Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 46

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Gomphrena claussenii, a Zn and Cd hyperbioindicator species
    Tomaz Villafort Carvalho, M. - \ 2016
    Wageningen University. Promotor(en): Maarten Koornneef, co-promotor(en): Mark Aarts. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462576360 - 196
    gomphrena - indicator plants - zinc - cadmium - indicator species - metal tolerance - gene expression - gomphrena - indicatorplanten - zink - cadmium - indicatorsoorten - metaaltolerantie - genexpressie
    Gomphrena claussenii, a Zn and Cd hyperbioindicator species

    A small group of plant species called metallophytes have evolved the ability to grow in highly metal-enriched soils that are toxic to other plants. Some of these metal-tolerant species have evolved the ability to accumulate high levels of metals or metalloids, such as nickel (Ni), zinc (Zn), arsenic (As), cadmium (Cd) and lead (Pb). Important progress towards understanding the physiological and molecular basis of metal and metalloid homeostasis in plants has been made by studying these metal hyperaccumulator species, which may also be useful for as the basis of phytoremediation technologies in which plants are used to stabilize or extract metals from soil. Gomphrena claussenii Moq. (Amaranthaceae), is a previously uncharacterized plant species which grows in the metal‑rich soils of a Zn mining area in the state of Minas Gerais, Brazil. This thesis describes the investigation of G. claussenii to determine the molecular basis of its ability to tolerate and accumulate Zn and Cd.

    Chapter 2 presents a detailed comparative investigation of the physiological impact of Zn and Cd exposure on G. claussenii and the closely-related non-tolerant species G. elegans Mart. growing in soil or in hydroponic conditions. The impact of Zn/Cd in each species was determined by measuring growth characteristics such as biomass and root elongation. It was found that G. claussenii plants growing in the field in the Zn mining area accumulated up to 10434 µg Zn and 96 µg Cd per gram of shoot dry weight. Under hydroponic conditions, G. claussenii tolerated up to 3000 µM Zn and up to 100 µM Cd, showing only slight metal toxicity symptoms at the highest concentrations and no significant decrease in biomass or root length. In contrast, G. elegans showed significant toxicity symptoms at 100 µM Zn and 5 µM Cd. It was also found that both species accumulated more Zn and Cd in roots than shoots and that metal accumulation in G. claussenii showed a bioindicator-like response. Finally, the concentrations of other minerals such as Fe and Mn were not affected by Zn/Cd in G. claussenii shoots but declined dramatically in G. elegans in the presence of Zn/Cd. Taken together, these results indicated that G. claussenii is extremely tolerant to Zn and Cd and accumulates high levels of these metals in shoots, making it potentially valuable for phytoremediation applications.

    Chapter 3 addresses the distribution of Zn/Cd in G. claussenii stem and leaf tissues, and metabolic profiles were used to investigate the involvement of metabolites in the sequestration of Zn/Cd. G. claussenii plants were exposed to high concentrations of Zn/Cd and analysed by scanning electron microscopy using energy dispersive X-ray (SEM-EDX) and micro-proton-induced X‑ray emission (micro-PIXE) technologies. We also investigated the dynamic profiles of primary metabolites in roots and shoots exposed to high levels of Zn/Cd to identify potential ligands for these metals. We observed the presence of abundant calcium oxalate (CaOx) crystals in the stem and leaf tissues of G. claussenii plants exposed to control and high levels of Cd, but intriguingly the number of crystals declined in the presence of Zn. Cd was shown to co‑localize with calcium (Ca) in the CaOx crystals, indicating that Cd sequestration in vacuolar CaOx crystals in G. claussenii is part of a tolerance mechanism to deal with excess Cd accumulation. Furthermore, citrate, malate and oxalate levels all increased in the shoots of G. claussenii exposed to Zn/Cd suggesting these organic acids are involved in metal chelation and contribute to metal tolerance.

