Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 1 - 20 / 30

    • help
    • print

      Print search results

    • export

      Export search results

    • alert
      We will mail you new results for this query: q=Nieuwkoop
    Check title to add to marked list
    Protein Oxidation and in Vitro Gastric Digestion of Processed Soy-Based Matrices
    Duque-Estrada, Patrícia ; Berton-Carabin, Claire C. ; Nieuwkoop, Matthijs ; Dekkers, Birgit L. ; Janssen, Anja E.M. ; Goot, Atze Jan Van Der - \ 2019
    Journal of Agricultural and Food Chemistry 64 (2019)34. - ISSN 0021-8561 - p. 9591 - 9600.
    gastric digestion - meat analogues - processing - protein oxidation - soy proteins

    Process conditions that are applied to make structured soy-protein-based food commonly include high temperatures. Those conditions can induce protein oxidation, leading to a decrease in their susceptibility to proteolysis by digestive enzymes. We aimed to investigate the effects of thermomechanical processing on oxidation and in vitro gastric digestion of commercial soy protein ingredients. Samples were sheared at 100 to 140 °C and characterized for acid uptake, carbonyl content, electrophoresis, and surface hydrophobicity. The enzymatic hydrolysis was determined in simulated gastric conditions. Protein ingredients were already oxidized and showed higher surface hydrophobicity and hydrolysis rate compared with those of the processed matrices. However, no clear correlation between the level of carbonyls and the hydrolysis rate was found. Therefore, we conclude that gastric digestion is mostly driven by the matrix structure and composition and the available contact area between the substrate and proteolytic enzymes.

    Improved protein production and codon optimization analyses in Escherichia coli by bicistronic design
    Nieuwkoop, Thijs ; Claassens, Nico J. ; Oost, John van der - \ 2019
    Microbial Biotechnology 12 (2019)1. - ISSN 1751-7907 - p. 173 - 179.

    Different codon optimization algorithms are available that aim at improving protein production by optimizing translation elongation. In these algorithms, it is generally not considered how the altered protein coding sequence will affect the secondary structure of the corresponding RNA transcript, particularly not the effect on the 5′-UTR structure and related ribosome binding site availability. This is a serious drawback, because the influence of codon usage on mRNA secondary structures, especially near the start of a gene, may strongly influence translation initiation. In this study, we aim to reduce the effect of codon usage on translation initiation by applying a bicistronic design (BCD) element. Protein production of several codon-optimized gene variants is tested in parallel for a BCD and a standard monocistronic design (MCD). We demonstrate that these distinct architectures can drastically change the relative performance of different codon optimization algorithms. We conclude that a BCD is indispensable in future studies that aim to reveal the impact of codon optimization and codon usage correlations. Furthermore, irrespective of the algorithm used, using a BCD does improve protein production compared with an MCD. The overall highest expression from BCDs for both GFP and RFP is at least twofold higher than the highest levels found for the MCDs, while for codon variants having very low expression from the MCD, even 10-fold to 100-fold increases in expression were achieved by the BCD. This shows the great potential of the BCD element for recombinant protein production.

