De belangrijkste natuurgebieden liggen aan de noord- en zuidzijde van Gouda: het open weidegebied ten noorden van de A12 en het open weidegebied van de Krimpenerwaard. De gebieden rond Gouda, inclusief de Reeuwijkse Plassen en de Hollandsche IJssel vormen samen de provinciale ecologische hoofdstructuur rondom Gouda. Zie kaart. Er zijn op het grondgebied van Gouda geen Vogel- en of Habitatrichtlijngebieden.
