Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 1 - 20 / 132

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    Check title to add to marked list
    Downscaling daily air-temperature measurements in the Netherlands
    Dirksen, Marieke ; Knap, Wouter H. ; Steeneveld, Gert Jan ; Holtslag, Albert A.M. ; Klein Tank, Albert M.G. - \ 2020
    Theoretical and Applied Climatology 142 (2020). - ISSN 0177-798X - p. 751 - 767.

    High-resolution, regularly gridded air-temperature maps are frequently used in climatology, hydrology, and ecology. Within the Netherlands, 34 official automatic weather stations (AWSs) are operated by the National Met Service according to World Meteorological Organization (WMO) standards. Although the measurements are of high quality, the spatial density of the AWSs is not sufficient to reconstruct the temperature on a 1-km-resolution grid. Therefore, a new methodology for daily temperature reconstruction from 1990 to 2017 is proposed, using linear regression and multiple adaptive regression splines. The daily 34 AWS measurements are interpolated using eight different predictors: diurnal temperature range, population density, elevation, albedo, solar irradiance, roughness, precipitation, and vegetation index. Results are cross-validated for the AWS locations and compared with independent citizen weather observations. The RMSE of the reference method ordinary kriging amounts to 2.6 °C whereas using the new methods the RMSE drops below 1.0 °C. Especially for cities, a substantial improvement of the predictions is found. Independent predictions are on average 0.3 °C less biased than ordinary kriging at 40 high-quality citizen measurement sites. With this new method, we have improved the representation of local temperature variations within the Netherlands. The temperature maps presented here can have applications in urban heat island studies, local trend analysis, and model evaluation.

    A multi-parent recombinant inbred line population of C. elegans allows identification of novel QTLs for complex life history traits
    Snoek, Basten ; Volkers, Rita ; Nijveen, Harm ; Petersen, Carola ; Dirksen, Philipp ; Sterken, Mark ; Nakad, Rania ; Riksen, Joost ; Rosenstiel, P.C. ; Stastna, J.J. ; Braekman, B.P. ; Harvey, S.C. ; Schulenburg, Hinrich ; Kammenga, Jan - \ 2019
    Wageningen University & Research
    Multi-parent RILs - Caenorhabditis elegans - QTL - life-history - natural variation - genetic map
    Background The nematode Caenorhabditis elegans has been extensively used to explore the relationships between complex traits, genotypes, and environments. Complex traits can vary across different genotypes of a species, and the genetic regulators of trait variation can be mapped on the genome using quantitative trait locus (QTL) analysis of recombinant inbred lines (RILs) derived from genetically and phenotypically divergent parents. Most RILs have been derived from crossing two parents from globally distant locations. However, the genetic diversity between local C. elegans populations can be as diverse as between global populations and could thus provide means of identifying genetic variation associated with complex traits relevant on a broader scale. Results To investigate the effect of local genetic variation on heritable traits, we developed a new RIL population derived from 4 parental wild isolates collected from 2 closely located sites in France: Orsay and Santeuil. We crossed these 4 genetically diverse parental isolates to generate a population of 200 multi-parental RILs and used RNA-seq to obtain sequence polymorphisms identifying almost 9000 SNPs variable between the 4 genotypes with an average spacing of 11Â kb, doubling the mapping resolution relative to currently available RIL panels for many loci. The SNPs were used to construct a genetic map to facilitate QTL analysis. We measured life history traits such as lifespan, stress resistance, developmental speed, and population growth in different environments, and found substantial variation for most traits. We detected multiple QTLs for most traits, including novel QTLs not found in previous QTL analysis, including those for lifespan and pathogen responses. This shows that recombining genetic variation across C. elegans populations that are in geographical close proximity provides ample variation for QTL mapping. Conclusion Taken together, we show that using more parents than the classical two parental genotypes to construct a RIL population facilitates the detection of QTLs and that the use of wild isolates facilitates the detection of QTLs. The use of multi-parent RIL populations can further enhance our understanding of local adaptation and life history trade-offs.
    Visdieven in het IJsselmeergebied: broedplaatskeuze en broedsucces in een wetland met weinig dynamiek
    Winden, Jan van der; Dirksen, S. ; Doodeman, Debby ; Hogeweg, Niels ; Horssen, Peter van; Kelder, Leon ; Tulp, I.Y.M. ; Poot, Martin - \ 2019
    Limosa 92 (2019)2. - ISSN 0024-3620 - p. 49 - 64.