    Chapter 4 focuses on the molecular genetic aspects of hypertolerance in G. claussenii. The comparative transcriptomics analysis of G. claussenii and G. elegans was used to identify genes potentially responsible for the adaptation of G. claussenii to high Zn/Cd exposure. The transcriptional response of both species to high Zn/Cd concentrations was investigated by RNA-Seq analysis. Transcript sequences were annotated, and differential expression induced by Zn/Cd exposure was analysed in G. claussenii and G. elegans roots and shoots. Orthologous transcript pairs were identified between both species, allowing the direct comparison of gene expression profiles. G. elegans showed a stronger transcriptional response to metal exposure than G. claussenii, featuring the significant modulation of 10–20 times as many genes. Many of these transcripts encode proteins involved in metal homeostasis or stress responses. Metal hypertolerance in G. claussenii therefore appears to be a constitutive expression trait, based on adaptations in the metal homeostasis and general stress response.

    Chapter 5 summarizes and evaluates the knowledge gained by the investigation set out in this thesis, focusing on the relevance of the information obtained from G. claussenii and its contribution to our current understanding of metal hypertolerance. It is also discussed the benefits of G. claussenii for phytoremediation applications, as well as its potential for future research activities.

    Monitoren van plagen aan de hand van bloeitijdstippen : eindrapportage
    Elberse, I.A.M. ; Hop, M.E.C.M. - \ 2009
    Lisse : PPO Bloembollen en Bomen - 32
    plantenplagen - gewasmonitoring - plantenziekten - gewasbescherming - bloei - landbouwkundig onderzoek - precisielandbouw - indicatorplanten - plant pests - crop monitoring - plant diseases - plant protection - flowering - agricultural research - precision agriculture - indicator plants
    Het goed monitoren van ziekten en plagen is belangrijk voor een zo efficiënt mogelijke beheersing ervan. Het is vrij lastig om goed te monitoren; vaak valt een plaag pas op als er schade is en het beste bestrijdingsmoment al voorbij is. Er is dus behoefte aan een eenvoudig hulpmiddel bij het monitoren. Het moment waarop insecten in het voorjaar te voorschijn komen, hangt onder meer samen met temperatuursom en daglengte. Voor het moment van in bloei komen van planten geldt hetzelfde. Wanneer een plant gevonden wordt die op dezelfde manier reageert met in bloei komen als het insect met te voorschijn komen, kan de bloei van deze plant als een waarschuwing gelden voor het verschijnen van het insect. Een dergelijke indicatorplant zou een eenvoudig en goedkoop hulpmiddel zijn voor het monitoren. Een indicatorplant kan elke willekeurige plant zijn en hoeft niet het gewas te zijn waarop de plaag voorkomt. Er is gezocht naar indicatorplanten voor twaalf insecten die in de boomkwekerij problemen veroorzaken.
    Indicatieve plantensoorten voor habitattypen : rapport in het kader van het WOT programma Informatievoorziening Natuur i.o. (WOT IN)
    Aggenbach, C.J.S. ; Hunneman, H. ; Jalink, M.J. - \ 2008
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1707) - 37
    habitats - indicatorplanten - vegetatie - ecotypen - grondwater - indicatorsoorten - habitatrichtlijn - abiotiek - ecohydrologie - habitats - indicator plants - vegetation - ecotypes - groundwater - indicator species - habitats directive - abiotic conditions - ecohydrology
    In het kader van de Europese Habitatrichtlijn zijn de lidstaten verplicht om periodiek te rapporteren over de Staat van Instandhouding van Habitatgebieden. Een van de aspecten waarover gerapporteerd dient te worden is 'Structuur en Functie'. Dit aspect bestaat uit verschillende onderdelen, waarvan abiotische condities er één is. Abiotische condities kunnen direct gemeten worden, maar in sommige gevallen is het efficiënter die condities te schatten via indicatorsoorten. Dit rapport geeft een overzicht van de soorten die daarvoor gebruikt kunnen worden, en de condities die zij indiceren in relatie tot de per Habitattype gewenste condities. Deze analyse heeft plaatsgevonden voor een selectie van kritische (meest aan grondwater gebonden) Habitattypen, en bouwt voort op eerder door KIWA verrichte analyses op dit gebied.
    Dutch environmental indicator for plant protection products, version 2 : input, calculation and aggregation procedures
    Linden, A.M.A. van der; Groenwold, J.G. ; Kruijne, R. ; Merkelbach, R.C.M. - \ 2008
    Bilthoven : RIVM (RIVM report 607600002/2008) - 69
    pesticiden - vegetatie - indicatoren - indicatorplanten - milieueffect - modellen - pesticides - vegetation - indicators - indicator plants - environmental impact - models
    The Dutch Environmental Indicator for plant protection products (NMI) is a software package used for calculating the potential environmental impact of plant protection products, which are used in agriculture. This report gives an overview of input data and calculation and aggregation procedures used to estimate the emissions and potential impacts of these products
