Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 1 - 20 / 1157

    • help
    • print

      Print search results

    • export
      A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
    • alert
      We will mail you new results for this query: q=Jonge
    Check title to add to marked list
    Identification of conditionally essential genes for Streptococcus suis infection in pigs
    Arenas, Jesús ; Zomer, Aldert ; Harders-Westerveen, Jose ; Bootsma, Hester J. ; Jonge, Marien I. De; Stockhofe-Zurwieden, Norbert ; Smith, Hilde E. ; Greeff, Astrid De - \ 2020
    Virulence 11 (2020)1. - ISSN 2150-5594 - p. 446 - 464.
    infection - pathogenesis - Streptococcus suis - Tn-Seq - transposon mutagenesis - zoonotic pathogen

    Streptococcus suis is a Gram-positive bacterium and zoonotic pathogen that causes meningitis and sepsis in pigs and humans. The aim of this study was to identify genes required for S. suis infection. We created Tn-Seq libraries in a virulent S. suis strain 10, which was used to inoculate pigs in an intrathecal experimental infection. Comparative analysis of the relative abundance of mutants recovered from different sites of infection (blood, cerebrospinal fluid, and meninges of the brain) identified 361 conditionally essential genes, i.e. required for infection, which is about 18% of the genome. The conditionally essential genes were primarily involved in metabolic and transport processes, regulation, ribosomal structure and biogenesis, transcription, and cell wall membrane and envelope biogenesis, stress defenses, and immune evasion. Directed mutants were created in a set of 10 genes of different genetic ontologies and their role was determined in ex vivo models. Mutants showed different levels of sensitivity to survival in whole blood, serum, cerebrospinal fluid, thermic shock, and stress conditions, as compared to the wild type. Additionally, the role of three selected mutants was validated in co-infection experiments in which pigs were infected with both wild type and isogenic mutant strains. The genetic determinants of infection identified in this work contribute to novel insights in S. suis pathogenesis and could serve as targets for novel vaccines or antimicrobial drugs.

    H7N9 influenza split vaccine with SWE oil-in-water adjuvant greatly enhances cross-reactive humoral immunity and protection against severe pneumonia in ferrets
    Jonge, Jørgen de; Dijken, Harry van; Heij, Femke de; Spijkers, Sanne ; Mouthaan, Justin ; Jong, Rineke de; Roholl, Paul ; Adami, Eduardo Alfredo ; Akamatsu, Milena Apetito ; Ho, Paulo Lee ; Brunner, Livia ; Collin, Nicolas ; Friede, Martin ; Ferreira, José A. ; Luytjes, Willem - \ 2020
    Vaccines 5 (2020)1. - ISSN 2076-393X

    Until universal influenza vaccines become available, pandemic preparedness should include developing classical vaccines against potential pandemic influenza subtypes. We here show that addition of SWE adjuvant, a squalene-in-water emulsion, to H7N9 split influenza vaccine clearly enhanced functional antibody responses in ferrets. These were cross-reactive against H7N9 strains from different lineages and newly emerged H7N9 variants. Both vaccine formulations protected in almost all cases against severe pneumonia induced by intratracheal infection of ferrets with H7N9 influenza; however, the SWE adjuvant enhanced protection against virus replication and disease. Correlation analysis and curve fitting showed that both VN- and NI-titers were better predictors for protection than HI-titers. Moreover, we show that novel algorithms can assist in better interpretation of large data sets generated in preclinical studies. Cluster analysis showed that the adjuvanted vaccine results in robust immunity and protection, whereas the response to the non-adjuvanted vaccine is heterogeneous, such that the protection balance may be more easily tipped toward severe disease. Finally, cluster analysis indicated that the dose-sparing capacity of the adjuvant is at least a factor six, which greatly increases vaccine availability in a pandemic situation.

