Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Current refinement(s):

    Records 1 - 20 / 102

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Vervolgonderzoek emissiearme Lisianthus
    Raaphorst, Marcel ; Eveleens, Barbara ; Burg, Rick van der; Schuddebeurs, Lisanne - \ 2017
    Bleiswijk : Wageningen UR Glastuinbouw (Rapport GTB 1440) - 30
    kasgewassen - kassen - glastuinbouw - snijbloemen - emissiereductie - voedingsstoffen - gewasbescherming - kooldioxide - substraten - cultuur zonder grond - fusarium - bodemschimmels - kunstmatige verlichting - kunstlicht - greenhouse crops - greenhouses - greenhouse horticulture - cut flowers - emission reduction - nutrients - plant protection - carbon dioxide - substrates - soilless culture - fusarium - soil fungi - artificial lighting - artificial light
    Lisianthus growers look for methods to minimise the emission of nutrients, crop protection chemicals and CO2. In 2014 and 2015, nine crops with Lisianthus have been tested at the Delphy Improvement Centre. This report describes the four trials that have been carried out in the extended research in 2016. With this extension, a distinction was made between different substrates and intensities of assimilation lighting. In addition to knowledge about light use efficiency, water use, heat use, substrate differences and growth development, these extra crop cycles have brought to light that growing Lisianthus on substrate gives a less resilient plant against soil fungi than was experienced during the first crop cycles.
    Microbiome dynamics of disease suppresive soils
    Gómez Expósito, Ruth - \ 2017
    Wageningen University. Promotor(en): F.P.M. Govers; J.M. Raaijmakers, co-promotor(en): J. Postma; I. de Bruijn. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789463431774 - 267
    suppressive soils - soil suppressiveness - plant diseases - thanatephorus cucumeris - microbial ecology - soil microbiology - rhizosphere bacteria - soil bacteria - community ecology - soil fungi - transcriptomics - taxonomy - ziektewerende gronden - bodemweerbaarheid - plantenziekten - thanatephorus cucumeris - microbiële ecologie - bodemmicrobiologie - rizosfeerbacteriën - bodembacteriën - gemeenschapsecologie - bodemschimmels - transcriptomica - taxonomie

    Disease suppressive soils are soils in which plants do not get diseased from plant pathogens due to the presence (and activities) of the microbes present in the soil. Understanding which microbes contribute to confer suppression and through which mechanisms they can protect plants is crucial for a sustainable control of plant diseases. In the research conducted in this thesis, I first examined the role of Lysobacter species, previously associated with disease suppressive soils, in suppressing damping-off disease caused by the soil-borne fungal pathogen Rhizoctonia solani on sugar beet. The majority of the Lysobacter strains tested revealed a broad metabolic potential in producing a variety of enzymes and secondary metabolites able to suppress R. solani in vitro. However, any of these strains could consistently suppress damping-off disease when applied in soil bioassays. Their ability to promote plant growth was also tested for sugar beet, cauliflower, onion or Arabidopsis thaliana. Results indicated that any of the Lysobacter strains could consistently promote plant growth, neither via direct contact nor via volatile production. Second, I investigated whether the antagonistic activity of Lysobacter species could be triggered when applied as bacterial consortia, together with Pseudomonas and Streptomyces species. Although several bacterial combinations showed an increased antagonistic effect towards R. solani in vitro, no consistent effects were observed when these bacterial consortia were applied in vivo. Third, I investigated the dynamical changes in the bacterial community composition and functions occurring during the process of disease suppressiveness induction by performing whole community analyses using next-generation sequencing techniques. Results indicated that suppressiveness induction was most associated with changes in certain bacterial traits rather than changes in the bacteria community composition itself. Among the functions found as more active in suppressive soils were several ‘classic’ mechanisms of disease suppression, including competition for nutrients, iron and space and production of extracellular enzymes, indol-acetic-acid and hydrogen cyanide. Among the enzymes found in higher abundance in suppressive soil were these ones involved in the degradation of oxalic acid, a pathogenicity factor produced by pathogenic fungi to help infecting the host plant. Hence, I finally studied the role of bacteria able to produce enzymes able to degrade oxalic acid in suppressing R. solani disease. Enrichment of native oxalotrophic bacteria existing in soil, their isolation and further application into soil revealed that they could effectively suppress Rhizoctonia disease. Characterization of these oxalotrophic bacteria revealed that members within the Caulobacter and Nocardioides species could suppress R. solani disease by their own. Furthermore, the research done in this thesis highlights the importance of combining different techniques to unravel the mechanisms underlying disease suppression and the importance of studying function-over-phylogeny. Additionally, it also highlights the importance of organic amendments (such as oxalic acid) directly into soils in order to “engineer” the bacterial functions towards the control of diseases caused by R. solani.

