Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 457

    • help
    • print

      Print search results

    • export
      A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
    Check title to add to marked list
    Toetsontwikkeling PSTVd in Dahlia
    Leeuwen, P.J. van; Trompert, J.P.T. ; Lemmers, M.E.C. ; Verbeek, M. ; Meekes, E.T. - \ 2016
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, onderdeel van Wageningen UR Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit - 23
    dahlia - plantenvirussen - aardappelspindelknolviroïde - detectie - extractie - experimenteel veldonderzoek - methodologie - diagnostische technieken - nederland - dahlia - plant viruses - potato spindle tuber viroid - detection - extraction - field experimentation - methodology - diagnostic techniques - netherlands
    Smart Ziekzoeker 2015 : Detectie van virus- en bacteriezieke pootaardappelen met behulp van vision- en sensortechnologie
    Kamp, J.A.L.M. ; Blok, P.M. ; Polder, G. ; Wolf, J.M. van der; Jalink, Henk - \ 2016
    Lelystad : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving (Applied Plant Research) Business Unit AGV (PPO/PRI rapport 703) - 51
    pootaardappelen - solanum tuberosum - plantenziekteverwekkende bacteriën - plantenvirussen - detectie - sensors - machine vision - seed potatoes - solanum tuberosum - plant pathogenic bacteria - plant viruses - detection - sensors - machine vision
    Tospovirus : induction and suppression of RNA silencing
    Hedil, Marcio - \ 2016
    Wageningen University. Promotor(en): Just Vlak, co-promotor(en): Richard Kormelink. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462577848 - 137
    tospovirus - rna - plants - immunity - gene silencing - biochemical pathways - rna interference - viral proteins - plant viruses - tospovirus - rna - planten - immuniteit - uitschakelen van genexpressie - biochemische omzettingen - rna-interferentie - viruseiwitten - plantenvirussen

    While infecting their hosts, viruses must deal with host immunity. In plants the antiviral RNA silencing pathway is an important part of plant innate immunity. Tospoviruses are segmented negative-stranded RNA viruses of plants. To counteract the antiviral RNA silencing response in plants, tospoviruses have evolved a silencing suppressor function via its NSs protein. This viral protein has previously been shown to bind dsRNA that likely arises from secondary RNA folding structures in viral RNAs. The aim of the present research was to further investigate the interaction between tospoviruses and the plant antiviral RNA silencing response, including the target sequences in the viral RNA and the further role of the NSs protein as part of the tospovirus counterdefence strategy.

    In order to identify the target and inducer for RNA silencing against tospoviruses, small RNAs purified from plants infected with three tospoviral species, tomato spotted wilt virus (TSWV), groundnut ringspot virus (GRSV) and tomato yellow ring virus (TYRV), were probed against the viral RNA segments of these three different tospoviruses (Chapter 3). Virus-derived siRNAs (vsiRNAs) were found to be derived from all three genomic RNA segments but predominantly the ambisense M and S RNAs. Further profiling on the S RNA sequence revealed that vsiRNAs were found from almost the entire S RNA sequence, except the predicted AU-rich hairpin (HP) structure encoded by the intergenic region (IGR) from where hardly any vsiRNAs were found. Similar profiles were observed with the closely related GRSV as well as the distantly related TYRV. Dicer cleavage assays using Drosophila melanogaster embryo extracts showed that synthetic transcripts of the IGR-HP region were recognized as substrate for Dicer. Transient agroinfiltration assays of a GFP-sensor construct containing the IGR-HP sequence at its 3′-UTR did not show more rapid/strong silencing, and profiling of the corresponding siRNAs generated outside the context of a viral infection still revealed relatively low levels of IGR-HP-derived siRNAs. These data support the idea that the IGR-HP region/structure is a weak inducer of RNA silencing and plays a minor role in the amplification of a strong antiviral RNA silencing response.

    Next, a biochemical analysis was performed using E. coli-expressed and purified NSs from GRSV and TYRV. The binding of both purified NSs proteins to small and long dsRNA indicated that this is likely a generic feature of all tospoviral NSs proteins (Chapter 4). Binding of siRNAs to NSs furthermore revealed two shifts on polyacrylamide gels i.e. a first shift at low NSs concentrations followed by a second larger one at higher concentrations. When the NSs protein of TSWV resistant breaker (RB) isolates (of Tsw-gene based resistance), which lack RSS activity when transiently expressed, were analyzed using extracts from infected plants still a major (second) shift of siRNAs was observed, similar to the case with extracts containing TSWV resistant inducer (RI) isolates. In contrast, plant extracts containing transiently expressed NSs proteins alone (no infection) showed only the smaller, first shift for NSsRI but no shift for NSsRB.

    The ability of NSs to suppress systemic silencing is demonstrated for the NSs proteins of TSWV, GRSV and TYRV, and their relative strengths to suppress local and systemic silencing were compared (Chapter 5). A system was developed to quantify suppression via GFP silencing constructs, allowing comparison of relative RNA silencing suppressor strength. In this case NSs proteins of all three tospoviruses are suppressors of local and systemic silencing. Unexpectedly, suppression of systemic RNA silencing by NSsTYRV was just as strong as those by NSsTSWV and NSsGRSV, even though NSsTYRV was expressed in lower amounts. Moreover, a set of selected NSsTSWV gene constructs mutated in predicted RNA binding domains, as well as NSs from TSWV isolates 160 and 171 (resistance breakers of the Tsw resistance gene), were analyzed for their ability to suppress systemic GFP silencing. The results indicate another mode of RNA silencing suppression by NSs that acts further downstream of the biogenesis of siRNAs and their sequestration.