    Evaluación hidrogeológica de la recarga gestionada de un acuífero en un complejo de morena glacial mediante el análisis a largo plazo de datos de aguas subterráneas
    Engelenburg, Jolijn van; Jonge, Martin de; Rijpkema, Sjoerd ; Slobbe, Erik van; Bense, Victor - \ 2020
    Hydrogeology Journal (2020). - ISSN 1431-2174
    Glacial moraine complex - Groundwater monitoring - Managed aquifer recharge - Statistical modeling - The Netherlands

    Managed aquifer recharge (MAR) is a strategy to address dwindling water availability that is used to recharge stressed groundwater systems for recovery or adaptation purposes. Glacial moraine complexes can host large groundwater volumes in thick coarse-grained sandy and gravelous aquifers, and therefore are often suitable for MAR. In this research, the impact of 20 years of MAR (infiltration) in the Veluwe glacial moraine complex in the Netherlands is evaluated through time-series analysis and water quality modeling. The research enhances the understanding of hydrological processes in a glacial moraine complex and thus supports effective MAR design. The results show that MAR in the Veluwe area has raised nearby groundwater heads, and that 20 years of infiltration did not significantly deteriorate the groundwater quality. In addition, the analysis revealed an unexpected hydraulic interaction between the glacial complex and the underlying aquifer. The results suggest that MAR in a glacial moraine complex can be an effective strategy for storage of surplus surface water, compensation of groundwater abstraction, or water quality improvement. Monitoring and evaluation of groundwater heads and quality will improve the understanding of the hydrology and hydrochemistry of the water system and the used water resource, which is essential to design effective MAR systems.

    Sniffing out cocoa bean traits that persist in chocolates by PTR-MS, ICP-MS and IR-MS
    Acierno, Valentina ; Jonge, Leon de; Ruth, Saskia van - \ 2020
    Food Research International 133 (2020). - ISSN 0963-9969
    Chocolate - Cocoa beans - Fingerprint - High sensitivity-proton transfer reaction-mass spectrometry - Inductively coupled plasma-mass spectrometry - Isotope ratio-mass spectrometry

    The cocoa botanical and geographical origin and the primary processing steps applied by cocoa farmers at the beginning of the supply chain influence the chemical compositional traits of the cocoa beans. These features are carried along the supply chain as intrinsic markers up to the final products. These intrinsic markers could be used for tracking and tracing purposes. In this study, we examined the retention and loss of compositional signatures from cocoa beans to chocolates. Volatile, elemental and stable isotope signatures of cocoa beans of 10 different origins and 11 corresponding chocolates were determined by high sensitivity-proton transfer reaction-mass spectrometry (HS-PTR-MS), inductively coupled plasma-MS (ICP-MS) and isotope ratio-MS (IR-MS), respectively. The volatile fingerprints provided mostly information on the origin and primary processing traits of the raw cocoa beans in the chocolates. Volatile compounds that are relevant markers include: acetic acid (m/z 61), benzene (m/z 79), pyridine (m/z 80), 2-phenylethanol (m/z 123), and maltol (m/z 127). On the other hand, the elemental and stable isotope characteristics are more indicative of the cocoa content and added ingredients. Possible elemental markers for cocoa origin include Fe, Cr, and Cd. VOCs appear to be the most robust markers carried from cocoa beans to chocolates of the groups examined. This provides the potential for track and trace of cocoa beans from farm to chocolates.

