Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 1 - 20 / 552

    • help
    • print

      Print search results

    • export
      A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
    Check title to add to marked list
    Heritability estimates for 361 blood metabolites across 40 genome-wide association studies
    Hagenbeek, Fiona A. ; Pool, René ; Dongen, Jenny van; Draisma, H.M. ; Jan Hottenga, Jouke ; Willemsen, Gonneke ; Abdellaoui, Abdel ; Fedko, Iryna O. ; Braber, Anouk den; Visser, Pieter Jelle ; Geus, Eco J.C.N. de; Willems van Dijk, Ko ; Verhoeven, Aswin ; Suchiman, H.E. ; Beekman, Marian ; Slagboom, P.E. ; Duijn, Cornelia M. van; Barkey Wolf, J.J.H. ; Cats, D. ; Amin, N. ; Beulens, J.W. ; Bom, J.A. van der; Bomer, N. ; Demirkan, A. ; Hilten, J.A. van; Meessen, J.M.T.A. ; Moed, M.H. ; Fu, J. ; Onderwater, G.L.J. ; Rutters, F. ; So-Osman, C. ; Flier, W.M. van der; Heijden, A.A.W.A. van der; Spek, A. van der; Asselbergs, F.W. ; Boersma, E. ; Elders, P.M. ; Geleijnse, J.M. ; Ikram, M.A. ; Kloppenburg, M. ; Meulenbelt, I. ; Mooijaart, S.P. ; Nelissen, R.G.H.H. ; Netea, M.G. ; Penninx, B.W.J.H. ; Stehouwer, C.D.A. ; Teunissen, C.E. ; Terwindt, G.M. ; Jukema, J.W. ; Reinders, M.J.T. - \ 2020
    Nature Communications 11 (2020)1. - ISSN 2041-1723

    The original version of the Supplementary Information associated with this Article included an incorrect Supplementary Data 1 file, in which additional delimiters were included in the first column for a number of rows, resulting in column shifts for some of these rows. The HTML has been updated to include a corrected version of Supplementary Data 1; the original incorrect version of Supplementary Data 1 can be found as Supplementary Information associated with this Correction. In addition, the original version of this Article contained an error in the author affiliations. An affiliation of Abdel Abdellaoui with Department of Psychiatry, Amsterdam UMC, University of Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands was inadvertently omitted. This has now been corrected in both the PDF and HTML versions of the Article.

    Gereduceerde grondbewerking levert niet meer op
    Verhoeven, John - \ 2020
    Rapportage Grondig Boeren met Mais Drenthe: 2012-2019
    Wesselink, M. ; Specken, J. ; Schooten, H.A. ; Groten, J. ; Verhoeven, J.T.W. ; Visscher, I. - \ 2020
    Wageningen : Stichting Wageningen Research, Wageningen Plant Research, Business unit Open Teelten (Rapport / Stichting Wageningen Research, Wageningen Plant Research (WPR), Business unit Open Teelten WPR-834) - 66
    Kansrijke maatregelen per landbouwperceel voor schoner water
    Gerven, L.P.A. van; Jansen, Stefan ; Loon, Arnaut van; Lukács, S. ; Verhoeven, Frank ; Rotterdam, Debby van; Groenendijk, P. - \ 2020
    H2O : tijdschrift voor watervoorziening en afvalwaterbehandeling 53 (2020)2/3. - ISSN 0166-8439 - p. 68 - 69.
    ‘Maatregel op de Kaart’ biedt inzicht in kansrijke maatregelen op landbouwperceelsniveau om uitstoot van fosfor en stikstof naar het water te verminderen. De kaart moet zich nog in de praktijk bewijzen en wordt verder doorontwikkeld. Maar belanghebbenden geven aan dat de kaart nu al helpt bij het kiezen van de beste maatregelen voor schonere grond- en oppervlaktewater. Daarmee faciliteert ‘Maatregel op de Kaart’ onder meer agrariërs bij het nemen van de juiste maatregelen om de doelen van de Kaderrichtlijn Water te halen.
    Heritability estimates for 361 blood metabolites across 40 genome-wide association studies
    Hagenbeek, Fiona A. ; Pool, René ; Dongen, Jenny van; Draisma, Harmen H.M. ; Hottenga, Jouke Jan ; Willemsen, Gonneke ; Abdellaoui, Abdel ; Fedko, Iryna O. ; Braber, Anouk den; Visser, Pieter Jelle ; Geus, Eco J.C.N. de; Willems van Dijk, Ko ; Verhoeven, Aswin ; Suchiman, H.E. ; Beekman, Marian ; Slagboom, Eline P. ; Duijn, Cornelia M. van; Barkey Wolf, J.J.H. ; Cats, D. ; Amin, N. ; Beulens, J.W. ; Bom, J.A. van der; Bomer, N. ; Demirkan, A. ; Hilten, J.A. van; Meessen, J.M.T.A. ; Moed, M.H. ; Fu, J. ; Onderwater, G.L.J. ; Rutters, F. ; So-Osman, C. ; Flier, W.M. van der; Heijden, A.A.W.A. van der; Spek, A. van der; Asselbergs, F.W. ; Boersma, E. ; Elders, P.M. ; Geleijnse, J.M. ; Ikram, M.A. ; Kloppenburg, M. ; Meulenbelt, I. ; Mooijaart, S.P. ; Nelissen, R.G.H.H. ; Netea, M.G. ; Penninx, B.W.J.H. ; Stehouwer, C.D.A. ; Teunissen, C.E. ; Terwindt, G.M. ; Jukema, J.W. ; Reinders, M.J.T. - \ 2020
    Nature Communications 11 (2020)1. - ISSN 2041-1723