    In summary, evidence is presented showing that sequences from all three genomic segments from tospovirus are targeted by the plant RNA silencing machinery. The predicted hairpin sequence in the IGR is poorly targeted. Biochemical experiments with purified NSs proteins further support the view that binding to small and long dsRNA is a characteristic common to all tospovirus NSs proteins. Furthermore, tospovirus NSs proteins suppress systemic silencing and there are indications that local and systemic silencing suppression can be uncoupled in NSs. Collectively, these results add to our current understanding of the tospovirus-plant interaction involving antiviral RNA silencing and the viral counter-defence (NSs protein). Lastly, the results of the research presented in this thesis are discussed in light of the current knowledge on RNA silencing and to present some future perspectives and questions that remain open and/or resulted from this thesis (Chapter 6).

    Plantenvirussen in het vizier
    Stijger, I. ; Verbeek, M. - \ 2016
    Wageningen UR
    plantenvirussen - virusziekten - ziekteoverdracht - detectie - ziektedistributie - diagnose - bedrijfshygiëne - plant viruses - viral diseases - disease transmission - detection - disease distribution - diagnosis - industrial hygiene
    Aandacht wordt geschonken aan: voedingswater, micro-leven, rasverschillen, en oud stekmateriaal. Poster van PlantgezondheidEvent 12 maart 2015.
    The Sw-5 gene cluster : analysis of tomato resistance against tospoviruses
    Silva de Oliveira, A. - \ 2015
    Wageningen University. Promotor(en): Monique van Oers; R. de Oliveira Resende, co-promotor(en): Richard Kormelink. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462575769 - 158
    solanum lycopersicum - tomaten - ziekteresistentie - plantenvirussen - tospovirus - genen - tomatenbronsvlekkenvirus - plantenveredeling - resistentieveredeling - solanum lycopersicum - tomatoes - disease resistance - plant viruses - tospovirus - genes - tomato spotted wilt virus - plant breeding - resistance breeding
    Lang leve het virus!
    Vlugt, R.A.A. van der; Goud, J.C. - \ 2015
    Gewasbescherming 46 (2015)1. - ISSN 0166-6495 - p. 4 - 5.
    gewasbescherming - plantenvirussen - interviews - hittetolerantie - koudetolerantie - droogteresistentie - virologie - plantenziektebestrijding - plant protection - plant viruses - interviews - heat tolerance - cold tolerance - drought resistance - virology - plant disease control
    “Dat virussen ziekten kunnen veroorzaken, in allerlei organismen, weet iedereen. Maar dat virussen ook gunstige effecten kunnen hebben is veel minder bekend.” Dit artikel geeft een gesprek weer met Marilyn Roossinck van Pennsylvania State University, die in Wageningen was voor het geven van de tweede Rob Goldbach Virology Lecture. “Naast pathogene virussen is er een enorm scala aan virussen met juist een gunstig effect op de plant. Voorbeelden daarvan zijn een verbeterde droogtetolerantie, hitte- of koudetolerantie of zouttolerantie. Ook bepaalde stammen van pathogene soorten kunnen deze effecten veroorzaken. Van verreweg de meeste soorten weten we simpelweg niet wat ze doen.”
    Actieplan 'Minder virus in tulp' : Groot verschil in virusdruk per regio
    Kreuk, Frank ; PPO BBF Bloembollen, - \ 2015
    BloembollenVisie (2015)319. - ISSN 1571-5558 - p. 22 - 23.
    tuinbouw - bloembollen - tulpen - gewasbescherming - plantenvirussen - landbouwregio's - nederland - tulpenmozaïekvirus (tulip mosaic virus) - aphididae - monitoring - vangmethoden - veldproeven - horticulture - ornamental bulbs - tulips - plant protection - plant viruses - agricultural regions - netherlands - tulip mosaic virus - aphididae - monitoring - trapping - field tests
    Een van de aspecten waarnaar gekeken wordt in het actieplan 'Minder virus in tulp' is de vraag of er verschillen zijn per teeltregio. Dat blijkt zo te zijn. Vooral het verschil in aantal gevangen luizen per regio bleek groot te zijn. De verwachting dat een sterke virusuitbreiding altijd gepaard zou gaan met een hoge bladluisvangst bleek niet te kloppen.
    Augustaziek bij tulp : Eindrapportage ‘Inzicht in de symptoomontwikkeling van Augustaziek tijdens de bolproductie en broeierij'
    Verbeek, M. ; Stijger, C.C.M.M. ; Dam, M.F.N. van; Lans, A.M. van der; Lemmers, M.E.C. ; Haaster, A.J.M. van - \ 2014
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving BBF - 29
    tulpen - plantenvirussen - necrovirus - olpidium brassicae - schade - ziekteoverdracht - bodemschimmels - siergewassen - bloembollen - cultuurmethoden - landbouwkundig onderzoek - tulips - plant viruses - necrovirus - olpidium brassicae - damage - disease transmission - soil fungi - ornamental crops - ornamental bulbs - cultural methods - agricultural research
