Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 41

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    NCL Symposium Optical dating applications, Wageningen, The Netherlands, April 24, 2008
    Buis, E. ; Temme, A.J.A.M. ; Wallinga, J. - \ 2008
    Delft : NCL Netherlands Centre for Luminescence dating (NCL symposium series vol. 5) - 19
    geologie - leeftijdsbepaling - optische eigenschappen - luminescentie - datering - optica - geology - age determination - optical properties - luminescence - dating - optics
    Amorphous electron-accepting materials for organic optoelectronics
    Ganesan, P. - \ 2007
    Wageningen University. Promotor(en): Ernst Sudhölter; Han Zuilhof. - [S.l.] : S.n. - ISBN 9789085046875 - 124
    elektronenoverdracht - elektronica - optica - macromoleculaire stoffen - synthetische materialen - electron transfer - electronics - optics - macromolecular materials - synthetic materials

    The importance of organic materials for use in electronic devices such as OLEDs, OFETs and photovoltaic cells has increased significantly over the past decade. Organic materials have been attractive candidates for such electronic devices because of their compatibility with high-throughput, low-cost processing techniques and their capability to be precisely functionalized to afford desired performance attributes. This has already lead to commercial applications of OLED in car-audio, cell phones and digital cameras. To further improve the performance of these materials, many research groups are focusing on controlling the morphology of the organic films by carefully fine tuning the degree of crystallinity. Synthetic organic chemistry plays a pivotal role in this, as the toolbox of organic chemistry allows the formation of tailor-made materials that form a uniform film in their solid state.

    Organic photovoltaics is a rapidly growing field since the exponential growth of energy needs and the rapid depletion of the fossil fuels have led to a compelling demand for alternative sources of energy. The traditional inorganic solar cells are based on silicon. Although energy efficiencies around 25 % have been reached in silicon-based solar cells, for many climatological conditions they are not cost effective since the production of such photovoltaic device requires demanding conditions like high processing temperature, clean room facilities, etc., which prevents the commercially attractive bulk production. Therefore, a significant research efforts are focused on easily processable organic materials for use in photovoltaic devices. Usually the organic photovoltaic devices consist of an electron donating polymer (p-type material) and a fullerene-based electron-accepting material (n-type material). For such devices energy efficiencies up to 5.2 % have been reported. A significant issue in these devices is the crystallization of fullerenes, which easily leads to excessive phase separation p and n-type materials.

    Amorphous molecular materials may exhibit isotropic properties due to the absence of grain boundaries. Naphthalene diimides (NDI) are known to have a high conductivity and electron-accepting capability from a variety of electron donors. This thesis aims at making use of the properties of novel amorphous materials with NDIs to obtain uniform films without phase separation and crystallization for use in organic solar cells.

    Chapter 1 gives an overview of the organic (opto-)electronic materials and of the working principles of several devices that are based on such materials. Solar cells, in particular organic heterojunction cells, are described in detail. The importance of the nanoscale morphology in such heterojunction devices is discussed, together with expected advantages of amorphous materials to obtain films with the desired morphology. Finally the outline of the thesis is given.

    A new approach towards the design and synthesis of amorphous n-type materials with NDIs is presented in Chapter 2. The tetrahedral shape of the molecule yields the amorphous material properties, which are decoupled from its optoelectronic properties. In the first tetrahedral molecule the non-directionality available via tetrahedral cores, as present in tetra(phenyl) methane, is used. This tetrahedral material with 4 NDIs has been characterized for its steady-state and transient optical behavior and for its ground-state electrochemical properties. It has been shown to display a conductivity of 0.03 cm2 V^s"1 in neat film, and exhibited a near-complete quenching of the p-type. polymer fluorescence. The blended films of this tetrahedral molecule with polymeric p-type materials have a very uniform morphology and demonstrated high transient charge carrier mobility.

    The photophysical properties of the tetrahedral molecule with naphthalene diimide (NDI) moieties and of two model compounds are described in Chapter 3. One of the model compound is a symmetrically dialkyl substituted NDI and the other model compound is an NDI with an alkyl chain and a phenyl ring substitution. The steady-state absorption and fluorescence spectra of dialkyl-substituted NDI are in agreement with literature. While the absorption spectra of the phenyl-substituted molecules are similar to all other NDIs, their fluorescence showed a broad band between 500-650 nm. This band is sensitive to the polarity of the solvent, and is attributed to a charge-transfer (CT) state. The absorption spectra and lifetime (10 ± 1 ps) of the electronically excited singlet state of a dialkyl-substituted NDI was determined by femtosecond transient absorption spectroscopy, and the latter was confirmed by picosecond fluorescence spectroscopy. Nanosecond flash photolysis showed the subsequent formation of the triplet state. The presence of a phenyl substituent on the imide nitrogen of NDI resulted in faster deactivation of the singlet state (lifetime 0.5- 1 ps). This is attributed to the formation of a short-lived CT state, which decays to the local triplet state. The faster deactivation was confirmed by fluorescence-lifetime measurements in solution and in a low-temperature methyl-tetrahydrofuran (MTHF) glass.

    Another new class of amorphous materials with NDIs is described in Chapter 4. Cyclic siloxanes are known to exhibit a size-dependent structure with amorphous properties. Novel cyclic siloxanes with pendent naphthalene diimides were synthesized via a hydrosilylation reaction, to form amorphous electron-accepting materials. These materials were studied for their basic photophysical properties using steady state and time-resolved techniques. The fluorescence spectra revealed the formation of excimers, which was shown to be solvent dependent. Fluorescence quenching studies of blends of these siloxanes with p-type polymers (P3HT, MDMO-PPV) showed>99.9 % fluorescence quenching of the latter polymers. Mixtures of these siloxanes and p-type polymers gave homogeneous amorphous films from chloroform solution, and films with micro-crystallinity were obtained from o-dichlorobenzene solutions. The time-resolved microwave conductance in films formed from o-dichlorobenzene was higher than in films formed from chloroform, which is attributed to nanoscopic phase separation that enhances the interfacial charge separation. Due to this reason, they also showed a better conductivity than the tetrahedral molecule.

