Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 1 - 20 / 1748

    • help
    • print

      Print search results

    • export
      A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
    Check title to add to marked list
    Farm dust resistomes and bacterial microbiomes in European poultry and pig farms
    Luiken, Roosmarijn E.C. ; Gompel, Liese Van; Bossers, Alex ; Munk, Patrick ; Joosten, Philip ; Hansen, Rasmus Borup ; Knudsen, Berith E. ; García-Cobos, Silvia ; Dewulf, Jeroen ; Aarestrup, Frank M. ; Wagenaar, Jaap A. ; Smit, Lidwien A.M. ; Mevius, Dik J. ; Heederik, Dick J.J. ; Schmitt, Heike - \ 2020
    Environment International 143 (2020). - ISSN 0160-4120
    Air - Farm - Metagenomics - Microbiome - One health - Resistome

    Background: Livestock farms are a reservoir of antimicrobial resistant bacteria from feces. Airborne dust-bound bacteria can spread across the barn and to the outdoor environment. Therefore, exposure to farm dust may be of concern for animals, farmers and neighboring residents. Although dust is a potential route of transmission, little is known about the resistome and bacterial microbiome of farm dust. Objectives: We describe the resistome and bacterial microbiome of pig and poultry farm dust and their relation with animal feces resistomes and bacterial microbiomes, and on-farm antimicrobial usage (AMU). In addition, the relation between dust and farmers’ stool resistomes was explored. Methods: In the EFFORT-study, resistomes and bacterial microbiomes of indoor farm dust collected on Electrostatic Dust fall Collectors (EDCs), and animal feces of 35 conventional broiler and 44 farrow-to-finish pig farms from nine European countries were determined by shotgun metagenomic analysis. The analysis also included 79 stool samples from farmers working or living at 12 broiler and 19 pig farms and 46 human controls. Relative abundance of and variation in resistome and bacterial composition of farm dust was described and compared to animal feces and farmers’ stool. Results: The farm dust resistome contained a large variety of antimicrobial resistance genes (ARGs); more than the animal fecal resistome. For both poultry and pigs, composition of dust resistomes finds (partly) its origin in animal feces as dust resistomes correlated significantly with fecal resistomes. The dust bacterial microbiome also correlated significantly with the dust resistome composition. A positive association between AMU in animals on the farm and the total abundance of the dust resistome was found. Occupational exposure to pig farm dust or animal feces may contribute to farmers’ resistomes, however no major shifts in farmers resistome towards feces or dust resistomes were found in this study. Conclusion: Poultry and pig farm dust resistomes are rich and abundant and associated with the fecal resistome of the animals and the dust bacterial microbiome.

    Aromatic Potential of Diverse Non-Conventional Yeast Species for Winemaking and Brewing
    Gamero, Amparo ; Dijkstra, Annereinou ; Smit, Bart ; Jong, Catrienus de - \ 2020
    Fermentation 6 (2020)2. - ISSN 2311-5637
    Traditionally, Saccharomyces species are those used to conduct industrial alcoholic fermentations. Recently, an increasing interest has arisen with respect to the potential of so-called non-conventional yeasts to improve wine and beer aroma profiles, keeping the particular terroir of each region or for the development of craft beers. In this study, the potential of diverse non-conventional yeasts to improve aroma in winemaking and brewing was investigated, testing several pure and mixed culture combinations. In addition, a comparison between microscale and labscale was carried out in order to assess the value of microwine and microbeer as screening tools. The results indicated that non-Saccharomyces yeasts were good candidates to enhance or diversify aroma profiles in alcoholic beverages, especially regarding acetate ester yield and fruity aromas. However, mixed cultures with Saccharomyces spp. are normally required to achieve a successful fermentation. The adjustment of pithing ratios is crucial for this purpose. Microscale is presented as an effective and efficient screening tool to compare different culture combinations, although scaling-up will always be necessary in order to get results closer to real winemaking or brewing processes
    Clinical and Pathological Findings in SARS-CoV-2 Disease Outbreaks in Farmed Mink (Neovison vison)
    Molenaar, Robert Jan ; Vreman, Sandra ; Hakze-van der Honing, Renate W. ; Zwart, Rob ; Rond, Jan de; Weesendorp, Eefke ; Smit, Lidwien A.M. ; Koopmans, Marion ; Bouwstra, Ruth ; Stegeman, Arjan ; Poel, Wim H.M. van der - \ 2020
    Veterinary Pathology (2020). - ISSN 0300-9858
    COVID-19 - mink - pneumonia - respiratory disease - severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 - zoonoses