    Augustaziek bij tulp wordt veroorzaakt door het Olive mild mosaic virus (OMMV), een virus dat behoort tot het geslacht Necrovirus (waar ook het tabaksnecrosevirus (TNV) toe behoort). Dit virus kan plantenwortels infecteren vanuit de grond, een proces dat vele malen efficiënter wordt wanneer de virusdeeltjes via zwermsporen van de wortels-infecterende bodemschimmel Olpidium brassicae worden overgebracht. Schimmel en virus komen pleksgewijs in verschillende grondsoorten voor en leven op allerlei gewassen en onkruiden. Augusta komt in bepaalde jaren meer voor dan in andere jaren. Er wordt soms over een cyclus van ongeveer 12 jaar gesproken waarin zogenaamde Augusta-jaren voorkomen. Het onderzoek waarin in dit verslag wordt gerapporteerd had als uitgangspunt drie vragen: • Wanneer Augustaziek uitdooft in een partij, is het virus dan echt afwezig, of heeft men met een latente (niet zichtbare) infectie te maken? Genezen van virus is nl. geen gangbaar verschijnsel in de plantenwereld. • Hoe groot is het risico op zichtbare schade in de broei van een partij die op het veld zichtbare Augusta-schade vertoonde? Kan de schade in de broei voorspeld worden? • Zijn er factoren/indicatoren die een ‘Augusta-jaar’ aankondigen? Om een idee te krijgen over de mogelijke antwoorden op deze vragen is als eerste een enquête gehouden onder tulpentelers (bollenteelt en afbroei). Aan de hand van die enquête is gekeken naar o.a. teeltomstandigheden, perceel, voorvrucht etc. Ook is aan deze telers gevraagd of zij materiaal beschikbaar wilden stellen van partijen waarin zij eerder Augusta-schade hadden waargenomen. Deze partijen zijn opgeplant in de kas onder afbroei-omstandigheden en op het veld onder bollenteelt-omstandigheden. Tijdens deze teelten werd de symptoomontwikkeling gevolgd en werden virustoetsen uitgevoerd om de infectie met OMMV te monitoren. Bij enkele planten met symptomen is met behulp van Next Generation Sequencing gekeken of ook daadwerkelijk OMMV betrokken was bij het ziektebeeld. Hieruit bleek dat er in enkele planten andere virussen dan OMMV voorkwamen die symptomen veroorzaakten die waarschijnlijk in de praktijk moeilijk van Augusta kunnen worden onderscheiden. Voorbeelden van deze virussen zijn het tulpenvirus X, Arabis mozaïekvirus, dravikmozaïekvirus, tabaksratelvirus en het vroege-verbruiningsvirus van erwt. Hoewel op bovenstaande vragen nog geen duidelijke antwoorden te geven zijn, is wel een stapje in de goede richting gezet. Uit dit onderzoek zijn de volgende inzichten verkregen: • Symptomen in tulp die in de praktijk Augustaziek worden genoemd worden over het algemeen veroorzaakt door infectie met OMMV, maar ook andere virussen kunnen op Augusta lijkende schadebeelden geven. • OMMV lijkt in de afbroei ook symptoomloos te kunnen voorkomen, maar dat zal afhankelijk zijn van cultivar en teeltomstandigheden (over het algemeen wordt aangenomen dat bij hogere temperaturen minder schade wordt waargenomen). • Een aantal partijen die als Augustapartijen waren aangemerkt bleken vrij te zijn van OMMV in de virustoets in het leverbaar materiaal en in de boltoetsen na kasteelt en veldteelt. Tijdens deze teelten werd geen schade waargenomen in deze partijen. Of dit ook daadwerkelijk betekent dat uitdoving heeft plaatsgevonden is niet te concluderen omdat ten tijde van de waarneming van de symptomen de zieke planten niet op virusinfecties zijn getoetst.
    Virus onschadelijk maken, voorkomen infectie, symptomen onderdrukken : beheersen door complex van middelen en maatregelen
    Arkesteijn, M. ; Stijger, I. - \ 2014
    Onder Glas 11 (2014)12. - p. 62 - 63.
    glastuinbouw - kasgewassen - plantenvirussen - gewasbescherming - maatregelen - landbouwkundig onderzoek - weerstand - ziektepreventie - virusziekten - greenhouse horticulture - greenhouse crops - plant viruses - plant protection - measures - agricultural research - resistance - disease prevention - viral diseases
    Virussen veroorzaken behoorlijk wat economische schade in cultuurgewassen. Een besmetting met komkommerbontvirus bijvoorbeeld levert al gauw 15% inkomstenderving op. Virusziekten zijn niet te bestrijden zoals schimmels en bacteriën, maar wel te beheersen. Virologe Ineke Stijger van Wageningen UR Glastuinbouw vertelt over de mogelijke wijzen van aanpak en het huidige onderzoek.
    René van der Vlugt over schade aan landbouwgewassen
    Vlugt, R.A.A. van der - \ 2014
    landbouw - gewasbescherming - plantenvirussen - niet-geclassificeerde plantenvirussen - voedselgewassen - besmetting - kennisniveau - agro-ecologie - ecologie - agriculture - plant protection - plant viruses - unclassified plant viruses - food crops - contamination - knowledge level - agroecology - ecology
    In de natuur zijn vele ongetwijfeld heel veel plantenvirussen die niet bij mensen bekend zijn. Maar die visrussen kunnen op een gegeven moment overslaan van de wilde natuur naar landbouwgewassen. Dat kan zorgen voor veel schade en zelfs hongersnoden veroorzaken. Die ‘wilde’ virussen vroegtijdig in de smiezen krijgen is dus bittere noodzaak, bepleit René van der Vlugt, buitengewoon hoogleraar Ecologische plantenvirologie aan Wageningen University.
    On the involvement of host proteins in Cowpea mosaic virus intercellular spread
    Hollander, P.W. den - \ 2014
    Wageningen University. Promotor(en): Just Vlak, co-promotor(en): Jan van Lent. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462570986 - 146
    plantenvirussen - koebonenmozaïekvirus - plasmodesmata - planteiwitten - pathogenesis-gerelateerde eiwitten - viruseiwitten - virale transporteiwitten - chaperoninen - uitschakelen van genexpressie - genexpressie - eiwittransport - eiwitexpressieanalyse - plant viruses - cowpea mosaic virus - plasmodesmata - plant proteins - pathogenesis-related proteins - viral proteins - movement proteins - chaperonins - gene silencing - gene expression - protein transport - proteomics