    Het bodemschimmelschema : vernieuwd schema, 2016
    Lamers, J.G. ; Rozen, K. van; Hanse, B. - \ 2016
    Lelystad : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, onderdeel van Wageningen UR, Business Unit PPO-agv - 76
    veldgewassen - bodemschimmels - plantenziekteverwekkende schimmels - akkerbouw - tuinbouw - gewasopbrengst - waardplanten - nederland - field crops - soil fungi - plant pathogenic fungi - arable farming - horticulture - crop yield - host plants - netherlands
    Deze studie over Nederlandse bodemschimmels heeft geleidt tot een eerste exemplaar van een overzichtelijk schema met gewassen in relatie tot schadepotentieel en vermeerdering. Achtergrondinformatie over waardplanten, vermeerdering en schade is verzameld en beschreven van vijftien schimmels in 40 landbouwgewassen. Per ziekte is aangegeven op welke grondsoort deze (hoofdzakelijk) voorkomt en welke substantiële schade deze kan veroorzaken. Deze informatie biedt nieuwe mogelijkheden om beter te anticiperen op de grilligheid en incidentie van bodemgebonden schimmels. Het rapport vloeit voort uit de financiering door PT en PA.
    Anaerobe Grondontsmetting (AGO) voor open teelten
    Os, G.J. van; Lamers, J.G. - \ 2016
    Wageningen UR - 8
    biologische grondontsmetting - biologische bestrijding - nematoda - bestrijdingsmethoden - bodemschimmels - fusarium - verticillium - biological soil sterilization - biological control - nematoda - control methods - soil fungi - fusarium - verticillium
    Anaerobe grondontsmetting is een biologische manier van grond ontsmetten. Hiermee wordt een breed scala aan schadelijke ziekten en plagen in de bodem beheersbaar. Het is een goed alternatief voor de chemische grondontsmetting (metamnatrium) ter bestrijding van aaltjes en veelal de enige bestrijdingsmaatregel tegen een aantal ziekteverwekkende bodemschimmels, zoals Fusarium en Verticillium.
    Effect biologische grondontsmetting : gewaswaarnemingen in laanbomen
    Sluis, B.J. van der; Even, S. - \ 2015
    Randwijk : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit (Rapport / Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, onderdeel van Wageningen UR Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit 2015-21) - 15
    boomkwekerijen - houtachtige planten als sierplanten - biologische grondontsmetting - straatbomen - bodemschimmels - verticillium dahliae - veldproeven - groenbemesters - folie - verwelkingsziekten - forest nurseries - ornamental woody plants - biological soil sterilization - street trees - soil fungi - verticillium dahliae - field tests - green manures - foil - wilts
    Het doel van het project is om op een aantal percelen waarop biologische grondontsmetting (BGO) is toegepast door middel van gewaswaarnemingen het effect van BGO vast te leggen.
    Biologisch redmiddel tegen verwelkingsziekte in de Boomkwekerij : kennis en ervaringen uit een praktijknetwerk
    Sluis, B.J. van der; Even, S. - \ 2015
    Randwijk : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit - 33
    boomkwekerijen - houtachtige planten als sierplanten - straatbomen - rosaceae - bodemschimmels - verticillium dahliae - biologische grondontsmetting - detectie - veldproeven - verwelkingsziekten - groenbemesters - folie - forest nurseries - ornamental woody plants - street trees - rosaceae - soil fungi - verticillium dahliae - biological soil sterilization - detection - field tests - wilts - green manures - foil
    Het doel van het project is om door samenwerking tussen kwekers, loonbedrijf, onderzoek en teelt-advisering de implementatie van (duurzame) biologische grondontsmetting te stimuleren door het samen opdoen en delen van kennis hierover. Daarnaast is er behoefte aan een snelle en nauwkeurige methode voor detectie van Verticillium in grond de bodem. Deze wordt in een EU-MKB project ontwikkeld. Vanuit het praktijknetwerk zal zo mogelijk kennis uit dit project benut worden.
    Worse comes to worst: bananas and Panama disease—when plant and pathogen clones meet
    Ordonez Roman, N.I. ; Seidl, M.F. ; Waalwijk, C. ; Drenth, A. ; Kilian, A. ; Thomma, B.P.H.J. ; Ploetz, R.C. ; Kema, G.H.J. - \ 2015
    PLoS Pathogens 11 (2015)11. - ISSN 1553-7366 - 7
    bananas - tropical small fruits - agricultural research - fungal diseases - fusarium oxysporum f.sp. cubense - soil fungi - pathogenicity - food production - genetic diversity - plant protection - bananen - tropisch kleinfruit - landbouwkundig onderzoek - schimmelziekten - fusarium oxysporum f.sp. cubense - bodemschimmels - pathogeniteit - voedselproductie - genetische diversiteit - gewasbescherming
    This article deals with: Bananas: their origin and global rollout; genetic diversity of Fusarium oxysporum f.sp. cubense, the causal agent of Panama Disease; Panama Disease: history repeats itself; tropical race 4, a single pathogen clone, threatens global banana production; strategies for sustainable Panama Disease management.
    On the biology and evolution of fungi from soda soils
    Grum-Grzhimaylo, A. - \ 2015
    Wageningen University. Promotor(en): Bas Zwaan, co-promotor(en): Fons Debets. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462574281 - 232
    bodemschimmels - zoute gronden - diversiteit - bodembiologie - evolutie - soil fungi - saline soils - diversity - soil biology - evolution

