Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 45

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Exploiting whole genome sequence variants in cattle breeding : Unraveling the distribution of genetic variants and role of rare variants in genomic evaluation
    Zhang, Qianqian - \ 2017
    Wageningen University. Promotor(en): H. Bovenhuis; M.S. Lund, co-promotor(en): G. Sahana; M. Calus; B. Guldbrandtsen. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9788793643147 - 249
    cattle - genomes - genetic variation - inbreeding - homozygosity - longevity - quantitative traits - animal breeding - animal genetics - rundvee - genomen - genetische variatie - inteelt - homozygotie - gebruiksduur - kwantitatieve kenmerken - dierveredeling - diergenetica

    The availability of whole genome sequence data enables to better explore the genetic mechanisms underlying different quantitative traits that are targeted in animal breeding. This thesis presents different strategies and perspectives on utilization of whole genome sequence variants in cattle breeding. Using whole genome sequence variants, I show the genetic variation, recent and ancient inbreeding, and genome-wide pattern of introgression across the demographic and breeding history in different cattle populations. Using the latest genomic tools, I demonstrate that recent inbreeding can accurately be estimated by runs of homozygosity (ROH). This can further be utilized in breeding programs to control inbreeding in breeding programs. In chapter 2 and 4, by in-depth genomic analysis on whole genome sequence data, I demonstrate that the distribution of functional genetic variants in ROH regions and introgressed haplotypes was shaped by recent selective breeding in cattle populations. The contribution of whole genome sequence variants to the phenotypic variation partly depends on their allele frequencies. Common variants associated with different traits have been identified and explain a considerable proportion of the genetic variance. For example, common variants from whole genome sequence associated with longevity have been identified in chapter 5. However, the identified common variants cannot explain the full genetic variance, and rare variants might play an important role here. Rare variants may account for a large proportion of the whole genome sequence variants, but are often ignored in genomic evaluation, partly because of difficulty to identify associations between rare variants and phenotypes. I compared the powers of different gene-based association mapping methods that combine the rare variants within a gene using a simulation study. Those gene- based methods had a higher power for mapping rare variants compared with mixed linear models applying single marker tests that are commonly used for common variants. Moreover, I explored the role of rare and low-frequency variants in the variation of different complex traits and their impact on genomic prediction reliability. Rare and low-frequency variants contributed relatively more to variation for health-related traits than production traits, reflecting the potential of improving prediction reliability using rare and low-frequency variants for health-related traits. However, in practice, only marginal improvement was observed using selected rare and low-frequency variants when combined with 50k SNP genotype data on the reliability of genomic prediction for fertility, longevity and health traits. A simulation study did show that reliability of genomic prediction could be improved provided that causal rare and low-frequency variants affecting a trait are known.

    Genetische analyse van het Veluws Heideschaap
    Verweij, Marjolein ; Maurice - Van Eijndhoven, M.H.T. ; Oldenbroek, J.K. ; Windig, J.J. ; Zon, Saskia van - \ 2016
    Zeldzaam huisdier 41 (2016)3. - ISSN 0929-905X - p. 20 - 21.
    schapenhouderij - schapen - inteelt - schapenrassen - rammen - genetische analyse - veluws heideschaap - sheep farming - sheep - inbreeding - sheep breeds - rams - genetic analysis - veluwe heath sheep
    De SZH heeft dertig jaar geleden geholpen om de rammencirkel voor het Veluws heideschaap op te zetten met als doel de inteelttoename laag te houden. Afgelopen jaar heeft de SZH in samenwerking met het Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) onderzocht wat de rammencirkel heeft opgeleverd bij het Veluws heideschaap.