    Abstract of thesis Paulus den Hollander entitled “On the involvement of host proteins in Cowpea mosaic virus intercellular spread”.

    Defence: 18th of November 13.30 h


    Intercellular spread of Cowpea mosaic virus (CPMV) occurs via movement tubules inserted into the cell wall spanning plasmodesmata (PD) channels. These tubules are composed solely of viral movement proteins (MPs) and carry virus particles to neighbouring cells. The insertion of movement tubules into PD requires severe structural modification of these channels. These modifications are thought to rely on the concerted action of host and viral proteins. The aim of this thesis research has been to identify those host factors involved in the intercellular transport of CPMV.

    Movement tubules collected from protoplasts, isolated plants cells without cell walls, were analysed by tandem mass spectrometry. This analysis revealed that seven host proteins associated specifically with these movement structures. Among these tubule-associated host proteins were CDC48-type AAA-proteins, heat shock protein (HSP) 60 and HSP70 isoforms. These three proteins were selected for further analysis in order to test their potential role in CPMV infection and spread. Targeted gene silencing of either CDC48 or HSP70 proteins caused a reduction in viral titres and also reduced the spread of CPMV in infected leaves. These results show that altered expression of these two tubule-associated host proteins influences the viral infection cycle.

    Furthermore, interactions between the MP of CPMV and both plasma membrane intrinsic proteins (PIPs) and plasmodesmata-located proteins (PDLPs) were investigated using fluorescently labelled fusion proteins. An interaction between the MP and PIP-isoforms could not be established, however, MPs were found to co-localise with PDLP1 in PD. Using fluorescence lifetime imaging (FRET-FLIM) the molecular interaction between PDLPs and viral MPs was established in PD. This interaction was, however, only found in plant tissues and was not observed in protoplasts. This suggests that the interaction is restricted to structural context of the PD. Further experiments in protoplasts showed that co-localisation of MPs with PDLP1 was not required for the formation of movement tubules in these cells, which supports the hypothesis that the role of PDLP in plant virus intercellular transport is restricted to the PD.

