Staff Publications

Staff Publications

  • external user (warningwarning)
  • Log in as
  • language uk
  • About

    'Staff publications' is the digital repository of Wageningen University & Research

    'Staff publications' contains references to publications authored by Wageningen University staff from 1976 onward.

    Publications authored by the staff of the Research Institutes are available from 1995 onwards.

    Full text documents are added when available. The database is updated daily and currently holds about 240,000 items, of which 72,000 in open access.

    We have a manual that explains all the features 

    Records 21 - 40 / 276

    • help
    • print

      Print search results

    • export
      A maximum of 250 titles can be exported. Please, refine your queryYou can also select and export up to 30 titles via your marked list.
    Check title to add to marked list
    Kennis voor provincies : Vier modellen voor samenwerking in het Beleidsondersteunend Onderzoek in het natuurdomein
    Haas, W. de; Vullings, W. ; Boonstra, F.G. - \ 2014
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR - 18
    natuurbeleid - decentralisatie - provincies - wetenschappelijk onderzoek - besturingen - financieel beheer - nature conservation policy - decentralization - provinces - scientific research - controls - financial management
    Bij de decentralisatie van het natuurbeleid naar provincies is er niet voor gekozen de BO-gelden ten behoeve van onderzoek voor natuurbeleid mee te decentraliseren. Dus hoewel het natuurbeleid is overgedragen aan de provincies, blijft de financiering van het natuuronderzoek bij EZ. In het kader van de overdracht van het natuurbeleid, ligt het echter voor de hand dat provincies ook een rol krijgen in de aansturing van het beleidsondersteunend onderzoek op het terrein van natuur.
    Op zoek naar het duurzame landschap, hoe wetenschap en praktijk van elkaar leren
    Opdam, P.F.M. - \ 2014
    Wageningen : Alterra, Wageningen-UR - 44
    landschapsecologie - groene infrastructuur - ruimtelijke ordening - duurzame ontwikkeling - landschapsbeheer - wetenschappelijk onderzoek - netwerken - landschapsplanning - participatie - ecosysteemdiensten - governance - landscape ecology - green infrastructure - physical planning - sustainable development - landscape management - scientific research - networks - landscape planning - participation - ecosystem services - governance
    Binnen de wetenschap wordt vooruitgang vaak gestuurd door voort te bouwen op bestaande methoden. Dat betekent vaak innovatie met kleine stapjes binnen de eigen discipline. Een vraag uit de praktijk daarentegen daagt uit tot grote stappen en tot combineren van kennis uit allerlei wetenschappelijke disciplines. De auteur is vanuit zijn landschapsecologische basis op zoek gegaan naar raakpunten in de sociale wetenschappen, zoals de ruimtelijke planning en de bestuurskunde. Dit boekje is het verslag van die zoektocht, met verrassende ontdekkingen.
    For quality of life
    Corporate Communications, - \ 2014
    Wageningen : Wageningen UR, Corporate Communications - 88
    onderwijsinstellingen - onderzoeksinstituten - universiteiten - agrarisch onderwijs - wetenschappelijk onderzoek - toegepast onderzoek - educational institutions - research institutes - universities - agricultural education - scientific research - applied research
    Corporate brochure van Wageningen UR.
    Climate Observing Systems in The Netherlands – National Activities Contributing to GCOS
    Allaart, M. ; Knap, W. ; Meirink, J.F. ; Sterl, A. ; Verver, G. ; Vermeulen, A. ; Ansems, N. ; Steur, L. de; Swart, D. ; Heinen, P. ; Chen, H. ; Russchenberg, H. ; Dolman, H. ; Werf, G. van der; Herold, M. ; Mora, B. - \ 2014
    KNMI - 61