    For a good charge transport in the active organic heterojunction films, it is necessary to have a bicontinuous film with nanoscale phase separation. For this reason it is essential that the NDIs are interacting with each other. In order to achieve this, four novel naphthalenediimide (NDI) side-chain polymers were synthesized by grafting NDI onto poly(R-alt-maleic anhydride) backbone polymers with various R groups and molecular weights [R= styrene, 1-octene and 1-octadecene]. The synthesis and other characterizations of these materials are described in Chapter 5. These polymers were obtained with a degree of substitution up to 60 %, and showed a high solubility in solvents like chloroform. Their absorption and fluorescence spectra were studied both in solution and in thin films, with specific attention to the fluorescence quenching of P3HT in thin films. The results show that in all four polymers the NDI chromophores form n-stacked dimers in solution exhibiting excimer fluorescence. The morphology of the blends of the grafted polymers with P3HT was studied at various weight ratios, and revealed phase separation into domains of um dimensions. These blends were also studied using time-resolved microwave-conductivity for their photo-induced charge carrier generation efficiency, which showed appreciable generation of charge carriers, although significantly lower than observed in blends of P3HT with PCBM or oligomeric n-type siloxanes described in the previous chapter.

    Overall it could be summari2ed that the formation of amorphous films with structural elements based on a tetrahedral organization or flexible siloxane rings provide a novel way to construct materials that can be used as p-type or n-type materials in optoelectronic devices. Use of these elements with appropriate aromatic systems containing more extended xc-systems seems a viable route to further improve the potential of organic optoelectronic materials.

    Fibril assembly in whey protein mixtures
    Bolder, S.G. - \ 2007
    Wageningen University. Promotor(en): Erik van der Linden, co-promotor(en): Leonard Sagis. - [S.l.] : S.n. - ISBN 9789085045212 - 116
    wei-eiwit - gelering - reologie - optica - whey protein - gelation - rheology - optics
    The objective of this thesis was to study fibril assembly in mixtures of whey proteins. The effect of the composition of the protein mixture on the structures and the resulting phase behaviour was investigated. The current work has shown that beta-lactoglobulin is responsible for the fibril assembly in whey protein mixtures upon heating at pH 2 and low ionic strength. To determine the efficiency of fibril formation, a method was developed to measure the conversion of whey protein monomers into fibrils. This method was used to study the effect of heating time, protein concentration, and stirring and seeding on the formation of fibrils in whey protein isolate solutions. The results have provided a better understanding of the mechanism of fibril formation and a model for fibril formation is proposed, including an activation, nucleation, growth, and termination step. Based on the method to measure the conversion two fast assays were found to determine the fibril concentration quantitatively. These two fast assays can be used for studying the kinetics of protein assembly in general, once they have been calibrated for a certain protein.
    UV-straling in de kas: mogelijkheden en grenzen
    Hoffmann, S. - \ 2000
    Vakblad voor de Bloemisterij 55 (2000)25. - ISSN 0042-2223 - p. 44 - 46.
    potplanten - ultraviolette straling - zonnestraling - lichtdoorlating - licht - glas - kassen - daglicht - natuurlijk licht - kleur - optica - binnen kweken (van planten) - glastuinbouw - uv-lampen - pot plants - ultraviolet radiation - solar radiation - light transmission - light - glass - greenhouses - daylight - natural light - colour - optics - indoor culture - greenhouse horticulture - uv lamps
    Effect van UV-straling op kleuring van Coleus Blumei 'Wizzard Velvit Red'. Gegevens in bijgaande tabellen: 1) Indeling optische straling; 2) Transmisse voor UV-straling van verschillende dekmaterialen (folie UV, glas UV, glas normaal, folie normaal, folie UV-blok
    Lichtmeten : overzicht van meet- en rekenregels voor het vaststellen van lichttransmissie, licht- en belichtingsniveaus
    Rijssel, E. van; Leeuwen, R. van; Peeters, M. - \ 1997
    Aalsmeer : PBG-Aalsmeer (Rapport / Proefstation voor Bloemisterij en Glasgroente, Vestiging Aalsmeer 116) - 51
    fysica - meting - methodologie - straling - golflengten - licht - verlichting - belichting - rapporten - optica - glastuinbouw - physics - measurement - methodology - radiation - wavelengths - light - lighting - illumination - reports - optics - greenhouse horticulture
    Haalbaarheid van de analyse van zware metalen in bodemvocht met een ICP en een ultrasoonverstuiver
    Lepelaar, P. - \ 1997
    Wageningen : DLO-Staring Centrum (Rapport / DLO-Staring Centrum 453) - 67
    analytische methoden - zware metalen - anorganische verbindingen - kwantitatieve analyse - bodem - spectraalanalyse - spectroscopie - optica - analytical methods - heavy metals - inorganic compounds - quantitative analysis - soil - spectral analysis - spectroscopy - optics
    Onderzocht is of de zware metalen cadmium, chroom, koper, nikkel, lood en zink in bodemvochtmonsters met een ICP kunnen worden geanalyseerd. Een conventionele cross-flow-verstuiver verstoof de bodemvochtmatrix zeer goed. De haalbare detectiegrenzen waren echter te laag. Verstuiving van bodemvocht met een ultrasoonverstuiver werd sterk beonvloed door de organische matrix in de monsters. Daardoor worden monsters uit strooisellagen slechter verstoven dan die uit minerale lagen. Filtratie over 0,45 Šm leverde slechter verstuifbare monsters op dan filtratie over 0,025 Šm. De verstuiving is niet verbeterd door de beschreven experimenten. Zware metalen in bodemvocht kunnen in de toekomst worden geanalyseerd met een gevoeliger ICP.
    Snelle controle reiniging melkwinningsapparatuur ATP-metingen
    Wiegersma, W. ; Slaghuis, B. ; Nieuwenhof, F. ; Engelbertink, A. - \ 1997
    Praktijkonderzoek Rundvee, Schapen en Paarden. Praktijkonderzoek 10 (1997)4. - ISSN 1386-8470 - p. 25 - 27.
    landbouwwerktuigen - boerderij uitrusting - gereedschappen - onderhoud - service - melkmachines - componenten - dierlijke producten - bacteriologie - kiemgetal - pyrofosfatasen - adenosinetrifosfatase - luminescentie - fluorescentie - schoonmaken - desinfectie - optica - fosforescentie - farm machinery - farm equipment - tools - maintenance - servicing - milking machines - components - animal products - bacteriology - bacterial count - pyrophosphatases - adenosinetriphosphatase - luminescence - fluorescence - cleaning - disinfection - optics - phosphorescence
    Voor controle van de reiniging van apparatuur in de levensmiddelenindustrie is sinds een paar jaar een nieuwe methode beschikbaar: de ATP-bioluminescentiemethode. Het PR heeft samen met het Nederlands Instituut voor Zuivel Onderzoek (NIZO) te Ede gekeken of de methode ook toepasbaar is voor controle van de reiniging van melkwinningsapparatuur. De methode is snel, eenvoudig en objectief, maar het voegt niet veel toe aan zien en voelen.
    New standard method for the assessment of the frying colour of French fries (in Dutch)
    Meinders, M.B.J. ; Timmermans, A.J.M. ; Eijck, P.C.M. van - \ 1997
    Aardappelwereld (1997)1. - ISSN 0169-653X - p. 15 - 17.
    cassave - karakteristieken - patates frites - kleur - voedselbewaring - voedingsmiddelen - lengte - meting - prestatieniveau - aardappelproducten - aardappelen - kwaliteit - wortelgewassen als groente - vorm - Solanum tuberosum - gewicht - optica - cassava - characteristics - chips (French fries) - colour - food preservation - foods - length - measurement - performance - potato products - potatoes - quality - root vegetables - shape - weight - optics
    Is vleeskwaliteit voorspelbaar?
    Huiskes, J. ; Klein Breteler, M. ; Wes, W. ; Kanis, E. ; Walstra, P. - \ 1994
    Praktijkonderzoek varkenshouderij 8 (1994)5. - ISSN 1382-0346 - p. 17 - 19.
    varkensvlees - varkens - vleeskwaliteit - vleeseigenschappen - dierlijke producten - chemische samenstelling - ingrediënten - analyse - testen - controle - straling - licht - lichtdoorlating - reflectie - refractie - absorptie - emissie - optica - pigmeat - pigs - meat quality - meat characteristics - animal products - chemical composition - ingredients - analysis - testing - control - radiation - light - light transmission - reflection - refraction - absorption - emission - optics
    Onderzoek naar de voorspelbaarheid van de vleeskwaliteit van varkenskarkassen heeft aangetoond dat er een relatie bestaat tussen de HGP-meting en de vleeskwaliteit
    Vanuit behoud naar beweging.
    Bot, G.P.A. - \ 1994
    Wageningen : Landbouwuniversiteit Wageningen - 34
    landbouw - analytische methoden - economie - energie - energiebeleid - probleemanalyse - grondmechanica - bodemfysica - spectraalanalyse - spectroscopie - optica - openbare redes - agriculture - analytical methods - economics - energy - energy policy - problem analysis - soil mechanics - soil physics - spectral analysis - spectroscopy - optics - public speeches
    Sediment transport, light and algal growth in the Markermeer : a two-dimensional water quality model for a shallow lake
    Duin, E.H.S. van - \ 1992
    Agricultural University. Promotor(en): L. Lijklema. - Lelystad : Directoraat-Generaal Rijkswaterstaat, Directie Flevoland - ISBN 9789036910965 - 274
    meren - reservoirs - plassen - water - sediment - cyanobacteriën - algen - hydrologie - limnologie - fysische eigenschappen - waterkwaliteit - waterbeheer - straling - licht - lichtdoorlating - reflectie - refractie - absorptie - emissie - groei - plantenontwikkeling - modellen - onderzoek - oscillatoria agardhii - nederland - schizophyceae - optica - biologische eigenschappen - flevoland - waterbodems - lakes - reservoirs - ponds - water - sediment - cyanobacteria - algae - hydrology - limnology - physical properties - water quality - water management - radiation - light - light transmission - reflection - refraction - absorption - emission - growth - plant development - models - research - oscillatoria agardhii - netherlands - schizophyceae - optics - biological properties - water bottoms - flevoland