    Genetische monitoring van de Nederlandse otterpopulatie : ontwikkeling van populatieomvang en genetische status 2015/2016
    Kuiters, A.T. ; Groot, G.A. de; Lammertsma, D.R. ; Jansman, H.A.H. ; Bovenschen. J., Jan - \ 2016
    Wageningen : Wettelijke Onderzoekstaken Natuur & Milieu (WOt-technical report 81) - 47
    otters - lutra - populatiebiologie - monitoring - populatiegroei - inteelt - genetica - nederland - otters - lutra - population biology - monitoring - population growth - inbreeding - genetics - netherlands
    Jaarlijks wordt in opdracht van het ministerie van Economische Zaken de Nederlandse otterpopulatiegenetisch gemonitord. Daarmee wordt een vinger aan de pols gehouden voor de ontwikkeling van degenetische status van de populatie. Deze vorm van monitoring, waarbij gebruik wordt gemaakt van DNAgeïsoleerd uit uitwerpselen en doodvondsten, maakt het tevens mogelijk veranderingen in de ruimtelijkeverspreiding en de populatieomvang te volgen. De monitoringsronde van 2015/2016 laat zien dat depopulatie verder is gegroeid naar ca. 185 individuen. Op populatieniveau is de genetische variatie weer wattoegenomen doordat op steeds meer plekken otters van Duitse origine in de Nederlandse populatie opduikendie hier op eigen kracht komen. De genetische variatie binnen individuen is niet verder afgenomen zoals deeerste periode van het herintroductieprogramma. Onderdeel van deze monitoring is ook autopsie van dodeotters, waarbij wordt gekeken naar de doodsoorzaak en de belangrijkste lichaamskenmerken. Verkeer isverreweg de belangrijkste doodsoorzaak. Het aantal verkeersslachtoffers neemt nog ieder jaar toe, waarbijde toename evenredig is aan de toename in de populatieomvang. Locaties waar otters worden doodgereden,worden geregistreerd en toegevoegd aan een database. Deze informatie is belangrijk om knelpuntlocatiesveiliger te maken om zo het aantal verkeersslachtoffers te beperken---The Ministry of Economic Affairs requires that the Dutch otter population is surveyed each year to monitorthe genetic status of the population using DNA isolated from spraints and tissue from dead individuals. Theresulting information is also used to detect changes in the spatial range and population size. The 2015/2016survey showed that the population size has further increased to about 185 individuals. The amount ofgenetic variation at the population level has further increased, mainly as the result of migration of otters ofGerman origin to the Dutch population. In contrast to previous years, genetic variation within individuals hasnot declined further. The survey includes autopsies of dead otters to assess body condition and the mostlikely cause of death. Traffic is by far the most important cause of mortality. The annual number of road killsis still increasing in proportion to the increase in population size. Locations where road kills occur areregistered and added to a database. This information is important to localise places where mitigatingmeasures have to be taken to improve the safety for otters
    Genetische monitoring van de Nederlandse otterpopulatie : ontwikkeling van populatieomvang en genetische status 2014/2015
    Kuiters, A.T. ; Groot, G.A. de; Lammertsma, D.R. ; Jansman, H.A.H. ; Bovenschen, J. - \ 2016
    Wageningen : Wettelijke Onderzoekstaken Natuur & Milieu (WOt-technical report 62) - 30
    lutra lutra - otters - populatiegenetica - inteelt - mortaliteit - monitoring - nederland - lutra lutra - otters - population genetics - inbreeding - mortality - monitoring - netherlands
    Jaarlijks wordt de Nederlandse otterpopulatie genetisch gemonitord in opdracht van het Ministerie van
    Economische Zaken. Daarmee wordt een vinger aan de pols gehouden wat betreft de ontwikkeling van de
    genetische status van de populatie. Deze vorm van monitoring, waarbij gebruik wordt gemaakt van DNA
    geïsoleerd uit uitwerpselen en doodvondsten, maakt het tevens mogelijk veranderingen in de ruimtelijke
    verspreiding en de populatieomvang te volgen. De monitoringsronde van 2014/2015 laat zien dat de
    populatie verder is gegroeid naar ca. 160 individuen. Op populatieniveau lijkt geen verder verlies aan
    genetische variatie te zijn opgetreden. De genetische variatie binnen individuen is evenmin verder
    afgenomen in tegenstelling tot voorafgaande jaren. Onderdeel van deze monitoring is ook autopsie van dode
    otters, waarbij wordt gekeken naar de doodsoorzaak en de belangrijkste lichaamskenmerken. Verkeer is
    verreweg de belangrijkste doodsoorzaak. Locaties waar otters worden doodgereden, worden geregistreerd
    en bijgehouden in een database. Deze informatie is belangrijk voor het veiliger maken van knelpuntlocaties
    om zo het aantal verkeersslachtoffers te beperken. Het aantal verkeersslachtoffers neemt nog ieder jaar toe,
    waarbij de toename evenredig is aan de toename in de populatieomvang
    Populatieanalyse Groninger Paard
    Hoving, A.H. ; Vernooij, Kelly ; berg, Rozemarijn van den; Windig, Jack - \ 2015
    Zeldzaam huisdier 40 (2015)4. - ISSN 0929-905X - p. 18 - 19.