    Metabolomics examines the small molecules involved in cellular metabolism. Approximately 50% of total phenotypic differences in metabolite levels is due to genetic variance, but heritability estimates differ across metabolite classes. We perform a review of all genome-wide association and (exome-) sequencing studies published between November 2008 and October 2018, and identify >800 class-specific metabolite loci associated with metabolite levels. In a twin-family cohort (N = 5117), these metabolite loci are leveraged to simultaneously estimate total heritability (h2 total), and the proportion of heritability captured by known metabolite loci (h2 Metabolite-hits) for 309 lipids and 52 organic acids. Our study reveals significant differences in h2 Metabolite-hits among different classes of lipids and organic acids. Furthermore, phosphatidylcholines with a high degree of unsaturation have higher h2 Metabolite-hits estimates than phosphatidylcholines with low degrees of unsaturation. This study highlights the importance of common genetic variants for metabolite levels, and elucidates the genetic architecture of metabolite classes.

    Maatregel op de Kaart: Kansrijke landbouwmaatregelen per perceel voor schoner grond- en oppervlaktewater
    Gerven, L.P.A. van; Jansen, Stefan ; Loon, Arnaut van; Lukács, S. ; Verhoeven, Frank ; Rotterdam, Debby van; Groenendijk, P. - \ 2020
    H2O online (2020). - 6 p.
    De kwaliteit van het grond-en oppervlaktewater in Nederland is de afgelopen decennia weliswaar verbeterd, maar is op veel plekken nog niet op orde.De landbouwsector lanceerde daaromin 2017 een lijst met vrijwillige maatregelenom uitspoeling van meststoffen tegen te gaan. Om het nemen van maatregelen makkelijkerte maken is een kaart ontwikkeld die voor elk landbouwperceel in Nederland aangeeft welke vrijwillige maatregelen kansrijk zijn.Deze maatregelenkaart is voor iedereen beschikbaar en wordt in 2020 verder doorontwikkeld. De kaart biedt een basis om met verschillende partijen te werken aan een betere waterkwaliteit.
    Epigenetic contribution to phenotypic plasticity and biotic stress-induced memory in Populus nigra
    Peña Ponton, C.J. ; Verhoeven, Koen - \ 2019
    In long-lived sessile organisms such as trees, phenotypic plasticity is an important requirement for successful persistence in changing or variable environments. In this sense, epigenetic mechanisms have the potential to mediate long-term plastic responses to environmental change. Part of this adaptive plasticity occurs almost immediately after new stress exposure, through coordinated modulation of gene expression associated with the epigenetic machinery (DNA methylation, histone modifications and/or small RNA interference). More important, these epigenetic marks can be long-lasting and sometimes heritable without a change in the DNA sequence. Long-lasting mechanisms for environmental responses may be of particular relevance to long-lived species such as trees, however the specific epigenetic mechanisms of phenotypic plasticity are still