    Vatbaarheid van Nerine voor PlAMV : voortgezet diagnostisch onderzoek 2013
    Leeuwen, P.J. van; Lemmers, M.E.C. ; Trompert, J.P.T. - \ 2014
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit - 13
    nerine - bloembollen - plantenvirussen - plantago asiatica mosaic virus - virusziekten - diagnostische technieken - proeven - landbouwkundig onderzoek - nerine - ornamental bulbs - plant viruses - plantago asiatica mosaic virus - viral diseases - diagnostic techniques - trials - agricultural research
    Nerine blijkt niet vatbaar te zijn voor het PlAMV-virus. Het onderzoek naar de vatbaarheid van Nerine geeft dan ook geen aanleiding om de bestaande teeltstrategie aan te passen. Nerine wordt veelal in vruchtwisseling geteeld met lelie. Lelie is de laatste jaren getroffen door het PlAMV (Plantago asiatica mosaic virus). Dit virus kan tijdens de teelt via de bodem verspreiden. Ook bij hergebruik van grond afkomstig van PlAMV-lelieteelt is er (tijdens de broei in de kas) een risico op infectie van de nieuwe lelieteelt. Omdat Nerinebollen vaak naast lelies worden geteeld en/of in vruchtwisseling met lelies plaatsvindt, is er een grote angst dat PlAMV mogelijk ook voor grote problemen kan zorgen bij dit gewas. Een besmetting van Nerine met PlAMV zou een decimering van de teelt betekenen. Er is een besmettingsproef uitgevoerd in de periode van augustus 2013 t/m januari 2014 met Nerine bowdeni ‘Favourite’ en ‘Van Roon’ om vast te stellen of Nerine vatbaar is voor een besmetting met PlAMV. Het virus is via verschillende methoden overgebracht op Nerine, maar vervolgens is bij geen enkele plant of bol besmetting aangetoond, terwijl dit wel het geval was bij controle leliebollen/planten. Op basis van dit onderzoek kan de conclusie worden getrokken dat Nerine niet vatbaar is voor PlAMV.
    Middelenonderzoek ten behoeve van knelpunten in de bloembollenteelt : eindrapport onderzoek 2011-2013
    Bulle, A.A.E. - \ 2014
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit - 40
    bloembollen - gewasbescherming - bestrijdingsmethoden - plantenvirussen - plantenplagen - methodologie - alternatieve methoden - proeven - toelating van bestrijdingsmiddelen - ornamental bulbs - plant protection - control methods - plant viruses - plant pests - methodology - alternative methods - trials - authorisation of pesticides
    De beschikbaarheid van voldoende en effectieve gewasbeschermingsmiddelen voor de teelt, de bewaring en de broei van bloembolgewassen staat regelmatig onder druk. Bestaande toelatingen vervallen en door het stringente toelatingsbeleid is het lastig en kostbaar om nieuwe toelatingen te realiseren. Ook in de herregistratie van middelen blijkt steeds vaker dat toepassingen verdwijnen door strengere toelatingseisen. In diverse bloembolgewassen leidt dit tot knelpunten in de bestrijding van ziekten en plagen. Bij het huidige, smalle, middelenpakket voor de bloembollenteelt zijn er veelal niet of nauwelijks alternatieven voorhanden met afdoende werking. Dit project wil voorzien in de behoefte aan kennis over de geschiktheid van nieuwe of in andere sectoren reeds toegelaten middelen voor ontstane knelpunten. Het gaat hierbij om een eerste screening op effectiviteit en fytoxiciteit van middelen. Voordat het benodigde toelatingsonderzoek wordt uitgevoerd is dan al duidelijk dat het middel toepasbaar is in het gewas. Het doel van het project is om bij knelpunten als gevolg van het wegvallen van middelen snel alternatieven te kunnen screenen voor de bestrijding van ziekten en plagen in bloembolgewassen.
    Kunst- en vliegwerk : wisselwerkingen tussen virus, gastheer en vector
    Oers, M.M. van - \ 2014
    Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789461737991 - 28
    virologie - plantenvirussen - insectenvirussen - openbare redes - virology - plant viruses - insect viruses - public speeches
    ‘Lute Bos draagt nog altijd bij aan de virologie’ : fonds laat ecologische virologie herrijzen
    Vlugt, R.A.A. van der; Branderhorst, A. - \ 2014
    WageningenWorld 2014 (2014)1. - ISSN 2210-7908 - p. 44 - 45.
    virologie - plantenvirussen - ecologie - wetenschappelijk onderzoek - fondsen - universitair onderzoek - virology - plant viruses - ecology - scientific research - funds - university research
    Met ecologische kennis van plantenvirussen in de tuin- en akkerbouw zijn opbrengstverliezen te voorkomen. René van der Vlugt gaat het onderzoek en onderwijs in dit vakgebied nieuw leven inblazen. Dat is mogelijk dankzij een legaat van de Wageningse plantenviroloog Lute Bos.
    'Complex PlAMV vraagt om systematische aanpak' : Maarten de Kock
    Dwarswaard, A. ; Kock, M.J.D. de; Slootweg, G. - \ 2013
    BloembollenVisie (2013)262. - ISSN 1571-5558 - p. 52 - 53.
    bloembollen - lelies - virusziekten - plantago asiatica mosaic virus - plantenvirussen - plantenziektebestrijding - kennisoverdracht - bodemkunde - ornamental bulbs - lilies - viral diseases - plantago asiatica mosaic virus - plant viruses - plant disease control - knowledge transfer - soil science
    Ruim twee jaar werken de PPO-onderzoekers Maarten de Kock en Casper Slootweg nu aan het PlAM-virus in lelie. Die tijd heeft veel inzichten opgeleverd, vinden beide onderzoekers. Meest recent is het gegeven dat het virus zich ook door de grond van de ene naar de andere lelieplant verplaatst, en dat waarschijnlijk zonder hulp van een ander bodemorganisme. Hoe kan een teler uit het virus blijven?
    Begrijpen en bestrijden van bodemgebonden verspreiding van PIAMV en TVX
    Kock, M.J.D. de; Slootweg, G. ; Aanholt, J.T.M. van; Lemmers, M.E.C. ; Pham, K.T.K. ; Dees, R.H.L. ; Boer, F.A. de; Hollinger, T.C. - \ 2013
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij & Fruit - 73
    bloembollen - lelies - gewasbescherming - elisa - plantago asiatica mosaic virus - tulpenvirus x - detectie - plantenvirussen - ornamental bulbs - lilies - plant protection - elisa - plantago asiatica mosaic virus - tulip virus x - detection - plant viruses
    De leliebranche wordt geconfronteerd met een zeer besmettelijk virus dat een grote bedreiging is voor de gehele leliesector, het Plantago asiatica mosaic virus (PlAMV). Naast PlAMV is enkele jaren geleden een vergelijkbaar virus in lelie aangetroffen, het Tulpenvirus X (TVX). De besmettelijkheid van TVX lijkt bij lelie vergelijkbaar groot te zijn als de besmettelijkheid van PlAMV. Het is er alles aan gelegen om de verspreidingsroutes volledig in beeld te hebben om doeltreffende maatregelen te kunnen nemen om verdere verspreiding van het virus in de leliesector te voorkomen. Het onderzoek beschreven in dit rapport is een voortzetting van onderzoek aan PlAMV en TVX dat sinds 2010 wordt uitgevoerd. Er is uitgebreide ervaring opgebouwd met de mogelijkheden die ELISA- en PCR-toetsen kunnen bieden bij onderzoek, maar vooral ook voor de kwaliteitsbewaking van teeltmateriaal. Omdat de verspreidingsroutes complex zijn, is het belangrijk te weten wat de mogelijkheden en beperkingen zijn van bepaalde bemonsteringsmomenten en monstertype. Hoofdstuk 2 beschrijft de voordelen en beperkingen van de verschillende toetsmethoden en bemonsteringstypes. Daarnaast wordt uitleg gegeven over de interpretatie van toetsresultaten. Bij lelie kan infectie met PlAMV schadelijke symptomen veroorzaken. PlAMV kan daarentegen ook symptoomloos voorkomen. In Hoofdstuk 3 wordt beschreven dat symptomatische en symptoomloze infecties door hetzelfde PlAMV-virus wordt veroorzaakt. Er is slechts één type PlAMV in de Nederlandse lelieteelt aanwezig. Dit is belangrijke informatie met betrekking tot het gebruik van toetsmethoden voor