    This thesis reports on a study of the water quality in the Markermeer, focusing on the relationships between sediment transport, the light field and the growth of Oscillatoria agardhii . The study comprises two aspects: an extensive data collection program with the data analysis, and the development, calibration and application of a set of dynamic models, in order to assess the effect of management measures on these water quality aspects.

    The data collection program contained weekly and hourly monitoring of water quality variables. Characteristics of the sediment and characteristics of the light field were measured in fall velocity experiments with various sediment samples. Experiments were conducted with light and dark bottles and with a large perspex cylinder filled with Oscillatoria agardhii and placed in the lake. These experiments produced information on the growth characteristics of Oscillatoria agardhii in the Markermeer and on different kinds of adaptation of growth parameters to the light conditions.

    The model that has been developed to simulate the effect of management measures on the water quality of the Markermeer focusing on the effect of Oscillatoria agardhii , combines a sediment transport model (STRESS-2d), a light attenuation routine (CLEAR) and a growth model for Oscillatoria agardhii (ALGA). With the integrated model the effect of two management scenarios has been evaluated: the construction of the Markerwaard and increased flushing with water from the IJsselmeer.

    Ammonia monitor based on intermodulated CO2 laser photoacoustic Stark spectroscopy
    Sauren, J.J.A.M. - \ 1992
    Agricultural University. Promotor(en): J. Reuss; D.D. Bicanic. - S.l. : Sauren - 108
    meting - luchtverontreiniging - meteorologische instrumenten - milieu - verontreiniging - monitoring - ammoniak - spectroscopie - spectraalanalyse - analytische methoden - analyse - spectrofotometrie - lasers - optica - measurement - air pollution - meteorological instruments - environment - pollution - monitoring - ammonia - spectroscopy - spectral analysis - analytical methods - analysis - spectrophotometry - lasers - optics

    One of the causes of the acidification of the environment are high ammonia (NH 3 ) emission rates. In environmental research it is an impetus to measure the ammonia concentration sufficiently accurate and fast. This thesis describes the development, construction and testing of a 12C 16O 2 laser photoacoustic monitor for trace detection of ambient ammonia. It is for the first time that hyphenated photoacoustics has been applied to the direct detection of ambient ammonia.

    The difficulties met in the practice with NH 3 monitors based on chemical or physicalchemical detection has stimulated the research towards the development of a monitor based on physical detection principles.

    Gas-phase photoacoustic spectroscopy has proven a sensitive and feasible technique for detection of pollutants. Owing to the availability of powerful, collimated, monochromatic and tunable light sources (such as the CO 2 (waveguide) laser) the detection of trace gases at ppbv and even at pptv levels appears within reach.

    Although a sensitive technique, classical photoacoustic spectroscopy is limited by the complex interpretation and additive character of signal resulting from spectral interferences (when dealing with mixtures), occurring in the wavelength region of the emitting light source. Especially in the infrared (2-20 μm), molecular fingerprints of important trace gas molecules frequently overlap or are masked by water vapor and carbon dioxide absorption. Spectral interference from the previously mentioned and largely abundant ambient species impedes the unique determination of ambient ammonia in the 12C 16O 2 laser emission frequency region.

    Using the Stark effect induced in ammonia and subsequent detection of the generated photoacoustic signal at the sum and difference sidebands of the modulated laser and Stark electric fields, detection of ammonia at trace levels employing the 10R(8) and 10R(6) CO 2 laser lines has been successfully achieved. The sensitivity of the method was tested in a simulated atmosphere (present limit 2 ppbv NH 3 ). Although materials exhibiting a low NH 3 adsorption affinity have been used to construct the photoacoustic Stark cell, signal response time of the system is at present limited to 40 sec.