    Summary to the thesis “On the biology and evolution of fungi from soda soils”

    Alexey Grum-Grzhimaylo

    The presented thesis addresses aspects of biology and evolution of fungi that were recovered from saline soda soils. The work highlights the fact that saline soda soils are populated by a large diversity of fungi capable of withstanding high salts content and high pH. Some of these fungi have been shown to require exceptionally high pH and salts to grow optimally and therefore are called alkaliphiles.

    Introductory CHAPTER 1 provides examples of seemingly inhabitable environments and some of its most prominent tenants, with the emphasis on soda lakes ecosystem and alkaliphilic organisms. Aspects of physiology and major adaptive strategies to high pH and salts found in bacteria are portrayed. To our knowledge, there are no studies devoted to the fungi inhabiting saline soda lakes making this work a starting point towards further explorations in the field.

    In CHAPTER 2, I show that fungi are actually present in saline soils and focus closely on the fungus that dominated across all our soda soils samples. This fungus displayed a rare obligate alkaliphilic phenotype – it was capable of growing at pH 11.4 on agar plates, with the optimum of around 9–10 and no ability to grow at pH 5.2. Using a combination of morphological and phylogenetic approaches, I describe it as a new name Sodiomyces alkalinus (previously known as Heleococcum alkalinum). We looked at the morphological details of its life cycle and tested for the capacity of utilizing various carbon sources. Given its unique extreme physiology, dominance across the soil samples, and partly for historical reasons, S. alkalinus has become our model organism that found considerable attention across this thesis.

    Inspired by the fact that saline soda soils harbour new fungi, I moved on to the investigation of another set of isolates we obtained from soda soils, which belong to the Emericellopsis group (Hypocreales). CHAPTER 3 presents an investigation of the Emericellopsis isolates that showed a much broader pH preference tagging them as facultative alkaliphiles. Here again, combined morphological, phylogenetic, and physiological data allowed us to set this group apart from the rest and described it as a new species – Emericellopsis alkalina. This species is genetically unrelated to S. alkalinus, which provides evidence for the alkaliphilic trait to be polyphyletic, i.e. arisen several times throughout evolutionary history. I showed E. alkalina to be genetically closer to marine-bourne isolates than typical terrestrial species. Such a result provides evidence for the origin of alkaliphilic trait in this group from the marine-bourne fungi, as sea and soda soils environmental factors coincide.

    CHAPTER 4 is devoted to a systematic study of our whole collection of fungi recovered from saline soda soils across the world. I investigate over a hundred isolates morphologically, phylogenetically, and test them for growth pH preference. These data confirms the notion that alkaliphily is polyphyletic and has emerged in several lineages of the fungal phylogenetic tree. Detailed morphological descriptions and phylogenetic reconstructions gave me confidence in describing several more new species. A prominent finding is the discovery of two additional Sodiomyces species that also show the obligate alkaliphilic adaptation. Systematic approaches let me to link certain morphological characters of the species to the alkaliphilic phenotype they possess. Although a substantial part of fungi from soda soils indeed displayed alkaliphilic capabilities, we detected typical neutrophilic species that presumably are transient or reside in a dormant state as spores or survival structures.