kwaliteitsbewaking. Wanneer genetische variatie aanwezig zou zijn, dan zouden de toetsen daarop mogelijk aangepast moeten worden. Infectie met TVX bij lelie worden veroorzaakt door een TVX-stam die op kleine genetische details afwijkt van het TVX dat bij tulp infectie kan veroorzaken. Er zijn geen aanwijzingen dat tulp zelf de infectiebron is geweest voor TVX-infecties bij lelie. Het is momenteel de hypothese dat de tulpenstam van TVX vanuit tulp in een alternatieve waardplant terecht is gekomen. In deze alternatieve waardplant is TVX veranderd in de vorm die uiteindelijk bij lelie infecties kan veroorzaken. Dompelen van intacte bollen in een bad waarin PlAMV aanwezig was, resulteerde in vergelijkbare virusinfecties als bij dompeling van bollen waarvan de wortels waren afgeknipt. De bollen waren in dit geval slechts drie minuten gedompeld. Er hoeft dus geen verwonding aanwezig te zijn om infectie mogelijk te maken. Bij heftiger verwonding trad meer infectie op. Afspoelen van gespoelde of ontsmette bollen met schoon water kan resulteren in minder infectie, maar dit is niet altijd het geval (Hoofdstuk 4). Voorkomen van verwonding en aandacht voor wondherstel voor het dompelen is daarom zeker relevant. Tevens moeten lelie verwerkende bedrijven achteraan in de keten er rekening mee houden dat ook tijdens hun werkzaamheden met leliebollen kruisbesmetting en infectie bij partijen kan plaatsvinden wanneer zij gebruik maken van virusbesmet spoelwater of dompelbaden besmet met virus. Inpakbedrijven en exporteurs zijn daarom net zo verantwoordelijk voor een virusvrij eindproduct als veredeling en bollentelers. PlAMV en TVX zijn vrij hardnekkige virussen die buiten de plant langere tijd besmettelijk blijven. Bedrijfshygiëne is dan extra belangrijk om verspreiding binnen en tussen partijen te voorkomen. In Hoofdstuk 11 worden tips voor bedrijfshygiëne uitgebreid toegelicht. Vuil en plantenresten wegspoelen met (warm) water en eventueel zeep gebruiken om aankoeken van vuiligheid te voorkomen zijn het belangrijkst en het meest effectief. Middelen met virucide werking kunnen eventueel ingezet worden om achtergebleven virusdeeltjes alsnog te inactiveren. Er zijn middelen geïdentificeerd met voldoende virucide activiteit, maar alleen voor Virkon S is een toepassing in bedrijfsruimtes geregistreerd (Hoofdstuk 5). Er zijn tevens middelen geïdentificeerd die ook voldoende en snelle virucide activiteit hebben voor inactivatie van virus aanwezig in dompelbaden of spoelwater. Echter, voor geen van deze middelen is toepassing geregistreerd. Aanwezigheid van virusdeeltjes in de bodem of in virusbesmette gewasresten kunnen tijdens een nieuwe teelt tot infectie leiden. In Hoofdstuk 6 zijn de risico’s beschreven bij hergebruik van een perceel waar de voorafgaande lelieteelt besmet was met PlAMV of TVX. In de meeste gevallen treedt infectie vanuit het perceel op. De waargenomen percentages zijn niet erg hoog (0-8%), maar een virusvrij aangeplante partij is dan niet meer virusvrij. Tijdens diverse teeltprocessen tot aan de broei kunnen deze beperkte besmettingen via diverse risicovolle handelingen in een partij uitgroeien tot veel hogere percentages. Tijdens het onderzoek naar hergebruik van grond afkomstig van virusbesmette lelieteelt werd duidelijk dat de waardplantenreeks van PlAMV en TVX veel breder is. Een groot aantal onkruiden en groenbemesters zijn waardplant (Hoofdstuk 9). In relatie tot lelie worden in deze alternatieve waardplanten lagere virusconcentraties aangetroffen. Het is momenteel onduidelijk welke rol deze onkruiden en groenbemesters spelen bij de instandhouding van virusreservoirs in de bodem. Aanwezigheid van virusdeeltjes in de bodem of in virusbesmette gewasresten kunnen tijdens een nieuwe teelt tot infectie leiden. Stomen van de grond is toepasbaar bij kasteelt. Voor een goede inactivatie van virus in de grond is het belangrijk dat alle grond voldoende lang voldoende heet is geweest (Hoofdstuk 5). Het werken met dataloggers voor temperatuurregistraties is daarom zeker aan te bevelen. Er is tevens een methode ontwikkeld waarmee met ingegraven viruscapsules op een meer biologische wijze de inactivatie van PlAMV of TVX bestudeerd kan worden. Er zijn geen middelen met virucide activiteit bekend die toegepast kunnen worden in de bodem. Een chemische afdoding is daarom niet mogelijk. Omdat er geen vector betrokken is bij de bodemgebonden virusverspreiding hebben nematiciden of fungiciden geen effect op virusreservoirs in de bodem. Een gezond bodemleven en snelle vertering van plantresten heeft daarentegen zeker wel een functionele bijdrage in een effectieve vermindering van virus in de bodem. Natte grondontsmetting of toepassing van bodemfungiciden zou daarom misschien juist wel eens averechts kunnen werken bij het bestrijden van virusreservoirs in de bodem. De verspreiding van PlAMV en TVX is complex, de beheersing van dit virus nog complexer. Dit project heeft de sector een paar stappen verder gebracht in het begrijpen van de ervaringen met deze twee virussen. Tevens wordt steeds beter begrepen op welke wijze virusinfectie voorkomen kan worden. Op basis van de laatste inzichten zijn de maatregelen waarmee infectie en verspreiding van PlAMV en TVX voorkomen of beperkt kunnen worden geactualiseerd. Het inzichtelijk maken van de aanwezige besmettingen in partijen door middel van toetsen is van groot belang om de risico’s op infectie en verspreiding in te schatten. Immers, bij afwezigheid van virus, is er ook geen risico dat virusinfectie kan optreden. De praktijkadviezen in combinatie met een planmatige beoordeling van de kwaliteit door middel van toetsen heeft geresulteerd in de Kwaliteitssysteem Lelie 2.0, een resultaat van collectieve samenwerking binnen de Nederlandse leliesector.
    Aanvullend onderzoek naar verspreidingsroutes en mogelijkheden voor beheersing vam PIAMV
    Kock, M.J.D. de; Kok, B.J. ; Aanholt, J.T.M. van; Lemmers, M.E.C. ; Lommen, S.T.E. ; Pham, K.T.K. ; Hollinger, T.C. ; Boer, F.A. de; Slootweg, G. - \ 2013
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving BBF - 49
    bloembollen - lelies - virusziekten - plantago asiatica mosaic virus - plantenvirussen - plantenziektebestrijding - methodologie - ziektepreventie - technieken - tests - verspreiding - controle - ornamental bulbs - lilies - viral diseases - plantago asiatica mosaic virus - plant viruses - plant disease control - methodology - disease prevention - techniques - tests - dispersal - control
    Sinds 2010 kampt de leliesector met een relatief nieuw virus, Plantago asiatica mosaic virus (PlAMV). Praktijkgericht onderzoek is destijds spoedig opgestart om kennis te verkrijgen over mogelijke infectie- en besmettingsroutes en om mogelijkheden voor beheersing van dit virus te onderzoeken. Vijf onderzoeksvragen stonden centraal in dit onderzoek. Naast antwoord op deze vragen, heeft het onderzoek ook aanvullende informatie over PlAMV en lelie opgeleverd. Dit rapport beschrijft onderzoek dat in de periode zomer 2011 t/m zomer 2012 is uitgevoerd
    Analysis of Tomato spotted wilt virus effector-triggered immunity
    Ronde, D. de - \ 2013
    Wageningen University. Promotor(en): Just Vlak, co-promotor(en): Richard Kormelink. - S.l. : s.n. - ISBN 9789461737212 - 190
    tomatenbronsvlekkenvirus - plantenvirussen - ziekteresistentie - immuniteit - virulentie - genkartering - genetische merkers - genetische analyse - capsicum annuum - paprika's - tomato spotted wilt virus - plant viruses - disease resistance - immunity - virulence - gene mapping - genetic markers - genetic analysis - capsicum annuum - sweet peppers