    Kleine vis in een kleine dwergvinvis. Toeval of trend? : Maag- en darminhoud van de jonge dwergvinvis die aanspoelde op Texel op 8 juli 2019
    Leopold, Mardik F. ; Keijl, Guido O. ; Overmaat, Wiske ; Bravo Robolledo, Elisa L. - \ 2020
    Den Helder : Wageningen Marine Research (Wageningen Marine Research rapport C003/20) - 23
    Tussenrapportage monitoring off-bottom oesterkweek experimenten in de Oosterschelde : Resultaten BOKX project 2016-2019
    Kamermans, Pauline ; Tonk, Linda ; Ysebaert, Tom - \ 2020
    Yerseke : Wageningen Marine Research (Wageningen Marine Research rapport C029/20) - 45
    De oesterkweek in de Oosterschelde ondervindt een probleem met niet inheemse oesterboorders die tot sterfte leiden van oesters op kweekpercelen. Daarnaast is sinds 2010 aangetoond dat er in de Oosterschelde een oester herpes virus voorkomt waardoor er met name bij de jonge oesters een veel hogere sterfte optreedt dan voorheen. Om te komen tot herstel van de oesterproductie hebben de Nederlandse Oestervereniging (NOV), de Provincie Zeeland en het ministerie van LNV een Plan van Aanpak opgesteld om, onder andere met behulp van voor Nederland nieuwe technieken, de problemen te beheersen. Door op verschillende locaties ervaring op te doen met nieuwe technieken kunnen de resultaten met elkaar worden vergeleken. Een dergelijke vergelijking geeft de kwekers meer inzicht in de voor- en nadelen van het gebruik van verschillende locaties en methoden in de Oosterschelde. De nieuwe technieken hebben allemaal betrekking op off-bottom kweek van oesters. De kweekactiviteiten worden begeleid door Wageningen Marine Research met onderzoek naar de effectiviteit en de effecten op de natuur. De resultaten laten zien dat de nieuwe techniek van off-bottom teelt goede groei van oesters laat zien. Off-bottom teelt van oesters heeft geen effect op het slibgehalte van het sediment. Voor het bepalen van effecten op de aanwezigheid van bodemdiatomeeën zijn nog onvoldoende gegevens beschikbaar. Op off-bottom percelen is de aanwezigheid van de Wulp en ganzen lager (en dan met name in de wintermaanden), vergelijkbaar voor eenden en hoger voor reigers. De aantallen Steenloper, Zilverplevier, Bergeend, Scholekster, Grutto, Strandloper, Tureluur, Smient, Pijlstaart, Middelste zaagbek, Lepelaar, Visdiefje, Kleine zilverreiger, Kauw, Aalscholver en Fuut zijn te laag om uitspraken te kunnen doen over het effect van off-bottom teelt op aanwezigheid van deze vogelsoorten. De aanbevelingen voor vervolgonderzoek betreffen: • Vergelijken van slib- en chlorofylgehalte van het sediment van off-bottom percelen met dat van referentiepercelen. • Uitbreiden van analyse met foto’s camera’s om meer inzicht te krijgen in aanwezigheid van vogelsoorten tijdens zomermaanden en van vogelsoorten met lagere dichtheden over het hele jaar (Steenloper, Zilverplevier, Bergeend, Scholekster, Grutto, Strandloper, Tureluur, Smient, Pijlstaart, Middelste zaagbek, Lepelaar, Visdiefje, Kleine zilverreiger, Kauw, Aalscholver en Fuut). • Analyseren met foto’s camera’s van het eventuele effect van de aanwezigheid van kwekers op de aanwezigheid van vogels.
    Natte kraamkamers: Uiterwaarden onmisbaar voor jonge vis
    Stoffers, T. ; Nagelkerke, L.A.J. ; Schoor, M. - \ 2020
    Visionair : het vakblad van sportvisserij Nederland (2020)55. - ISSN 1569-7533 - p. 22 - 25.
    Voor een gezonde visgemeenschap in laaglandrivieren zijn uiterwaarden, ook wel vloedvlakten genoemd, erg belangrijk. Daarom is sinds de jaren ’90 van de vorige eeuw in Nederland veel geïnvesteerd in het herstel van de ecologische kwaliteit van uiterwaarden en daarmee die van het hele riviersysteem.
    The status of patenting plants in the Global South
    Correa, Carlos M. ; Correa, Juan I. ; Jonge, Bram De - \ 2020
    Journal of World Intellectual Property 23 (2020)1-2. - ISSN 1422-2213 - p. 121 - 146.
    developing countries - Global South - patents - plants - seed

    Over the last few decades, the number of patents on plants and plant parts has greatly increased in various parts of the world. Most research, however, has focused exclusively on developed countries—the United States and European Union states in particular—while little is known about the extent to which plants are being patented in other parts of the world. This article aims to fill this information gap by providing an overview of the status of patenting plants in the developing countries and emerging economies of the Global South. The research is based on the analysis of legal provisions, patentability guidelines, court decisions (where they exist) and a sample of patents granted in the countries selected for this study. The findings indicate that despite the flexibilities of the World Trade Organization Trade-Related Aspects of Intellectual Property Rights Agreement regarding the nonpatentability of plants, 60% of the 126 countries in the Global South for which data were available to allow for the patenting of plants or parts thereof, and many such patents have been identified. This situation warrants further reflection and, potentially, review of existing patent laws as developing countries search for ways of responding optimally to the needs of feeding a growing population while adapting to the challenges of climate change.