    paardenrassen - nederland - fokdoelen - groninger paard - populaties - genetica - inteelt - verwantschap - genenbanken - horse breeds - netherlands - breeding aims - groningen horse - populations - genetics - inbreeding - kinship - gene banks
    We prijzen Nederlandse paardenrassen zoals het Groninger paard niet alleen omdat ze onderdeel van ons cultuurhistorisch erfgoed zijn maar ook vanwege hun veelzijdigheid en betrouwbare karakter. Helaas is de populatie klein. Dan is een goed doordacht fokbeleid nodig voor het behoud van genetische diversiteit en een gezonde populatie
    Selectie en genetische variatie in een fokprogramma
    Oldenbroek, Kor ; Maurice - Van Eijndhoven, Myrthe - \ 2015
    Zeldzaam huisdier 40 (2015)4. - ISSN 0929-905X - p. 14 - 17.
    dierveredeling - veredelingsprogramma's - genetische variatie - selectie - zeldzame rassen - heritability - inteelt - verwantschap - groninger paard - animal breeding - breeding programmes - genetic variation - selection - rare breeds - heritability - inbreeding - kinship - groningen horse
    In drie voorgaande artikelen in deze serie zijn achtereenvolgens het fokdoel, de registratie van gegevens en de basisprincipes van de erfelijkheid besproken. In dit laatste artikel wordt het belang van genetische variatie en de selectie van ouderdieren besproken. Twee belangrijke elementen in het fokprogramma van een zeldzaam ras.
    Monitoring van de Nederlandse otterpopulatie
    Groot, G.A. de - \ 2015
    otters - populatie-ecologie - monitoring - genetische diversiteit - verwantschap - inteelt - natuurbeheer - wildbeheer - otters - population ecology - monitoring - genetic diversity - kinship - inbreeding - nature management - wildlife management
    Sinds in 2002 een nieuwe populatie otters (Lutra lutra) in ons land werd uitgezet, heeft Alterra de status van deze populatie nauwgezet gevolgd. Nadat de eerste dieren waren gevolgd met behulp van zenders, werd overgestapt op non-invasive genetische monitoring via spraints (otteruitwerpselen). Op deze manier kunnen de dieren langer worden gevolgd en kunnen meer dieren tegelijk worden gevolgd met beperkte kosten. Sinds juli 2002 werden meer dan vijfduizend spraints verzameld en geanalyseerd in het lab, ter bepaling van een genetisch profiel. Op basis daarvan kon een stamboom worden gemaakt, die uitwees dat slechts een klein deel van de aanwezige mannen verantwoordelijk was voor een groot deel van het nageslacht (sterke dominantie). De verwantschap tussen dieren, en daarmee het inteelt-niveau, loopt op. Dit is een belangrijk signaal dat voor de Nederlandse populatie ‘vers bloed’ nodig is, ofwel via aanvullende introducties, of door uitwisseling tussen populaties tot stand te brengen.
    Verwantschap en inteelt bij de Groninger blaarkop
    Oldenbroek, K. ; Maurice - Van Eijndhoven, M.H.T. - \ 2015
    Zeldzaam huisdier 40 (2015)3. - ISSN 0929-905X - p. 18 - 19.
    rundvee - melkproductie - vleesproductie - groninger blaarkop - rassen (dieren) - dubbel-doel rassen - verwantschap - inteelt - zeldzame rassen - nageslachtproductie - rundveerassen - cattle - milk production - meat production - groningen white headed - breeds - dual purpose breeds - kinship - inbreeding - rare breeds - progeny production - cattle breeds
    Sinds de vorming van de rundveestamboeken in 1874 wordt de
    Groninger blaarkop als een apart ras beschouwd. Van oudsher werd
    het ras voornamelijk gefokt in Groningen en in Zuid- en Noord-
    Holland als een echt dubbeldoelras: geschikt voor melk- en vleesproductie.