    SARS-CoV-2, the causative agent of COVID-19, caused respiratory disease outbreaks with increased mortality in 4 mink farms in the Netherlands. The most striking postmortem finding was an acute interstitial pneumonia, which was found in nearly all examined mink that died at the peak of the outbreaks. Acute alveolar damage was a consistent histopathological finding in mink that died with pneumonia. SARS-CoV-2 infections were confirmed by detection of viral RNA in throat swabs and by immunohistochemical detection of viral antigen in nasal conchae, trachea, and lung. Clinically, the outbreaks lasted for about 4 weeks but some animals were still polymerase chain reaction–positive for SARS-CoV-2 in throat swabs after clinical signs had disappeared. This is the first report of the clinical and pathological characteristics of SARS-CoV-2 outbreaks in mink farms.

    Description and determinants of the faecal resistome and microbiome of farmers and slaughterhouse workers : A metagenome-wide cross-sectional study
    Gompel, Liese Van; Luiken, Roosmarijn E.C. ; Hansen, Rasmus B. ; Munk, Patrick ; Bouwknegt, Martijn ; Heres, Lourens ; Greve, Gerdit D. ; Scherpenisse, Peter ; Jongerius-Gortemaker, Betty G.M. ; Tersteeg-Zijderveld, Monique H.G. ; García-Cobos, Silvia ; Dohmen, Wietske ; Dorado-García, Alejandro ; Wagenaar, Jaap A. ; Urlings, Bert A.P. ; Aarestrup, Frank M. ; Mevius, Dik J. ; Heederik, Dick J.J. ; Schmitt, Heike ; Bossers, Alex ; Smit, Lidwien A.M. - \ 2020
    Environment International 143 (2020). - ISSN 0160-4120
    Antimicrobial resistance - Farmers - Microbiome - Occupational exposure - Resistome - Slaughterhouse workers

    Background: By studying the entire human faecal resistome and associated microbiome, the diversity and abundance of faecal antimicrobial resistance genes (ARGs) can be comprehensively characterized. Prior culture-based studies have shown associations between occupational exposure to livestock and carriage of specific antimicrobial resistant bacteria. Using shotgun metagenomics, the present study investigated 194 faecal resistomes and bacteriomes from humans occupationally exposed to ARGs in livestock (i.e. pig and poultry farmers, employees and family members and pig slaughterhouse workers) and a control population (Lifelines cohort) in the Netherlands. In addition, we sought to identify determinants for the human resistome and bacteriome composition by applying a combination of multivariate (NMDS, PERMANOVA, SIMPER and DESeq2 analysis) and multivariable regression analysis techniques. Results: Pig slaughterhouse workers and pig farmers carried higher total ARG abundances in their stools compared to broiler farmers and control subjects. Tetracycline, β-lactam and macrolide resistance gene clusters dominated the resistome of all studied groups. No significant resistome alpha diversity differences were found among the four populations. However, the resistome beta diversity showed a separation of the mean resistome composition of pig and pork exposed workers from broiler farmers and controls, independent of their antimicrobial use. We demonstrated differences in resistome composition between slaughter line positions, pig versus poultry exposed workers, as well as differences between farmers and employees versus family members. In addition, we found a significant correlation between the bacteriome and resistome, and significant differences in the bacteriome composition between and within the studied subpopulations. Finally, an in-depth analysis of pig and poultry farms – of which also farm livestock resistomes were analysed – showed positive associations between the number of on-farm working hours and human faecal AMR loads. Conclusion: We found that the total normalized faecal ARG carriage was larger in persons working in the Dutch pork production chain compared to poultry farmers and controls. Additionally, we showed significant differences in resistome and bacteriome composition of pig and pork exposed workers compared to a control group, as well as within-population (farms, slaughterhouse) compositional differences. The number of on-farm working hours and the farm type (pig or broiler) that persons live or work on are determinants for the human faecal resistome. Overall, our results may suggest direct or indirect livestock contact as a determinant for human ARG carriage. Future studies should further focus on the connection between the human and livestock resistome (i.e. transmission routes) to substantiate the evidence for livestock-associated resistome acquisition.