    Bloeiende planten waarschuwen kwekers voor plaaginsecten
    Elberse, I.A.M. ; Reijers, N. ; Blok, J.J. de - \ 2008
    De Boomkwekerij 2008 (2008)3. - ISSN 0923-2443 - p. 10 - 11.
    boomkwekerijen - insectenplagen - indicatorplanten - indicatorsoorten - bloeidatum - bestrijdingsmethoden - gewasbescherming - bloeiende planten - forest nurseries - insect pests - indicator plants - indicator species - flowering date - control methods - plant protection - flowering plants
    Het blijkt dat de bloei van sommige gewassen vaak samen valt met de eerste vlucht van bepaalde plaaginsecten. PPO zocht dit soort indicatorplanten om de kweker te kunnen helpen bij een gerichtere bestrijding, want een goede waarnemingsmethode is van groot belang.
    Recreatief medegebruik van EVZ, HEN, en SED in Waterschap Rijn en IJssel : ecologische effecten en inpassingsbeoordeling
    Henkens, R.J.H.G. ; Molenaar, J.G. de; Ottburg, F.G.W.A. - \ 2007
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1514) - 76
    openluchtrecreatie - indicatorsoorten - indicatorplanten - ecologie - landschapsecologie - nederland - vegetatie - kennis - ecologische hoofdstructuur - waterschappen - outdoor recreation - indicator species - indicator plants - ecology - landscape ecology - netherlands - vegetation - knowledge - ecological network - polder boards
    Het Waterschap Rijn en IJssel besteedt veel energie en geld in het herstel, de ontwikkeling en het behoud van natuurwaarden in zogenaamde beektypes van het Hoogste Ecologische Niveau (HEN), beektypes met een Specifiek Ecologische Doelstelling (SED) en Ecologische VerbindingsZones (EVZ’s). Het waterschap wil graag recreatief medegebruik langs deze beektypes toestaan, maar dit mag niet ten koste gaan van de ecologische doelstellingen. Daarom is behoefte aan een methodiek waarmee het recreatieve medegebruik kan worden afgewogen en waar mogelijk worden ingepast. Hiertoe is een stappenplan opgesteld en is er een overzicht van sturingsmaatregelen gegeven die aan deze problematiek tegemoet komt
    Biomonitoring: brug tussen industrie en landbouw : indicator-planten als middel om uitstoot schadelijke componenten te signaleren
    Dijk, C.J. van - \ 2003
    Ekoland 23 (2003)4. - ISSN 0926-9142 - p. 20 - 21.
    monitoring - biologische technieken - indicatorplanten - indicatoren - luchtverontreiniging - fabrieksgassen - emissie - gewassen - gewaskwaliteit - biologische monitoring - monitoring - biological techniques - indicator plants - indicators - air pollution - factory fumes - emission - crops - crop quality - biomonitoring
    Uitleg over de mogelijkheden van biomonotoring met indicatorplanten om de effecten van luchtverontreiniging door industriële installaties op de (consumptie)kwaliteit van agrarische gewassen in de omgeving voortijdig te signaleren, de toegepaste technieken en indicatorplanten (spinazie, boerenkool, gras), en de beoordelingscriteria (normen voor diverse componenten; regionale en landelijke achtergrondniveau's)
    Stekelvarendominantie in bossen op arme bodems
    Waal, R.W. de; Bijlsma, R.J. ; Dijkman, E.M. ; Werff, M.M. van der - \ 2001
    De Levende Natuur 102 (2001)3. - ISSN 0024-1520 - p. 118 - 122.
    dryopteris - dryopteris carthusiana - varens - indicatorplanten - bossen - bosecologie - plantenecologie - bosgronden - bodemprofielen - humusvormen - bodemchemie - standplaatsfactoren - dood hout - dode bomen - verval - bodemvruchtbaarheid - bos - vegetatie - voedselrijkdom - ferns - indicator plants - forests - forest ecology - plant ecology - forest soils - soil profiles - humus forms - soil chemistry - site factors - dead wood - dead trees - decay
    In het bosreservaat Galgenberg bij Amerongen is de relatie onderzocht tussen het aanwezige dode hout, het humusprofiel in de bodem en het voorkomen van Brede en Smalle stekelvaren (Dryopteris dilatata en D. carthusiana). Stekelvaren is een waardevolle indicator voor bosontwikkeling, wijzend in de richting van meer zwaar dood hout, een koeler en luchtvochtiger bosklimaat en van meer kleine open plekken in opgaand (multifunctioneel) bos
    Gidssoorten geven ecologische kwaliteit van groen aan
    Koster, A. - \ 2000
    Tuin en Landschap 22 (2000)14. - ISSN 0165-3350 - p. 34 - 36.
    wild plants - indicator plants - vegetation - vegetation management - management - habitats - environment - soil - ecology - plant ecology - green belts - public gardens - public parks - urban forestry - urban areas - urban environment - quality - wilde planten - indicatorplanten - vegetatie - vegetatiebeheer - habitats - milieu - ecologie - stedelijke gebieden - stadsomgeving - kwaliteit - bodem - groene zones - bosbouw in steden - publieke tuinen - openbare parken - bedrijfsvoering - plantenecologie
    Wat is ecologische kwaliteit van stedelijk groen? Planten kunnen hier als indicatorsoorten dienen. Als voorbeeld in een schema de gidssoorten voor verschillende typen vegetaties afhankelijk van het (bodem)milieu, met daarbij de gewenste beheermaatregelen
    Planten als indicatoren voor water
    Witte, J.P.M. ; Runhaar, H. - \ 2000