    klimaatverandering - wetenschappelijk onderzoek - nederland - climatic change - scientific research - netherlands
    Climate monitoring is a multidisciplinary and international activity. KNMI and partner institutes in the Netherlands contribute to climate monitoring and coordinate their actions based on a national implementation in accordance to the Implementation Plan of the WMO Global Climate Observing System (GCOS). Here we summarize the contribution of governmental institutes and universities in the Netherlands to climate monitoring activities.
    'Media-aandacht is cruciaal': Arnold van Vliet : wetenschapper voor het publiek
    Kleis, R. ; Vliet, A.J.H. van - \ 2014
    WageningenWorld (2014)4. - ISSN 2210-7908 - p. 34 - 39.
    fenologie - flora - fauna - natuurverschijnselen - monitoring - wetenschappelijk onderzoek - phenology - flora - fauna - natural phenomena - monitoring - scientific research
    Van Vliet ontdekte de kracht van citizen science al in zijn studententijd in Wageningen. ‘Voor een afstudeervak bij het IBN, nu Alterra, kwam ik in contact met de archieven van het Nederlands Fenologisch Waarnemingsnetwerk. Stapels ordners met waarnemingen van mensen sinds 1868. Bij analyse van die gegevens zie je dat er een heel duidelijk effect is van de temperatuur op wat er om je heen gebeurt. Fenologie blijkt een heel goede indicator voor veranderingen in de natuur als gevolg van veranderingen in weer en klimaat. Op basis van waarnemingen van vrijwilligers krijg je een goed beeld van hoe een jaar eruit ziet en hoe het zich verhoudt tot andere jaren.
    Nauwkeuriger dan het KNMI
    Kleis, R. ; Uijlenhoet, R. - \ 2014
    Resource: weekblad voor Wageningen UR 9 (2014)7. - ISSN 1874-3625 - p. 18 - 19.
    meteorologie - neerslag - meteorologische waarnemingen - wetenschappelijk onderzoek - meteorology - precipitation - meteorological observations - scientific research
    De zendmast op het dak van Biotechnion onderhoudt een straalverbinding met een mast op het dak van Forum, twee kilometer verderop op de campus. Om regen te meten. Toevalsonderzoek, noemt hoogleraar Hydrologie en kwantitatief waterbeheer Remko Uijlenhoet het hele project. Ontstaan en uitgebouwd door kennis uit toevallige ontmoetingen. Een collega vroeg of een bepaalde scintillometer (met bijbehorende frequentie) niet interessant was voor het meten van regen. Dat bleek een treffer.
    Kleinschalige innovaties voor de groenblauwe ruimte
    Bregt, A.K. ; Bouma, J. ; Wolfert, H.P. - \ 2014
    Landschap : tijdschrift voor landschapsecologie en milieukunde 31 (2014)3. - ISSN 0169-6300 - p. 109 - 115.
    wetenschappelijk onderzoek - innovaties - proefprojecten - platteland - natuurbeheer - bodembeheer - waterbeheer - scientific research - innovations - pilot projects - rural areas - nature management - soil management - water management
    Diverse kennisinstellingen in Nederland doen onderzoek naar de groenblauwe ruimte. De trend van de afgelopen decennia was dat onderzoeksvragen steeds meer extern bepaald werden, door financiers en beleid, en dat de onderzoeker vooral de rol van uitvoerder kreeg. Binnen het DLO onderzoeksprogramma "Duurzame ontwikkeling van de groenblauwe ruimte" is een experiment uitgevoerd, waarbij de onderzoekers zelf met innovatieve ideeën voor onderzoek konden komen. Wat zijn de ervaringen met deze manier van onderzoeksprogrammering en wat levert het op?
    The bioavailability of four zinc oxide sources and zinc sulphate in broiler chickens
    Veldkamp, T. ; Diepen, J.T.M. van; Bikker, P. - \ 2014
    Wageningen : Wageningen UR Livestock Research (Report / Wageningen UR Livestock Research 806) - 27
    vleeskuikens - biologische beschikbaarheid - zink - belgië - voedingsstoffenbehoeften - excretie - excreten - landbouw en milieu - pluimveevoeding - pluimveehouderij - wetenschappelijk onderzoek - broilers - bioavailability - zinc - belgium - nutrient requirements - excretion - excreta - agriculture and environment - poultry feeding - poultry farming - scientific research
