Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 14 / 14

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
    Nielsen, H.B. ; Almeida, M. ; Sierakowska Juncker, A. ; Rasmussen, S. ; Li, J. ; Sunagawa, S. ; Plichta, D.R. ; Gautier, L. ; Pedersen, A.G. ; Chatelier, E. Le; Pelletier, E. ; Bonde, I. ; Nielsen, T. ; Manichanh, C. ; Arumugam, M. ; Batto, J.M. ; Quintanilha dos Santos, M.B. ; Blom, N. ; Borruel, N. ; Burgdorf, K.S. ; Boumezbeur, F. ; Casellas, F. ; Doré, J. ; Dworzynski, P. ; Guarner, F. ; Hansen, T. ; Hildebrand, F. ; Kaas, R.S. ; Kennedy, S. ; Kristiansen, K. ; Kultima, J.R. ; Leonard, P. ; Levenez, F. ; Lund, O. ; Moumen, B. ; Paslier, D. Le; Pons, N. ; Pedersen, O. ; Prifti, E. ; Qin, J. ; Raes, J. ; Sørensen, S. ; Tap, J. ; Tims, S. ; Ussery, D.W. ; Yamada, T. ; Jamet, A. ; Mérieux, A. ; Cultrone, A. ; Torrejon, A. ; Quinquis, B. ; Brechot, C. ; Delorme, C. ; M'Rini, C. ; Vos, W.M. de; Maguin, E. ; Varela, E. ; Guedon, E. ; Gwen, F. ; Haimet, F. ; Artiguenave, F. ; Vandemeulebrouck, G. ; Denariaz, G. ; Khaci, G. ; Blottière, H. ; Knol, J. ; Weissenbach, J. ; Hylckama Vlieg, J.E. van; Torben, J. ; Parkhil, J. ; Turner, K. ; Guchte, M. van de; Antolin, M. ; Rescigno, M. ; Kleerebezem, M. ; Derrien, M. ; Galleron, N. ; Sanchez, N. ; Grarup, N. ; Veiga, P. ; Oozeer, R. ; Dervyn, R. ; Layec, S. ; Bruls, T. ; Winogradski, Y. ; Zoetendal, E.G. ; Renault, D. ; Sicheritz-Ponten, ; Bork, P. ; Wang, J. ; Brunak, S. ; Ehrlich, S.D. - \ 2014
    Nature Biotechnology 32 (2014). - ISSN 1087-0156 - p. 822 - 828.
    short read alignment - sequences - systems - algorithms - microbiota - protein - life - sets - tree - tool
    Most current approaches for analyzing metagenomic data rely on comparisons to reference genomes, but the microbial diversity of many environments extends far beyond what is covered by reference databases. De novo segregation of complex metagenomic data into specific biological entities, such as particular bacterial strains or viruses, remains a largely unsolved problem. Here we present a method, based on binning co-abundant genes across a series of metagenomic samples, that enables comprehensive discovery of new microbial organisms, viruses and co-inherited genetic entities and aids assembly of microbial genomes without the need for reference sequences. We demonstrate the method on data from 396 human gut microbiome samples and identify 7,381 co-abundance gene groups (CAGs), including 741 metagenomic species (MGS). We use these to assemble 238 high-quality microbial genomes and identify affiliations between MGS and hundreds of viruses or genetic entities. Our method provides the means for comprehensive profiling of the diversity within complex metagenomic samples.
    Hygiëneprotocol PSTVd Dahlia
    PPO BBF Bloembollen, - \ 2014
    Praktijkonderzoek Plant en Omgeving - 2
    sierteelt - bolletjes en knolletjes als plantgoed - dahlia - quarantaine organismen - aardappelspindelknolviroïde - viroïden - gewasbescherming - bedrijfshygiëne - ornamental horticulture - sets - dahlia - quarantine organisms - potato spindle tuber viroid - viroids - plant protection - industrial hygiene
    PSTVd (potato spindle tuber viroid = aardappelspindelknollenviroïde) is een quarantaine organisme dat veel schade geeft in aardappel en tomaat. Dit viroïde is ook aangetroffen in Dahlia. Voor aanvang van het teeltseizoen 2014 is een hygiëneprotocol gemaakt op basis van bestaande kennis over dit viriode en de teelt van Dahlia om de kans op verspreiding van dit viroide te minimaliseren. Het hygiëneprotocol is via de KAVB verspreidt onder de Dahliatelers.