    Natuur Impuls Oosterschelde : Toepassingsmogelijkheden van slibrijk sediment voor natuurbouw
    Ysebaert, Tom ; Walles, Brenda ; Werf, Jebbe van der; Vet, Lodewijk de; Hansen, Jill ; Duren, Luca van; Smit, Jaco de; Bouma, Tjeerd ; Stronkhorst, Joost - \ 2020
    Yerseke : Wageningen Marine Research (Wageningen Marine Research report C038/20) - 137
    Ook planten worden ziek
    Gommers, Charlotte - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 8 - 11.
    We zijn veel met onze eigen gezondheid bezig, zeker als we geïnfecteerd raken met een virus of anderszins door een ziekte worden overvallen. Maar ook de gezondheid van planten moeten we goed bewaken, want akkergewassen, bomen en sierplanten worden continu belaagd door ziekteverwekkers en insecten. Soms zijn die belagers er jarenlang niet, om dan opeens weer toe te slaan. Waar komen ze vandaan, wat is hun impact en hoe worden ze geïdentificeerd door de plantendokters van nu?
    Uitgelicht: Dubbele dreiging
    Willemen, Doriet - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 12 - 12.
    Ziekteverwekkers en hun trukendozen
    Govers, F. ; Termorshuizen, A.J. ; Pieterse, Corné - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 14 - 17.
    Voorkómen is beter
    Rossing, W.A.H. - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 35 - 37.
    Preventie is het codewoord in de plantgezondheid: hoe kunnen we ziektes vóór zijn, hoe kunnen we voorkomen dat het gewas wordt belaagd? Aanpassing van de omgeving van de plant is één manier: zorgen dat de barrières om bij de plant te komen, hoog zijn. Ook ín de plant kunnen we barricades opwerpen, door resistente planten te selecteren en te veredelen. Verder kunnen we met voorbehandeling van het zaad de plant een goede start geven en wapenen tegen indringers. En dan hebben we tegenwoordig ook nog apps die alarm slaan zodra de omstandigheden bevorderlijk zijn voor ziekteverwekkers.
    Uitgelicht: hongersnood en volksverhuizing
    Willemen, Doriet - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 30 - 30.
    Uitgelicht: vampierplanten
    Willemen, Doriet - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 84 - 84.
    Uitgelicht: echt of vals?
    Willemen, Doriet - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 38 - 38.
    Blik op de toekomst : Preciesielandbouw
    Polder, G. ; Zedde, H.J. van de; Franke, G.J. - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 82 - 85.
    Wetenschappers zoeken nieuwe manieren om de plantgezondheid in de toekomst te waarborgen. Genetici kunnen de plant steeds subtieler bewapenen door kleine wijzigingen in het erfelijk materiaal aan te brengen. Andere wetenschappers onderzoeken hoe de micro-organismen in de bodem de plant te hulp kunnen schieten. Ook zijn er geautomatiseerde systemen in ontwikkeling die de plantenbelagers in een vroeg stadium detecteren en bestrijden. Waarschijnlijk blijft er voldoende perspectief voor de boeren. Zeker als de overheid ervoor zorgt dat zij een betere prijs voor hun producten krijgen.
    Wat als de ziekte toeslaat? : Biologische bestrijding: benut wat de natuur biedt
    Messelink, G.J. ; Köhl, J. - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 52 - 55.