    ERF blijft pionieren in Flevoland
    Apeldoorn, Dirk van - \ 2020
    Why young muscles recover faster than old ones
    Lagerwaard, Bart - \ 2020
    Projecting terrestrial biodiversity intactness with GLOBIO 4
    Schipper, Aafke M. ; Hilbers, Jelle P. ; Meijer, Johan R. ; Antão, Laura H. ; Benítez-López, Ana ; Jonge, Melinda M.J. de; Leemans, Luuk H. ; Scheper, Eddy ; Alkemade, Rob ; Doelman, Jonathan C. ; Mylius, Sido ; Stehfest, Elke ; Vuuren, Detlef P. van; Zeist, Willem Jan van; Huijbregts, Mark A.J. - \ 2020
    Global Change Biology 26 (2020)2. - ISSN 1354-1013 - p. 760 - 771.
    anthropocene - biodiversity scenarios - global environmental change - land-use downscaling - mean species abundance

    Scenario-based biodiversity modelling is a powerful approach to evaluate how possible future socio-economic developments may affect biodiversity. Here, we evaluated the changes in terrestrial biodiversity intactness, expressed by the mean species abundance (MSA) metric, resulting from three of the shared socio-economic pathways (SSPs) combined with different levels of climate change (according to representative concentration pathways [RCPs]): a future oriented towards sustainability (SSP1xRCP2.6), a future determined by a politically divided world (SSP3xRCP6.0) and a future with continued global dependency on fossil fuels (SSP5xRCP8.5). To this end, we first updated the GLOBIO model, which now runs at a spatial resolution of 10 arc-seconds (~300 m), contains new modules for downscaling land use and for quantifying impacts of hunting in the tropics, and updated modules to quantify impacts of climate change, land use, habitat fragmentation and nitrogen pollution. We then used the updated model to project terrestrial biodiversity intactness from 2015 to 2050 as a function of land use and climate changes corresponding with the selected scenarios. We estimated a global area-weighted mean MSA of 0.56 for 2015. Biodiversity intactness declined in all three scenarios, yet the decline was smaller in the sustainability scenario (−0.02) than the regional rivalry and fossil-fuelled development scenarios (−0.06 and −0.05 respectively). We further found considerable variation in projected biodiversity change among different world regions, with large future losses particularly for sub-Saharan Africa. In some scenario-region combinations, we projected future biodiversity recovery due to reduced demands for agricultural land, yet this recovery was counteracted by increased impacts of other pressures (notably climate change and road disturbance). Effective measures to halt or reverse the decline of terrestrial biodiversity should not only reduce land demand (e.g. by increasing agricultural productivity and dietary changes) but also focus on reducing or mitigating the impacts of other pressures.