    Hoe staat het ras er nu voor qua verwantschap en inteelt?
    Genetische monitoring van de Nederlandse otterpopulatie 2013/2014 : ontwikkeling van populatieomvang en populatiegenetische status
    Kuiters, A.T. ; Groot, G.A. de; Lammertsma, D.R. ; Jansman, H.A.H. ; Bovenschen, J. - \ 2015
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR (Alterra-rapport 2624) - 39
    lutra lutra - otters - fauna - populatiedichtheid - populatiegenetica - inteelt - mortaliteit - dna - monitoring - friesland - noordwest-overijssel - drenthe - lutra lutra - otters - fauna - population density - population genetics - inbreeding - mortality - dna - monitoring - friesland - noordwest-overijssel - drenthe
    Jaarlijks wordt in opdracht van het ministerie van Economische Zaken de Nederlandse otterpopulatie genetisch gemonitord. Daarmee wordt een vinger aan de pols gehouden wat betreft de ontwikkeling van de genetische status van de populatie. Deze vorm van monitoring, gebaseerd op DNA-profielen op basis van DNA geïsoleerd uit verse spraints (uitwerpselen), maakt het tevens mogelijk veranderingen in de ruimtelijke verspreiding en de populatieomvang van jaar tot jaar te volgen. De monitoringsronde van 2013/2014 laat zien dat de populatie verder is gegroeid naar een aantal van ca. 140 individuen. Echter, de genetische variatie binnen individuen is sterker afgenomen vergeleken met voorafgaande jaren. Onderdeel van deze monitoring is ook autopsie van dode otters, waarbij wordt gekeken naar de doodsoorzaak en de belangrijkste lichaamskenmerken. Knelpuntlocaties waar otters worden doodgereden worden in beeld gebracht. Er is een sterke toename van het jaarlijkse aantal verkeersslachtoffers. Deze lijkt gelijke tred te houden met de toename van de populatieomvang.
    Cooperative and uniform fish? : social interactions and variability in live body weight in the GIFT strain (Nile tilapia, Oreochromic niloticus) in Malaysia
    Khaw, H.L. - \ 2015
    Wageningen University. Promotor(en): Johan van Arendonk, co-promotor(en): Piter Bijma; R.W. Ponzoni. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462572157 - 161
    oreochromis niloticus - sociaal gedrag - lichaamsgewicht - variatie - genetische effecten - inteelt - kenmerken - heritability - genotype-milieu interactie - genotypische variatie - genetische verbetering - veredelingsprogramma's - visteelt - maleisië - oreochromis niloticus - social behaviour - body weight - variation - genetic effects - inbreeding - traits - heritability - genotype environment interaction - genetic variance - genetic improvement - breeding programmes - fish culture - malaysia

    Abstract

    Khaw, HL. (2014). Cooperative and uniform fish? Social interactions and variability in live body weight in the GIFT strain (Nile tilapia, Oreochromic niloticus) in Malaysia. PhD thesis, Wageningen University, the Netherlands.

    Social interactions are present everywhere in the living world. Such social interactions may lead to indirect genetic effects (IGE), which are heritable effects of an individual on trait values of the other individuals its interacts with. IGEs may affect the direction and magnitude of response to selection in breeding programs. Moreover, social interactions may affect variability of traits. In aquaculture, competition for resources inflates size variation within populations. In this thesis, we used the Genetically Improved Farmed Tilapia (GIFT; Oreochromis niloticus) strain to investigate the genetic basis for social interactions and variability in harvest weight for tropical finfish. Social interaction experiments were established for quantifying the genetic and non-genetic indirect effects on harvest weight in the GIFT strain. We found evidence for IGEs on harvest weight, and a negative direct-indirect genetic correlation, which suggesting heritable competitive interactions for harvest weight in GIFT. Hence, breeding schemes may need to be adapted to avoid an increase in competition. A stochastic simulation study was conducted to examine the effect of BLUP selection on the rate of inbreeding for socially affected traits. The rates of inbreeding for scenarios with IGEs were greater than for scenarios without IGE. Therefore, with IGEs there is a greater need for a selection algorithm that restricts the increase of mean kinship. In aquaculture industry, there is a wide range of commercial production environments, which may leads to genotype by environment (GxE) interaction, for example due to differential social interactions. The GIFT fish were tested in ponds and cages to study the GxE interaction. The genetic correlations between environments (0.73 to 0.85, for harvest weight and body measurements) indicate little GxE-interaction. The data collected from the social interaction experiments were also used to investigate the presence of genetic variation in uniformity for harvest weight. The genetic coefficient of variation for standard deviation of harvest weight (0.17) shows that uniformity of harvest weight is heritable and can be increased by selective breeding. In the General Discussion of this thesis, the uniformity study was extended to incorporate IGE. The result indicates that more cooperative fish are not necessary more uniform for harvest weight. Overall, our results suggest that genetic improvement in fish breeding programs can be increased by accounting for social interactions.