    Zinc is an essential trace element for all farm animal species. It is commonly included in animal diets as zinc oxide, zinc sulphate or organically bound zinc. Umicore Zinc Chemicals developed zinc oxide products with different mean particle sizes. Umicore Zinc Chemicals requested Wageningen UR Livestock Research to determine the bioavailability of four zinc oxide sources and zinc sulphate in broiler chickens. A precise estimate of the bioavailability of zinc sources is required both for fulfilling the zinc requirements of the animal and to reduce zinc excretion in excreta and the environment.
    Luisteren we wel?
    Fresco, Louise - \ 2014
    scientific research - innovations - social issues - social interaction - community involvement - acceptability - society - communication
    80% van de patenten in de wacht
    Helvert, Paul van - \ 2014
    patents - intellectual property rights - scientific research - innovations - businesses - acquisition of ownership - opinions
    Vissers betrekken in onderzoek en beheer: in de toekomst 9 miljard monden te voeden (interview met Marloes Kraan en Floor Quirijns)
    Kraan, M.L. ; Quirijns, F.J. - \ 2014
    Visserijnieuws 34 (2014)14. - ISSN 1380-5061 - p. 4 - 4.
    visserij - vis - vissers - duurzaamheid (sustainability) - wetenschappelijk onderzoek - aquatische ecosystemen - visserijbeheer - ecosystemen - fisheries - fish - fishermen - sustainability - scientific research - aquatic ecosystems - fishery management - ecosystems
    Hoe betrekken we vissers bij onderzoek en beheer? Dat was het hoofdthema van de conferentie 'Fisheries Dependent information' vorige maand in Rome. Maar ook onderwerpen als de aanlandplicht en monitoring met camera's kwamen voorbij. Aanweizig op de conferentie was een flinke Nederlandse delegatie. Marloes Kraan en Floor Quirijns van IMARES Wageningen UR en Inger Wilms (CVO) doen kort verslag.
    Wageningen leads the way : Wageningen UR University in The Netherlands provides access to cutting edge greenhouse technology worldwide
    Brown-Paul, Chr. ; Bakker, J.C. - \ 2014
    Practical Hydroponics & Greenhouses (2014)147. - ISSN 1321-8727 - p. 14 - 19.
    landbouwkundig onderzoek - toegepast onderzoek - wetenschappelijk onderzoek - kennisoverdracht - glastuinbouw - australië - nederland - klimaatregeling - teeltsystemen - agricultural research - applied research - scientific research - knowledge transfer - greenhouse horticulture - australia - netherlands - air conditioning - cropping systems
    Wageningen UR Greenhouse Horticulture collaborate with research institutes in Australia on research in the field of greenhouse horticultural production. Interview with Dr. Sjaak Bakker of the Business Unit.
    Dosssier : Wolven
    Jansen, G.J. ; Groot Bruinderink, G.W.T.A. ; Jansman, H.A.H. - \ 2014
    Wageningen : Wageningen UR
    fauna - zoogdieren - migratie - lupus vulgaris - wildbeheer - wetenschappelijk onderzoek - oost-nederland - wolven - fauna - mammals - migration - lupus vulgaris - wildlife management - scientific research - east netherlands - wolves
    Overzicht van onderzoek naar de mogelijke komst van de wolf naar Nederland.
    Climate change: thirty years of history and future prospects: Pier Vellinga at TEDxEde
    Vellinga, P. - \ 2014
    Wageningen UR
    klimaatverandering - broeikasgassen - milieubeleid - wetenschappelijk onderzoek - climatic change - greenhouse gases - environmental policy - scientific research