    In addition to a brief historical review Chapter 1 contains an outline of the methods used in detecting ammonia. Intrinsic difficulties associated with the different chemical and photoacoustic methods are described, as well as an experimental and theoretical description of the method employed in this thesis (InterModulated PhotoAcoustic Stark Spectroscopy or IMPASS). The theory of infrared rotational-vibrational transitions as well as the Stark effect applied to the case of symmetric rotators exhibiting inversion doubling are presented in Chapter 2. Details of the photoacoustic Stark cell, the three frequency phase-locked loop, progress and improvements made on the 12C I6O 2 waveguide laser as well as a new method for calibrating photoacoustic cells are given in Chapter 3. Experiments performed on detection of ammonia in a closely simulated atmosphere and in realistic air samples are discussed in Chapter 4.

    Finally, Chapter 5 presents closing remarks concerning suggestions for improving the performance of the present instrument.

    Conformation of the RNA-binding N-terminus of the coat protein of cowpea chlorotic mottle virus : a nuclear magnetic resonance and optical spectroscopy study
    Graaf, M. van der - \ 1992
    Agricultural University. Promotor(en): T.J. Schaafsma; M.A. Hemminga. - S.l. : Van der Graaf - 113
    koebonenmozaïekvirus - virologie - moleculaire biologie - fysische chemie - fysica - eiwitten - spectroscopie - spectraalanalyse - analytische methoden - rna - kernmagnetische resonantie - kernmagnetische resonantiespectroscopie - optica - cowpea mosaic virus - virology - molecular biology - physical chemistry - physics - proteins - spectroscopy - spectral analysis - analytical methods - rna - nuclear magnetic resonance - nuclear magnetic resonance spectroscopy - optics

    The objective of the study described in this thesis was to obtain information about protein-RNA interactions in cowpea chlorotic mottle virus (CCMV). CCMV consists of RNA and a protective protein coat, composed of 180 identical coat proteins. The positively charged N-terminal arm of the coat protein is essential for binding the encapsidated RNA. Previously, the so-called 'snatch-pull' model has been suggested for the assembly of coat protein and RNA. According to this model the N-terminal region has a flexible random-coil conformation in the absence of RNA, but attains an a-helical conformation upon RNA-binding. In the present study a synthetic peptide containing the first 25 amino acids of CCMV coat protein (P25) was used as a model for the N- terminus, and oligophosphates and oligonucleoticles were used as models for the viral RNA. The conformation of the peptide was studied by nuclear magnetic resonance (NMR) and circular dichroism (CID). Changes in the conformation of the oligonucleotides were studied by CD and absorbance spectroscopy. The results confirm the snatch-pull model and allow an extension to a more detailed model for the assembly of CCMV coat protein and RNA (see below).

    Chapter 2 describes the effects of ionic strength, addition of (oligo) phosphates, and temperature on the conformation of the peptide P25 containing six arginines and three lysines. CD experiments show that the peptide has 15-18% α-helical and about 80% random coil conformation in the absence of inorganic salt at 25°C. Lowering the temperature to 10°C increases the a-helix content to 20-21%. Addition of inorganic salts results in a larger increase of the amount of α-helical conformation, up to 42% in the presence of oligophosphate with an average chain length of eighteen phosphates. One-dimensional proton NMR experiments show that the α-helix formation starts in the region between Thr9 and GIn12, and is extended in the direction of the C-terminus. NMR relaxation measurements show that binding to oligophosphates of increasing length results in reduced internal mobilities of the positively charged side chains of the arginyl and lysyl residues and of the side chain of Thr9 at the beginning of the α-helical region.

    Chapter 3 gives a description of two-dimensional proton NMR experiments on P25 in the presence of sodium monophosphate. All resonances could be assigned by a combined use of two-dimensional correlated spectroscopy and nuclear Overhauser enhancement spectroscopy carried out at four different temperatures. Various NMR parameters indicate the presence of a conformational ensemble consisting of helical structures rapidly interconverting to more extended states. Differences in chemical shifts and nuclear Overhauser effects indicate that lowering the temperature induces a shift of the dynamic equilibrium towards the helical structures. At 10°C a perceptible fraction of the conformational ensemble consists of structures with an a-helical conformation between residues 9 and 17, likely starting with a turn- like structure around Thr9 and Arg10. The region close to Arg 10 shows the strongest tendency to attain an α-helical conformation.

    Chapter 4 presents a two-dimensional proton NMR study on the effect of (oligo)phosphates on the conformation of P25. NMR experiments were performed on the highly positively charged peptide in the presence of an excess of monophosphate, tetraphosphate or octadecaphosphate. The peptide alternates between various extended and helical structures in the presence of monophosphate, but this equilibrium shifts towards the helical structures in the presence of oligophosphates. In the presence of tetraphosphate the α-helical region is situated between residues 10 and 20. NMR distance constraints obtained for P25 in the presence of tetraphosphate have been used to generate peptide structures by distance geometry calculations. These calculations resulted in eight structures belonging to two structure families. The first family consists of five structures with an α-helix-like conformation in the middle of the peptide, and the second family consists of three structures with a more open conformation. The presence of two structure families indicates that even in the presence of tetraphosphate the peptide is flexible.

    Chapter 5 describes a two-dimensional proton NMR study on the intact coat protein of cowpea chlorotic mottle virus (molecular mass: 20.2 kDa) present as dimer (pH = 7.5) or as capsid consisting of 180 protein monomers (pH = 5.0). The spectra of both dimers and capsids show resonances originating from the flexible N-terminal region of the protein. The complete resonance assignment of P25 made it possible to interpret the spectra in detail. The capsid spectrum shows backbone amide proton resonances arising from the first eight residues having a flexible random coil conformation, and side- chain resonances arising from the first 25 N-terminal amino acids. The dimer spectrum shows also side-chain resonances of residues 26 to 33, which are flexible in the dimer but immobilized in the capsid. It is suggested that the carboxyl group of GIu33 plays a role in the pH-dependent association of the coat protein. Neutralization of this acidic residue by low pH or by the presence of positively charged bases of the RNA possibly results in a conformation necessary for capsid formation. The NMR experiments indicate that the conformation of the first 25 amino acids of the intact viral coat protein in dimers and capsids is comparable to the conformation of the synthetic peptide P25.