    ResistanceinCapsicumagainsttheTomatospottedwiltvirus(TSWV),typespeciesof the Tospovirusgenuswithinthe Bunyaviridaefamily,employsthe singledominant resistancegeneTsw.Thisresistance hasmeanwhilebeenbrokenbyresistance breaking (RB) TSWV isolates and is causing increasing problems in many different (Capsicumcultivating)countries.Theresearchdescribedhereaimedtoidentify andcharacterise theviralproteintriggeringTswresistanceandprovidefurther insightintothemechanismofTsw-mediatedresistance.Knowledgegainedfrom thegeneticandphenotypiccharacterisationofTsw-resistancebreakingisolateswas usedtodevelopdiagnosticmarkersfordetectionofTsw-breakingpathotypesin fieldcultivations.

    TheNSsRNAsilencingsuppressor(RSS)proteinwasidentifiedastheavirulence determinant ofTsw-mediatedresistance(Chapter2).WhiletheNSsproteinfrom theTSWVresistanceinducer(RI)isolatewasactiveasRNAsilencingsuppressorand avirulencedeterminant,theNSsproteinfromtwodifferentTSWVRBisolateslacked bothfunctionsasevidencedfromtransientassays.Surprisingly,thecorresponding resistancebreakingvirusisolatesstillexhibitedRNAisuppressoractivity. Noneof the other viral proteins were able to aid in the transient recovery of RSS activity. Electrophoreticmobilityshift assays(EMSAs)usingplantextractscontaining transientlyexpressedNSsproteinsshowedashift ofsiRNAswithNSsRI,indicative forbinding,butnotwithNSsRB.InagreementwiththelocalleafRSSassaysusinga virusinfection,plantextractsofvirusinfectedleaveswereabletoshiftthesiRNAs, showing recovery of the RSS activityduring virus infection.

