame rassen - diergenetica - dierveredeling - kleur - overerving - coloursides white back - cattle breeds - rare breeds - animal genetics - animal breeding - colour - inheritance
    In een afstudeeropdracht voor van Hall Larenstein is de vererving van de witrikkleur bij runderen bestudeerd en is de vraag beantwoord waarom er zoveel kleurpatronen zijn binnen deze kleurslag.
    Zeldzame rassen in het cultuurlandschap
    Oldenbroek, J.K. - \ 2013
    Zeldzaam huisdier 38 (2013)2. - ISSN 0929-905X - p. 20 - 21.
    zeldzame rassen - rundveerassen - schapenrassen - geitenrassen - paardenrassen - begrazing - cultuurlandschap - landschapsbeheer - rare breeds - cattle breeds - sheep breeds - goat breeds - horse breeds - grazing - cultural landscape - landscape management
    In 2012 nam Harm Piek afscheid als bestuurslid van de SZH. Harm werkt nu als vrijwilliger bij zijn vroegere werkgever Natuurmonumenten. Hij heeft veel kennis over de inrichting en het onderhoud van oude cultuurlandschappen met grazers. Harm Piek verdedigt sterk het standpunt dat dieren van zeldzame rassen moeten worden ingezet in de streek waar ze historisch gezien thuishoren. Genoeg redenen voor een interview met Harm Piek.
    De toekomst van de Friese roodbonte koe
    Oldenbroek, J.K. - \ 2013
    Zeldzaam huisdier 38 (2013)1. - ISSN 0929-905X - p. 16 - 17.
    friese roodbonte - rundveerassen - zeldzame rassen - dutch red pied friesian - cattle breeds - rare breeds
    De jaarvergadering van de Stichting Roodbont Fries Vee stond in het teken van de toekomst van de Friese roodbonte koe.
    Development of a genetic tool for product regulation in the diverse British pig breed market
    Wilkinson, H.S. ; Archibald, A.L. ; Haley, C.S. ; Megens, H.J.W.C. ; Crooijmans, R.P.M.A. ; Groenen, M. - \ 2012
    BMC Genomics 13 (2012). - ISSN 1471-2164 - 12 p.
    multilocus genotypes - assignment tests - food forensics - cattle breeds - dna - populations - identification - adulteration - traceability - individuals
    Background - The application of DNA markers for the identification of biological samples from both human and non-human species is widespread and includes use in food authentication. In the food industry the financial incentive to substituting the true name of a food product with a higher value alternative is driving food fraud. This applies to British pork products where products derived from traditional pig breeds are of premium value. The objective of this study was to develop a genetic assay for regulatory authentication of traditional pig breed-labelled products in the porcine food industry in the United Kingdom. Results - The dataset comprised of a comprehensive coverage of breed types present in Britain: 460 individuals from 7 traditional breeds, 5 commercial purebreds, 1 imported European breed and 1 imported Asian breed were genotyped using the PorcineSNP60 beadchip. Following breed-informative SNP selection, assignment power was calculated for increasing SNP panel size. A 96-plex assay created using the most informative SNPs revealed remarkably high genetic differentiation between the British pig breeds, with an average FST of 0.54 and Bayesian clustering analysis also indicated that they were distinct homogenous populations. The posterior probability of assignment of any individual of a presumed origin actually originating from that breed given an alternative breed origin was¿>¿99.5% in 174 out of 182 contrasts, at a test value of log(LR)¿>¿0. Validation of the 96-plex assay using independent test samples of known origin was successful; a subsequent survey of market samples revealed a high level of breed label conformity. Conclusion - The newly created 96-plex assay using selected markers from the PorcineSNP60 beadchip enables powerful assignment of samples to traditional breed origin and can effectively identify mislabelling, providing a highly effective tool for DNA analysis in food forensics.
    Pleiotropic effects of polymorphism of the gene diacylglycerol-O-transferase 1 (DGAT1) in the mammary gland tissue of dairy cows
    Mach Casellas, N. ; Blum, Y. ; Bannink, A. ; Causeur, D. ; Houee-Bigot, M. ; Lagarrigue, S. ; Smits, M.A. - \ 2012
    Journal of Dairy Science 95 (2012)9. - ISSN 0022-0302 - p. 4989 - 5000.
    milk-production - germplasm collections - cattle breeds - factor model - fatty-acids - r-package - expression - traits - french - nucleotide
    Microarray analysis was used to identify genes whose expression in the mammary gland of Holstein-Friesian dairy cows was affected by the nonconservative Ala to Lys amino acid substitution at position 232 in exon VIII of the diacylglycerol-O-transferase 1 (DGAT1) gene. Mammary gland biopsies of 9 homozygous Ala cows, 13 heterozygous cows (Ala/Lys), and 4 homozygous Lys cows in midlactation were taken. Microarray ANOVA and factor analysis for multiple testing methods were used as statistical methods to associate the expression level of the genes present on Affymetrix bovine genome arrays (Affymetrix Inc., Santa Clara, CA) with the DGAT1 gene polymorphism. The data was also analyzed at the level of functional modules by gene set enrichment analysis. In this small-scale experimental setting, DGAT1 gene polymorphism did not modify milk yield and composition significantly, although expected changes occurred in the yields of C14:0, cis-9 C16:1, and long-chain fatty acids. Diacylglycerol-O-transferase 1 gene polymorphism affected the expression of 30 annotated genes related to cell growth, proliferation, and development, remodeling of the tissue, cell signaling and immune system response. Furthermore, the main affected functional modules were related to energy metabolism (lipid biosynthesis, oxidative phosphorylation, electron transport chain, citrate cycle, and propanoate metabolism), protein degradation (proteosome-ubiquitin pathways), and the immune system. We hypothesize that the observed differences in transcriptional activity reflect counter mechanisms of mammary gland tissue to respond to changes in milk fatty acid concentration or composition, or both
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.