    The next chapters of the thesis are focused on S. alkalinus, chosen as a model organism for studying alkaliphily that we sequenced in collaboration with Joint Genome Institute (Walnut Creek, USA). CHAPTER 5 looks into the aspects of the hydrolytic capabilities of S. alkalinus. The genome and transcriptome provide immense body of data that gave insight on the enzyme sets encoded in the genome involved in the degradation of carbohydrate compounds (so-called CAZymes). Such in silico analysis was backed-up by the enzyme bioassays carried out at various pH and substrates. In S. alkalinus, I found cellulolytic and hemicellulolytic enzymes that act at high pH, as opposed to neutrophilic A. oryzae enzymes that were active mostly at pH 6. Another prominent finding was the detection of strong proteolytic enzymes acting optimally at pH 8. Based on the genome data and bioassays patterns, I speculate on the ecological role of S. alkalinus in soda soils.

    CHAPTER 6 addresses the aspects of the PacC transcription factor, a key player in mediating the gene expression under different ambient pH. I sought to find differences in the primary structure of PacC or detecting the multicopiness of the pacC gene, given its function under extreme alkaline conditions. It turned out that the primary structure of the PacC was the same as in other fungi and the pacC gene is presented in a single copy in S. alkalinus genome. However, I noted a shifted expression and proteolytic activation pattern of PacC if compared to neutrophilic fungi. This results provides evidence for the re-tuned pH-sensors on the plasma membrane, however we could not convincingly detect signs of positive selection affecting the PalH sensors that would change its threshold to trigger the downstream molecular cascade.

    CHAPTER 7 gives insights into a quite unexpected finding – the presence of viruses in several of the S. alkalinus isolates. I show their effective vertical but not horizontal transmission. Possession of dsRNA as genetic material, icosahedral shapes, and symptomless phenotypes are common characters for a mycovirus. The virus I studied in S. alkalinus exhibits these exact same features. Curiously, no other alkaliphiles from our collection nor known sister species harboured mycoviruses, making this the first instance of mycoviruses detected in an alkaliphilic filamentous fungus.

    CHAPTER 8 focuses on another peculiar finding – a bacterial gene in the genome of S. alkalinus. Presumably introduced by a horizontal gene transfer event, this gene encodes for a DD-peptidase homologue commonly found in bacteria, but only in very few eukaryotes. I found only three fungi that possess this gene; two are alkaliphilic – S. alkalinus and its sister species Acremonium alcalophilum. This suggests the importance of this gene for alkaliphily in those species. The DD-peptidase gene appears to be functional and its peak expression was observed at pH 8. Comparative analysis showed this fungal DD-peptidase to be closely related to the homologues derived from halophilic and alkaliphilic bacteria, rather than from neutrophilic ones. I speculate on the putative function of this unusual gene, including the role in the build-up of exo-cellular matrix or defense against dense communities of prokaryotes in soda soils.

    The discussion in CHAPTER 9 contemplates on the results obtained throughout the thesis and provides future perspectives on the topic.

    Mycophagous soil bacteria
    Rudnick, M.B. - \ 2015
    Wageningen University. Promotor(en): Wietse de Boer, co-promotor(en): H. van Veen. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789462572539 - 160
    bodembacteriën - bodemflora - bodembiologie - collimonas - bodemschimmels - bodemecologie - soil bacteria - soil flora - soil biology - collimonas - soil fungi - soil ecology

    Soil microorganisms evolved several strategies to compete for limited nutrients in soil. Bacteria of the genus Collimonas developed a way to exploit fungi as a source of organic nutrients. This strategy has been termed “mycophagy”. In this thesis, research is presented with a focus on two aspects of bacterial mycophagy: 1) Investigation of strategies and traits that are important for Collimonas bacteria to enable a mycophagous lifestyle, 2) Investigation of occurrence of mycophagy among other soil bacteria.

    Focusing on Collimonas bacteria, we find that several traits related to the mycophagous interaction with the fungal hosts, such as production of fungal inhibitors, are phylogenetically conserved. This implies that differentiation in lifestyles of Collimonas strains, is corresponding with phylogenetic distance. Furthermore, we show that collimonads are very motile in a soil-like matrix, especially when being confronted with low nutrient concentrations. This high motility can be used in order to effectively move towards oxalic acid (a metabolite exuded by a range of fungi for different purposes) in a concentration depended manner. Our results suggest that directed motility is an important trait, characterizing the mycophagous lifestyle of collimonads.

    In order to screen for other mycophagous bacteria besides collimonads, two baiting approaches (long- and short-term) were developed. With both approaches, we find fungal hyphae to be commonly colonized by specific communities of rhizosphere mycophagous bacteria. Furthermore, mycophagous colonizers show clear feeding preferences for fungal hosts. Interestingly, a surprisingly high amount of mycophagous bacteria belong to genera well known to harbor plant pathogenic strains. Considering the importance of mycophagous bacteria in the rhizosphere, we finally propose the “Sapro-Rhizosphere” concept. This concept states that a substantial amount of plant derived carbon that is channeled through rhizosphere fungi (primary consumers) might be finally consumed by mycophagous bacteria (secondary consumers).