    Finally, Chapter 6 deals with the effect of P25 on the structure of oligonucleoticles. The experiments described in this chapter have been carried out on samples containing micromolar concentrations of both P25 and oligonucleoticles. For NMR measurements samples with concentrations of more than 100 times higher are necessary. Unfortunately, it was not possible to avoid precipitation at such high concentrations of P25 and oligonucleotides in aqueous solution. However, conformational changes of the oligonuclecitides r(A) 12 , d(GC) 5 , and d(AT) 5 upon binding to P25 could be studied by using absorption and CD spectroscopy. r(A) 12 has a single-stranded structure at pH = 7.2, and exists as a protonated duplex at pH-values below 5.8. In this duplex a phosphate oxygen of the RNA backbone forms a hydrogen bond to the amino group of the adenine. The oligonucleoticles d(GC) 5 and d(AT) 12 form duplexes with Watson-Crick base-pairing. The results show that P25 has only a minor effect on the single-stranded structure of r(A) 12 at pH 7.2, but disrupts the double-stranded structure of r(A) 12 at pH = 5.0. At pH = 4.0, the double stranded structure of r(A) 12 is stabilized by protonation of the adenine at the N 1 position and the peptide is not able to disrupt the double-stranded structure. The double-stranded structures of d(GC) 5 and d(AT) 5 with Watson-Crick base-pairing are stabilized upon binding to the peptide. All conformational changes observed indicate that the positively charged side chains of the peptide have strong electrostatic interactions with the negatively charged phosphate groups of the oligonucleoticles.

    The results of the study described in this thesis confirm the snatch-pull model mentioned in the beginning of this summary. Although P25 alternates between various conformations in aqueous solution, the region between residues 10 and 20 shows a tendency to adopt an α-helical conformation. This α-helical structure is stabilized by low temperature, high ionic strength, and the addition of (oligo)phosphates, mimicking the RNA. It has been shown that the α-helix formation starts in the region between Thr9 and GIn12. Based upon this observation, a more detailed model for the assembly of CCMV coat protein and the viral RNA is proposed. It is suggested that hydrogen bond formation by the side chains of Thr9 and GIn12 initiates α-helix formation. After this initiation, the helix is extended in the direction of the C-terminus upon binding of negatively charged phosphate groups to the positively charged side chains present in the N-terminal region of the coat protein. The results indicate a strong effect of the presence of phosphates on Arg10. Phosphate binding to this residue may extend the helix in the direction of the C-terminus because of the removal of an unfavourable interaction between the positive charge at this position and the macrodipole of the helix. The extension of the helical region results in a proper orientation of the positively charged side chains for binding to the phosphate groups of the RNA backbone. In an alfa- helical conformation the distance between the arginines at positions 10, 14, 18 and 22 (- 6 Å) is comparable to the distance between two neighbouring phosphate groups in an A-type RNA helix (- 5.9 Å).

    Toepassing van optische sensoren (I). Meting van bellengrootteverdeling in luchtige levensmiddelen.
    Bisperink, C.G.J. ; Akkerman, J.C. ; Prins, A. - \ 1991
    Voedingsmiddelentechnologie 24 (1991)11. - ISSN 0042-7934 - p. 20 - 22.
    voedselindustrie - voedseltechnologie - optische instrumenten - meting - dispersie - gassen - schuim - vloeistoffen (liquids) - emulsies - glasvezel - minerale kunstvezels - componenten - sensors - transductoren - automatische regeling - instrumentatie - systemen - straling - licht - lichtdoorlating - reflectie - refractie - absorptie - emissie - optica - food industry - food technology - optical instruments - measurement - dispersion - gases - foams - liquids - emulsions - glassfibre - manmade mineral fibres - components - transducers - automatic control - instrumentation - systems - radiation - light - light transmission - reflection - refraction - absorption - emission - optics
    Beschrijving van een methode, ontwikkeld op het laboratorium voor Zuivel en Levensmiddelennatuurkunde van de LU Wageningen in nauwe samenwerking met de TU Delft, waarmee goed en snel de verdeling van de gasfase in de vloeibare fase in de tijd en op verschillende plaatsen in een monster kan worden bepaald. Deze methode is gebaseerd op glasvezeltechniek
    Invloed van molentype op de uitkomsten van NIRS-analyse voor verteerbaarheid bij snijmaïs.
    Deinum, B. ; Vedder, H. ; Jochemsen, J. - \ 1991
    Wageningen : LU - 17
    analyse - snijmachines - verteerbaarheid - voer - maalmachines - hamermolens - maïs - voedingswaarde - korrelvoer - verwerking - spectrofotometrie - optica - analysis - cutters - digestibility - feeds - grinders - hammer mills - maize - nutritive value - pelleted feeds - processing - spectrophotometry - optics
    Light climate and its impact on Potamogeton pectinatus L. in a shallow eutrophic lake
    Dijk, G.M. van - \ 1991
    Agricultural University. Promotor(en): W.J. Wolff; C.W. Stortenbeker. - S.l. : S.n. - 125
    potamogetonaceae - biocenose - plantengemeenschappen - aquatische gemeenschappen - rivieren - waterlopen - kanalen - water - oppervlaktewater - waterverontreiniging - waterkwaliteit - straling - licht - lichtdoorlating - reflectie - refractie - absorptie - emissie - meren - nederland - fotoperiodiciteit - plantenziekten - plantenziektekunde - misvormingen - fasciatie - potamogeton pectinatus - aquatische ecosystemen - optica - potamogetonaceae - biocoenosis - plant communities - aquatic communities - rivers - streams - canals - water - surface water - water pollution - water quality - radiation - light - light transmission - reflection - refraction - absorption - emission - lakes - netherlands - photoperiodism - plant diseases - plant pathology - malformations - fasciation - potamogeton pectinatus - aquatic ecosystems - optics
    Eutrofiëring, dat wil zeggen een toename in aanbod van nutriënten, vormt de laatste decennia een van de belangrijkste bedreigingen voor aquatische ecosystemen in zoete, brakke en mariene wateren. Bij eutrofiëring profiteren de waterplanten, de planktonische en de epifytische algen van het toegenomen voedselaanbod. Als gevolg van deze grotere algendichtheden verslechtert het lichtklimaat voor de ondergedoken waterplanten doorgaans aanzienlijk. De groei van de waterplanten neemt af en op den duur kan de ondergedoken vegetatie zelfs volledig verdwijnen. Met de waterplanten verdwijnen ook vele organismen die voor hun voedsel, voortplanting en/of habitat daarvan afhankelijk zijn. Dit geldt voor organismen zowel in het water (b.v. snoek en verschillende macrofaunasoorten) als daarbuiten (b.v. foeragerende vogels). Waterplanten spelen een essentiële rol in het functioneren van aquatische ecosystemen. Voor waterkwaliteitsbeheer van geëutrofieerde systemen is het dan ook van belang de invloed van het lichtklimaat op de groei en overleving van waterplanten nader te kennen.