    In the spirit of ideas worth spreading, TEDx is a program of local, self-organized events that bring people together to share a TED-like experience. At a TEDx event, TEDTalks video and live speakers combine to spark deep discussion and connection in a small group. These local, self-organized events are branded TEDx, where x = independently organized TED event. The TED Conference provides general guidance for the TEDx program, but individual TEDx events are self-organized.* (*Subject to certain rules and regulations)
    Lokschapen vangen teken in het bos
    Sikkema, A. ; Wieren, S.E. van - \ 2014
    Wageningen UR/Stichting voor Duurzame Ontwikkeling
    schapen - gastheer parasiet relaties - vangmethoden - lokken - natuurgebieden - borrelia burgdorferi - humane ziekten - lyme-ziekte - infectieziekten - insecticiden - experimenten - wetenschappelijk onderzoek - bosecologie - sheep - host parasite relationships - trapping - baiting - natural areas - borrelia burgdorferi - human diseases - lyme disease - infectious diseases - insecticides - experiments - scientific research - forest ecology
    De Wageningse onderzoeker Sip van Wieren wil lokschapen inzetten om teken weg te vangen in natuurgebieden. Op die manier kunnen schaapskuddes er voor zorgen dat mensen prettig kunnen recreëren in het bos.
    Een leven met rotganzen (interview met Bart Ebbinge )
    Kleis, R. ; Ebbinge, B.S. - \ 2014
    Resource: weekblad voor Wageningen UR 8 (2014)16. - ISSN 1874-3625 - p. 10 - 10.
    ganzen - fauna - wetenschappelijk onderzoek - siberië - publicaties - geese - fauna - scientific research - siberia - publications
    Veertig jaar onderzocht Bart Ebbinge (Alterra) rotganzen. Hier in ons land, maar vooral ook op zijn vele expedities naar Siberië, waar de vogels in de zomer broeden. Op 7 april vond bij uitgeverij Atlas in Amsterdam de presentatie plaats van De rotgans, een weerslag van vier decennia studie. De rotgans, paperback, 368 blz, ISBN 9789045091600
    Bacterie beschermt zalmeitje tegen schimmel (interview met I. de Bruijn en Y. Liu)
    Ramaker, R. ; Bruijn, I. de; Liu, Y. - \ 2014
    Resource: weekblad voor Wageningen UR 8 (2014)16. - ISSN 1874-3625 - p. 9 - 9.
    aquacultuur - zalmteelt - gastheer parasiet relaties - saprolegnia - oömyceten - visseneieren - actinobacteria - wetenschappelijk onderzoek - aquaculture - salmon culture - host parasite relationships - saprolegnia - oomycetes - fish eggs - actinobacteria - scientific research
    Een bacterie die leeft op zalmeitjes, beschermt zijn gastheer tegen een schadelijke schimmelsoort. Dit ontdekten ecologen van Wageningen Universiteit en het NIOO. De vinding moet ervoor zorgen dat minder eitjes sterven tijdens de zalmkweek.
    ‘Lute Bos draagt nog altijd bij aan de virologie’ : fonds laat ecologische virologie herrijzen
    Vlugt, R.A.A. van der; Branderhorst, A. - \ 2014
    WageningenWorld 2014 (2014)1. - ISSN 2210-7908 - p. 44 - 45.
    virologie - plantenvirussen - ecologie - wetenschappelijk onderzoek - fondsen - universitair onderzoek - virology - plant viruses - ecology - scientific research - funds - university research
    Met ecologische kennis van plantenvirussen in de tuin- en akkerbouw zijn opbrengstverliezen te voorkomen. René van der Vlugt gaat het onderzoek en onderwijs in dit vakgebied nieuw leven inblazen. Dat is mogelijk dankzij een legaat van de Wageningse plantenviroloog Lute Bos.
    Text mining for metabolic reaction extraction from scientific literature
    Risse, J.E. - \ 2014
    Wageningen University. Promotor(en): Ton Bisseling; Jack Leunissen, co-promotor(en): P.E. van der Vet. - Wageningen : Wageningen University - ISBN 9789461739001 - 138
    metabolomica - gegevensanalyse - databanken - text mining - publicaties - wetenschappelijk onderzoek - moleculaire biologie - thesauri - enzymen - metabolieten - metabolomics - data analysis - databases - text mining - publications - scientific research - molecular biology - thesauri - enzymes - metabolites