    Taken together, by using molecular biological as well as microbiological methods, this thesis further extends our knowledge on the ecology of mycophagous Collimonas bacteria and highlights the importance of mycophagous bacteria in the rhizosphere.

    Augustaziek bij tulp : Eindrapportage ‘Inzicht in de symptoomontwikkeling van Augustaziek tijdens de bolproductie en broeierij'
    Verbeek, M. ; Stijger, C.C.M.M. ; Dam, M.F.N. van; Lans, A.M. van der; Lemmers, M.E.C. ; Haaster, A.J.M. van - \ 2014
    Lisse : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving BBF - 29
    tulpen - plantenvirussen - necrovirus - olpidium brassicae - schade - ziekteoverdracht - bodemschimmels - siergewassen - bloembollen - cultuurmethoden - landbouwkundig onderzoek - tulips - plant viruses - necrovirus - olpidium brassicae - damage - disease transmission - soil fungi - ornamental crops - ornamental bulbs - cultural methods - agricultural research
    Augustaziek bij tulp wordt veroorzaakt door het Olive mild mosaic virus (OMMV), een virus dat behoort tot het geslacht Necrovirus (waar ook het tabaksnecrosevirus (TNV) toe behoort). Dit virus kan plantenwortels infecteren vanuit de grond, een proces dat vele malen efficiënter wordt wanneer de virusdeeltjes via zwermsporen van de wortels-infecterende bodemschimmel Olpidium brassicae worden overgebracht. Schimmel en virus komen pleksgewijs in verschillende grondsoorten voor en leven op allerlei gewassen en onkruiden. Augusta komt in bepaalde jaren meer voor dan in andere jaren. Er wordt soms over een cyclus van ongeveer 12 jaar gesproken waarin zogenaamde Augusta-jaren voorkomen. Het onderzoek waarin in dit verslag wordt gerapporteerd had als uitgangspunt drie vragen: • Wanneer Augustaziek uitdooft in een partij, is het virus dan echt afwezig, of heeft men met een latente (niet zichtbare) infectie te maken? Genezen van virus is nl. geen gangbaar verschijnsel in de plantenwereld. • Hoe groot is het risico op zichtbare schade in de broei van een partij die op het veld zichtbare Augusta-schade vertoonde? Kan de schade in de broei voorspeld worden? • Zijn er factoren/indicatoren die een ‘Augusta-jaar’ aankondigen? Om een idee te krijgen over de mogelijke antwoorden op deze vragen is als eerste een enquête gehouden onder tulpentelers (bollenteelt en afbroei). Aan de hand van die enquête is gekeken naar o.a. teeltomstandigheden, perceel, voorvrucht etc. Ook is aan deze telers gevraagd of zij materiaal beschikbaar wilden stellen van partijen waarin zij eerder Augusta-schade hadden waargenomen. Deze partijen zijn opgeplant in de kas onder afbroei-omstandigheden en op het veld onder bollenteelt-omstandigheden. Tijdens deze teelten werd de symptoomontwikkeling gevolgd en werden virustoetsen uitgevoerd om de infectie met OMMV te monitoren. Bij enkele planten met symptomen is met behulp van Next Generation Sequencing gekeken of ook daadwerkelijk OMMV betrokken was bij het ziektebeeld. Hieruit bleek dat er in enkele planten andere virussen dan OMMV voorkwamen die symptomen veroorzaakten die waarschijnlijk in de praktijk moeilijk van Augusta kunnen worden onderscheiden. Voorbeelden van deze virussen zijn het tulpenvirus X, Arabis mozaïekvirus, dravikmozaïekvirus, tabaksratelvirus en het vroege-verbruiningsvirus van erwt. Hoewel op bovenstaande vragen nog geen duidelijke antwoorden te geven zijn, is wel een stapje in de goede richting gezet. Uit dit onderzoek zijn de volgende inzichten verkregen: • Symptomen in tulp die in de praktijk Augustaziek worden genoemd worden over het algemeen veroorzaakt door infectie met OMMV, maar ook andere virussen kunnen op Augusta lijkende schadebeelden geven. • OMMV lijkt in de afbroei ook symptoomloos te kunnen voorkomen, maar dat zal afhankelijk zijn van cultivar en teeltomstandigheden (over het algemeen wordt aangenomen dat bij hogere temperaturen minder schade wordt waargenomen). • Een aantal partijen die als Augustapartijen waren aangemerkt bleken vrij te zijn van OMMV in de virustoets in het leverbaar materiaal en in de boltoetsen na kasteelt en veldteelt. Tijdens deze teelten werd geen schade waargenomen in deze partijen. Of dit ook daadwerkelijk betekent dat uitdoving heeft plaatsgevonden is niet te concluderen omdat ten tijde van de waarneming van de symptomen de zieke planten niet op virusinfecties zijn getoetst.
    Bestrijding van Phytophthora-vruchtrot bij peer (Conference)
    Wenneker, M. ; Werd, H.A.E. de; Pham, K.T.K. - \ 2014
    Randwijk : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit Bloembollen, Boomkwekerij en Fruit - 22
    peren - pyrus communis - phytophthora - vruchtrot - plantenziekten - aantasting - detectie - methodologie - bodemschimmels - real time pcr - bestrijdingsmethoden - ziekteoverdracht - pears - pyrus communis - phytophthora - fruit rots - plant diseases - infestation - detection - methodology - soil fungi - real time pcr - control methods - disease transmission
    De afgelopen jaren werd op verschillende perenpercelen (zware) aantasting met Phytophthora-vruchtrot vastgesteld. Ook in de bewaring werd aantasting van Phytophthora geconstateerd. Naar aanleiding daarvan is een project gestart met de volgende doelstellingen: • Het leveren van basiskennis over de epidemiologie en infectiewijze van Phytophthora bij peer. • Aanzet voor ontwikkelen van mogelijke bestrijdingsstrategiën voor Phytophthora-vruchtrot.