    Genetische variatie in de Nederlandse populatie Brandrode runderen : analyse en beleidsadvies
    Hulsegge, B. ; Windig, J.J. ; Hiemstra, S.J. ; Hoving, A.H. - \ 2013
    Lelystad : Centrum voor Genetische Bronnen Wageningen UR (CGN rapport 27) - 22
    brandrode - rundveerassen - stieren - inteelt - genetische bronnen van diersoorten - zeldzame rassen - deep red cattle - cattle breeds - steers - inbreeding - animal genetic resources - rare breeds
    Het Brandrode rund is een zeldzaam Nederlands runderras. In 2007 heeft CGN de populatie Brandrode runderen geanalyseerd. In vervolg op het onderzoek uit 2007 is afgesproken dit onderzoek te herhalen met de data van 2012. Het doel van het onderzoek van 2007 was het in kaart brengen van de situatie van het Brandrode rund en het aandragen van bouwstenen voor een goed genetisch beheer. Op verzoek van het stamboek heeft CGN de situatie opnieuw geanalyseerd men aanvullende gegevens uit 2012 en zijn adviezen geformuleerd voor het fokbeleid. In dit verslag worden de uitkomsten van de analyse en het daarop gebaseerd beleidsadvies en paringsadvies beschreven.
    Roodbont Fries vee : adviezen voor opzetten fokprogramma
    Haas, Y. de; Windig, J.J. ; Hoorneman, J.N. ; Hiemstra, S.J. ; Bohte-Wilhelmus, D.I. - \ 2011
    Lelystad : Wageningen UR, Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) (CGN Rapport / Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN) 20) - 26
    friese roodbonte - genetische variatie - rassen (dieren) - dierveredeling - genetische bronnen van diersoorten - conservering op het bedrijf - verwantschap - inteelt - dutch red pied friesian - genetic variation - breeds - animal breeding - animal genetic resources - on-farm conservation - kinship - inbreeding
    Het doel van dit onderzoek richt zich op het in kaart brengen van de demografische en genetische situatie van het Roodbont Fries Vee en het aandragen van bouwstenen voor een goed genetisch beheer. Aansluitende analyses zijn uitgevoerd om de haalbaarheid van een fundamentfokkerij in kaart te brengen. De demografische analyse gaf aan dat het aantal raszuivere Fries Roodbonten sterk is afgenomen sinds 1986. Momenteel worden er jaarlijks slechts 60 raszuivere Fries Roodbonte kalveren geboren. Dit heeft dan direct een impact op de genetische verwantschappen in de populatie. Om die goed in kaart te brengen, is het noodzakelijk dat de stamboom toch zeker minimaal 3 generaties teruggaat. Het absolute inteeltniveau van de populatie is te hoog. Door dit hoge niveau kunnen erfelijke gebreken de kop opsteken. Om het inteeltniveau in de populatie te beheersen is het belangrijk om een breed palet aan stieren in te zetten. Uit de analyses ten aanzien van de fundamentfokkerij blijkt dat er wel bedrijven aan te wijzen zijn die nauwelijks aan elkaar verwant zijn. Helaas weten wij niet welke bedrijven dat zijn, aangezien er geanonimiseerde data is geanalyseerd. Voor fundamenten is het vooral belangrijk dat de veehouders binnen dit fundament overeenstemming hebben over het eigen fokdoel. Verder moeten de onverwante dieren in verschillende fundamenten zitten om zo de diversiteit tussen de fundamenten zo veel mogelijk te behouden.