    A multi-tiered, in vivo, quantitative assay suite for environmental disruptors of thyroid hormone signaling
    Mengeling, Brenda J. ; Wei, Yuzhu ; Dobrawa, Lucia N. ; Streekstra, Mischa ; Louisse, Jochem ; Singh, Vikrant ; Singh, Latika ; Lein, Pamela J. ; Wulff, Heike ; Murk, Tinka ; Furlow, J.D. - \ 2017
    Aquatic Toxicology 190 (2017). - ISSN 0166-445X - p. 1 - 10.
    Amphibian metamorphosis - Endocrine disruption - Flame retardants - Thyroid hormone - Xenopus laevis
    The essential role of thyroid hormone (TH) signaling in mammalian development warrants the examination of man-made chemicals for its disruption. Among vertebrate species, the molecular components of TH signaling are highly conserved, including the thyroid hormone receptors (TRs), their heterodimer binding partners the retinoid-X receptors (RXRs), and their DNA recognition sequences (TREs). This molecular conservation allows examination of potential TH disruption in the tractable, in vivo model system of amphibian metamorphosis. Metamorphosis requires TH signaling for both instigation and progression, and it provides dramatic and well-characterized phenotypes involving different cell fates. Here we describe a quantitative, precocious-metamorphosis assay suite we developed using one-week post-fertilization (PF) Xenopus laevis tadpoles in order to assess disruption of TH signaling. Tadpoles at this developmental stage (Nieuwkoop-Faber (NF)-48) are competent to respond to TH hormone, although not yet producing TH, along many metamorphic pathways, and they are uniform in size. This allowed us to quantify changes in morphology associated with natural metamorphosis (e.g. gill and tail resorption, brain expansion, and craniofacial remodeling) after five days of treatment. Using the same tadpoles from morphological measurements, we quantified a 20-fold increase in TH-induced cellular proliferation in the rostral head region by whole-mount immunocytochemistry. At the molecular level, we used F3-generation tadpoles from a transgenic X. laevis line, which expresses luciferase under the control of a native TRE, to assess the ability of compounds to disrupt TR function. The luciferase reporter showed over 10-fold activation by physiologic concentrations of TH. We used the synthetic TR antagonist NH-3 to demonstrate the feasibility of our assay suite to measure inhibition of TH activity at the level of the receptor. Finally, we assessed the capabilities of suspected TH-disrupting chemicals tetrabrominated diphenyl ether 47 (BDE-47) and tetrabromobisphenol A (TBBPA). We found that BDE-47 displays general toxicity rather than TH disruption, as it did not increase brain width nor affect the TRE-luciferase reporter. However, TBBPA, a suspected TR antagonist, although not effective in antagonizing cell proliferation, significantly inhibited the TRE-luciferase reporter, suggesting that it bears closer scrutiny as a TH disruptor. Overall the assay suite has important advantages over the classical tadpole metamorphosis assays with respect to the uniformity of animal size, small test volume, reproducibility, and short test period. The assays are performed before endogenous TH production and free feeding start, which further reduces complexity and variability.
    Otter was beresterk mannetje
    Jansman, Hugh - \ 2014
    De op 12 februari op de A12 bij Gouda doodgereden otter lijkt in Nieuwkoop gebivakkeerd te hebben. Dat zegt Hugh Jansman van het Animal Ecology Team van de onderzoeksgroep Alterra in Wageningen, waar het stofferlijk overschot van het dier werd ontleed en onderzocht. De onfortuinlijke otter blijkt een volwassen mannetje van anderhalf jaar oud.
    Ephemerum cohaerens and E. rutheanum: persistent annual bryophytes in the Dutch Rine floodplain
    Bijlsma, R.J. ; Nieuwkoop, J.A.W. ; Siebel, H.N. - \ 2012
    Lindbergia 35 (2012). - ISSN 0105-0761 - p. 63 - 75.
    Klimaateffecten op de Natura 2000 moerascorridor, Quick Scan in het Groene Hart
    Verhoeven, S. ; Paulissen, M.P.C.P. ; Ouboter, M. ; Wielen, S. van der; Wegman, R.M.A. ; Masselink, L. ; Goosen, H. - \ 2011
    nederland : Provincie Zuid-Holland - 44
    natuurgebieden - natura 2000 - eutrofiëring - verdroging - verzilting - klimaatverandering - ecologische hoofdstructuur - moerassen - hydrologie - groene hart - utrecht - zuid-holland - natural areas - eutrophication - desiccation - salinization - climatic change - ecological network - marshes - hydrology
    Dit onderzoek is uitgevoerd om antwoord te vinden op de volgende vraag: Welke gevolgen heeft klimaatverandering op eutrofiëring, verdroging en verzilting in acht Natura 2000 gebieden in het Groene Hart? De hydrologische gegevens zijn ontleend aan de acht gebieden: Naardermeer, Botshol, Oostelijke Binnenpolder van Tienhoven, Molenpolder, Groot Wilnis Vinkeveen, Nieuwkoop en Noorden, Oukoop en Krimpenerwaard
    Meerjarenprogramma Ontsnippering en de Natte As; quick-scan ontsnipperende maatregelen in robuuste verbindingen
    Grift, E.A. van der; Vos, C.C. ; Koolstra, B.J.H. ; Kuipers, H. - \ 2006
    Wageningen : Alterra (Alterra-rapport 1309) - 101
    infrastructuur - nederland - ecologische hoofdstructuur - wildpassages - west-nederland - noord-nederland - habitatfragmentatie - infrastructure - netherlands - ecological network - wildlife passages - west netherlands - north netherlands - habitat fragmentation