    Science relies on data in all its different forms. In molecular biology and bioinformatics in particular large scale data generation has taken centre stage in the form of high-throughput experiments. In line with this exponential increase of experimental data has been the near exponential growth of scientific publications. Yet where classical data mining techniques are still capable of coping with this deluge in structured data (Chapter 2), access of information found in scientific literature is still limited to search engines allowing searches on the level keywords, titles and abstracts. However, large amounts of knowledge about biological entities and their relations are held within the body of articles. When extracted, this data can be used as evidence for existing knowledge or hypothesis generation making scientific literature a valuable scientific resource. To unlock the information inside the articles requires a dedicated set of techniques and approaches tailored to the unstructured nature of free text. Analogous to the field of data mining for the analysis of structured data, the field of text mining has emerged for unstructured text and a number of applications has been developed in that field.

    This thesis is about text mining in the field of metabolomics. The work focusses on strategies for accessing large collections of scientific text and on the text mining steps required to extract metabolic reactions and their constituents, enzymes and metabolites, from scientific text. Metabolic reactions are important for our understanding of metabolic processes within cells and that information provides an important link between genotype phenotype. Furthermore information about metabolic reactions stored in databases is far from complete making it an excellent target for our text mining application.

    In order to access the scientific publications for further analysis they can be used as flat text or loaded into database systems. In Chapter 2we assessed and discussed the capabilities and performance of XML-type database systems to store and access very large collections of XML-type documents in the form of the Medline corpus, a collection of more than 20 million of scientific abstracts. XML data formats are common in the field of bioinformatics and are also at the core of most web services. With the increasing amount of data stored in XML comes the need for storing and accessing the data. The database systems were evaluated on a number of aspects broadly ranging from technical requirements to ease-of-use and performance. The performance of the different XML-type database systems was measured Medline abstract collections of increasing size and with a number of different queries. One of the queries assessed the capabilities of each database system to search the full-text of each abstract, which would allow access to the information within the text without further text analysis. The results show that all database systems cope well with the small and medium dataset, but that the full dataset remains a challenge. Also the query possibilities varied greatly across all studied databases. This led us to conclude that the performances and possibilities of the different database types vary greatly, also depending on the type of research question. There is no single system that outperforms the others; instead different circumstances can lead to a different optimal solution. Some of these scenarios are presented in the chapter.

    Among the conclusions of Chapter 2is that conventional data mining techniques do not work for the natural language part of a publication beyond simple retrieval queries based on pattern matching. The natural language used in written text is too unstructured for that purpose and requires dedicated text mining approaches, the main research topic of this thesis. Two major tasks of text mining are named entity recognition, the identification of relevant entities in the text, and relation extraction, the identification of relations between those named entities. For both text mining tasks many different techniques and approaches have been developed. For the named entity recognition of enzymes and metabolites we used a dictionary-based approach (Chapter 3) and for metabolic reaction extraction a full grammar approach (Chapter 4).

    In Chapter 3we describe the creation of two thesauri, one for enzymes and one for metabolites with the specific goal of allowing named entity identification, the mapping of identified synonyms to a common identifier, for metabolic reaction extraction. In the case of the enzyme thesaurus these identifiers are Enzyme Nomenclature numbers (EC number), in the case of the metabolite thesaurus KEGG metabolite identifiers. These thesauri are applied to the identification of enzymes and metabolites in the text mining approach of Chapter 4. Both were created from existing data sources by a series of automated steps followed by manual curation. Compared to a previously published chemical thesaurus, created entirely with automated steps, our much smaller metabolite thesaurus performed on the same level for F-measure with a slightly higher precision. The enzyme thesaurus produced results equal to our metabolite thesaurus. The compactness of our thesauri permits the manual curation step important in guaranteeing accuracy of the thesaurus contents, whereas creation from existing resources by automated means limits the effort required for creation. We concluded that our thesauri are compact and of high quality, and that this compactness does not greatly impact recall.