    Genetisch management van het Brandrode rund
    Windig, J.J. ; Hoving, A.H. - \ 2011
    Lelystad : Centrum voor Genetische Bronnen Nederland (CGN rapport / Centrum voor Genetische Bronnen Nederland 19) - 18
    brandrode - genetische diversiteit - genetische analyse - genetische bronnen van diersoorten - inteelt - veredelingsprogramma's - deep red cattle - genetic diversity - genetic analysis - animal genetic resources - inbreeding - breeding programmes
    Het doel van dit onderzoek is het in kaart brengen van de (genetische) situatie van het Brandrode rund en het aandragen van bouwstenen voor een goed genetisch beheer. Het belangrijkste probleem is dat er relatief veel dieren met onbekende afstamming in de populatie zijn. Om dit probleem te ondervangen zijn DNA-bepalingen gebruikt. Het aantal reeds aanwezige DNA-bepalingen is op verzoek aangevuld met extra bepalingen. Als gevolg hiervan is het mogelijk gebleken de situatie met betrekking tot verwantschap en inteelt redelijk betrouwbaar in kaart te brengen. De inteelttoename in de Brandroden was tot 2005 hoog. Een goed teken bij Brandroden is dat er relatief veel stieren in gebruik zijn. Er zijn mogelijkheden om de intteelttoename te beperken, met name door gebruik te maken van relatief onverwante stieren. Stieren in de genenbank blijken belangrijk ter ondersteuning van de diversiteit. Met behulp van de optimale contributie methode zijn de stieren gerangschikt op hun bruikbaarheid om inteelt te verminderen.
    The role of reproductive technologies in breeding schemes for livestock populations in developing countries
    Arendonk, J.A.M. van - \ 2011
    Livestock Science 136 (2011)1. - ISSN 1871-1413 - p. 29 - 37.
    fokkerijmethoden - dierveredeling - ontwikkelingslanden - vee - genetische bronnen van diersoorten - genetische diversiteit - veredelingsprogramma's - kunstmatige inseminatie - inteelt - genetische verbetering - animal breeding methods - animal breeding - developing countries - livestock - animal genetic resources - genetic diversity - breeding programmes - artificial insemination - inbreeding - genetic improvement - dairy-cattle - genetic-variation - embryo transfer - predefined rate - selection - programs - impact - rates - prediction - sheep
    The world is faced with the challenge to meet the increasing demand for livestock products while conserving animal genetic resource diversity and maintaining environmental integrity. Genetic improvement of local breeds can help to improve the livelihood of the livestock keepers, to increase the production of animal products and to conserve genetic diversity. Implementing breeding schemes in developing countries has proven to be very difficult. The objective of this paper is to discuss the role of reproductive technologies for the creation and dissemination of genetic improvement in livestock populations in developing countries. In the paper opportunities are discussed for implementing breeding schemes which minimize the need for extensive pedigree and performance recording. It is shown that genetic progress can be generated in a small population. Community-based breeding schemes offer a good starting point for involving farmers in improving local breeds. Artificial insemination to exchange genetic material between communities offers an opportunity to increase the rate of genetic improvement while restricting the rate of inbreeding. Furthermore, artificial insemination is a promising technique for dissemination of genetic gain to producers at a relatively low cost. Opportunities to use semen sexing in a crossbreeding scheme are presented. It is concluded that tailor-made solutions and long-term commitment are needed in order to meet the needs of farmers to increase their livelihoods and to meet the needs of the growing population of consumers.