    Het volledige Nederlandse voedselsysteem moet op de helling, vindt deze hoogleraar
    Wiskerke, Han - \ 2019
    Seed laws : Bottlenecks and opportunities for participatory plant breeding
    Jonge, Bram De ; Manicad, Gigi ; Mushita, Andrew ; Ignacio, Normita G. ; Argumedo, Alejandro ; Visser, Bert - \ 2019
    In: Farmers and Plant Breeding / Tveitereid Westengen, O., Winge, T., Taylor and Francis - ISBN 9781138580428 - p. 277 - 293.
    Seed policies and laws from developing countries around the world generally fail to recognize the importance of farmers’ seed systems, or support participatory plant breeding (PPB) practices. Instead, national seed laws and regional harmonization processes aim primarily at regulating and stimulating the formal, commercial seed sector. This neglect of farmers’ seed systems and the diverse needs and realities of smallholder farmers involved in breeding and seed production can result in serious bottlenecks for PPB projects. For example, smallholder farmers may not legally be allowed to exchange farm-saved seed amongst themselves; they may not be able to register as seed producers; or they may not be able to register their new varieties. Some countries and organizations have responded by developing alternative systems for seed certification and variety registration. Such alternative approaches can strongly support and facilitate PPB projects, but they remain scarce and little-researched. Further investment is needed in their development and implementation, and in impact assessment.
    Labelling requirements in the EU and US for restructured and mechanically tenderized beef – a comparative legal analysis
    Meijer, N.P. ; Weesepoel, Y.J.A. ; Jonge, R. de; Meulen, B.M.J. van der; Raamsdonk, L.W.D. van; Ruth, S.M. van - \ 2019
    European Food and Feed Law Review 14 (2019). - ISSN 1862-2720 - p. 231 - 242.
    Groen kan multitasken: het is mooi en maakt leefbaar
    Hiemstra, Jelle - \ 2019

    De groene stad is op veel punten waardevol.

    Vroeg voorjaar: deze eerstelingen doen mee aan De Natuurkalender in maart
    Vliet, A.J.H. van; Bron, W.A. - \ 2019
    Nature Today
    Het was zeer warm en dat blijft het ook nog. De ontwikkeling van de lente gaat dus op volle kracht door. Momenteel ligt de natuur ruim 3 weken voor op schema. Doe mee met het Natuurkalenderonderzoek door te melden wanneer bij jou o.a. de eerste sleedoorn, klein hoefblad of bosanemoon in bloei staat, de eerste padden trekken of jonge eendjes gezien worden. Zie wat er allemaal op de planning staat.
    Handhavingsprotocol Hokverrijking : Praktische uitwerking van open normen in wetgeving helpt varkenswelzijn vooruit
    Jonge, Francien de; Nieuwenhuizen, Jeroen van den; Ekkelboom, Myra ; Ernst, Kristi ; Kerssen, Nynke ; Smeets, Sharine ; Sun, Yan ; Yin, Xuetong ; Blaauw, Xana ; He, Zhengxiao ; Jong, Mandy de; Nauta, Charlotte ; Verdaasdonk, Marleen ; Kanhailal, Sharita - \ 2019
    Wageningen : Wageningen University & Research, Wetenschapswinkel (Rapport / Wageningen University & Research, Wetenschapswinkel 353) - ISBN 9789463951685 - 27
    14 dode schapen in Emst: kregen jonge wolven hier een lesje jagen?
    Jansman, Hugh - \ 2019

    14 dode schapen in Emst: kregen jonge wolven hier een lesje jagen?