    In Chapter 4we studied the applicability and performance of a full parsing approach using the two thesauri described in Chapter 3 for the extraction of metabolic reactions from scientific full-text articles. For this we developed a text mining pipeline built around a modified dependency parser from the AGFL grammar lab using a pattern-based approach to extract metabolic reactions from the parsing output. Results of a comparison to a modified rule-based approach by Czarnecki et al.using three previously described metabolic pathways from the EcoCyc database show a slightly lower recall compared to the rule-based approach, but higher precision. We concluded that despite its current recall our full parsing approach to metabolic reaction extraction has high precision and potential to be used to (re-)construct metabolic pathways in an automated setting. Future improvements to the grammar and relation extraction rules should allow reactions to be extracted with even higher specificity.

    To identify potential improvements to the recall, the effect of a number of text pre-processing steps on the performance was tested in a number of experiments. The one experiment that had the most effect on performance was the conversion of schematic chemical formulas to syntactic complete sentences allowing them to be analysed by the parser. In addition to the improvements to the text mining approach described in Chapter 4I make suggestions in Chapter 5 for potential improvements and extensions to our full parsing approach for metabolic reaction extraction. Core focus here is the increase of recall by optimising each of the steps required for the final goal of extracting metabolic reactions from the text. Some of the discussed improvements are to increase the coverage of the used thesauri, possibly with specialist thesauri depending on the analysed literature. Another potential target is the grammar, where there is still room to increase parsing success by taking into account the characteristics of biomedical language. On a different level are suggestions to include some form of anaphora resolution and across sentence boundary search to increase the amount of information extracted from literature.

    In the second part of Chapter 5I make suggestions as to how to maximise the information gained from the text mining results. One of the first steps should be integration with other biomedical databases to allow integration with existing knowledge about metabolic reactions and other biological entities. Another aspect is some form of ranking or weighting of the results to be able to distinguish between high quality results useful for automated analyses and lower quality results still useful for manual approaches. Furthermore I provide a perspective on the necessity of computational literature analysis in the form of text mining. The main reasoning here is that human annotators cannot keep up with the amount of publications so that some form of automated analysis is unavoidable. Lastly I discuss the role of text mining in bioinformatics and with that also the accessibility of both text mining results and the literature resources necessary to create them. An important requirement for the future of text mining is that the barriers around high-throughput access to literature for text mining applications have to be removed. With regards to accessing text mining results, there is a long way to go for many applications, including ours, before they can be used directly by biologists. A major factor is that these applications rarely feature a suitable user interface and easy to use setup.

    To conclude, I see the main role of a text mining system like ours mainly in gathering evidence for existing knowledge and giving insights into the nuances of the research landscape of a given topic. When using the results of our reaction extraction system for the identification of ‘new’ reactions it is important to go back to the actual evidence presented for extra validations and to cross-validate the predictions with other resources or experiments. Ideally text mining will be used for generation of hypotheses, in which the researcher uses text mining findings to get ideas on, in our case, new connections between metabolites and enzymes; subsequently the researcher needs to go back to the original texts for further study. In this role text mining is an essential tool on the workbench of the molecular biologist.

    Pastoors naar de PFA: nieuwe impuls voor samenwerking met de wetenschap (interview met Martin Pastoors)
    Pastoors, M.A. - \ 2014
    Visserijnieuws 34 (2014)9. - ISSN 1380-5061 - p. 3 - 3.
    pelagische visserij - visserij - visbestand - wetenschappelijk onderzoek - pelagic fishery - fisheries - fishery resources - scientific research
    De Pelagic Freezer-trawler Association (PFA) heeft visserijonderzoeler Martin Pastoors aangenomen als 'Chief Science Officer'. De afgelopen tien jaar is de PFA zich steeds meer bezig gaan houden met wetenschappelijk onderzoek. Bijvoorbeeld door het ontwikkelen van nieuwe manieren om data te verzamelen voor bestandsvaststellingen en door bij te dragen aan lange termijn managementplannen voor haring, makreel, horsmakreel en blauwe wijting. Samenwerking met wetenschap en onderzoek is belangrijk voor de ambitie van de PFA: behoud van een duurzame visserij op de pelagische visbestanden.
    Check title to add to marked list

    Show 20 50 100 records per page

     
    Please log in to use this service. Login as Wageningen University & Research user or guest user in upper right hand corner of this page.