    Hygiëneprotocol Dahlia PSTVd
    Leeuwen, P.J. van - \ 2014
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Sector Bollen, bomen & fruit - 10
    dahlia - bolletjes en knolletjes als plantgoed - quarantaine organismen - aardappelspindelknolviroïde - viroïden - bedrijfshygiëne - ziektepreventie - protocollen - gewasbescherming - dahlia - sets - quarantine organisms - potato spindle tuber viroid - viroids - industrial hygiene - disease prevention - protocols - plant protection
    PSTVd (potato spindle tuber viroid = aardappelspindelknollenviroïde) is een quarantaine organisme dat veel schade geeft in aardappel en tomaat. Dit viroïde is ook aangetroffen in Dahlia. Op verzoek van de sector is een hygiëneprotocol opgesteld om verspreiding van een besmetting met PSTVd in de teelt en vermeerdering van Dahlia te minimaliseren. Het protocol is gebaseerd op bestaande kennis over het viroïde en over de teelt van Dahlia. Voor aanvang van teeltseizoen 2014 is het hygiëneprotocol door de KAVB naar alle Dahliatelers is verzonden.
    Lily Perennializing in Ithaca, Louisiana and Holland
    Miller, W.B. ; Kuehny, J. ; Gude, H. - \ 2010
    Flower Bulb Research Program Newsletter (2010)may. - p. 1 - 9.
    bolletjes en knolletjes als plantgoed - siergewassen - snijbloemen - lelies - lilium longiflorum - amerika - new york - veldgewassen - meerjarige vorm - tuinplanten - sets - ornamental crops - cut flowers - lilies - lilium longiflorum - america - new york - field crops - perennial habit - bedding plants
    In May 2006, we published a newsletter (number 10) where we first reported on our experiences with multi-year flowering of a variety of “cut flower” hybrid lilies at Cornell’s outdoor trialing site, Bluegrass Lane, in Ithaca NY. In 2002-2003, we planted a range of LA, Asiatic and Oriental hybrid lilies to investigate perennialization. While not a formal trial, the 2006 newsletter showed that a range of hybrids, primarily bred for cut flower use, performed very well in outdoor garden situations in upstate New York
    Optimale, energiezuinige bewaring van lelieplantgoed
    Vasen, R. ; Diepen, G. ; Gude, H. - \ 2009
    BloembollenVisie 2009 (2009)168. - ISSN 1571-5558 - p. 24 - 25.
    tuinbouwbedrijven - bloembollen - lelies - bolletjes en knolletjes als plantgoed - gewaskwaliteit - koudeopslag - energiebesparing - market gardens - ornamental bulbs - lilies - sets - crop quality - cold storage - energy saving
    Tijdens het seizoen staan de lelies een flinke tijd in de koelcel. Wat is de beste manier van bewaren om een optimale bolkwaliteit te behouden en een minimum aan energie te gebruiken? DLV Plant en PPO zijn in opdracht van de partijen in de MJA-Energie op zoek gegaan naar de meest energiezuinige bewaring voor lelieplantgoed
    Colour displays for categorical images
    Glasbey, C. ; Heijden, G.W.A.M. van der; Toh, V.F.K. ; Gray, A.J. - \ 2007
    Color Research and Application 32 (2007)4. - ISSN 0361-2317 - p. 304 - 309.
    quantization - algorithm - sets
    We propose a method for identifying a set of colours for displaying 2D and 3D categorical images when the categories are unordered labels. The principle is to find maximally distinct sets of colours. We either generate colours sequentially, to maximize the dissimilarity or distance between a new colour and the set of colours already chosen, or use a simulated annealing algorithm to find a set of colours of specified size. In both cases, we use a Euclidean metric on the perceptual colour space, CIELAB, to specify distances
    Linking product offering to consumer needs: inclusion of credence attributes and the influences of product features
    Heuvel, T. van den; Trijp, J.C.M. van; Woerkum, C.M.J. van; Renes, R.J. ; Gremmen, H.G.J. - \ 2007
    Food Quality and Preference 18 (2007)2. - ISSN 0950-3293 - p. 296 - 304.
    quality guidance - perception - information - tomatoes - sets - meat
    The Quality Guidance Model was extended beyond sensory properties to include credence motivations like healthiness, environmental friendliness, naturalness, and safety. This Extended Quality Guidance Model was built and tested to explain consumer preferences from consumer perceptions, expert sensory judgments, and metabolite features of tomatoes. The different type of features (sensory, technical, and consumer perceptions) made it possible to explore the actionability of the features in predicting consumer preferences both in-store and upon consumption.