    Verkenning in het kader van het meerjarenprogramma ontsnippering MJPO naar mogelijkheden voor ecologische verbindingen op plaatsen waar deze rijksinfrastructuur kruisen (zowel verkeers-, spoor- als vaarwegen). Het betreft twee natte ecologische assen. 1. West-Nederland: vanaf Hardinxveld via laagveenplassen Reeuwijk, Nieuwkoop, Vinkenveen, Ankeveen naar IJmeer (de Centrale Poort) Daarna afbuigend naar de duinen van Noord-Holland (Kust tot kust-tak). 2. Noord-Nederland. Globaal vanaf Dollard ? Eems via Midden Groningen, Leekstermeer, Oude Venen naar Noordwest-Overijssel. Deze kent vier aftakkingen. In totaal zijn er 21 knelpunten in de natte as
    Landelijk gebied De Venen; Een verkenning van bewonerswensen
    Borgstein, M.H. ; Hofsink, H.C. - \ 2003
    Den Haag : LEI (Rapport / LEI : Domein 7, Gamma, instituties, mens en beleving ) - ISBN 9789052428574 - 46
    agrarische economie - platteland - landschap - perceptie - onderhoud - boeren - bedrijven - opinies - nederland - utrecht - veenweiden - agricultural economics - rural areas - landscape - perception - maintenance - farmers - businesses - opinions - netherlands - utrecht - peat grasslands
    In opdracht van het Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit heeft het LEI onderzoek gedaan naar de wensen ten aanzien van het landelijk gebied onder de inwoners van Mijdrecht, Nieuwkoop en Kockengen. Het doel was erachter te komen hoe de inwo-ners tegen het gebied aankijken: wat vindt men de sterke kanten van het gebied en wat voor mogelijkheden zijn er voor verbetering. Daarnaast is ook gekeken naar het onderhoud en instandhouding van het gebied en hoe bewoners daaraan een bijdrage kunnen leveren.
    Inventarisatie concurrentiekracht hardfruit van zeven landen buiten de EU
    Groot, M.J. de; Jahae, I.A.M.A. ; Nieuwkoop, P. van - \ 2000
    Randwijk : Fruitpraktijkonderzoek (FPO) (FPO rapport 2000/02) - 94
    fruit - marktconcurrentie - market competition
    Toekomst in eigen hand : businessplan voor de houtig kleinfruitsector
    Nieuwkoop, P. van; Berg, W. van den; Lith, M. van - \ 2000
    Den Haag : LEI - ISBN 9789052426068 - 67
    vruchtbomen - agrarische bedrijfsvoering - marketing - bedrijven - fruit trees - farm management - businesses
    Elektriciteitsverbruik op glastuinbouwbedrijven
    Nieuwkoop, P. van; Velden, N.J.A. van der; Verhaegh, A.P. - \ 1998
    Den Haag : LEI (Mededeling / LEI-DLO 624) - ISBN 9789052424613 - 41
    tuinbouw - kassen - energiegebruik - energiebeleid - nederland - glastuinbouw - horticulture - greenhouses - energy consumption - energy policy - netherlands - greenhouse horticulture
    Het aandeel van het elektriciteitsverbruik in de totale energiebehoefte van de glastuinbouw is beperkt maar neemt jaarlijks toe. Op glastuinbouwbedrijven blijkt een grote diversiteit in het verbruik van elektriciteit. Een klein aantal bedrijven (10%) neemt het grootste deel van het elektriciteitsverbruik voor zijn rekening (66%). Het hoogste elektriciteitsverbruik valt waar te nemen op bloemenbedrijven, gevolgd door potplanten- en groentebedrijven. De verschillen worden voor het grootste deel bepaald door de mate waarin assimilatiebelichting wordt toegepast en door de hoogte van de brandstofintensiteit. De groei in het verbruik is veroorzaakt door een toenemend areaal met assimilatiebelichting.
    Takverkenning fruitteelt
    Nieuwkoop, P. van; Groot, M.J. ; Jahae, I.A.M.A. - \ 1998
    Den Haag : LEI-DLO (Mededeling / Landbouw-Economisch Instituut (LEI-DLO) 614) - ISBN 9789052424484 - 55
    fruitteelt - agrarische bedrijfsvoering - markten - marketing - marktconcurrentie - aanbodsevenwicht - agrarische economie - nederland - milieuwetenschappen - toekomst - fruit growing - farm management - markets - market competition - supply balance - agricultural economics - netherlands - environmental sciences - future
    Door het Ministerie van Landbouw, Natuurbeheer en Visserij is aan LEI-DLO gevraagd een visie op te stellen van de te verwachten ontwikkelingen in de fruitsector tot 2010. De verkenning vormt de basis voor het door het ministerie te formuleren overheidsbeleid dat gericht is op de ontwikkelingen in de fruitteelt. Deze verkenning start met een beschrijving van de ontwikkelingen in de periode 1985-1997. Aansluitend komen de te verwachten ontwikkelingen aan bod, gegroepeerd naar de centrale thema's markt en keten, milieu en bedrijfsstructuur. Per onderwerp wordt een toekomstbeeld gegeven en zijn de drijvende krachten die deze ontwikkelingsrichting beïnvloeden, aangegeven. Op grond van deze toekomstbeelden wordt een visie gegeven op hoe de primaire fruitsector er in 2010 uitziet.
    Kansen systematische en geintegreerde zorg in de land- en tuinbouw
    Zwaan, A.G. van der; Alleblas, J.T.W. ; Nieuwkoop, P. van - \ 1997
    Den Haag : LEI-DLO (Mededeling / Landbouw-Economisch Instituut (LEI-DLO), Afdeling Tuinbouw 583) - ISBN 9789052423869 - 51
    agrarische bedrijfsvoering - kwaliteitscontroles - productiecontroles - bedrijfsvoering - methodologie - onderzoek - nederland - farm management - quality controls - production controls - management - methodology - research - netherlands
    The transformation of potential into actual acid sulphate soils studied in column experiments
    Ritsema, C.J. ; Groenenberg, J.E. ; Bisdom, E.B.A. - \ 1992
    Geoderma 55 (1992)3/4. - ISSN 0016-7061 - p. 259 - 271.
    zure gronden - kattekleigronden - acid soils - acid sulfate soils
    The transformation of potential into actual acid sulphate soils was studied in a 450 day column experiment to determine the rate and extent of pyrite oxidation and accompanying buffering processes. One potential acid sulphate soil was derived from the lower section of a Typic Sulfaquept (Soil Survey Staff, 1987) or Thionic Fluvisol (FAO, 1988) near the village of Nieuwkoop, the Netherlands, and the other from beneath the acidified upper part of a Typic Sulfaquent (Soil Survey Staff, 1987) or Thionic Fluvisol (FAO, 1988) of the Pulau Petak region in South Kalimantan, Indonesia.