    Visdieven broeden op kale open pionierbiotopen in visrijke zoete en zoute wateren. De voormalige Zuiderzee bood een ideaal leefgebied voor deze
    vogelsoort dankzij de peilschommelingen, zoutinvloed en omvangrijke vispopulaties als voedselbron. Sinds de afsluiting van de Zuiderzee door de
    Afsluitdijk is een zoetwatersysteem ontstaan met weinig dynamiek en harde oevers. Het natuurbeleid in het IJsselmeer is mede gericht op behoud
    van soorten van dynamische biotopen. De vraag doet zich voor of het mogelijk is om Visdieven duurzaam een plek te geven in dit merengebied. Sinds 1990 is informatie over de ecologie van Visdieven verzameld die goed bruikbaar blijkt te zijn om het beschermingsbeleid van een wetland-systeem
    met een ingedamde dynamiek te evalueren.
    Sky view factor calculations and its application in urban heat island studies
    Dirksen, M. ; Ronda, R.J. ; Theeuwes, N.E. ; Pagani, G.A. - \ 2019
    Urban Climate 30 (2019). - ISSN 2212-0955
    Netherlands - Sky view factor - UHI - Urban planning

    The sky view factor (SVF) is essential to describe the urban climatology at scales below 100m. This proxy for net radiation depends on the height of the obstacles in its surroundings. The SVF was calculated from a rasterized point cloud height dataset (with 6 − 10 points per m2). The resulting SVF depends on grid-resolution, search radius and number of directions. Previous research related the diurnal maximum urban heat island (UHI) of the canopy layer to the diurnal temperature range, solar irradiance, wind speed, vegetation fraction and SVF. The goal of this study is to determine the sensitivity of the SVF and the impact on the UHI. Within the Netherlands a test area of 70km2 was selected, including: urban areas, meadows and forests. There is a high sensitivity for grid-resolution. Therefore the impact of the SVFs grid resolution on the maximum UHI is explored. Results show that the fourth largest city within the Netherlands, Utrecht, has a mean diurnal maximum UHI of 3.1 °C using a 1m SVF resolution. But, with a 3m SVF resolution the UHI is on average 0.6 °C lower. This highlights the significance of a fine grid resolution which can capture houses, alleys and trees.

    A multi-parent recombinant inbred line population of C. elegans allows identification of novel QTLs for complex life history traits
    Snoek, B.L. ; Volkers, J.M. ; Nijveen, H. ; Petersen, Carola ; Dirksen, Philipp ; Sterken, M.G. ; Nakad, Rania ; Riksen, J.A.G. ; Rosenstiel, P.C. ; Stastna, J.J. ; Braekman, B.P. ; Harvey, S.C. ; Schulenburg, Hinrich ; Kammenga, J.E. - \ 2019
    BMC Biology 17 (2019). - ISSN 1741-7007 - 17 p.
    Background - The nematode Caenorhabditis elegans has been extensively used to explore the relationships between complex traits, genotypes, and environments. Complex traits can vary across different genotypes of a species, and the genetic regulators of trait variation can be mapped on the genome using quantitative trait locus (QTL) analysis of recombinant inbred lines (RILs) derived from genetically and phenotypically divergent parents. Most RILs have been derived from crossing two parents from globally distant locations. However, the genetic diversity between local C. elegans populations can be as diverse as between global populations and could thus provide means of identifying genetic variation associated with complex traits relevant on a broader scale.
    Results - To investigate the effect of local genetic variation on heritable traits, we developed a new RIL population derived from 4 parental wild isolates collected from 2 closely located sites in France: Orsay and Santeuil. We crossed these 4 genetically diverse parental isolates to generate a population of 200 multi-parental RILs and used RNA-seq to obtain sequence polymorphisms identifying almost 9000 SNPs variable between the 4 genotypes with an average spacing of 11 kb, doubling the mapping resolution relative to currently available RIL panels for many loci. The SNPs were used to construct a genetic map to facilitate QTL analysis. We measured life history traits such as lifespan, stress resistance, developmental speed, and population growth in different environments, and found substantial variation for most traits. We detected multiple QTLs for most traits, including novel QTLs not found in previous QTL analysis, including those for lifespan and pathogen responses. This shows that recombining genetic variation across C. elegans populations that are in geographical close proximity provides ample variation for QTL mapping.