    In 1985 is bij de vakgroep Natuurbeheer van de Landbouwuniversiteit te Wageningen, onder begeleiding van Prof. Dr W. van Vierssen, een onderzoek begonnen naar de effecten van eutrofiëring op de dynamiek van door waterplanten gedomineerde
    zoetwater-ecosystemen. In dit project waarbij verschillende medewerkers van deze vakgroep actief waren, is uitgegaan van een modelmatige benadering waarbij resultaten van laboratorium en veldexperimenten geïntegreerd zijn in een simulatie
    model. Een deel van de resultaten van dit onderzoek is recentelijk gepubliceerd in een wetenschappelijk proefschrift (M.J.M. Hootsmans en J.E. Vermaat). In het voor u liggende proefschrift zijn de resultaten gepresenteerd van een driejarig
    veldonderzoek (1986-1988), uitgevoerd in opdracht van DBW/RIZA, dat deel uitmaakte van dit eutrofiëringsproject. De volgende vragen staan hierbij centraal:
    - hoe wordt het lichtklimaat in het Veluwemeer voor de ondergedoken water planten gekarakteriseerd en door welke componenten in het water wordt het bepaald?
    - wat is de invloed van het lichtklimaat op de groei en overleving van Schedefonteinkruid ( Potamogeton pectinatus ) in het Veluwemeer?

    Het Veluwemeer (3240 ha, gemiddeld 1.15 m diep in de zomer) is eind jaren vijftig ontstaan bij de aanleg van de polder Oostelijk Flevoland. Het ligt tussen het 'nieuwe' en 'oude' land. In de eerste jaren na aanleg werd het Veluwemeer gekenmerkt door helder water en een dichte vegetatie bestaande uit o.a. verschillende soorten kranswieren ( Chara sp.), fonteinkruiden ( Potamogeton sp.), Aarvederkruid ( Myriophyllum spicatum ), Waterpest ( Elodea canadensis ), Stijve waterranonkel ( Ranunculus circinatus ) en Smalbladige waterweegbree ( Alisma gramineum ). In de jaren zestig raakte het Veluwemeer langzaam maar zeker steeds eutrofer. Dit leidde regelmatig tot blauwalgenbloei en de waterplanten verdwenen vrijwel volledig in de jaren zeventig. Toen eind jaren zeventig een defosfateringstrap bij de rioolwaterzuiveringsinstallaties van Elburg en Harderwijk in gebruik was genomen en het meer werd doorgespoeld met fytoplankton- en fosfaatarm water, bleek dat dit effectieve beheersmaatregelen zijn. Het patroon van de jaarlijks weerkerende blauwalgenbloei werd doorbroken, de helderheid van het water verbeterde sterk en de waterplanten keerden terug. Halverwege de jaren tachtig was Schedefonteinkruid de meest voorkomende waterplant. Verder kwamen plaatselijk Doorgroeid fonteinkruid ( Potamogeton perfoliatus ) en kranswieren voor. Een volledig herstel in dichtheid en diversiteit van de ondergedoken vegetatie bleef echter uit. Vermoed werd dat het lichtklimaat nog steeds een beperkende factor vormde voor een optimale ontwikkeling van waterplanten en dat aanvullende beheersmaatregelen noodzakelijk waren. In dit proefschrift is de hypothese getoetst dat de groei van waterplanten in het Veluwemeer gelimiteerd zijn door het lichtklimaat als gevolg van een hoge planktonische en epifytische biomassa.

    Hoofdstuk 2 behandelt het lichtklimaat onder water gedurende het groeiseizoen van Schedefonteinkruid. De helderheid van het water was in 1986 en 1987 gering: de verticale extinctiecoëfficiënt varieerde tussen 1.56 tot 6.76 m -1en bedroeg in 1986 gemiddeld 2.2 m -1, in 1987 3.4 m -1. In het water wordt licht weggenomen: door het water zelf, in het water opgeloste humusachtige organische stoffen (aangeduid als gilvin), fytoplankton, zwevende dode organische stof (dode algen, plantedelen, dieren) en zwevende anorganische deeltjes (klei- en slibdeeltjes). De twee laatste componenten vormen samen het tripton. Het gehalte aan chlorofyl-a varieerde van 2 tot 85 mg.m -3, de sestonconcentratie (som van het fytoplankton en het tripton) van 8 tot 148 mg.drooggewicht.l -1en de gilvinconcentratie van 0.79 tot 1.11 m -1(uitgedrukt als absorbtiecoëfficiënt bij 440 nm). Het licht in het water blijkt sterk verstrooid te worden, met name door het tripton. De relatieve bijdrage van het water zelf en het gilvin aan de bundelextinctiecoëfficiënt was gering (minder dan 5%). Het fytoplankton draagt voor 6 tot 20% bij aan de grootte van de absorptiecoëfficiënt, voor 3 tot 33% aan de verstrooiingscoëfficiënt en voor minder dan 30% aan de bundelextinctiecoëfficiënt. Tripton is er dus voor het grootste deel verantwoordelijk voor dat de lichtintensiteit in het water sterk afneemt met de diepte. Het spectrum van het licht verandert aanzienlijk van samenstelling naar gelang de diepte van het water; dit is een gevolg van een selectieve absorptie door de componenten in de waterlaag. Opgelost gilvin en gilvin geadsorbeerd aan tripton absorberen sterk het blauwe deel van het spectrum. De hoeveelheid tripton in het water is positief gerelateerd aan windsnelheid. Geconcludeerd is dat het lichtklimaat onder water in sterke mate wordt bepaald door bodemmateriaal dat door wind is opgewerveld. Het fytoplankton is slechts van ondergeschikt belang voor het lichtklimaat.