    Drainage of both the potential acid sulphate soils caused a strong acceleration in pyrite oxidation, i.e. approximately 10 g FeS2 per kg soil in the Dutch soil and more than 20 g in the Indonesian soil. In both columns, iron, released by the oxidation of pyrite, is immobilized instantaneously due to the precipitation of jarosite and/or iron hydroxides.

    The presence of carbonates prevented acidification of the soil solution upon pyrite oxidation in the Dutch soil, whereas severe acidification of the soil solution occurred in the Indonesian soil. The cationic composition of the adsorption complex is seriously affected in layers where pyrite oxidation occurred; main exchange reactions are Al3+ against Ca2+ and Mg2+ for the drained Dutch and drained Indonesian soils, respectively.

    The experimentally obtained actual acid sulphate soils show a high similarity with the actual acid sulphate soils found in the regions under consideration.
    Informal savings and credit arrangements in Malaysia.
    Nieuwkoop, M. van - \ 1986
    Unknown Publisher - 60 p.
    Onderzoek naar de kwantitatieve opbrengsten van irissen : teeltjaar 1968 - 1969
    Nieuwkoop, J. van; Dreef, Jos ; Ruiter, J. - \ 1970
    Den Haag : Landbouw-Economisch Instituut (Overzicht / Landbouw-Economisch Instituut 478) - 29
    Onderzoek naar de kwantitatieve opbrengsten van krokusknollen in diverse teeltgebieden : teeltjaar 1968 - 1969
    Nieuwkoop, J. van; Dreef, J. ; Larsen, J.F.R. ; Ruiter, J. - \ 1970
    Den Haag : Landbouw-Economisch Instituut (Overzicht / Landbouw-Economisch Instituut 479) - 19
    Onderzoek naar de kwantitatieve opbrengsten van gladiolen in oostelijk Noord-Brabant en Noord-Limburg : teeltjaar 1969
    Nieuwkoop, J. ; Opsteeg, L.M. ; Boots, J.J.G. - \ 1970
    Den Haag : Landbouw-Economisch Instituut (Overzicht / Landbouw-Economisch Instituut 495) - 37
    Onderzoek naar de kwantitatieve opbrengsten van gladiolen in Zuid-west Nederland : teeltjaar 1969
    Nieuwkoop, J. - \ 1970
    Den Haag : Landbouw-Economisch Instituut (Overzicht / Landbouw-Economisch Instituut 496) - 76
    Onderzoek naar de kwantitatieve opbrengsten van krokusknollen in diverse teeltgebieden : teeltjaar 1967-1968
    Nieuwkoop, J. van; Dreef, J. ; Larsen, J.F.R. - \ 1969
    Den Haag : Landbouw-Economisch Instituut (Overzicht / Landbouw-Economisch Instituut 426) - 19
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.