    Haalbaarheidsstudie voor een UV-afdodingssysteem voor latent zuur in tulp : onderzoek uitgevoerd in samenwerking met Relitech B.V. en NEDAP B.V
    Werd, H.A.E. de; Breeuwsma, S.J. ; Musters, J.C. ; Houwen, F.P. ; Telgenhof, T. ; Wolberink, P. - \ 2006
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, BU Bloembollen, Boomkwekerij & Fruit Relitech - Reliable Technology - 18
    bolletjes en knolletjes als plantgoed - teeltsystemen - laboratoriumproeven - bewaarfysiologie - gewasbescherming - bewaarziekten - plantenziekteverwekkende schimmels - fusarium - ultraviolette straling - sets - cropping systems - laboratory tests - postharvest physiology - plant protection - storage disorders - plant pathogenic fungi - fusarium - ultraviolet radiation
    Laboratoriumproeven toonden aan dat sporen en mycelium van Fusarium zeer gevoelig zijn voor UV-licht. Indien Fusarium beschermd werd door de aanwezigheid van bolhuid of rokweefsel, wat het geval is bij latent zuur, had UV echter geen of nauwelijks effect. Hoge doses UV-licht zorgden dat tulpenbollen bruin verkleurden en bij de hoogste doses hadden bollen ook paarse vlekken. Het onderzoek heeft informatie opgeleverd over UV-licht doses waarmee geen gewasschade ontstaat. Latent zuur kan daarmee, door de afscherming met rokweefsel of bolhuid niet bestreden worden maar oppervlakkige besmetting kon wel bestreden worden.
    Het maiswortelknobbelaaltje Meloidogyne chitwoodi en het bedrieglijk maiswortelknobbelaaltje M. fallax in bloembollen
    Korthals, G.W. ; Leeuwen, P.J. van; Groen, N.P.A. ; Geers, F.A.M. ; Dalfsen, P. van; Bruggen, A.S. van; Knippels, P. - \ 2005
    siergewassen - bolletjes en knolletjes als plantgoed - dahlia - gladiolus - gewasbescherming - plantenparasitaire nematoden - quarantaine organismen - meloidogyne chitwoodi - meloidogyne fallax - waardplanten - ziektebestrijdende teeltmaatregelen - insecticiden - bloembollen - ornamental crops - sets - dahlia - gladiolus - plant protection - plant parasitic nematodes - quarantine organisms - meloidogyne chitwoodi - meloidogyne fallax - host plants - cultural control - insecticides - ornamental bulbs
    Het maïswortelknobbelaaltje, M. chitwoodi, en M. fallax zijn zeer lastige aaltjes, die zeker vanwege de quarantaine-status beter kunnen worden voorkomen. Komt de soort eenmaal voor dan biedt de “aaltjes beheersings strategie” aanknopingspunten om met dit probleem om te kunnen gaan. Met een doordacht bouwplan valt schade te voorkomen en kunnen de kosten van aanvullende maatregelen worden beperkt.
    Fuzzy modeling of farmers' knowledge for land suitability classification
    Sicat, R.S. ; Carranza, E.J.M. ; Nidumolu, U.B. - \ 2005
    Agricultural Systems 83 (2005)1. - ISSN 0308-521X - p. 49 - 75.
    gis - rwanda - logic - soils - sets
    In a case study, we demonstrate fuzzy modeling of farmers' knowledge (FK) for agricultural land suitability classification using GIS. Capture of FK was through rapid rural participatory approach. The farmer respondents consider, in order of decreasing importance, cropping season, soil color, soil texture, soil depth and slope as factors of suitability of their land for certain crops. Multi-class fuzzy sets using S-membership functions were generated for soil texture, soil depth and slope because of correlation or equivalence between farmers' definitions and scientific classifications of such land characteristics. In contrast, binary fuzzy relations, which are also fuzzy sets, were generated for cropping season and soil color because farmers' perceptions of such land characteristics are intrinsically binary. Despite variations in individual farmers' perceptions of land suitability, 12 unique FK rules for classifying land suitability were defined by hierarchical grouping of such different perceptions based on decreasing importance of factors. The FK rules form inference engines in combining fuzzy factor maps using appropriate fuzzy operators to create agricultural land suitability maps. Suitability maps resulting from application of Fuzzy AND and Fuzzy OR operators were found consistent with the FK rules. The FK-based suitability maps indicate either agreement or conflict with a land resource development plan (LRDP) for the case study area. Results of the study indicate usefulness of fuzzy modeling in FK-based classification of agricultural land suitability, which could provide useful information for optimum land-use planning.