    Conclusion -Taken together, we show that using more parents than the classical two parental genotypes to construct a RIL population facilitates the detection of QTLs and that the use of wild isolates facilitates the detection of QTLs. The use of multi-parent RIL populations can further enhance our understanding of local adaptation and life history trade-offs.
    A multi-parent recombinant inbred line population of Caenorhabditis elegans
    Snoek, Basten ; Volkers, Rita ; Nijveen, Harm ; Petersen, Carola ; Dirksen, Philipp ; Sterken, Mark ; Nakad, Rania ; Riksen, Joost ; Rosenstiel, P.C. ; Stastna, J.J. ; Braekman, B.P. ; Harvey, S.C. ; Schulenburg, Hinrich ; Kammenga, Jan - \ 2018
    Wageningen University
    PRJNA495983 - Caenorhabditis elegans
    To investigate the effect of local genetic variation on heritable traits, we developed a new recombinant inbred line (RIL) population derived from four wild isolates. The wild isolates were collected from two closely located sites in France: Orsay and Santeuil. By crossing these four genetically diverse parental isolates a population of 200 RILs was constructed. RNA-seq was used to obtain sequence polymorphisms.
    Een onverwachte concentratie van Zwarte Zee-eenden in de Hollandse kustzone in een gebied met hoge dichtheden van geschikte schelpdieren
    Fijn, R.C. ; Leopold, M.F. ; Dirksen, Sjoerd ; Arts, Floor ; Asch, M. van; Baptist, M.J. ; Craeymeersch, J.A.M. ; Engels, Bas ; Horssen, Peter van; Jong, Job de; Perdon, K.J. ; Zee, Els M. van der; Ham, N. - \ 2017
    Limosa 90 (2017)3. - ISSN 0024-3620 - p. 97 - 117.
    Een onverwachte concentratie van Zwarte Zee-eenden in de Hollandse kustzone in een gebied met hoge dichtheden van geschikte schelpdieren De winterverspreiding van Zwarte Zee-eenden in Nederland concentreerde zich in de afgelopen jaren ten noorden van de oostelijke Waddeneilanden
    en in mindere mate in de Voordelta. In sommige jaren verblijven echter grote groepen op andere plaatsen. In de voorjaren van 2013 en 2014 doken ineens grote aantallen Zwarte Zee-eenden op voor de kust van Texel en in de winter van
    2015/16 meldden zeetrektellers ongekend grote aantallen voor de kust van Camperduin, een locatie waar in de tweede helft van de vorige eeuw ook wel eens grote aantallen werden gezien. In deze studie is gekeken in hoeverre het plotseling verschijnen van grote aantallen Zwarte Zee-eenden bij Camperduin in 2015/16 kan worden verklaard door het aanwezige voedsel in de zeebodem
    aldaar.
    Bedrijvenloket Wageningen UR, De Groene Helpdesk Wageningen UR, Positionering loket na afronding WUR-brede pilotfase
    Knoppersen-de Jong, S.D.H. ; Dirksen, J. ; Koning, I.M. - \ 2015
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR - 17 p.
    Projectplan De Groene Helpdesk, Vervolgstappen t.a.v. financiering na WUR-brede pilotfase
    Knoppersen-de Jong, S.D.H. ; Dirksen, J. ; Koning, I.M. - \ 2014
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR - 6 p.
    Meten van voerefficiëntie voor betere benutting eigen ruwvoer
    Schooten, Herman van; Dirksen, Hans - \ 2013
    Wageningen : Wageningen UR Livestock Research - 8
    Bouwen aan een betere balans: Een analyse van bedrijfstijlen in de melkveehouderij
    Dirksen, H. ; Klever, M. ; Broekhuizen, R.E. van; Ploeg, J.D. van der; Oostindië, H.A. - \ 2013
    Bouwen aan een betere balans : Een analyse van bedrijfsstijlen in de melkveehouderij
    Dirksen, H. ; Klever, M. ; Broekhuizen, R.E. van; Ploeg, J.D. van der; Oostindië, H.A. - \ 2013
    Beusichem : RSO en DSM - 36 p.