    The linkage of RNAi suppression and avirulence in NSs was further investigated bymutationalanalysis(Chapter3).AlargesetofNSsmutantswasgeneratedusing alaninesubstitutions ofauthenticTSWVNSsaminoacidsandwastestedfortheir abilitytotriggerTsw-mediatedHRandabilitytosuppressRNAi.Theseassaysshowed thatthe N-terminaldomainofNSscarried mostimportantresiduesinvolvedwith bothactivities. However,singlemutationscouldbeintroducedthatdisruptedone function,whilemaintainingtheotheroneandviceversaindicatingthatRSSactivity andavirulencewerenotfunctionally linked.SwappingofdomainsbetweenNSsRI andNSsRB notonlyconfirmedtheimportanceoftheN-terminaldomainbutalso thespecificitywithintheTSWVspecies,sincedomainswapsbetweenNSsRIandNSs fromGRSV,arelatedbutdistinct Tospovirus,couldnottransfertheAvrphenotype toGRSV.MutationofaGW/WG-motifintheNterminalregionofNSsRI leadtoa lossofbothfunctionsandindicatedthatthismotif, knowntobeinvolvedinAGO1 interactionof other viral RSS, was of biological relevance for TSWV NSs.

    Theputativeinteraction ofAGO1andNSswasinvestigatedbyusingdifferent approaches to co-immunoprecipitate (Co-IP) on transiently co-expressed tagged- AGO1and(His-)NSs(Chapter4).Initialindicationsforsuchinteraction were obtained,howeverfurthersupportforthisputativeinteraction willhavetocome fromcomplementaryexperiments,e.g. Yeast-2-hybrid (Y2H), FRET-FLIM or BiFC.

    Severaladditional TSWVisolateswereanalysedthatbesidestheknownresistance inducing-and resistance breaking-phenotype showed a temperature-dependent phenotype(Chapter5).IsolatesclassifiedtothistypeexhibitedanRIphenotypeat standardgreenhouseconditions (~22°C)whileatelevatedtemperatures(≥28°C), butstillbelowtemperaturesthatinactivatedtheR-geneproduct(≥31°C),wereable tobreaktheresistance.Viruschallengingassaysatvariousconditionsindicatedthat inductionofTswresistanceatalower temperaturebythesesocalledtemperature dependentresistancebreakingisolates(TempRB)involveddenovosynthesisofthe avirulenceprotein,i.e.NSs,andthat proteinfoldingmight play arole. NSsproteins clonedandexpressedfromthisadditional newsetofTSWVresistanceinducing, resistancebreakingandtemperature dependentresistancebreakingisolates revealedvariableresultsregardless oftheircorrespondingvirusphenotype,when tested for their abilitytoinduceTsw-mediated HR andsuppress RNAi at normal greenhouseconditions(22°C).However,similarassaystoanalysetheiractivity attheelevatedtemperature(28°C)failedwhenusingAgrobacteriummediated transientassays.Sofar,themechanismoftemperature dependencyhasnotbeen clarified yetandneedsfurtherinvestigation.Usingtheinformationobtained,a diagnostictoolwasdevelopedtoscreenforthepotential presenceofresistance breakingisolatesofTSWVusingreversetranscription-polymerasechainreaction amplification(RT-PCR).Aprimersetwasdesignedtargetinganimportantcodon ataaposition79andshowedtobeabletodistinguishRB-isolatesfromRI-isolates. However,afewRB-isolatesstillescapedfromdetection indicatingthelimitedand conditionaluse of this tool.

    In summary, NSs has been identified as Avr-determinant of Tsw-mediated resistance,butthisfunctionisnottightlylinkedtoitsRNAisuppressor-activity. Preliminarydataindicateaputativeinteraction betweenAGO1andNSs.Besides the typicalRIandRBphenotypes,athirdphenotypicclassofTSWVisolates has beenidentified thatexhibitsatemperaturedependencyontriggeringTsw- mediatedresistance andpossiblyinvolvesanalteredproteinfoldingofNSs.A diagnostic toolhasbeendevelopedtodetectresistancebreakingisolatesinthe fieldbasedonRT-PCR,butthistoolstillallowsforescapesofRBisolates.Theresults onNSsarediscussedinlightofitsroleaseffectorwithinthe‘Zig-zag-model’of planthostdefenceresponses.Finally,TSWVNSsisbriefly discussedandcompared totheanimal-infecting(NSs)paralogsoftheBunyaviridaefamily,alsoinlightof functional andstructuralhomologiesbetweenthesensorsofinnateimmunityin plant(R-genes)and animal (NLRs/TLRs) cell systems.

    'Virusarme teelt vaste planten lijkt mogelijk'
    Wildenbeest, G. ; Kock, M.J.D. de - \ 2013
    BloembollenVisie 2013 (2013)274. - ISSN 1571-5558 - p. 52 - 53.
    overblijvende planten - plantenvirussen - fytosanitaire maatregelen - plantmateriaal - kennisoverdracht - cultuurmethoden - projecten - perennials - plant viruses - phytosanitary measures - planting stock - knowledge transfer - cultural methods - projects
    De virusarme teelt van vaste planten lijkt een reële mogelijkheid, mits er aandacht is voor virusvrij uitgangsmateriaal, (kennis van) virusvectoren en de rol van onkruiden. Dat is de hoopvolle uitkomst van het vierjarig door het Produktschap Tuinbouw en Rabobank gefinancierde project 'Virusarme teelt vaste planten'dat binnenkort wordt afgerond.
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.