    Het bodemschimmelschema
    Lamers, J.G. ; Rozen, K. van - \ 2014
    Lelystad : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit PPO-agv - 70
    akkerbouw - tuinbouw - vollegrondsgroenten - kennis van boeren - kennisoverdracht - internet - waardplanten - gewasbescherming - plagenbestrijding - bodemschimmels - arable farming - horticulture - field vegetables - farmers' knowledge - knowledge transfer - internet - host plants - plant protection - pest control - soil fungi
    Dit project betreft het ontsluiten van kennis via een internetapplicatie over de invloed van waardplant, plantgevoeligheid en bodemtype op bodemgerelateerde plagen en schimmels. Het schema bevat vijftien belangrijke bodemschimmels in zowel akkerbouw- als vollegrondsgroentegewassen, beschreven in aparte hoofdstukken. Elk hoofdstuk bestaat uit een algemene beschrijving, de levenscyclus, waardplanten en vermeerdering en de schade van de plaag. Voor iedere plaag is een bodemplagenschema gemaakt met een semi-kwantitatieve beschrijving van de schade en vermeerdering van de plaag op 40 landbouwgewassen, zoveel mogelijk gevolgd door een referentie.
    Middelen tegen cavity spot en zwarte vlekken : veld- en bewaaronderzoek van 2013 tot voorjaar 2014
    Lamers, J.G. ; Topper, C.G. - \ 2014
    Lelystad : Praktijkonderzoek Plant & Omgeving, Business Unit PPO-agv - 29
    proeven op proefstations - groenteteelt - penen - daucus carota - veldproeven - gewasbescherming - bodemschimmels - plantenziekteverwekkende schimmels - fungiciden - houdbaarheid (kwaliteit) - station tests - vegetable growing - carrots - daucus carota - field tests - plant protection - soil fungi - plant pathogenic fungi - fungicides - keeping quality
    De invloed van de ingezette experimentele middelen op het optreden van cavity spot en zwarte vlekken. Cavity spot werd in de proef op Vredepeel alleen betrouwbaar teruggedrongen door de eenmalige inzet van experimenteel middel 1. In de proef in de omgeving van Reusel was er geen effect te constateren van de eenmalige toepassing van experimenteel middel 1. Dit komt overeen met de resultaten van de proef in 2012, waarin een eenmalige toepassing van middel 1 niet en een tweemalige toepassing wel tot een betrouwbare verlaging leidde. De proef te Reusel gaf wel effecten te zien van enkele objecten waarin experimenteel middel 2 of middel 4 tijdens het groeiseizoen waren toegepast, op het optreden van zwarte vlekken na de bewaring. Deze middelen gaven een verlaging te zien van de zwarte vlekkenindex of het zwarte vlekken percentage. Niet alle objecten met deze middelen gaven een betrouwbare verlaging te zien, wellicht als gevolg van het feit dat de verschillen op de grens van betrouwbaarheid lagen. Daarom zijn de effecten van middel 2 en 4 op het terugdringen van de zwarte vlekken te beschouwen als goede aanwijzingen. De belangrijkste veroorzaker van de zwarte vlekken was Mycocentrospora acerina.
    Herkenningskaart Bodemziekten en –plagen.
    Alebeek, F.A.N. van; Hanegraaf, M. - \ 2013
    akkerbouw - bodemmoeheid - bodemschimmels - duurzame landbouw - arable farming - soil sickness - soil fungi - sustainable agriculture
    Deze kaart is bedoeld om u attent te maken op mogelijk bodemproblemen die door ziekten of plagen kunnen worden veroorzaakt. Doel is om u te helpen een aantal veroorzakers te herkennen aan hun symptomen. Maar vaak is dat met het blote oog niet zichtbaar. Alle aaltjesaantasting en verschillende bacterie- en schimmelziekten zijn alleen na deskundig onderzoek precies aan te wijzen. En een goede determinatie is onmisbaar om ook de juiste maatregelen in uw bouwplan te kunnen opnemen.
    Bodemleven en Ziektewering. Bodemweerbaarheid - Biologisch.
    Alebeek, Frans van - \ 2013
    arable farming - soil sickness - soil fungi - sustainable agriculture - soil suppressiveness
    Mycorrhiza: duurzaam bodembeheer bij peer (met poster)
    Heijne, B. ; Maas, M.P. van der; Anbergen, R.H.N. - \ 2013
    fruitteelt - pyrus - plantenontwikkeling - mycorrhizae - wortels - bodemschimmels - biologische bodemactiviteit - plantenvoeding - fruit growing - pyrus - plant development - mycorrhizas - roots - soil fungi - biological activity in soil - plant nutrition
    Fruitkennisdag Wageningen 22 november 2013 voor 350 mensen
    Crop rotation design in view of soilborne pathogen dynamics : a methodological approach illustrated with Sclerotium rolfsii and Fusarium oxysporum f.sp. cepae
    Leoni, C. - \ 2013
    Wageningen University. Promotor(en): Ariena van Bruggen; Cajo ter Braak, co-promotor(en): Walter Rossing. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789461738028 - 173
    gewassen - rotaties - bodempathogenen - bodemschimmels - plantenziekteverwekkende schimmels - athelia rolfsii - fusarium oxysporum f.sp. cepae - populatiedynamica - modellen - crops - rotations - soilborne pathogens - soil fungi - plant pathogenic fungi - athelia rolfsii - fusarium oxysporum f.sp. cepae - population dynamics - models