    Assessment 2012 Alterra, klantenonderzoek
    Boonstra, F. ; Arnouts, R.C.M. ; Dirksen, J. ; Fontein, R.J. ; Knoppersen, S. ; Laros, I. ; Nieuwenhuizen, W. - \ 2012
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR - 44
    milieubescherming - natuurbescherming - wetenschappelijk onderzoek - kennisoverdracht - inventarisaties - environmental protection - nature conservation - scientific research - knowledge transfer - inventories
    Klanten van Alterra oordelen positief over de relatie met Alterra en de bruikbaarheid van het Alterra-onderzoek van de afgelopen vijf jaar. Ze gebruiken onderzoeksresultaten instrumenteel, conceptueel, strategisch en relationeel. Verbeterpunten voor Alterra liggen op het vlak van meer interne en externe samenwerking, het versterken van de politiek-bestuurlijke gevoeligheid van de onderzoekers en projectmatig werken. Ook roepen klanten Alterra op kritisch te blijven op de inhoudelijke kwaliteit van het onderzoek. Kansen zien zij in nieuwe rollen van onderzoekers zoals die van actie-onderzoeker en kennismakelaar.
    The use of wildlife overpasses for outdoor recreation
    Pouwels, R. ; Grift, E.A. van der; Dirksen, J. ; Ottburg, F.G.W.A. - \ 2012
    In: Proceedings of the 6th International Conference on Monitoring and Management of Visitors in Recreational and Protected Areas, 21-24 August 2012, Stockholm, Sweden. - Stockholm, Sweden : Friluftsliv i förändring - ISBN 9789187103292 - p. 104 - 105.
    Advies ontsnippering Merwedezone voor bever en otter
    Grift, E.A. van der; Dirksen, J. ; Eupen, M. van; Jansman, H.A.H. - \ 2011
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 2146) - 56
    lutra lutra - castor - wildpassages - habitatverbindingszones - ecologische hoofdstructuur - habitatfragmentatie - zuid-holland - biesbosch - lutra lutra - castor - wildlife passages - habitat corridors - ecological network - habitat fragmentation - zuid-holland - biesbosch
    In opdracht van de provincie Zuid-Holland is onderzocht op welke plek het beste een ecologische verbinding voor Bever en Otter tussen Biesbosch en Alblasserwaard kan worden gerealiseerd. Deze verbinding maakt deel uit van de plannen voor een ‘Groene Ruggengraat’ tussen Biesbosch en Gooimeer. De studie geeft richtlijnen voor het ontwerp en de inrichting van de ecologische verbinding en de benodigde faunapassages bij kruisende infrastructuur. Tevens zijn de kosten van alle benodigde maatregelen globaal in beeld gebracht.
    Recreatief medegebruik van ecoducten : effecten op het functioneren als faunapassage
    Grift, E.A. van der; Dirksen, J. ; Ottburg, F.G.W.A. ; Pouwels, R. - \ 2010
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 2097) - 130
    wildpassages - meervoudig landgebruik - landinrichting - openluchtrecreatie - landschap - kwaliteit - wildlife passages - multiple land use - land development - outdoor recreation - landscape - quality
    In opdracht van het ministerie van LNV is door Alterra onderzoek gedaan naar de effecten van recreatief medegebruik van ecoducten op het ecologisch functioneren van deze ontsnipperende maatregelen. Het onderzoek laat zien dat recreatief medegebruik van een ecoduct voor veel algemeen voorkomende soorten niet leidt tot onverwacht lage gebruiksfrequenties en geen of slechts een beperkt effect heeft op het tijdstip en de manier waarop de ecoducten worden gebruikt, mits het ecoduct voldoende breed is en het ecoduct zorgvuldig is ingericht. Op basis van het onderzoek (aan natuurbrug Crailoo en Slabroek) zijn richtlijnen geformuleerd voor de besluitvorming over het al dan niet openstellen van ecoducten voor recreanten. Tevens zijn richtlijnen opgesteld waaraan het ontwerp en de inrichting van een ecoduct minimaal moet voldoen om recreatief medegebruik mogelijk te maken. Het onderzoek signaleert kennisleemten en doet aanbevelingen voor verder onderzoek.
    Collision risk of birds with modern large wind turbines
    Krijgsveld, K.L. ; Akershoek, K. ; Schenk, F. ; Dijk, F. van; Dirksen, J. - \ 2009
    Ardea 97 (2009)3. - ISSN 0373-2266 - p. 357 - 366.