far from completely understood. In this project, we will focus on a clonal tree species, Populus nigra Italica, which has been distributed via planted cuttings across Europe since the 18th century. The low genetic variation in a single and geographically widespread clonal lineage gives way to studying phenotypic plasticity being explained mostly by epigenetic related mechanisms. Moreover, many poplar plantations regularly suffer from severe infections by biotrophic rust fungi Melampsora larici-populina. However, until now, studies have focused only on the first infection cycle and posterior responses/interactions are still unknown. The main aims of the present research project are to (1) identify genomic regions
    associated with stress-induced epigenetic modifications and their functional consequences, (2) evaluate the temporal methylation stability of such loci, and (3) explore the interplay of epigenetic mechanisms involved in plant-pathogen interaction.
    Transforming and translating anxiety, anger and distrust: an exploration of politicians’ emotional governance of the gas-quakes controversy in the Netherlands
    Verhoeven, I. ; Metze, T.A.P. - \ 2019
    A metabolic profile of all-cause mortality risk identified in an observational study of 44,168 individuals
    Deelen, Joris ; Kettunen, Johannes ; Fischer, Krista ; Spek, Ashley van der; Trompet, Stella ; Kastenmüller, Gabi ; Boyd, Andy ; Zierer, Jonas ; Akker, Erik B. van den; Ala-Korpela, Mika ; Amin, Najaf ; Demirkan, Ayse ; Ghanbari, Mohsen ; Heemst, Diana van; Ikram, Arfan ; Klinken, Jan Bert van; Mooijaart, Simon P. ; Peters, Annette ; Salomaa, Veikko ; Sattar, Naveed ; Spector, Tim D. ; Tiemeier, Henning ; Verhoeven, Aswin ; Waldenberger, Melanie ; Würtz, Peter ; Davey Smith, George ; Metspalu, Andres ; Perola, Markus ; Menni, Cristina ; Geleijnse, Johanna M. ; Drenos, Fotios ; Beekman, Marian ; Jukema, Wouter ; Duijn, Cornelia M. van; Slagboom, Eline - \ 2019
    Nature Communications 10 (2019). - ISSN 2041-1723

    Predicting longer-term mortality risk requires collection of clinical data, which is often cumbersome. Therefore, we use a well-standardized metabolomics platform to identify metabolic predictors of long-term mortality in the circulation of 44,168 individuals (age at baseline 18–109), of whom 5512 died during follow-up. We apply a stepwise (forward-backward) procedure based on meta-analysis results and identify 14 circulating biomarkers independently associating with all-cause mortality. Overall, these associations are similar in men and women and across different age strata. We subsequently show that the prediction accuracy of 5- and 10-year mortality based on a model containing the identified biomarkers and sex (C-statistic = 0.837 and 0.830, respectively) is better than that of a model containing conventional risk factors for mortality (C-statistic = 0.772 and 0.790, respectively). The use of the identified metabolic profile as a predictor of mortality or surrogate endpoint in clinical studies needs further investigation.