    Fundamentfokkerij Fries Hollands vee
    Mill, R. van; Nauta, W.J. - \ 2010
    Driebergen : Louis Bolk Instituut - 35 p.
    rundveerassen - dierveredeling - fokkerijmethoden - genetische diversiteit - inteelt - melkveehouderij - dubbel-doel rassen - cattle breeds - animal breeding - animal breeding methods - genetic diversity - inbreeding - dairy farming - dual purpose breeds
    Dit onderzoeksverslag is tot stand gekomen vanuit het netwerk Fundamentfokekrij Fries Hollands Vee, een praktijknetwerk veehouderij dat wordt gefinancierd door Dienst Regelingen (LNV) met geld voor plattelandsontwikkeling in Europa. Vanuit dit netwerk is fokkerij data verzameld van de fundamentfokbedrijven van de FH vereniging. Met deze data is de fokkerijpraktijk van deze bedrijven in beeld gebracht voor de vereniging zelf en ook om deze fokkerij te kunnen gebruiken als voorbeeld voor andere veehouders die ook met eigen stieren fokken of dat willen gaan doen.
    Stand van zaken biologische fokkerij
    Nauta, W.J. - \ 2010
    BioKennis bericht Zuivel & rundvlees (2010)20. - 4 p.
    biologische landbouw - melkveehouderij - stieren - kunstmatige inseminatie - dierveredeling - natuurlijke paring - inteelt - fokwaarde - organic farming - dairy farming - steers - artificial insemination - animal breeding - natural mating - inbreeding - breeding value
    In Nederland wordt gestaag gebouwd aan het opzetten van een volwaardige biologische melkveefokkerij. Vorig jaar zijn daarvoor weer stappen gezet met onderzoek, simulaties van een fokprogramma en de inzet van de eerste BioKI stier Opneij Wytze P. De kennis en ervaringen van de Praktijknetwerken Bio-KI en Fundamentfokkerij Fries Hollands Vee en het onderzoek van het Louis Bolk Instituut en Livestock Research van Wageningen UR zijn samengebracht in dit BioKennisbericht.
    Selecting Sole: breeding programs for natural - mating populations
    Blonk, R.J.W. - \ 2010
    Wageningen University. Promotor(en): Johan van Arendonk, co-promotor(en): Hans Komen. - [S.l. : S.n. - ISBN 9789085857129 - 174
    solea - tong (vis) - veredelingsprogramma's - natuurlijke paring - inteelt - heritability - fokwaarde - moleculaire genetica - stamboom - solea - dover soles - breeding programmes - natural mating - inbreeding - heritability - breeding value - molecular genetics - pedigree
    The aim of this thesis was to design a breeding program for increased productivity of farmed common sole, Solea solea, 1) using natural mating in groups to obtain offspring and 2) using present farm infrastructures as much as possible. Parental allocation with DNA marker data on offspring from natural mating parents showed that parental contributions were highly skewed. This indicates that few animals contribute to majority of the offspring. Levels of coancestry in offspring populations were high (2-4%) showing that selection methods need to restrict rates of inbreeding in future generations.
    Genetic variances of body weight and body length in common sole were measured at harvest and it was shown that genetic improvement of these traits is possible. It was pointed out that selection on growth of common sole needs to be accompanied by selection for shape to compensate for undesired correlated responses in shape. Further, it was demonstrated that in populations with skewed contributions, use of marker data can be more efficient once breeding values are estimated with continuous molecular relatedness rather than with a reconstructed pedigree. To decrease costs of breeding programs, selection of parents may be from production populations directly. Results indicated that estimation of genetic parameters is affected by husbandry practices as grading, but that effects are predictable. To optimise breeding programs with natural mating of parents, 2-stage selection schemes with optimal contribution selection from mass selected and genotyped fractions were compared with mass selection schemes. Using 2-stage selection schemes, rates of inbreeding can be restricted with a smaller nucleus than with mass selection schemes. However, response is lower as well. The different findings in this thesis are put into context of a breeding program for common sole and discussed in relation to profitability, benefits of natural mating and correlated responses to selection for growth.

    Risico van inteelt bij paarden
    Cnossen, H.F. ; Hoving-Bolink, A.H. - \ 2010
    Zeldzaam huisdier 35 (2010)1. - ISSN 0929-905X - p. 18 - 19.