    Als alles gericht is op preventie, waarom zijn er dan nog steeds plantenziekten? Helaas is resistentie tegen lang niet alle plantenbelagers beschikbaar. En soms kan een plantenbelager dankzij genetische mutatie de resistentie omzeilen. Wat dan resteert is een directe vorm van bestrijding, biologisch dan wel chemisch. De discussie of we zonder chemische bestrijding kunnen, wordt momenteel volop gevoerd; de overheid wil er in ieder geval binnen tien jaar afscheid van nemen. De suikerbiet kunnen we dan kwijtraken, gezien de grote druk van allerlei ziekten en plagen. Aardappelteelt blijft wel mogelijk, maar de opbrengsten zullen sterk achteruitgaan. Biologische bestrijding zou een alternatief kunnen zijn, maar zijn er wel voldoende goedwerkende ‘groene middelen’ beschikbaar?
    Uitgelicht: plantenziekten: soms mooi en nuttig
    Willemen, Doriet - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 44 - 44.
    Vermindert plantendiversiteit de kans op ziektes?
    Mommer, L. - \ 2020
    In: Cahier Biowetenschappen & Maatschappij / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 32 - 33.
    Wat als de ziekte toeslaat? : Een 'vaccin' voor de iep
    Postma, J. - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier Biowetenschappen & Maatschappij 2) - ISBN 9789073196988 - p. 56 - 57.
    Als alles gericht is op preventie, waarom zijn er dan nog steeds plantenziekten? Helaas is resistentie tegen lang niet alle plantenbelagers beschikbaar. En soms kan een plantenbelager dankzij genetische mutatie de resistentie omzeilen. Wat dan resteert is een directe vorm van bestrijding, biologisch dan wel chemisch. De discussie of we zonder chemische bestrijding kunnen, wordt momenteel volop gevoerd; de overheid wil er in ieder geval binnen tien jaar afscheid van nemen. De suikerbiet kunnen we dan kwijtraken, gezien de grote druk van allerlei ziekten en plagen. Aardappelteelt blijft wel mogelijk, maar de opbrengsten zullen sterk achteruitgaan. Biologische bestrijding zou een alternatief kunnen zijn, maar zijn er wel voldoende goedwerkende ‘groene middelen’ beschikbaar?
    Plantgezondheid : Hoe voorkomen we dat planten ziek worden?
    Govers, F. ; Pieterse, Corné ; Termorshuizen, Aad ; Smit, Astrid - \ 2020
    Den Haag : Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (BWM) (Cahier 2) - ISBN 9789073196988 - 100 p.
    Beter bewaren
    Gabriëls, S.H.E.J. ; Woltering, E.J. - \ 2020
    In: Plantgezondheid / Govers, F., Pieterse, C., Termorshuizen, A., Smit, A., Stichting Biowetenschappen en Maatschappij (Cahier Biowetenschappen en Maatschappij 2020/2) - ISBN 9789073196988 - p. 31 - 31.
    SARS-CoV-2 infection in farmed minks, the Netherlands, April and May 2020
    Oreshkova, Nadia ; Molenaar, Robert Jan ; Vreman, Sandra ; Harders, Frank ; Oude Munnink, Bas B. ; Hakze-van der Honing, Renate W. ; Gerhards, Nora ; Tolsma, Paulien ; Bouwstra, Ruth ; Sikkema, Reina S. ; Tacken, Mirriam G.J. ; Rooij, Myrna M.T. de; Weesendorp, Eefke ; Engelsma, Marc Y. ; Bruschke, Christianne J.M. ; Smit, Lidwien A.M. ; Koopmans, Marion ; Poel, Wim H.M. van der; Stegeman, Arjan - \ 2020
    Eurosurveillance 25 (2020)23. - ISSN 1025-496X
    interstitial pneumonia - mink - SARS-CoV-2 - transmission

    Respiratory disease and increased mortality occurred in minks on two farms in the Netherlands, with interstitial pneumonia and SARS-CoV-2 RNA in organ and swab samples. On both farms, at least one worker had coronavirus disease-associated symptoms before the outbreak. Variations in mink-derived viral genomes showed between-mink transmission and no infection link between the farms. Inhalable dust contained viral RNA, indicating possible exposure of workers. One worker is assumed to have attracted the virus from mink.

    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.