    We studied collision rate of birds with modern, large 1.65 MW wind turbines in three wind farms in The Netherlands during three months in autumn and winter. Collision rate, after correction for retrieval and disappearance rate, was 0.08 birds per turbine per day on average (range 0.05-0.19). Collision risk, i.e. the number of victims relative to the flight intensity of birds at the wind farms, was 0.14% on average. For nocturnal migrants, risk was as low as 0.01%, while the risk was 0.16% for local birds flying at night. In absolute numbers, the overall collision risk was similar to the 0.06-0.28% found for earlier-generation lower turbines that have a smaller rotor surface. However, given the comparatively large rotor surface and altitude range of the modern turbines, the risk was c. threefold lower than for smaller turbines. A large fraction of collision victims were diurnally active and local birds that were foraging in the area, rather than nocturnal migrants. Flight intensities of this group should be taken into account as well as that of nocturnal migrants, when calculating collision rate.
    Winning van zand en klei: iedereen blij? : evaluatie Kwaliteitsteam en kwaliteitsadviezen ontgrondingen provincie Gelderland
    Pleijte, M. ; Kersten, P.H. ; Dirksen, J. - \ 2009
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1914) - 76
    zandafgravingen - mijnbouw - afgegraven land - klei - regionaal beleid - kwaliteit - ruimtelijke ordening - nederland - gebiedsontwikkeling - ruimtelijke analyse - gelderland - sand pits - mining - mined land - clay - regional policy - quality - physical planning - netherlands - area development - spatial analysis - gelderland
    In het Zand- en kleiwinningsplan Gelderland kondigt de provincie de instelling van een Provinciaal Kwaliteitsteam Ontgrondingen aan, dat werkende weg een eigen methodiek zal ontwikkelen. Inmiddels bestaat dit kwaliteitsteam 3 jaar en heeft 16 adviezen uitgebracht. In dit rapport staat een evaluatie van de kwaliteit van de werkwijze en van de adviezen van het Provinciaal Kwaliteitsteam Ontgrondingen centraal. Geconcludeerd wordt dat de werkwijze en adviezen volstaan, maar dat zij verder kunnen worden geprofessionaliseerd. Dit rapport biedt handvatten aan de provincie om die professionalisering verder vorm te geven.
    Actualisering doelsoorten en doelen Meerjarenprogrmma Ontsnippering
    Grift, E.A. van der; Dirksen, J. ; Jansman, H.A.H. ; Kuipers, H. ; Wegman, R.M.A. - \ 2009
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1941) - 72
    fauna - migratie - infrastructuur - wegen - habitatverbindingszones - habitatfragmentatie - fauna - migration - infrastructure - roads - habitat corridors - habitat fragmentation
    Belangrijk uitgangspunt bij dit MJPO onderzoek was te komen tot een goede evaluatie van de effectiviteit van dit ontsnipperingsprogramma. Het onderzoek richt zich specifiek op de vragen: wat zijn de doelsoorten voor ontsnippering; welke soorten zijn aan te wijzen per knelpunt; welke problemen van versnippering worden door de doelsoorten ervaren (?); welke doelen voor ontsnippering zijn er per doelsoort te formuleren
    Het gebruik van natuurbrug zanderij Crailoo door mens en dier
    Grift, E.A. van der; Ottburg, F.G.W.A. ; Dirksen, J. - \ 2009
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1906) - 127
    fauna - migratie - heidegebieden - monitoring - wildpassages - natuurgebieden - het gooi - fauna - migration - heathlands - monitoring - wildlife passages - natural areas - het gooi
    In opdracht van Stichting Het Gooisch Natuurreservaat is in 2007-2008 het gebruik van Natuurbrug Zanderij Crailoo door mens en dier onderzocht. De natuurbrug vormt een schakel tussen bos-/heidegebieden in het Gooi en is ook voor recreanten toegankelijk. Alle middelgrote en grote zoogdiersoorten die tijdens het onderzoek in de omgeving van de natuurbrug zijn geregistreerd, zijn ook op de natuurbrug aangetroffen. Daarnaast zijn op de natuurbrug zes soorten amfibieën en twee soorten reptielen geregistreerd. De amfibieën zijn in de hoogste aantallen gevonden rond de op de natuurbrug aangelegde poelen en op plaatsen met dekking-biedende begroeiingen. De reptielen, hoewel nog beperkt in aantal, zijn zowel in de heischrale vegetaties op het zuidelijk deel van de natuurbrug aangetroffen als in de zone met struweel en ruigten. De mens maakt in grote aantallen gebruik van het fiets-/voetpad en ruiterpad. Op basis van de bevindingen van het onderzoek zijn aanbevelingen uitgewerkt voor inrichting en beheer van de natuurbrug.
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.