    paarden - paardenfokkerij - paardenrassen - inteelt - horses - horse breeding - horse breeds - inbreeding
    Alle stamboeken zijn zich bewust van het risico van inteelt binnen paardenpopulaties. Daarnaast weten ze ook dat het fokken op lange termijn niet gemakkelijk is. De themadag ‘Balans tussen inteelt en biodiversiteit bij paarden’ heeft in oktober alle theoretische achtergronden rondom een gezonde fokkerij op een rij gezet. Daarna gaf een aantal stamboekverenigingen een toelichting op het eigen beleid
    Levels of inbreeding in group mating captive broodstock populations of Common sole, (Solea solea), inferred from parental relatedness and contribution
    Blonk, R.J.W. ; Komen, J. ; Kamstra, A. ; Crooijmans, R.P.M.A. ; Arendonk, J.A.M. van - \ 2009
    Aquaculture 289 (2009)1-2. - ISSN 0044-8486 - p. 26 - 31.
    vissen - tong (vis) - voortplanting - natuurlijke paring - populatiegenetica - nageslacht - inteelt - kuitschieten - afstamming - heterozygotie - genetische diversiteit - genetische bronnen - fishes - dover soles - reproduction - natural mating - population genetics - progeny - inbreeding - spawning - parentage - heterozygosity - genetic diversity - genetic resources - cod gadus-morhua - fish breeding programs - dover sole - spawning aggregations - scophthalmus-maximus - reproductive success - genetic-variation - mass selection - dna markers - senegalensis
    In this paper, we estimate levels of inbreeding with parental relatedness and contribution inferred from microsatellites in groups of Common sole that reproduce by natural mating. We present results on spawning patterns during one entire reproductive season of wild Common sole, Solea solea, kept in two broodstock groups (28 animals in broodstock A; 20 animals in broodstock B) under semi-natural conditions. Batches of eggs were collected daily and incubated separately. First, we performed a parentage analysis on parents and samples of 24 newly hatched larvae from all batches, using 10 polymorphic microsatellite markers. As expected, contribution of parents to offspring was highly skewed. In both broodstocks, five or less parental pairs produced more than half of the total progeny. Natural spawning and unequal contributions of parents to offspring resulted in significant deviations from Hardy–Weinberg equilibria. Furthermore, few alleles were lost and levels of heterozygosity in offspring population increased. Next, we calculated relatedness between parents that mated successfully based on estimates of molecular similarity. Mean coefficients of coancestry in offspring were determined using parental relatedness and contributions. Levels of coancestry in progeny were substantially high. These results show that due to different parental contributions, natural mating in groups can result in significant inbreeding in future generations despite of limited loss of alleles and high levels of heterozygosity in first generation progeny. This shows that using loss of alleles and levels of heterozygosity alone can be misleading for estimation of genetic diversity.
    Genome-wide evaluation of populations
    Daetwyler, H.D. - \ 2009
    Wageningen University. Promotor(en): Johan van Arendonk; J.A. Woolliams, co-promotor(en): B. Villanueva. - [S.l. : S.n. - ISBN 9789085855286 - 187
    dierveredeling - loci voor kwantitatief kenmerk - genomen - rundvee - inteelt - dierziekten - stamboom - genomica - diergenetica - genotyping - animal breeding - quantitative trait loci - genomes - cattle - inbreeding - animal diseases - pedigree - genomics - animal genetics - genotyping
    Dit proefschrift onderzoekt het gebruik van moleculaire merkers voor genetische evaluatie van populaties. Moleculaire merkers kunnen worden gebruikt om de nauwkeurigheid van geschatte fokwaardes te verhogen. In het verleden was men gericht op het opsporen van een beperkt aantal zogenaamde QTL, delen van het genoom, die direct in verband staan met een kenmerk. Het doel was om deze QTL te benutten in fokprogramma’s met behulp van merker-ondersteunde selectie. Met het beschikbaar komen van grote hoeveelheden SNP-merkers kan gebruik worden gemaakt van een methode die gericht is op het gehele genoom, en bekend staat als “genome-wide evaluation” (GWE). Dit proefschrift presenteert resultaten van zowel QTL-detectie als GWE. Deterministische voorspellingen van nauwkeurigheid worden gepresenteerd en getest, en de invloed van de genetische structuur op nauwkeurigheid wordt onderzocht. Een methode wordt gepresenteerd voor het berekenen van missende genotypes, met als doel merkerdichtheid en nauwkeurigheid van GWE te verhogen. Daarnaast worden praktische toepassing van GWE en manieren om ontbrekende genetische variatie te kwantificeren bediscussieerd.
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.