    In hoofdstuk 3 zijn de resultaten beschreven van de ontwikkeling, samenstelling en lichtdoorlatendheid van het perifyton op kunstmatig substraat (objectglaasjes). Daarnaast zijn er enkele aanvullende observaties verricht aan perifyton op bladeren
    van Schedefonteinkruid. Deze perifytonkarakteristieken zijn bestudeerd bij vier experimentele lichtcondities. De perifytonontwikkeling werd enerzijds gevolgd op substraat dat telkens gedurende twee weken geïncubeerd was en anderzijds op substraat dat vanaf half mei tot het moment van bemonstering in het Veluwemeer was geïncubeerd (respectievelijk
    aangeduid als interval- en totaalserie). De perifytonontwikkeling op kunstmatig substraat vertoonde een duidelijke periodici
    teit in beide series. Aanwassnelheid en perifytondichtheid waren maximaal aan het begin en aan het einde van het groeiseizoen van Schedefonteinkruid en relatief daartussenin, waarschijnlijk als gevolg van begrazing door gammariden en/of chirono
    miden. Foto-inhibitie en een door nutriënten beperkte groei kunnen echter ook een rol hebben gespeeld. De perifytonontwikkeling vertoonde nauwelijks verschillen bij de experimentele lichtcondities in beide series. Kiezelalgen vormden de dominante groep aan het begin en aan het einde van het groeiseizoen; groen- en kiezelalgen waren dominant daar tussenin. Gedurende het gehele seizoen was de relatieve bijdrage van blauwalgen aan de totale epifytische gemeenschap slechts gering. Het perifyton bestond voor een groot deel uit gesedimenteerde anorganisch deeltjes (klei- en slibdeeltjes) en dood organisch
    materiaal (detritus). Het perifyton dat zich gedurende twee weken in het Veluwemeer had kunnen ontwikkelen, nam 10 tot 50% van het invallende licht weg. Perifyton dat zich langer dan twee weken had kunnen ontwikkelen, nam uiteindelijk meer dan 90% van het invallende licht weg. Het perifyton vertoonde een zelfde periodiciteit in dichtheid op de bladeren van
    Schedefonteinkruid als op kunstmatig substraat, zij het dat de dichtheid hoger was op de bladeren dan op kunstmatig substraat. Het perifyton op bladeren en op kunstmatig substraat bestond voor een belangrijk deel uit klei-, slib- en detritusdeeltjes.
    Opwerveling van bodemmateriaal beïnvloedt het lichtklimaat van de ondergedoken waterplanten dus sterk negatief: enerzijds leidt het tot zeer troebel water en anderzijds tot een dichte perifytonlaag die weinig licht doorlaat.

    Hoofdstuk 4 en 5 behandelen de groei en overleving van Schedefonteinkruid bij experimentele lichtcondities. Schedefonteinkruid vertoont een eenjarige levenscyclus in het Veluwemeer. Aan het einde van de zomer (augustus-september) sterven stengels, bladeren, wortels en wortelstokken volledig af. Schedefonteinkruid overwintert door middel van tubers (vegetatieve overlevingsorganen). In het voorjaar, als de watertemperatuur stijgt, lopen de tubers massaal uit. Schedefonteinkruid produceert ook zaden maar deze kiemen in het veld slecht. Voor de overleving van de vegetatie in de winter zijn de tubers daarom van cruciaal belang.

    Hoofdstuk 4 behandelt de invloed van het lichtklimaat op de vegetatieontwikkeling van Schedefonteinkruid. Daartoe zijn boven een homogene Schedefontein kruidvegetatie drie typen netten gespannen (1.5 m boven het wateroppervlak) die respectievelijk 26%, 45% en 73% van de invallende lichtinstraling wegnamen. In de vegetatie ontstonden op deze wijze vier lichtcondities nl. een blanco (d.w.z. geen beschaduwing) en drie met beschaduwing. De fotoperiode was bij alle lichtcondities vrijwel hetzelfde terwijl de fotosynthetische periode korter was met toenemende beschaduwing. De fotoperiode is gedefinieerd als de tijdsduur per dag waarin de lichtintensiteit meer dan 10 μE.s 1.m 2bedraagt, de fotosynthetische periode als de tijdsduur per dag waarin de lichtintensiteit hoog genoeg is voor een netto fotosynthese. Elke lichtconditie werd gerealiseerd in een gebied van totaal 300 m 2, verdeeld over drie proefgebieden. Van april tot november 1986 is de vegetatie elke twee weken bemonsterd. De boven- en ondergrondse biomassa waren gedurende het grootste deel van het groeiseizoen lager met toenemende beschaduwing. Bij alle lichtcondities begon de tuberproduktie in de tweede helft van juni, rond de langste dag. In die periode waren de relatieve bijdrage van tubers aan de totale biomassa en het aantal tubers per hoeveelheid boven- en ondergrondse biomassa het hoogst bij de hoogste beschaduwing. Hierbij viel het tijdstip van maximale bovengrondse biomassa vroeger in het seizoen en was het vegetatieseizoen korter dan bij de overige lichtcondities. Aan het einde van het groeiseizoen werd de tuberbank kleiner bij toenemende beschaduwing. Afgeleid is dat tubervorming begint bij een fotoperiode van ca. 16 uur (lange-dag condities) onafhankelijk van de fotosynthetische periode. Tuberproduktie en realloca tie van carbohydraten zijn daarentegen hoger bij een kortere fotosynthetische periode.

    In hoeverre een verhoogde tuberproduktie en reallocatie van carbohydraten naar de tubers een adequate respons is op een verkorte fotosynthetische periode, is sterk afhankelijk van de hoeveelheid beschikbaar fotosynthaat waarmee de tubers gevuld moeten worden. De hoeveelheid fotosynthaat is afhankelijk van de hoeveelheid fotosynthetisch actieve delen (bovengrondse biomassa) en van de fotosynthese bij gegeven lichtcondities. Bij de hoogste beschaduwing kan de bovengrondse biomassa niet voldoende fotosynthetiseren om de groei van zowel tubers als van bovengrondse delen te onderhouden. Geconcludeerd is dat beschaduwing een negatief effect had op de ontwikkeling van biomassa en op de omvang van de tuberbank. Optimale tuberproduktie van Schedefonteinkruid vindt waarschijnlijk plaats in helderder water dan in de blanco situatie van dit experiment.

    In hoofdstuk 5 wordt de invloed van het lichtklimaat op de groei en overleving van Schedefonteinkruid besproken. Daartoe is de vegetatieontwikkeling van Schedefon teinkruid bij verschillende lichtcondities gedurende drie seizoenen gevolgd
    (1986-1988). In 1986 zijn met kunstmatige beschaduwing vier lichtcondities gecreëerd in een homogene Schedefonteinkruidvegetatie. In 1987 is slechts een gedeelte van deze vegetatie op identieke wijze en een ander gedeelte niet meer beschaduwd. In 1988 is er geen kunstmatige beschaduwing meer toegepast. In 1987 waren de groeiomstandigheden slechter dan in 1986. In de blanco situatie waren de boven- en ondergrondse biomassa, de maximale bovengrondse biomassa en de netto tuberproduktie in 1987 lager dan in 1986. Verder was het vegetatieseizoen korter en was de maximale bovengrondse biomassa in 1987 vroeger in het seizoen bereikt dan in 1986. In het tweede jaar (1987) had de beschaduwing dezelfde effecten op de biomassa en tuberbankontwikkeling als in 1986. In beide jaren namen de boven- en ondergrondse
    biomassa en de maximale bovengrondse biomassa af bij toenemende beschaduwing en werd het groeiseizoen korter.
    Geconcludeerd is dat bij de huidige waterkwaliteit in het Veluwemeer het lichtklimaat onder water een dominante factor is voor de vegetatieontwikkeling van Schede fonteinkruid. Daarnaast kunnen verschillen in waterkwaliteit en/of weersomstandigheden tot aanzienlijke verschillen in vegetatieontwikkeling leiden. De vegetatieontwikkeling tijdens het groeiseizoen uitgedrukt in maximale boven grondse biomassa was positief gecorreleerd met de omvang van de tuberbank aan het begin van het seizoen. De overlevingskansen van een vegetatie op langere termijn zijn mede bepaald door de omvang van de tuberbank. De vegetatieontwikkeling hangt dus niet alleen van de waterkwaliteit in het desbetreffende seizoen af maar ook via de
    tuberbank van de waterkwaliteit in de voorafgaande periode(n). Bij een verbetering van het lichtklimaat onder water kan Schedefonteinkruid zich herstellen. Dit herstel is afhankelijk van het lichtklimaat en het weer; de snelheid van herstel is mede afhankelijk van de omvang van de tuberbank aan het begin van het seizoen.