    Stromingen : vakblad voor hydrologen 6 (2000)14. - ISSN 1382-6069 - p. 5 - 21.
    grondwaterspiegel - plantengemeenschappen - vegetatie - indicatorplanten - ecohydrologie - water table - plant communities - vegetation - indicator plants - ecohydrology
    In dit artikel wordt aan de hand van een voorbeeld inzicht gegeven in het soort problemen waar de ecoloog mee kampt: beschrijving van het onderzoek naar de indicatiewaarden van plantesoorten voor aan de waterhuishouding gerelateerde standplaatsfactoren, zoals de zuurgraad, de voedselrijkdom en de vochttoestand van de bodem. In het bijzonder wordt ingegaan op de standplaatsfactor 'vochttoestand', daarbij onderwijl aantonend dat de volgens deskundigenoordeel opgestelde indicatiewaarden zo gek nog niet zijn, mits rekening wordt gehouden met achterliggende oorzakelijke verbanden
    Mesofiele hitteresistente bodemschimmels
    Bollen, G.J. ; Pol-Luiten, B. van der; Volker, D. - \ 2000
    Gewasbescherming 31 (2000)3. - ISSN 0166-6495 - p. 82 - 83.
    bodemschimmels - gewasbescherming - microbiologie - plantenziekteverwekkende schimmels - verticillium dahliae - indicatorplanten - plantenplagen - plantenziekten - epidemiologie - distributie - potplanten - hydrocultuur - voedingsfilmsysteem - pythium - biologische bestrijding - resistentie tegen pesticiden - conferenties - bodemmicrobiologie - soil fungi - plant protection - microbiology - plant pathogenic fungi - verticillium dahliae - indicator plants - plant pests - plant diseases - epidemiology - distribution - pot plants - hydroponics - nutrient film techniques - pythium - biological control - pesticide resistance - conferences - soil microbiology
    Samenvattingen van lezingen over: een biotoets voor Verticillium dahliae; verspreiding van Phytophthora in eb-vloed systemen bij potplanten; effect van 2,4 diacetylphloroglucinol op de levenscyclus van Pythium; mesofiele hitteresistente bodemschimmels; detectie van agressiviteit in pathosystemen van Rhizoctonia solani
    Experimentele kalibratie van Ellenbergs indicator waarde voor stikstof
    Wamelink, G.W.W. ; Pikaar, P. ; Eerden, L. van der; Dobben, H.F. van - \ 1999
    Wageningen : IBN-DLO, Instituut voor Bos- en Natuuronderzoek - 38
    voedingsstoffen - stikstof - indicatorplanten - bodemvruchtbaarheid - zaailingen - kieming - modellen - voedingsstoffenopname (planten) - kalibratie - experimenten - nutrients - nitrogen - indicator plants - soil fertility - seedlings - germination - models - nutrient uptake - calibration - experiments
    Schatting van responsies van soorten op de milieufactoren vocht, pH en macronutriënten: een aanzet tot calibratie van Ellenbergs indicatiegetallen
    Wamelink, G.W.W. ; Dobben, H.F. van - \ 1996
    Wageningen : IBN-DLO - 109
    assimilatie - biologische indicatoren - chemie - droogte - ecologie - milieu - habitats - vochtigheid - hydrologie - indicatorplanten - indicatoren - metabolisme - plantenvoeding - planten - bodemaciditeit - bodem ph - toxische stoffen - water - kalibratie - chemische factoren - ecohydrologie - assimilation - biological indicators - chemistry - drought - ecology - environment - habitats - humidity - hydrology - indicator plants - indicators - metabolism - plant nutrition - plants - soil acidity - soil ph - toxic substances - water - calibration - chemical factors - ecohydrology
    Ontwikkeling van een biotoets voor het aantonen van herinplantproblemen bij asperge = Development of a bio-assay for Asparagus replant problems
    Poll, J.T.K. ; Huiskamp, T. - \ 1994
    Lelystad : PAGV (Verslag / Proefstation voor de Akkerbouw en de Groenteteelt in de Vollegrond nr. 185) - 75
    asparagus - indicatorplanten - nederland - plantenziekteverwekkende schimmels - beplanten - grondanalyse - bodembiologie - bodemfauna - bodemflora - asparagus - indicator plants - netherlands - plant pathogenic fungi - planting - soil analysis - soil biology - soil fauna - soil flora
    Toxicologische advieswaarden voor effecten van etheen op planten
    Tonneijck, A.E.G. ; Dijk, C.J. van - \ 1994
    Wageningen : AB-DLO (Rapport / AB-DLO 15) - 32
    lucht - luchtverontreiniging - chemie - ethyleen - hygiëne - indicatorplanten - toxische stoffen - chemische factoren - xenobiotica - air - air pollution - chemistry - ethylene - hygiene - indicator plants - toxic substances - chemical factors - xenobiotics
    Analysis of aluminium sensitivity in sorghum (Sorghum bicolor (L.) Moench) genotypes
    Tan, K. - \ 1993
    Agricultural University. Promotor(en): G.R. Findenegg; W.G. Keltjens. - S.l. : Tan - ISBN 9789054850946 - 155
    oogstschade - bodemverontreiniging - bodemgiftigheid - bodemzoutgehalte - Sorghum bicolor - toxische stoffen - chemie - indicatorplanten - toxinen - planten - bodem - aluminium - oogsttoename - oogstverliezen - opbrengsten - zure gronden - kattekleigronden - chemische factoren - crop damage - soil pollution - soil toxicity - soil salinity - Sorghum bicolor - toxic substances - chemistry - indicator plants - toxins - plants - soil - aluminium - yield increases - yield losses - yields - acid soils - acid sulfate soils - chemical factors