    Praktijkgerichte innovaties voor duurzame ruwvoerproductie: Opbrengst optimalisatie gras en snijmais
    Verloop, Koos ; Stienezen, Marcia ; Bufe, Conny ; Verhoeven, John ; Wesselink, Marie ; Rombout, Sjoerd ; Tjoonk, L. ; Strijkveen, Emiel ; Steinbusch, Maurice ; Keurentjes, B. ; Schils, Rene ; Middelkoop, Jantine van - \ 2019
    Telers ervaren onderzaai als fiasco
    Verhoeven, John - \ 2019
    Enquête: opkomst onderzaai als matig tot slecht beoordeeld
    Verhoeven, John - \ 2019
    Promoveren op nematodenspeeksel
    Verhoeven, Ava - \ 2019
    Gewasbescherming 50 (2019)5. - ISSN 0166-6495 - p. 187 - 187.
    Eindrapportage Grondig Boeren met Mais Drenthe : 2012-2018
    Wesselink, M. ; Specken, J. ; Schooten, H.A. van; Groten, J. ; Verhoeven, J.T.W. - \ 2019
    Wageningen : Wageningen Plant Research,Business unit Open Teelten (Stichting Wageningen Research, Wageningen Plant Research, Business unit Open Teelten rapport WPR-809) - 85
    In de afgelopen decennia is de maisteelt in toenemende mate in verband gebracht met duurzaamheidsproblemen. Deze hebben te maken met verliezen van nutriënten door af- en uitspoeling, een dalend gehalte aan organische stof in de bodem, een achteruitgang van de biodiversiteit op akkers en de productie van boeikasgassen als lachgas. De opeenstapeling van negatieve aspecten heeft als gevolg dat de maisteelt een duidelijke stap moet zetten in de richting van verduurzaming. Sinds 2012 wordt er binnen Grondig Boeren met Mais gewerkt aan het verduurzamen van de maisteelt door extra aandacht voor beter bodembeheer met daarbij het streven naar gelijkblijvende opbrengsten. Dit gebeurt vanuit een systemendemonstratie, detaildemonstraties en demovelden bij satellietbedrijven. Kern in het project is de systemendemonstratie waarbij vijf verschillende manieren van telen in de jaren 2012 t/m 2018 zijn vergelijken. Hierbij is een gangbare manier van telen vergeleken met alternatieve strategieën. Eén van de alternatieve systemen is een object met aandacht voor extra organische stof. Daarnaast is er een object waarbij mineralen uit kringloop worden toegepast. In dit systeem wordt getracht de mineralen in de meest efficiënte vorm toe te passen. Een andere strategie is het twee teelten systeem waarbij eerst een snede gras geoogst wordt, gevolgd door een ultra vroeg maisras. Het vijfde alternatief dat is getoetst is het vruchtwisselingssysteem waarbij 2 jaar grasland word afgewisseld met 2 jaar snijmais. Uit de systemendemo blijkt na zeven jaar dat er alternatieve maisteeltsystemen zijn waarbij de opbrengst gelijk blijft of zelfs stijgt. De systemen organische stof, mineralen uit kringloop en vruchtwisseling hebben een positief effect op de opbrengst ten opzichte van het standaard systeem. Het organische stof en vruchtwisselingsysteem hebben daarnaast een zeer positieve organische stofbalans, ten opzichte van een ongeveer neutrale balans voor het standaard systeem. Het twee oogsten systeem presteert wisselend, de maisopbrengst blijft in de meeste jaren achter, en de grasopbrengst kan dit verschil vaak niet compenseren. Qua organische stof aanvoer is dit wel een interessant systeem. Door het telen van jaar op jaar mais op hetzelfde perceel krijgt de systemendemonstratie steeds meer te maken met ziekte. Ook onkruiden zijn een groter worden probleem, en dan met name de grasachtigen die niet meer met bodemherbiciden bestreden kunnen worden in de systemen waar het vanggewas wordt ondergezaaid. De detaildemo’s blijken een goed communicatiemiddel omdat deze duidelijk de effecten van verschillende gewasbeschermingsstrategieën laten zien op het vanggewas bijvoorbeeld. Ook wordt er gekeken naar de mogelijkheden van het mechanisch inwerken van vanggewassen. In samenwerking met de satellietbedrijven worden innovaties in de praktijk geïmplementeerd en gedeeld met collega maistelers.
    Groenbemester inwerken zonder verdichting
    Verhoeven, J.T.W. ; Rijk, Joost - \ 2019
    Concentrate on the cowsheds
    Vries, W. de; Melse, R.W. ; Groenestein, C.M. ; Aarnink, A.J.A. ; Verhoeven, Frank - \ 2019
    Onderzaai: vroegrijp ras of tegelijk zaaien, wat zijn de opties?
    Verhoeven, J.T.W. - \ 2019
    Onderzaai: vroegrijp ras of tegelijk zaaien, wat zijn de opties?
    Verhoeven, J.T.W. - \ 2019
    Lastig eerste jaar voor gelijkzaai en onderzaai
    Verhoeven, John - \ 2019
    The positively-selected effector MiL648 of Meloidogyne incognita contributes to nematode virulence through its interactions with the 12-oxophytodienoate reductase OPR2 in tomato
    Verhoeven, Ava ; Tacken, Wannes ; Wesselink, Thomas ; Finkers-Tomczak, A.M. ; Prins, J.C.P. ; Raaij, D.R. van; Varossieau, K. ; Overmars, H.A. ; Slootweg, E.J. ; Goverse, A. ; Smant, G. - \ 2019
    Check title to add to marked list
    << previous | next >>

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.