    In hoofdstuk 6 wordt de betekenis van de ondergedoken waterplanten geëvalueerd bij restauratie van sterk eutrofe systemen door middel van actief biologisch beheer. Onder actief biologisch beheer, ook wel biomanipulatie genoemd, wordt verstaan het (direct) beïnvloeden van de biotische component(en) in het water, zodanig dat het biologische systeem zelf wordt ingeschakeld bij de bestrijding van algenproblemen. Praktische mogelijkheden liggen vooral op het gebied van visstandsbeheer. Actief biologisch beheer blijkt een effectieve strategie te zijn in de bestrijding van ongewenste effecten van eutrofiëring in relatief kleine wateren. Het succes van actief biologisch beheer in grootschalige projecten is echter mede afhankelijk van de gevoeligheid van het systeem voor opwerveling van bodemmateriaal door wind. Indien als gevolg van eutrofiëring of een andere tijdelijk actieve factor de ondergedoken vegetatie verdwijnt, zal in systemen gevoelig voor opwerveling van bodemmateriaal door wind, de hoeveelheid opgewerveld bodemmateriaal een sturende factor zijn voor het lichtklimaat onder water. In dergelijke systemen zijn aanvullende maatregelen nodig voor verbetering van het lichtklimaat onder water voordat de ondergedoken vegetatie zich kan herstellen. Daarbij valt te denken aan morfologische ingrepen zoals het creëren van luwteplekken door aanleg van eilanden, dijken en windsingels. Naar verwachting zal dan tenminste op deze luwteplekken het lichtklimaat onder water verbeteren zodat zich lokaal vegetatiekernen kunnen ontwikkelen. Tevens zouden waterkwaliteitsbeheerders de groei en verspreiding van waterplanten kunnen stimuleren, bijvoorbeeld door herintroductie van soorten zoals nymfeïden die een sterk dempende werking hebben op de waterbeweging.

    Chlorofylfluorescentie : achtergronden en gebruiksmogelijkheden
    Haalstra, S.R. - \ 1989
    Wageningen : SVP ([SVP publikatie] rapport nr. 637) - 78
    chlorofyl - flavonoïden - fluorescentie - luminescentie - porfyrinen - steroïden - optica - fosforescentie - chlorophyll - flavonoids - fluorescence - luminescence - porphyrins - steroids - optics - phosphorescence
    A flexible and explanatory model of light distribution and photosynthesis in row crops.
    Gijzen, H. ; Goudriaan, J. - \ 1989
    Agricultural and Forest Meteorology 48 (1989)1-2. - ISSN 0168-1923 - p. 1 - 20.
    diffusie - licht - modellen - fotoperiode - fotoperiodiciteit - fotosynthese - onderzoek - op ruggen leggen - schaduw - optica - verstrooiing - diffusion - light - models - photoperiod - photoperiodism - photosynthesis - research - ridging - shade - optics - scattering
    Nederhoff, E.N. ; Gijzen, H. - \ 1988
    Groenten en fruit 44 (1988)8. - ISSN 0017-4491 - p. 28 - 31.
    kunstlicht - diffusie - licht - verlichting - fotoperiode - fotoperiodiciteit - teelt onder bescherming - schaduw - optica - verstrooiing - artificial light - diffusion - light - lighting - photoperiod - photoperiodism - protected cultivation - shade - optics - scattering
    Radiative cooling in the nocturnal boundary layer
    Tjemkes, S.A. - \ 1988
    Agricultural University. Promotor(en): L. Wartena, co-promotor(en): F.T.M. Nieuwstadt. - S.l. : S.n. - 108
    atmosfeer - computersimulatie - infraroodstraling - wiskundige modellen - onderzoek - simulatie - simulatiemodellen - turbulentie - grenslaag - aardoppervlak - optica - atmosphere - computer simulation - infrared radiation - mathematical models - research - simulation - simulation models - turbulence - boundary layer - land surface - optics

    In this thesis the transfer of infrared radiation (electromagnetic waves with a wavelength between 3.6 and 100 μm) through a cloudfree nocturnal boundary layer is studied. To simulate the transfer of infrared radiation an accurate narrow band model which simulates the absorption and emission of longwave radiation by water vapor and carbon dioxide is described. The model is tested against 44 cases of surface downward fluxes as well as against independent calculations. From these two comparison studies it is shown that the narrow band model simulates the surface downward flux with 3 W/m 2and the cooling rate within 0.2 K/day.

    To analyse the interaction between turbulence and infrared radiation in a horizontally homogeneous cloudless nocturnal boundary layer, the radiation scheme is combined with a turbulence model, in which a prognostic equation for the turbulent kinetic energy is solved together with a diagnostic length scale equation for the turbulence. The performance of this combined radiation turbulence model is compared with detailed observations of the mean thermodynamic and turbulence structure throughout the nocturnal boundary layer.

    From this comparison study it is shown that the agreement between the calculated and observed profiles of turbulence and mean thermodynamic variables and between the calculated and observed evolution of the surface fluxes is satisfactory. Moreover it is shown that the inclusion of radiative cooling within the boundary layer increases the boundary layer height by about 25%.

    The combined radiation-turbulence model is also used to study the influence of the geostrophic wind velocity on the surface minimum temperature. From these model calculations a parametrization scheme is derived which is able to reproduce the surface minimum temperature over an almost saturated vegetated clay soil within 2.5 K.

    The accuracy of the narrow band model used in the above described studies, is at the expense of a considerable amount of computer time. Thus the narrow band model is not recommended for use on a routine base in a boundary layer forecast model. Therefore an alternative radiation code for use in boundary layer models which is presented, which is accurate as well as efficient.

    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.