    Ecologisch gericht suppleren: meetplan strandsurvey 2019
    Geest, Matthijs van der; Tulp, Ingrid ; Hal, Ralf van - \ 2019
    Den Helder : Wageningen Marine Research (Wageningen Marine Research rapport C045/19) - 25
    Suppleties van zand op vooroever of strand worden in opdracht van Rijkswaterstaat uitgevoerd om de Nederlandse kust tegen erosie te beschermen en om voldoende zand in het kustfundament te houden. Een groot deel van de suppleties vindt plaats in of nabij de kuststrook die binnen de Natura2000 kaders wordt beschermd, de Noordzeekustzone. Het is dus van belang de eventuele effecten van deze praktijk op de natuur zorgvuldig te bestuderen, zodat dit effect kan worden afgezet tegen het algemene nut voor de maatschappij. Betere kennis van de effecten kan leiden tot beperking van eventuele schade aan en mogelijk zelfs tot versterking van gewenste natuurwaarden en ecosysteemdiensten. Tot nog toe is er vooral aandacht geweest voor de gevolgen van suppleren op benthos en weinig voor de mogelijke effecten op vispopulaties, terwijl de ondiepe kustzone als kinderkamer voor vis een zeer belangrijke economische ecosysteemdienst levert. Kennis van de habitatfactoren die het voorkomen van juveniele vis in kinderkamers bepalen leidt tot een verbeterd inzicht van de gevolgen van suppleties op vispopulaties en van de voedselketen van viseters in de ondiepe kustzone. De kennisinstituten Deltares en Wageningen Marine Research hebben te samen in overleg met natuurorganisaties in 2016 het document `Ecologische effecten van zandsuppleties’ (Herman et al. 2016) geschreven met als doel onderzoek te formuleren naar ecologische effecten van zandsuppleties. In het onderdeel ‘uitvoeringsplan’ (deel C in Herman et al. 2016) zijn 3 onderzoekslijnen (ook wel Krachtlijnen genoemd) gedefinieerd, te weten: Vooroever, Duinen en Waddenzee. Het hier beschreven meetplan voor een strandsurvey in 2019 valt onder de onderzoekslijn Vooroever. De onderzoeksvraag luidt: “Wat zijn de cumulatieve gevolgen van reguliere suppleties op samenstelling en functioneren van het ecosysteem van de ondiepe vooroever van de Nederlandse kust?”. Deze volgt uit de prioritering van de krachtlijn Vooroever: (cumulatieve) gevolgen van reguliere suppleties op samenstelling en functioneren van het ecosysteem van de vooroever. Conform het plan van aanpak voor dit programma (Herman et al. 2016) wordt voorgesteld om een strandsurvey uit te voeren in de brandingszone (<1 m diepte), waarbij vis, benthos en habitatkarakteristieken worden bemonsterd. Deze strandsurvey is daarmee een onderdeel van een groter pakket van geplande dataverzameling in het kader van Ecologisch Gericht Suppleren II/Natuurlijk Veilig. Het hoofddoel van de strandsurvey is om gedurende het voorjaar (maart-juni) iedere 2 à 3 weken op drie verschillende locaties data te verzamelen over aantallen, conditie, groei en dieet van juveniele platvis in de brandingszone in relatie tot relevante omgevingsvariabelen, zowel abiotisch als biotisch. De survey zal inzicht verschaffen wanneer en in welke mate de brandingszone in die periode gebruikt wordt als kinderkamer voor jonge platvis en in hoeverre dit gebruik en conditie, groei, en dieet afhangen van biotische en abiotische omgevingsvariabelen en of dit verschilt per platvissoort. Dit rapport beschrijft de meetstrategie, de meetmethoden, de te meten variabelen (vis, benthos en omgevingsvariabelen) en de bemonsteringslocaties voor de strandsurvey 2019.
    Tussenevaluatie POP3-maatregelen cluster Concurrentiekracht
    Venema, Gabe ; Meulen, Harold van der; Meer, Ruud van der; Berkhout, Petra ; Stokkers, Rob ; Bondt, Nico ; Rijk, Piet - \ 2019
    Wageningen : Wageningen Economic Research (Wageningen Economic Research rapport 2019-065) - ISBN 9789463950107 - 77
    Het Plattelandsontwikkelingsprogramma Nederland 2014-2020 (POP3) beoogt de innovatie en een duurzame modernisering van de agrarische sector te bevorderen. Versterking van biodiversiteit en vitaal platteland zijn andere belangrijke doelen. Het programma wordt zowel tijdens de looptijd als na afloop geëvalueerd. In 2019 dient Nederland aan de Europese Commissie te rapporteren over de voortgang van het POP3 over de periode 2014-2018. In dit rapport wordt inzicht gegeven in de voortgang in deze periode van vier maatregelen uit het cluster Concurrentiekracht: Kwaliteitsregeling Kalveren, Productieve fysieke investeringen, Jonge Landbouwersregeling en Verbetering verkaveling. Deze maatregelen beogen het POP3-doel versterken van de agrarische bedrijfsstructuur. In deze tussenevaluatie wordt inzicht gegeven in het bereik (in welke mate worden begrote budgetten en streefwaarden bereikt) en de mate van doeltreffendheid, waarin zowel ingegaan wordt op gerealiseerde als nog te verwachten effecten in komende jaren van de ingezette middelen. Ook wordt inzicht gegeven in de uitvoering en organisatie van de vier maatregelen, waarbij ook aanbevelingen worden gedaan voor aanpassing van de uitvoering.
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.