    Monitoring van een zachtrot bij de warme bewaring van narcissen
    Groen, N.P.A. ; Paardekooper, N.W. ; Vink, P. ; Hollinger, T.C. - \ 2004
    Lisse : PPO Bloembollen - 15
    sierteelt - bolletjes en knolletjes als plantgoed - iris germanica - gewasbescherming - plantenziekteverwekkende bacteriën - bewaarziekten - erwinia - inventarisaties - kwaliteit - ziektebestrijdende teeltmaatregelen - ornamental horticulture - sets - iris germanica - plant protection - plant pathogenic bacteria - storage disorders - erwinia - inventories - quality - cultural control
    De laatste paar jaar komen er steeds meer klachten over een zachtrot bij irissen in 30°C. De oorzaak is onbekend, maar moet worden gevonden in de fase vóór het afleveren van de irissen. Bij meerdere afnemers zijn er namelijk klachten van dezelfde telers. Omdat het probleem lijkt toe te nemen is het van belang de oorzaak of de omstandigheden waaronder het voorkomt, op te sporen. Dit kan zowel op het veld, tijdens het rooien of voor het afleveren zijn. Het doel van deze voorstudie was om het tijdstip van aantasting door zachtrot in kaart te brengen. Dit werd gedaan om een indruk te verkrijgen wanneer het probleem zich voordoet. Ook werd gekeken of gezonde bollen ziek gemaakt kunnen worden. Daarnaast was het de vraag of de aantasting tijdens de warme bewaring overgebracht kon worden naar gezonde bollen. Het lijkt er op dat de ziekte door de Erwiniabacterie wordt veroorzaakt en dat met name de periode tussen rooien en sorteren van belang is voor aantasting. Het project heeft een vervolg gekregen in project "Zachtrot in iris 2"
    Efficient Diversification According to Stochastic Dominance Criteria
    Kuosmanen, T.K. - \ 2004
    Management Science 50 (2004)10. - ISSN 0025-1909 - p. 1390 - 1406.
    large numbers - expected utility - tests - algorithms - portfolios - market - risk - sets
    This paper develops the first operational tests of portfolio efficiency based on the general stochastic dominance (SD) criteria that account for an infinite set of diversification strategies. The main insight is to preserve the cross-sectional dependence of asset returns when forming portfolios by reexpressing the SD criteria in T-dimensional Euclidean space, with elements representing rates of return in T different states of nature. We characterize subsets of this state-space that dominate a given evaluated return vector by first- and second-order SD. This allows us to derive simple SD efficiency measures and test statistics, computable by standard mathematical programming algorithms. The SD tests and efficiency measures are illustrated by an empirical application that analyzes industrial diversification of the market portfolio.
    Elicitation of expert knowledge for fuzzy evaluation of agricultural production systems
    Cornelissen, A.M.G. ; Berg, J. van den; Koops, W.J. ; Kaymak, U. - \ 2003
    Agriculture, Ecosystems and Environment 95 (2003). - ISSN 0167-8809 - p. 1 - 18.
    sustainability indicators - laying hens - membership - sets - welfare
    Public concern nowadays is an important frame of reference for the development of agricultural production systems. The development of such systems, therefore, involves both society level and production system level. Following Zadeh's 'principle of incompatibility', information obtained at production system level is interpreted at society level in linguistic terms. Fuzzy models promise to be a valuable tool as they link measurable information to linguistic interpretation using membership functions (MFs). The objective of this paper is to outline a procedure which deals with criticism regarding the inherent subjectivity in the construction of MFs when using expert knowledge. The procedure guarantees the selection of appropriate expert knowledge, and provides a guideline supporting the selection of methods to elicit expert knowledge and construct MFs. Also on the basis of the results in an illustrative example, it is concluded that the procedure outlined in this paper suitably deals with criticism regarding MFs and, therefore, enables a practical implementation of fuzzy evaluation of agricultural production systems. Current research implements the procedure to build a fuzzy model which evaluates egg production systems in relation to public concern about the welfare of laying hens. (C) 2002 Elsevier Science B.V. All rights reserved.
    Plantgoedontsmetting in de bloembollenteelt
    Anonymous, - \ 1977
    Wageningen : C.A.D. voor Planteziekten- en Onkruidbestrijding in de Tuinbouw - 28
    bloembollen - bolletjes en knolletjes als plantgoed - desinfectie - plantenziektebestrijding - teelt - ornamental bulbs - sets - disinfection - plant disease control - cultivation
    Check title to add to marked list

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.