    Key words: Sclerotium rolfsii, Fusarium oxysporum f.sp. cepae, soilborne pathogens, crop rotation, population dynamic models, simulation.

    During the last decades, agriculture went through an intensification process associated with an increased use of fossil fuel energy, which despite temporarily increasing yields often resulted in decreased overall sustainability. Crop rotation is considered a cornerstone of sustainable farming systems. The design of crop rotations is a complex process where several objectives should be combined.Models can support the design of crop sequences and help to reveal synergies and trade-offs among objectives.Despite their importance, pathogen dynamics are rarely taken into account in cropping system models, not in the least because quantitative information from classical crop rotation experiments to calibrate and evaluate the models is resource demanding, and therefore scarce.

    The aim of this thesis was to develop a research approach where data (greenhouse pot experiments, microplot experiments, surveys on commercial farm fields) and model simulations were combined to identify crop sequences that minimize soilborne pathogen inoculum build up, and to subsequently include this information into models for designing sustainable crop rotations. The study was carried out based on two ecologically distinct and relevant pathogens in vegetable production systems: Sclerotium rolfsiiand Fusarium oxysporum f.sp.cepae(Foc).

    Two aspects of the dynamics of S. rolfsiisclerotia were studied: survival after soil incorporation of green manures, and population changes under three cropping sequences. In pot experiments, sclerotia survival in soil after incorporation of a winter green manure and its decomposition during summer was generally lower than after summer green manure incorporation and decomposition during winter. The incorporation of various legume crops (black beans, cowpea, hairy vetch and lupines) allowed multiplication of sclerotia while various grasses (sudangrass, foxtail millet, oats and wheat) as well as sunhemp resulted in a reduction of sclerotia in the soil. The build-up of sclerotia populations in the microplots was dependent on the crop sequence. Multiplication in sweet pepper was greater after black oat than after onion or fallow.