    Twelve genotypes of sorghum ( Sorghum bicolor (L.) Moench) differing in Al sensitivity were grown in an acid soil (with additions of lime or MgSO 4 ) and in nutrient solutions (with or without Al at constant pH) for periods between 14 and 35 days. The objective was the identification of the factors controlling dry matter yield of sorghum under different growth conditions. In both media Al was the major constraint, restricting growth in two independent ways: (1) by inducing Mg deficiency and (2) via damaging the roots ( i.e. by giving them a stubby and discolorated appearance and by reducing their specific root length, m g -1dry root). The sensitivities of the genotypes against Al-induced Mg deficiency and Al-induced root damage were not correlated. At moderate acidity (pH around 4.8), Mg deficiency dominantly limited growth whilst at a higher acidity (pH ~4.2) root damage overruled Mg deficiency in its negative effect on growth. At pH 4.8, addition of Mg improved growth by reducing the degree of Mg deficiency. At pH 4.2, Mg improved growth mainly by preventing the roots from Al- induced damage.

    Several external factors modified the AI sensitivity of the genotypes by strengthening or weakening the negative effects of Al on Mg nutrition and root development. At pH 4.2, Ca and NH 4 both counteracted AI-induced root damage but aggravated Al-induced Mg deficiency. The contrary was true for NO 3 . When the concentration of soluble Al was kept approximately constant at 15 μM, both Al-induced root damage and Mg deficiency were aggravated by acidity in the range pH 3.9-4.8. Aluminium toxicity in sorghum grown in nutrient solution was independent of P deficiency, although an increased P supply partly eliminated Al phytotoxicity.