    The dynamics of Focwas studied at two different levels: multiplication in individual plants and population changes in different crop sequences.Foccolonized and multiplied in the root systems of 13 non-Allium plant species without inducing disease symptoms or growth retardation. These species thus constituted “reservoir-hosts” for Foc. The lowest Foclevels per g of dry weight of root were found in wheat, sunflower, cowpea and millet whereas the highest Foclevel was found in black bean.Fusariumpathogen dynamics was strongly affected by the cropping history in a particular field. Fusariumpopulations increased from transplant to harvest of onion when another onion crop had been planted in the same field during the previous winter, whereas Fusariumpopulations decreased when a winter green manure had been planted.

    Pathogen dynamics in crop sequences was simulated by concatenating two simple models, the first one describing the build-up of the pathogen within a crop, and the second one describing the dynamic of the pathogen during the intercrop period. The simulations described differences among crop sequences and alternating cycles of increasing and decreasing soil pathogen populations, as well as differences at equilibrium populations related to host frequency and cropping history.

    This thesis provides a methodological approach to the design of crop rotations and their effects on soil borne pathogen dynamics. The combination of data from controlled experiments, novel analytical tools (Bayesian analysis, modelling and simulation) and on-farm observations can lead to the identification of optimal crop rotations without extensive field experiments that require a lot of time, space and economic resources.

    Stimulering van ziektewering in de bodem door toevoegen van reststromen : 'Cash from trash' : eindrapport SKB-Duurzame ontwikkeling ondergrond project 2031
    Postma, J. ; Schilder, M.T. ; Hanse, B. ; Hendrickx, W. ; Venhuizen, A. - \ 2013
    Wageningen : Plant Research International Wageningen UR, Business Unit Agrosystems (Rapport / Plant Research International 529) - 46
    bodemweerbaarheid - plantenziekten - bodemschimmels - thanatephorus cucumeris - nuttige organismen - lysobacter - reststromen - digestaat - beta vulgaris - suikerbieten - solanum tuberosum - aardappelen - daucus carota - penen - keukenkruiden - nederland - veldproeven - akkerbouw - soil suppressiveness - plant diseases - soil fungi - thanatephorus cucumeris - beneficial organisms - lysobacter - residual streams - digestate - beta vulgaris - sugarbeet - solanum tuberosum - potatoes - daucus carota - carrots - culinary herbs - netherlands - field tests - arable farming
    Dit rapport bevat de resultaten van twee jaar onderzoek naar praktijktoepasbare methoden om de ziektewering in de bodem tegen Rhizoctonia solani, een belangrijke gewasbelager, te verhogen. Het huidige SKB project is gestart om goedkope effectieve reststoffen te identificeren en te zoeken naar een voor de praktijk toepasbare methode om ziektewering in de bodem te verhogen.
    Verticillium : Status quo van een miljoenenverslindende bodemziekte : Kansen en oplossingen bij bestrijding en beheer van verwelkingsziekte
    Hiemstra, J.A. ; Sluis, B.J. van der - \ 2013
    Boom in business 4 (2013)6. - ISSN 2211-9884 - p. 20 - 23.
    boomkwekerijen - houtachtige planten - sierplanten - verwelkingsziekten - verticillium - schimmelziekten - landbouwkundig onderzoek - resistentieveredeling - bestrijdingsmethoden - bodemschimmels - forest nurseries - woody plants - ornamental plants - wilts - verticillium - fungal diseases - agricultural research - resistance breeding - control methods - soil fungi
    Verwelkingsziekte bedreigt al jaren de boomkwekerij, m.n. in de teelt van laanbomen en rozen. Onderzoek naar deze bodemziekte is daarom hard nodig. Jelle Hiemstra en Bart van der Sluis geven in dit artikel een overview van de stand van zaken met betrekking tot onderzoek naar dit probleem.
    Beheersing van Rhizoctonia solani door verhoogde bodemweerbaarheid
    Postma, J. ; Hanse, B. ; Schilder, M.T. - \ 2013
    Gewasbescherming 44 (2013)3. - ISSN 0166-6495 - p. 83 - 84.
    bodemweerbaarheid - thanatephorus cucumeris - bodemschimmels - lysobacter - veldproeven - landbouwkundig onderzoek - gewasbescherming - soil suppressiveness - thanatephorus cucumeris - soil fungi - lysobacter - field tests - agricultural research - plant protection
    In de afgelopen jaren is uitgebreid gezocht naar een methodiek die wel de ziektewering tegen Rhizoctonia betrouwbaar kan stimuleren. Hierbij is ontdekt dat de antagonistische bacteriegroep Lysobacter spp., die van nature in diverse Nederlandse gronden voorkomt, correleert met ziektewering. In 2012 zijn voor het eerst veldproeven uitgevoerd.
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.