    The results stress the importance of both Al and Mg ions and their interactions in determining growth response of sorghum and other cereals to acid soils.

    Microscopic counting and calculation of species abundances and statistics in real time with an MS-DOS personal computer, applied to bacteria in soil smears
    Bloem, J. ; Mullem, D.K. van; Bolhuis, P.R. - \ 1992
    Journal of Microbiological Methods 16 (1992). - ISSN 0167-7012 - p. 203 - 213.
    indicatorplanten - microscopen - microscopie - grondanalyse - bodembacteriën - bodembiologie - bodemfauna - bodemflora - computer software - programmeren - machine vision - programmeertalen - indicator plants - microscopes - microscopy - soil analysis - soil bacteria - soil biology - soil fauna - soil flora - computer software - programming - machine vision - programming languages
    MOVE : vegetatie - module : de kans op voorkomen van ca. 700 plantesoorten als functie van vocht, pH, nutrienten en zout
    Wiertz, J. ; Dijk, J. van; Latour, J.B. - \ 1992
    Wageningen etc. : IBN-DLO [etc.] (RIN - rapport 92/24) - 137
    chemie - computersimulatie - ecologie - milieu - hydrologie - indicatorplanten - methodologie - modellen - nederland - plantengemeenschappen - plantenecologie - onderzoek - simulatie - simulatiemodellen - bodemaciditeit - bodem ph - stress - technieken - toxische stoffen - vegetatie - chemische factoren - ecohydrologie - fysische factoren - chemistry - computer simulation - ecology - environment - hydrology - indicator plants - methodology - models - netherlands - plant communities - plant ecology - research - simulation - simulation models - soil acidity - soil ph - stress - techniques - toxic substances - vegetation - chemical factors - ecohydrology - physical factors
    Effects of atmospheric chemistry and bark chemistry on epiphytic lichen vegetation in The Netherlands
    Dobben, H.F. van; Wamelink, W. - \ 1992
    Wageningen : IBN-DLO (RIN report 92/23) - 34
    korstmossen - toxische stoffen - chemie - indicatorplanten - neerslag - chemische eigenschappen - zuurgraad - zure regen - bosbouw - straatbomen - houtachtige planten als sierplanten - nederland - chemische factoren - lichens - toxic substances - chemistry - indicator plants - precipitation - chemical properties - acidity - acid rain - forestry - street trees - ornamental woody plants - netherlands - chemical factors
    Biotoets voetziekten in erwten
    Oyarzun, P.J. - \ 1991
    Lelystad : PAGV (Verslag / Proefstation voor de Akkerbouw en de Groenteteelt in de Vollegrond nr. 120) - 155
    indicatorplanten - nederland - erwten - pisum sativum - plantenziekteverwekkende schimmels - grondanalyse - bodembiologie - bodemfauna - bodemflora - indicator plants - netherlands - peas - pisum sativum - plant pathogenic fungi - soil analysis - soil biology - soil fauna - soil flora
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.